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肺腺癌ALK Ventana-D5F3免疫组织化学检测结果判读一致性质控研究

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中华病理学杂志 2019年第12期48卷 921-927页

作者：李琳张莉萍韩昱晨王威亚金燕夏庆欣刘月平向锦刘超鲁姗姗吴伟陈振庞娟郗彦凤郑玉双顾冬梅范军常晓娜王伟伟王亮张智弘阎晓初孙意李霁侯峰张静渊黄榕芳卢建平王征胡永斌苑宏图董宇杰王璐克祯彧耿敬姝郭蕾张静应建明无国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院病理科 100021 同济大学附属上海市肺科医院病理科 200433 上海市胸科医院上海交通大学附属胸科医院病理科 200030 四川大学华西医院病理科成都610041 复旦大学附属肿瘤医院病理科复旦大学上海医学院肿瘤学系 200032 郑州大学附属肿瘤医院临床病理中心 450008 河北医科大学第四医院病理科石家庄050011 华南肿瘤学国家重点实验室肿瘤医学协同创新中心中山大学肿瘤防治中心病理科广州510060 广东省人民医院广东省医学科学院病理科广州510080 复旦大学附属中山医院病理科上海200032 中国科学院大学附属肿瘤医院病理科杭州310022 浙江大学医学院附属第一医院病理科杭州310003 天津医科大学附属肿瘤医院病理科 300060 山西省肿瘤医院病理科太原030013 苏州大学附属第一医院病理科 215006 华中科技大学同济医学院附属协和医院病理科武汉430022 郑州大学第一附属医院病理科 450052 中国医科大学附属第一医院病理科沈阳110001 南京医科大学第一附属医院病理科 210029 陆军军医大学西南医院病理科重庆400038 中南大学湘雅二医院病理科长沙410011 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科 100730 青岛大学附属医院病理科 266003 南京医科大学附属肿瘤医院江苏省肿瘤医院病理科 210009 福建医科大学附属肿瘤医院病理科福州350001 北京医院病理科国家老年医学中心 100730 中南大学湘雅医院病理科长沙410008 山东省肿瘤防治研究院病理科济南250017 首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所病理科 101149 空军军医大学西京医院病理科西安710032 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院病理科 150081 中国非小细胞肺癌ALK检测模式真实世界多中心研究专家组

目的了解中国肺腺癌间变性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase,ALK) Ventana-D5F3免疫组织化学(IHC)检测在不同医院间病理医师判读结果的一致性,发现并解决真实世界中ALK IHC结果判读存在的问题,以期有效地指导ALK靶向药获益人群... 详细信息

目的了解中国肺腺癌间变性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase,ALK) Ventana-D5F3免疫组织化学(IHC)检测在不同医院间病理医师判读结果的一致性,发现并解决真实世界中ALK IHC结果判读存在的问题,以期有效地指导ALK靶向药获益人群的准确筛选.方法采用多中心回顾性研究,收集中国非小细胞肺癌ALK检测模式真实世界多中心研究组成员共31个中心于2018年1月至6月期间诊断为肺腺癌且行ALK Ventana-D5F3自动化IHC检测的病例共109例.采用Ventana iSCANcoreo数字病理切片扫描仪扫描成数字切片(200×).ALK IHC染色结果由各中心的高年资病理医师进行阅片,判读标准按产品说明书二元判读法(阳性、阴性)进行判读,并进行统计分析.判读不一致率最高的病例进行荧光原位杂交(FISH)、即时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)、二代测序(NGS)检测.结果所有IHC切片经专家组复阅确认,共有49例阳性病例和60例阴性病例,其中2例(编号2302和2701)原单位诊断为阳性但专家组确认为阴性的病例经FISH、RT-PCR、 NGS证实结果为阴性.对于此2例,医师的误判率(假阳性)分别为58.1%(18/31)和48.4%(15/31).仅有6位病理医师(6/31,19.4%)诊断准确率达100%.两两医师之间判读的一致性最低为75.8%.49例阳性病例中至少有1位医师判读为阴性者(假阴性)占26.5%(13/49),60例阴性病例中至少有1位医师判读为阳性者(假阳性)占41.7%(25/60),至少有1位专家判读为不确定者占31.2%(34/109).结论真实世界中病理医师对ALK Vantana-D5F3 IHC检测结果的判读存在一定差异和误判,需要根据真实世界数据形成专家共识提供参考和指导.

关键词：肺肿瘤免疫组织化学间变性淋巴瘤激酶

基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取

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中华医学图书情报杂志 2018年第11期27卷 33-39页

作者：王序文李姣吴英杰李军莲中国医学科学院/北京协和医学院医学信息研究所/图书馆北京100020 中国科学院文献情报中心北京100190 中国科学院大学北京100149

目的:利用深度学习方法自动抽取中文生物医学文本中的开放式概念关系,以增强生物医学文本理解及医学知识网络构建。方法:使用BiLSTM-CRF模型从中文生物医学文献数据中抽取以句子上下文短语描述的开放式概念关系,并与基于条件随机场(Cond... 详细信息

目的:利用深度学习方法自动抽取中文生物医学文本中的开放式概念关系,以增强生物医学文本理解及医学知识网络构建。方法:使用BiLSTM-CRF模型从中文生物医学文献数据中抽取以句子上下文短语描述的开放式概念关系,并与基于条件随机场(Conditional Random Fields,CRF)和基于长短时记忆网络(Long Short-Term Memory,LSTM)的方法进行对比分析。结果:基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取方法取得F1值为0.5221,显著高于基于CRF模型的方法(F1值为0.2353)和基于LSTM模型的方法(F1值为0.3355)。结论:与单独使用CRF模型或LSTM模型的方法相比,基于BiLSTM-CRF的开放式概念关系抽取方法具有更好的鲁棒性和泛化性,对于生物医学文本理解、医学知识网络构建等研究具有借鉴意义。

关键词：开放式关系抽取生物医学概念识别 BiLSTM-CRF 条件随机场长短时记忆网络

抗原抗体复合物型治疗性疫苗(乙克)临床研究中患者血清乙型肝炎病毒表面抗原下降的分析与启示

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微生物与感染 2021年第5期16卷 298-303页

作者：宋洁玉单璞李树香仇超徐静汪萱怡闻玉梅复旦大学生物医学研究院暨教育部/卫生部医学分子病毒学重点实验室上海200032 国药中生生物技术研究院有限公司北京101111 复旦大学附属儿科医院上海201102

近年来全球慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)防治指南提出了“功能性治愈”(functional cure)的概念,即患者经过治疗达到血清乙型肝炎病毒表面抗原(hepatitis B virus surface antigen,HBsAg)消失,但现有抗病毒治疗很难实现这一... 详细信息

近年来全球慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)防治指南提出了“功能性治愈”(functional cure)的概念,即患者经过治疗达到血清乙型肝炎病毒表面抗原(hepatitis B virus surface antigen,HBsAg)消失,但现有抗病毒治疗很难实现这一目标。本研究对既往临床试验中经抗原抗体复合物型治疗性疫苗(乙克)治疗后的CHB患者HBsAg下降情况进行了归纳分析,结果显示,经乙克治疗随访后达到乙型肝炎e抗原(hepatitis B e antigen,HBeAg)血清学转换者的HBsAg下降高达0.95log 10 IU/mL,显著高于未达到HBeAg血清学转换者的0.32log 10 IU/mL(P1),而经氢氧化铝佐剂治疗随访后发生HBeAg血清学转换(0.49log 10 IU/mL)者与未发生HBeAg血清学转换者(0.36log 10 IU/mL)之间HBsAg下降无统计学差异。乙克组治疗过程中,丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)骤升(ALT flare)在HBsAg下降>1.0log 10 IU/mL者中较多见,氢氧化铝组未观察到此现象。回归分析显示,乙克治疗后HBsAg下降的影响因素有患者出现HBeAg血清学转换、感染的HBV为B基因型、治疗过程中ALT出现10倍增高,以及基线血清HBsAg为高水平。结果提示,乙克诱导的特异性免疫对降低CHB患者血清HBsAg水平有一定效果,采用“抗病毒药物治疗+针对HBsAg的中和性抗体被动免疫+乙克主动免疫”的“三明治”治疗策略可能会提高“功能性治愈”率。

关键词：乙型肝炎病毒表面抗原主动免疫治疗抗原抗体复合物乙型肝炎

大鼠脂肪干细胞在纳米羟基磷灰石-壳聚糖-果胶/壳聚糖-明胶支架的成骨向分化研究

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生物医学工程与临床 2023年第1期27卷 7-14页

作者：韩瑞金张琪郝彤李俊杰王常勇锦州医科大学研究生学院辽宁锦州121001 黔南州人民医院口腔科贵州都匀558000 军事医学科学院基础医学研究所前沿交叉学科研究室北京100850 天津大学化工学院天津300350

目的探索纳米羟基磷灰石-壳聚糖-果胶/壳聚糖-明胶(nHCP/CG)支架对大鼠脂肪干细胞(r ADSC)定向成骨分化的影响,为其临床应用提供理论支持。方法选择SD成年大鼠5只,体质量60~80 g,雌雄不限。从SD成年大鼠两侧腹股沟脂肪组织原代分离、培... 详细信息

目的探索纳米羟基磷灰石-壳聚糖-果胶/壳聚糖-明胶(nHCP/CG)支架对大鼠脂肪干细胞(r ADSC)定向成骨分化的影响,为其临床应用提供理论支持。方法选择SD成年大鼠5只,体质量60~80 g,雌雄不限。从SD成年大鼠两侧腹股沟脂肪组织原代分离、培养并鉴定r ADSC,然后将其接种在nHCP/CG支架材料上,并以壳聚糖-明胶(CG)支架为对照。通过四甲基偶氮唑盐(MTT)法、Live/Dead及苏木精-伊红(HE)染色法评价支架的细胞相容性;在添加和不添加成骨诱导剂培养条件下,以碱性磷酸酶(ALP)活性及多种免疫组织化学染色测定r ADSC在nHCP/CG支架中的成骨分化行为。结果r ADSC具有间充质干细胞的特性,其在nHCP/CG复合支架材料上活性较好。nHCP/CG支架较CG支架更利于r ADSC的黏附和增殖;r ADSC在nHCP/CG支架中培养1 d、3 d、7 d时细胞数量明显高于CG支架中的细胞数量(0.432±0.028 vs 0.174±0.004、0.532±0.017 vs 0.291±0.023、0.595±0.014 vs 0.754±0.038)且差异有显著统计学意义(P1)。r ADSC在nHCP/CG支架和CG支架中培养14 d和21 d均表现出较高的ALP活性;第14天时,在CG支架诱导培养细胞的ALP活性大于常规培养(0.298±0.029 vs 0.224±0.008),差异有统计学意义(P14 d和21 d的细胞加入诱导剂(0.224±0.006 vs 0.271±0.010、0.181±0.012 vs 0.209±0.009),ALP活性小于常规培养且差异有统计意义(P<0.05)。无论是否添加成骨诱导剂,接种在nHCP/CG支架上的r ADSC茜素红染色、Von Kossa染色、Ⅰ型胶原及Ⅷ因子免疫组化染色均表达为阳性,说明nHCP/CG支架能够自发促进r ADSC向成骨细胞分化。结论r ADSC可作为骨组织工程的种子细胞;nHCP/CG支架材料能够提供支持r ADSC黏附和生长的微环境,具有良好的生物相容性,更为重要的是能够自发诱导r ADSC定向成骨分化,有望成为一种应用于临床的骨组织工程支架材料。

关键词：纳米羟基磷灰石-壳聚糖-果胶/壳聚糖-明胶(nHCP/CG)支架脂肪干细胞成骨分化血管化鼠

基于VOSviewer冠状病毒中、外文研究主题对比分析

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中国医药导刊 2020年第2期22卷 73-80页

作者：高亚王菁刘依嘉刘湘国张俊华田金徽兰州大学循证医学中心兰州大学基础医学院甘肃兰州730000 北京大学医院北京100871 兰州大学第二临床医学院甘肃兰州730000 天津中医药大学循证医学中心天津300193 兰州大学甘肃省循证医学与临床转化重点实验室甘肃兰州730000

目的:利用文献计量学方法对冠状病毒中、外文研究的主题进行对比分析,以期为冠状病毒研究的发展提供借鉴。方法:通过检索中国生物医学文献数据库和Embase数据库,获取冠状病毒文献研究的相关信息。用VOSviewer 1.6.13软件对纳入研究的发... 详细信息

目的:利用文献计量学方法对冠状病毒中、外文研究的主题进行对比分析,以期为冠状病毒研究的发展提供借鉴。方法:通过检索中国生物医学文献数据库和Embase数据库,获取冠状病毒文献研究的相关信息。用VOSviewer 1.6.13软件对纳入研究的发表年代、期刊、作者和关键词进行提取,并生成高产作者的合作网络图和高频关键词的聚类网络图。结果:最终纳入20129篇研究,冠状病毒外文研究最早发表于1951年,中文研究最早发表于1981年,2003年发文量大幅度增加。刊载冠状病毒研究的期刊有3021种,但高产的期刊较少。前10位外文高产作者中,有4个来自美国,5个来自中国。前10位中文高产学者中,4个来自中国农业科学院哈尔滨兽医研究所。主要中文作者形成12个合作团体,主要外文作者形成7个合作团体,不同团体之间合作不多。冠状病毒中文研究主要有5个主题,外文研究主要有4个主题。结论:冠状病毒研究的数量在2003年迅速增长,此后年发文量波动不定。美国和中国在该领域处于相对领先的地位,各合作团体内部成员之间合作相对紧密,不同团体之间的合作稀疏,需要加强不同国家、不同地区之间的合作。国内外冠状病毒研究的主题基本相同,均为不同冠状病毒的检测、基因组序列分析、疫苗的研制及导致相应疾病的防控和治疗。

关键词：冠状病毒中、外文研究主题 VOSviewer 计量学分析

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基于深度学习的前房角开闭状态自动识别

北京生物医学工程 2021年第3期40卷 221-226页

作者：王文赛邢恩铭秦鲁宁周盛杨军林松中国医学科学院北京协和医学院生物医学工程研究所天津300192 天津医科大学眼科医院天津300384

目的基于深度学习(deep learning,DL)和前房角超声生物显微镜(ultrasound biomicroscopy,UBM)图像进行前房角开闭状态的自动识别,为原发性闭角型青光眼的临床自动诊断提供辅助分析。方法数据集为天津医科大学眼科医院采集的眼科疾病患... 详细信息

目的基于深度学习(deep learning,DL)和前房角超声生物显微镜(ultrasound biomicroscopy,UBM)图像进行前房角开闭状态的自动识别,为原发性闭角型青光眼的临床自动诊断提供辅助分析。方法数据集为天津医科大学眼科医院采集的眼科疾病患者的前房角UBM图像,由眼科专家将UBM图像分为房角开放和房角关闭两类,按照6∶2∶2的比例随机设置训练集、验证集和测试集。为提高深度学习模型的鲁棒性和识别精度,对训练集图像随机进行了旋转、平移和反转等不影响房角形态的数据增强操作。比较VGG16、VGG19、DenseNet121、Xception和InceptionV3网络模型在本文数据集上的迁移学习结果,根据迁移学习结果对VGG16进行卷积层和全连接层的微调,用微调后的VGG16模型实现前房角开闭状态的自动识别。用接收者操作特征曲线下面积和准确率等评价指标对模型识别结果进行定量评价,用类激活热力图可视化模型识别前房角开闭状态时的主要关注区域。结果类激活热力图表明微调后的VGG16模型识别前房角开闭状态的主要关注区域为房角中心区域,与眼科专家的识别依据一致。该模型的识别准确率为96.19%,接收者操作特征曲线下面积为0.9973。结论基于深度学习和前房角UBM图像能够以较高的准确率实现前房角开闭状态的自动识别,有利于原发性闭角型青光眼自动诊断技术的发展。

关键词：深度学习前房角超声生物显微镜 VGG16 自动识别

基于文献计量学分析症状群生物学机制的研究现状

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中国中医基础医学杂志 2021年第5期27卷 786-791页

作者：李凌香刘保延周雪忠舒梓心牟梓君何丽云中国中医科学院中医临床基础医学研究所北京100700 中国中医科学院数据中心北京100700 北京交通大学计算机与信息技术学院北京100044

目的:分析国内外症状群生物学机制的研究现状及发展态势,为中医药领域开展相关研究提供参考。方法:检索7个常用数据库中有关症状群生物机制的文献,采用文献计量学方法分析纳入文献的发表年代、研究内容、作者、高频关键词等。结果:共纳... 详细信息

目的:分析国内外症状群生物学机制的研究现状及发展态势,为中医药领域开展相关研究提供参考。方法:检索7个常用数据库中有关症状群生物机制的文献,采用文献计量学方法分析纳入文献的发表年代、研究内容、作者、高频关键词等。结果:共纳入文献175篇,发文量自2012年呈快速增长趋势,美国以34.29%发文量居首位,语种以英文为主(79.43%),以观察性临床研究为主,研究内容主要聚焦于精神心理领域、癌症、胃肠道疾病、慢性疲劳综合征等,研究热点主要集中于抑郁症、癌症相关症状群、细胞因子及遗传学等方面。结论:症状群生物学机制研究已进入大发展时期,但中医相关研究仍处于萌芽阶段,或可借鉴现代医学相关研究成果和经验,结合大数据时代带来的良机,以促进中医药领域相关研究的发展。

关键词：症状群生物学机制生物分子网络辨证论治文献计量学

放化疗顺序对早期结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤患者预后的影响及其个体化应用

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中华医学杂志 2021年第17期101卷 1232-1238页

作者：杨静杨勇亓姝楠吴涛何侠张利玲伍钢曲宝林钱立庭侯晓荣张福泉乔学英汪华李高峰朱远曹建忠吴君心朱苏雨石梅苏航张希梅张会来黄慧强张玉晶宋玉琴朱军王颖李晔雄国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院放疗科北京100021 贵州医科大学附属肿瘤医院贵州省肿瘤医院淋巴瘤科贵阳550000 江苏省肿瘤医院放疗科南京210009 华中科技大学同济医学院附属协和医院肿瘤中心武汉430023 解放军总医院第一医学中心放疗科北京100853 中国科学技术大学附属第一医院安徽省立医院放疗科合肥230001 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院放疗科北京100730 河北医科大学第四医院放疗科石家庄050011 南昌大学第二附属医院放疗科南昌330006 北京医院放疗科北京100730 中国科学院大学附属肿瘤医院浙江省肿瘤医院放疗科杭州310022 山西医科大学附属肿瘤医院山西省肿瘤医院放疗科太原030001 福建省肿瘤医院放疗科福州350014 中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院湖南省肿瘤医院放疗科长沙410013 空军军医大学西京医院放疗科西安710032 解放军总医院第五医学中心淋巴肿瘤科北京100071 天津医科大学肿瘤医院放疗科、淋巴瘤科天津300060 中山大学肿瘤防治中心肿瘤研究所中山大学附属肿瘤医院内科、放疗科广州510060 北京市肿瘤防治研究所北京大学肿瘤医院淋巴肿瘤科北京100142 重庆肿瘤医院放疗科重庆400000

目的分析放疗和化疗顺序对早期结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤(ENKTCL)患者疗效的影响,为个体化制定放化疗方案提供量化评估方法。方法中国淋巴瘤协作组(CLCG)从全国21家医院收集2000年1月至2019年9月初治的2008例接受放化疗的早期(Ⅰ/Ⅱ期)ENK... 详细信息

目的分析放疗和化疗顺序对早期结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤(ENKTCL)患者疗效的影响,为个体化制定放化疗方案提供量化评估方法。方法中国淋巴瘤协作组(CLCG)从全国21家医院收集2000年1月至2019年9月初治的2008例接受放化疗的早期(Ⅰ/Ⅱ期)ENKTCL患者的临床资料,男1417例,女591例,年龄2~83(42±14)岁。根据放化疗顺序将患者分为先放疗组(388例)和先化疗组(1620例)。生存估计采用Kaplan‑Meier法,使用多变量Cox比例风险模型筛选和识别影响预后的独立预测因素。分别构建两种疗法的预后预测模型,并使用该模型预测全部患者的个体化死亡风险,以确定适宜每例患者的放化疗方案。结果先放疗组患者的5年总生存率为74.2%(95%CI:69.6%~79.2%),先化疗组患者的5年总生存率为69.7%(95%CI:67.1%~72.4%);先放疗组患者的5年总生存率虽然数值上高于先化疗组患者,但差异无统计学意义[χ^(2)=2.26,HR=0.84(95%CI:0.68~1.05),P=0.133]。筛选出年龄、性别、美国东部合作肿瘤组(ECOG)评分、乳酸脱氢酶(LDH)、Ann Arbor分期、原发肿瘤侵犯(PTI)等6个变量作为独立预后因素(先化疗组:HR分别为1.01、1.25、2.07、0.77、1.34、1.49,均P1.02、1.31、1.66、0.78、1.37、1.29,均P>0.05)。全部患者接受先放疗方案的5年期望死亡风险的均值低于接受先化疗方案(26.8%比30.2%,P1)。不同临床特征的患者采用先放疗方案和先化疗方案的预测死亡风险存在个体化差异。结论Ⅰ/Ⅱ期ENKTCL患者采用先放疗方案的期望预后优于采用先化疗方案。根据个体患者的临床特征量化评估放化疗顺序对其死亡风险的差异性影响,有助于临床为该患者制定最佳的放化疗方案。

关键词：淋巴瘤,结外NK‑T细胞放射疗法化学疗法个体化

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老年肩袖损伤手术患者术前肺功能的影响因素

北京大学学报（医学版） 2021年第5期53卷 902-906页

作者：朱敬先鲁胜楠蒋艳芳姜玲王健全北京大学第三医院运动医学科北京大学运动医学研究所运动医学关节伤病北京市重点实验室北京100191 北京大学第三医院老年内科北京100191

目的:分析肩袖损伤手术患者术前肺功能情况以及可能的相关影响因素。方法:回顾北京大学第三医院2020年1—6月所有术前进行了肺功能检查的肩袖损伤手术患者,通过数据库管理系统对其围术期病历资料及肺功能主要参数进行研究,分析性别、年... 详细信息

目的:分析肩袖损伤手术患者术前肺功能情况以及可能的相关影响因素。方法:回顾北京大学第三医院2020年1—6月所有术前进行了肺功能检查的肩袖损伤手术患者,通过数据库管理系统对其围术期病历资料及肺功能主要参数进行研究,分析性别、年龄、体重指数(body mass index,BMI)、有无吸烟史、损伤时间长短、疼痛视觉模拟评分(visual analogue scale,VAS)等因素对围术期患者肺功能检查结果的影响。结果:共纳入29例肩袖损伤患者,其中1例报告限制性通气功能障碍,2例报告阻塞性通气功能障碍,均否定呼吸疾病病史,且无呼吸道相关症状。所有患者的平均第1秒用力呼气容积(forced expiratory volume in one second,FEV1)/用力肺活量(forced vital capacity,FVC)为79.2%±5.9%,VAS评分均值为3.66±1.26。入组患者中,超过半数动态肺功能FVC及FEV1低于预计值,2/3患者的肺总量(total lung capacity,TLC)低于预计值。三项肺功能检查指标在不同性别之间差异有统计学意义,BMI正常组(18 kg/m^(2)1年和1年)患者FVC和TLC差异有统计学意义。结论:除性别及年龄外,损伤时间、疼痛程度及是否超重/肥胖可能会影响老年肩袖手术患者的肺功能结果。术前肺功能情况可以作为围术期患者呼吸训练和康复的基础评估指标之一,可针对性地对肺功能各影响因素进行提前干预。

关键词：肩袖损伤矫形外科手术呼吸功能试验疼痛测定危险因素