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TransCell:In Silico Characterization of Genomic Landscape and Cellular Responses by Deep Transfer Learning

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第2期22卷 157-170页

作者： Shan-Ju Yeh Shreya Paithankar Ruoqiao Chen Jing Xing Mengying Sun Ke Liu jiayu zhou Bin Chen Department of Pediatrics and Human Development Michigan State UniversityGrand RapidsMI 49503USA Department of Pharmacology and Toxicology Michigan State UniversityGrand RapidsMI 49503USA Department of Computer Science and Engineering Michigan State UniversityEast LansingMI 48824USA

Gene expression profiling of new or modified cell lines becomes routine today;however,obtaining comprehensive molecular characterization and cellular responses for a variety of cell lines,including those derived from underrepresented groups,is not trivial when resources are *** gene expression to predict other measurements has been actively explored;however,systematic investigation of its predictive power in various measurements has not been well ***,we evaluated commonly used machine learning methods and presented TransCell,a two-step deep transfer learning framework that utilized the knowledge derived from pan-cancer tumor samples to predict molecular features and *** these models,TransCell had the best performance in predicting metabolite,gene effect score(or genetic dependency),and drug sensitivity,and had comparable performance in predicting mutation,copy number variation,and protein ***,TransCell improved the performance by over 50%in drug sensitivity prediction and achieved a correlation of 0.7 in gene effect score ***,predicted drug sensitivities revealed potential repurposing candidates for new 100 pediatric cancer cell lines,and predicted gene effect scores reflected BRAF resistance in melanoma cell ***,we investigated the predictive power of gene expression in six molecular measurement types and developed a web portal(http://***/transcell/)that enables the prediction of 352,000 genomic and cellular response features solely from gene expression profiles.

关键词： Genomics Transcriptomics Cancer dependency Drug repurposing Transfer learning

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Seismic Response of Adjacent Structure to Inter-Story Isolated Structure

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World Journal of Engineering and Technology 2024年第1期12卷 92-102页

作者： Bingxing Ma Dewen Liu Zhuoxin Yang jiayu zhou Yong Ding Tao Ban School of Civil Engineering Southwest Forestry University Kunming China

Currently, land resources are becoming more and more constrained and structures are getting closer to each other. To investigate the seismic response of inter-story isolated structure to adjacent structure, models considering no soil-structure interaction (SSI), considering soil-structure interaction (SSI), and considering structure-soil-structure interaction (SSSI) were established. Nonlinear seismic response comparative analysis was conducted by varying the spacing between adjacent structure and inter-story isolated structure, as well as the weight of adjacent structure, under different earthquake inputs, in order to obtain the structural response characteristics. The results indicate that the inter-story drift and inter-story shear of the inter-story isolated structure without considering SSI are smaller than those considering SSI and SSSI. The inter-story drift and inter-story shear of the inter-story isolated structure considering SSSI are further affected compared to that of the inter-story isolated structure considering only SSI. As the spacing between adjacent structure and inter-story isolated structure increases, the influence of adjacent structure on inter-story isolated structure decreases. The variation in the spacing between the two structures has a negligible effect on the isolation layer of the inter-story isolated structure. With the increase in the weight of adjacent structure, the influence of adjacent structure on inter-story isolated structure becomes more significant. The increasing weight of adjacent structure has an increasing effect on the Isolation layer of the inter-story isolated structure.

关键词： Soil-Structure Interaction (SSI) Structure-Soil-Structure Interaction (SSSI) In-ter-Story Isolation Adjacent Structure

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RseB影响溶藻弧菌感染花鲈的能力

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上海海洋大学学报 2024年第1期33卷 9-17页

作者：周家宇姜维王雨果陈小辉罗土炎鲍宝龙上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 福建闽威实业股份有限公司福建福鼎355200 福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所福建福州350003

为研究RseB基因缺失对溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)感染花鲈(Lateolabrax maculatus)能力的影响,评估花鲈感染后的LD_(50)、定殖能力和免疫响应。结果显示,溶藻弧菌野生株LD_(50)为2.013×10^(5) cfu/mL,RseB缺失溶藻弧菌LD_(50)为5.526×10^(5) cfu/mL,RseB缺失溶藻弧菌毒力下降63.6%;溶藻弧菌主要在花鲈的鳃部、肠道和皮肤定殖,相对野生菌株,RseB缺失溶藻弧菌定殖肠道的空泡化程度更低,鳃组织结构的损坏程度更低;分别对野生株与RseB缺失溶藻弧菌感染的花鲈头肾组织进行转录组测序,发现与免疫相关的差异表达基因一共有236个,其中包括了122个显著上调的免疫基因和114个显著下调的免疫基因,大部分显著富集在Th1和Th2细胞分化、B细胞受体信号通路、T细胞受体信号通路等特异性免疫通路上,部分基因显著富集在与细胞凋亡相关的通路以及与炎症相关的NF-kappa B信号通路中。结果表明:RseB缺失溶藻弧菌能引起宿主细胞的免疫反应且毒力明显降低。

关键词：溶藻弧菌花鲈 Rse基因致病性免疫响应

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基于UPLC-ESI-MS/MS技术黑豆种皮的化学成分分析

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植物资源与环境学报 2024年第1期33卷 111-113页

作者：吴志华马丽陈剑周佳宇南京中医药大学江苏南京210023 江苏省中国科学院植物研究所(南京中山植物园) 江苏省植物资源研究与利用重点实验室江苏省抗糖尿病药物筛选技术服务中心江苏南京210014

采用超高效液相色谱-电喷雾-串联质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术对黑豆种皮体积分数70%乙醇提取物中的化合物进行分析。结果表明:黑豆种皮体积分数70%乙醇提取物中32个化合物主要为多酚类,其中,酚酸类化合物的相对含量为13.38%,黄酮类化合物... 详细信息

采用超高效液相色谱-电喷雾-串联质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术对黑豆种皮体积分数70%乙醇提取物中的化合物进行分析。结果表明:黑豆种皮体积分数70%乙醇提取物中32个化合物主要为多酚类,其中,酚酸类化合物的相对含量为13.38%,黄酮类化合物的相对含量为39.59%。儿茶素的相对含量最高(10.15%),反式阿魏酸的相对含量次之(7.86%),二氢黄豆苷元和原花青素B 1的相对含量也较高(分别为5.52%和5.36%)。黑豆种皮中主要的多酚类物质为酚酸类和黄酮类化合物,具有进一步开发利用的价值。

关键词：黑豆种皮化学成分 UPLC-ESI-MS/MS

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典型控流调压阀后突扩体的压力特性

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排灌机械工程学报 2024年第10期42卷 1011-1017页

作者：王蛟胡亚安段金宏周家俞重庆交通大学西南水利水运工程科学研究所重庆400016 南京水利科学研究院江苏南京210029 重庆西科水运工程咨询有限公司重庆400016

为了研究突扩体对控流调压阀门的增压减振作用,以典型控流调压阀门(活塞式调流阀和固定式锥形阀)为研究对象,采用物模试验和三维数值模拟相结合的研究方法,重点对2类阀门在不同突扩体型、阀门开度及空化强度下的阀后流态及管壁压力特性... 详细信息

为了研究突扩体对控流调压阀门的增压减振作用,以典型控流调压阀门(活塞式调流阀和固定式锥形阀)为研究对象,采用物模试验和三维数值模拟相结合的研究方法,重点对2类阀门在不同突扩体型、阀门开度及空化强度下的阀后流态及管壁压力特性进行了观测分析,探究突扩比与阀后稳定压力的定量关系,试验阀门通径为150 mm,阀门直径为150~370 mm,突扩体长度为1000 mm.结果表明,突扩体能提升阀后管壁时均压力、减弱压力脉动的基本原理是水垫层效应.综合物模与数模试验结果,拟合得到了突扩比与阀后管壁稳定时均压力的关系式.突扩体可以提升阀门的工作背压,提升程度随突扩比的增大而渐缓.当突扩比为4.00时,阀后管壁稳定时均压力的增幅已非常平缓,趋于稳定.不同阀型试验结果差异小,说明突扩体的增压减振作用具有普适性.研究结果可供输水调压工程阀门段管道系统设计参考借鉴.

关键词：控流调压阀突扩体突扩比管壁压力

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肋骨骨折合并气胸患者行胸腔闭式引流术期间应用精细化护理的效果

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中西医结合护理（中英文） 2024年第3期10卷 166-168页

作者：周家宇曹冬伟江苏省新沂市中医医院江苏徐州221400

目的构建肋骨骨折合并气胸患者接受胸腔闭式引流术治疗期间的精细化护理策略,并评价其应用效果。方法选取江苏省新沂市中医医院于2020年3月至2023年3月收治的86例拟行胸腔闭式引流术的肋骨骨折合并气胸患者,按简单随机法分为观察组(43例... 详细信息

目的构建肋骨骨折合并气胸患者接受胸腔闭式引流术治疗期间的精细化护理策略,并评价其应用效果。方法选取江苏省新沂市中医医院于2020年3月至2023年3月收治的86例拟行胸腔闭式引流术的肋骨骨折合并气胸患者,按简单随机法分为观察组(43例)和对照组(43例)。2组均接受综合护理,在此基础上,观察组加用精细化护理。对比2组的术后并发症发生率,以及干预前后的疼痛评分、心理状态和排痰难度变化。结果与同一时间点的对照组相比,观察组在干预1 d和干预3 d后的疼痛视觉模拟量表评分均更低(P均<0.05),干预3 d后的汉密尔顿焦虑量表评分、汉密尔顿抑郁量表评分及排痰难度也均更低(P均<0.05)。观察组的术后并发症总发生率为4.65%,较对照组的18.60%更低(P<0.05)。结论在肋骨骨折合并气胸患者接受胸腔闭式引流术治疗期间应用精细化护理,在降低并发症发生风险、减轻术后疼痛、改善心理状态及促进痰液排出方面均具有积极作用。

关键词：肋骨骨折气胸胸腔闭式引流术精细化护理应用效果

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大豆GmTGA15基因的克隆、转录激活活性分析及亚细胞定位研究

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吉林农业大学学报 2024年第3期46卷 358-365页

作者：袁学顺周佳玉刘淼周莹姚丹崔喜艳陈展宇吉林农业大学生命科学学院长春130118 吉林农业大学农学院长春130118

以大豆“Williams 82”为试验材料,利用RT-PCR法从中克隆得到转录因子GmTGA15基因。生物信息学分析表明,GmTGA15基因组序列包括8个外显子和7个内含子,开放阅读框为1 089 bp,编码362个氨基酸;蛋白理化性质分析表明,GmTGA15蛋白分子量为41... 详细信息

以大豆“Williams 82”为试验材料,利用RT-PCR法从中克隆得到转录因子GmTGA15基因。生物信息学分析表明,GmTGA15基因组序列包括8个外显子和7个内含子,开放阅读框为1 089 bp,编码362个氨基酸;蛋白理化性质分析表明,GmTGA15蛋白分子量为41.01 kDa,理论等电点为6.28,为亲水性蛋白;蛋白一级结构具有1个典型的bZIP保守结构域,属于bZIP转录因子家族,与其他15种植物TGA(TGACG motif-binding factor)蛋白同源比对及系统进化分析显示,均具有相同的bZIP保守结构域,与同科植物野大豆亲缘关系最近,为97.25%;其蛋白二级结构预测α-螺旋为主,占63.81%。通过酵母单杂试验验证GmTGA15具有转录激活活性;利用PEG4000介导法将融合表达载体转化拟南芥原生质体,发现GmTGA15定位于细胞核。TGA转录因子在植物抵御逆境胁迫及生长发育中起重要作用。此结果将为GmTGA15基因功能的进一步研究提供基础,也为植物抗逆调控机制的研究提供理论参考。

关键词：大豆 TGA转录因子转录激活活性亚细胞定位

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溶血相关基因缺失降低鳗弧菌感染花鲈的致病性

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水产学报 2024年第5期48卷 75-84页

作者：姜维周家宇王雨果胡存洁方秀罗土炎刘洋鲍宝龙上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心福建闽威实业股份有限公司福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所

为阐明毒力因子溶血素对鳗弧菌感染花鲈过程中发挥的作用，实验以花鲈为研究对象，通过对花鲈幼鱼分别注射5.0×10～5 CFU鳗弧菌野生株和缺失株△vah1-vah4-rtxA，评估了溶血相关基因缺失对花鲈的感染能力、花鲈各组织的病理变化情况以... 详细信息

为阐明毒力因子溶血素对鳗弧菌感染花鲈过程中发挥的作用，实验以花鲈为研究对象，通过对花鲈幼鱼分别注射5.0×10～5 CFU鳗弧菌野生株和缺失株△vah1-vah4-rtxA，评估了溶血相关基因缺失对花鲈的感染能力、花鲈各组织的病理变化情况以及免疫响应的影响。结果显示，花鲈感染野生株后的LD50为2.103×10～5 CFU/mL，感染缺失株△vah1-vah4-rtxA后LD50为1.837×10～6 CFU/mL，溶血相关基因缺失使鳗弧菌毒性降到原来的11.44%；鳗弧菌主要定植在花鲈的肠道和鳃中，溶血相关基因缺失降低鳗弧菌在花鲈体内的定植能力，同时降低对鳃和肠道的损伤程度；转录组分析表明vah1、vah4和rtxA缺失后，头肾组织的差异表达基因显著富集到造血细胞谱系、抗原处理和呈递、细胞黏附分子、肠道免疫网络的IgA生产等免疫通路，并用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）对表达水平进行了验证。研究表明，溶血相关基因缺失降低了鳗弧菌感染花鲈的致病能力。研究结果有助于进一步了解鳗弧菌的致病机制，并为开发花鲈抗弧菌免疫增强剂或减毒疫苗提供依据。

关键词：花鲈鳗弧菌溶血素细菌感染免疫应答

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暗紫贝母甲羟戊酸激酶基因的重组表达与定点突变研究

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华西药学杂志 2024年第1期39卷 48-52页

作者：黄德娅邹萌黄斌翰周嘉裕廖海西南交通大学生命科学与工程学院四川成都610000

目的研究暗紫贝母Fritillaria unibracteata甲羟戊酸激酶(FUMK)基因的重组表达与定点突变。方法基于暗紫贝母转录组中FUMK基因的ORF序列,全化学合成FUMK-pET28a重组质粒,在大肠杆菌BL21中表达其重组蛋白,纯化后检测其酶活性。利用定点... 详细信息

目的研究暗紫贝母Fritillaria unibracteata甲羟戊酸激酶(FUMK)基因的重组表达与定点突变。方法基于暗紫贝母转录组中FUMK基因的ORF序列,全化学合成FUMK-pET28a重组质粒,在大肠杆菌BL21中表达其重组蛋白,纯化后检测其酶活性。利用定点突变验证关键氨基酸。结果FUMK基因ORF全长为1158 bp,编码一条长度为385个氨基酸的多肽。FUMK与卷叶贝母的甲羟戊酸激酶(MK)同源性最高,序列相似性可达77.14%。FUMK与百合科贝母属植物的MK聚类形成单系群,具有最近的亲缘关系。在大肠杆菌BL21中成功表达出FUMK重组蛋白,纯化后的重组蛋白能够催化腺嘌呤核苷三磷酸(ATP)与甲羟戊酸反应,形成甲羟戊酸磷酸。FUMK对ATP的酶促反应最大速度(Vmax)与米氏常数(Km)值分别为1.72μmol·min^(-1)·mg^(-1)、15.84μmol·L^(-1);对甲羟戊酸的Vmax与Km值分别为0.71μmol·min^(-1)·mg-1、28.58μmol·L^(-1)。His198Ala和Ser137Ala两种突变蛋白的酶促活性分别显著减少49.08%、23.91%,表明其是FUMK行使催化功能的关键氨基酸残基。结论成功鉴定了FUMK基因,并验证了His198与Ser137两个关键氨基酸残基,为研究其基因在暗紫贝母甾体类生物碱生物合成途径中的生物学作用奠定了理论基础。

关键词：暗紫贝母甲羟戊酸激酶生物信息学分析重组表达定点突变序列比对催化反应反应速率

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植物IPP基因的生物信息学分析

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植物研究 2024年第5期44卷 774-782页

作者：喻心怡冀慧玥路萍萍周嘉裕廖海西南交通大学生命科学与工程学院成都610031

异戊烯基焦磷酸异构酶(IPP)催化异戊烯焦磷酸与二甲基丙烯基焦磷酸(DMAPP)的可逆异构化反应,对下游萜类产物的合成发挥重要作用。该研究利用生物信息学方法,从稻(Oryza sativa)与拟南芥(Arabidopsis thaliana)等单、双子叶植物基因组中... 详细信息

异戊烯基焦磷酸异构酶(IPP)催化异戊烯焦磷酸与二甲基丙烯基焦磷酸(DMAPP)的可逆异构化反应,对下游萜类产物的合成发挥重要作用。该研究利用生物信息学方法,从稻(Oryza sativa)与拟南芥(Arabidopsis thaliana)等单、双子叶植物基因组中鉴定获得31条IPP基因。系统进化树将IPP分为3簇,其中单子叶植物单独形成一簇,同簇的IPP成员具有相似的结构域,可能执行相似的生物学功能;以稻与拟南芥IPP基因为代表,顺式调控元件分析显示它们含有干旱等响应元件;定量PCR结果显示,稻与拟南芥IPP转录水平的表达模式较为多样化。研究结果为系统认识IPP基因的生物学作用及可能的应用研究提供了理论依据。

关键词：异戊烯基焦磷酸异构酶生物信息学干旱胁迫脱落酸表达模式

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