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Phylogenetic positions of several amitochondriate protozoa——Evidence from phylogenetic analysis of DNA topoisomerase II

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Science China(Life Sciences) 2005年第6期48卷 565-573页

作者： HE De DONG Jiuhong WEN Jianfan xin dedong LU Siqi Key Laboratory of Cellular and Molecular Evolution Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunming 650223China Graduate School of the Chinese Academy of Sciences Beijing 100039China Capital University of Medical Sciences Beijing 100054China

Several groups of parasitic protozoa, as represented by Giardia, Trichomonas, En-tamoeba and Microsporida, were once widely considered to be the most primitive extant eu-karyotic group―Archezoa. The main evidence for this is their ‘lacking mitochondria’ and pos-sessing some other primitive features between prokaryotes and eukaryotes, and being basal to all eukaryotes with mitochondria in phylogenies inferred from many molecules. Some authors even proposed that these organisms diverged before the endosymbiotic origin of mitochondria within eukaryotes. This view was once considered to be very significant to the study of origin and evolution of eukaryotic cells (eukaryotes). However, in recent years this has been challenged by accumulating evidence from new studies. Here the sequences of DNA topoisomerase II in G. lamblia, T. vaginalis and E. histolytica were identified first by PCR and sequencing, then com-bining with the sequence data of the microsporidia Encephalitozoon cunicul and other eukaryotic groups of different evolutionary positions from GenBank, phylogenetic trees were constructed by various methods to investigate the evolutionary positions of these amitochondriate protozoa. Our results showed that since the characteristics of DNA topoisomerase II make it avoid the defect of ‘long-branch attraction’ appearing in the previous phylogenetic analyses, our trees can not only reflect effectively the relationship of different major eukaryotic groups, which is widely accepted, but also reveal phylogenetic positions for these amitochondriate protozoa, which is different from the previous phylogenetic trees. They are not the earliest-branching eukaryotes, but diverged after some mitochondriate organisms such as kinetoplastids and mycetozoan; they are not a united group but occupy different phylogenetic positions. Combining with the recent cytological findings of mitochondria-like organelles in them, we think that though some of them (e.g. diplo-monads, as represented

关键词： protozoa,amitochondriate DNA topoisomerase II phylogenetic tree evolutionary position.

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Identification and characterization of putative CIPK genes in maize

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Journal of Genetics and Genomics 2011年第2期38卷 77-87页

作者： Xifeng Chen Zhimin Gu dedong xin Liang Hao Chengjie Liu Ji Huang Bojun Ma Hongsheng Zhang State Key Lab of Crop Genetics and Germplasm Enhaneement Nanjing Agricultural University Naajing 210095 China College of Chemistry and Life Sciences Zhejiang Normal University Jinhua 321004 China

Calcium （Ca） plays a crucial role as a second messenger in intracellular signaling elicited by developmental and environmental cues. Calcineurin B-like proteins （CBLs） and their target proteins, CBL-interacting protein kinases （CIPKs） have emerged as a key Ca^2＋-mediated signaling network in response to stresses in plants. Bioinformatic analysis was used to identify 43 putative ZmC1PK （Zea mays CIPK） genes in the genome of maize inbred line B73. Based on gene structures, these ZmCIPKs were divided into intron-rich and intron-poor groups. Phylogenetic analysis indicated that the ZmCIPK family had a high evolutionary relationship with the rice CIPK family of 30 members. Microarray data and RT-PCR assay showed that ZrnCIPK genes transcriptionally responded to abiotic stresses, and that 24, 31, 20 and 19 ZmCIPK genes were up-regulated by salt, drought, heat and cold stresses, respectively. There were different expression patterns of ZmCIPKs between cold-tolerant inbred line B73 and cold-sensitive inbred line Mo17 under cold stress. Our findings will aid further molecular dissection of biological functions of the CIPKs in maize, and provide new insight into the CBL--CIPK signaling network in plants.

关键词： Maize CIPK family Evolution Expression Abiotic stresses

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Characterization and cloning of a brittle culm mutant (bc88) in rice (Oryza sativa L.)

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Chinese Science Bulletin 2013年第24期58卷 3000-3006,2914页

作者： RAO YuChun YANG YaoLong xin dedong LI XiaoJing ZHAI KaiEn MA BoJun PAN JianWei QIAN Qian ZENG DaLi College of Chemistry and Life Sciences Zhejiang Normal University State Key Laboratory of Rice Biology China National Rice Research Institute

This study characterizes a brittle culm (bc88) mutant of rice (Oryza sativa L.) obtained by ethylene methylsulfonate (EMS)-induced mutagenesis of Wuyunjing 7. The bc88 mutant exhibits a diversity of pleiotropic phenotypes, including brittle culm at the whole-plant growth stages, withered leaf tips at the seedling stage, and 18-d delay in heading date at the mature stage. Genetic analysis indicates that the bc88 mutant is controlled by a single recessive nuclear gene. The mutated bc88 gene isolated by map-based cloning contains only one point mutation in the 5th exon relative to its wild-type BC88 (LOC_Os09g25490 and Os09g0422500), leading to an amino acid change from P to L in bc88 plants. Alignment of the putative protein sequence with its homologs indicates that the mutation is located in the conserved region of the sequence. Detection of the transcription level of BC88 in rice plants shows that the expression level of BC88 is higher in spikes and culms than in leaves, roots, and leaf sheaths. These contribute to understanding of the molecular mechanism of cellulose synthesis. The target gene BC88 can be a useful tool in molecular marker-assisted selection for rice culm trait breeding.

关键词： rice (Oryza sativa L.) brittle culm Wuyunjing 7 clone mutation

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Gene Expression During Dormancy,Dormancy Release By Chilling,And Subsequent Bud Break Phase In Short-Petiole Cherry(Prunus pseudocerasus ***)

Gene Expression During Dormancy,Dormancy Release By Chilling...

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华东六省一市生物化学与分子生物学会2010年学术交流会

作者： dedong xin Kaicheng Ni Yongqiang Li Mei Lu Weidong Guo College of Chemistry and Life Scienes Zhejiang Normal University Agro-Biotechnology Institute Zhejiang Normal University

The perennial lifestyle of plant is characterized by seasonal cycles of growth and *** recurrent transitions,into and out of dormancy,represent an adaptation mechanism that largely determines survival of ***-Petiole Cherry(*** ***),which has big fruit with good quality and excellent shape,is a fine variety of Chinese *** understand the molecular basis of bud dormancy of Short-Petiole Cherry,mRNA differential display technique (DDRT-PCR) was used to map differential gene expression during dormancy,dormancy release by

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Does the ’Anucleolate’ Giardia Have a Ribosomebiogenesis System Typical to Eukaryotic?

Does the ’Anucleolate’ Giardia Have a Ribosomebiogenesis S...

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12th International Congress of Protozoology

作者： dedong xin Jun Sun Jianfan Wen Key Laboratory of Cellular and Molecular Evolution Kunming Institute of Zoology Chinese Academy of Sciences Kunming Yunnan 650223 P. R. China

＜正＞Nucleolus is the most prominent feature in the interphase nuclei of the eukaryotic cells. The nucleolus is organized around the tendemly repeated genes of ribosomal RNA. Being a subcellular organelle without membrane, nucleolus is the site of ribosomal RNA gene transcription and ribosomal subunits assembly. Giardia lamblia is medically important as a cause of diarrhea and malabsorption throughout the world. It is also an important organism for the evolutionary studies. Previous reports of others and ours revealed that Giardia does not have a nucleolus structure. Then, is there any difference of the mechanism of ribosome biogenesis between Giardia and other typical eukaryotes?

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温度对短柄樱桃花芽萌发及若干生理指标的影响

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浙江师范大学学报（自然科学版） 2010年第2期33卷 210-215页

作者：陈镇李永强陈文荣辛德东郭卫东浙江师范大学化学与生命科学学院浙江金华321004

研究了6个不同的昼温处理对短柄樱桃花芽萌发进程的影响,以及花芽萌发过程中抗氧化酶活性的变化.结果表明:温度对樱桃花芽萌发的速度及抗氧化酶的活性有显著的影响.形态上,随着温度的升高,花芽萌发速度加快;35℃处理最早萌动,但不能开花... 详细信息

研究了6个不同的昼温处理对短柄樱桃花芽萌发进程的影响,以及花芽萌发过程中抗氧化酶活性的变化.结果表明:温度对樱桃花芽萌发的速度及抗氧化酶的活性有显著的影响.形态上,随着温度的升高,花芽萌发速度加快;35℃处理最早萌动,但不能开花,最终脱落;30℃处理大部分为畸形花,无花粉散出.生理上,测定了6个温度处理下短柄樱桃花芽中过氧化物酶(POD)、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)的活性及膜脂过氧化产物丙二醛(MDA)含量的变化,结果显示:各指标均以35℃处理的为最高,其次为30℃处理的;35,30和25℃3个处理的MDA含量均在花序可见期后开始升高;20,15和10℃3个处理各生理指标相对稳定.研究证明高温条件下氧自由基胁迫及抗氧化酶活性与花芽的生理代谢有关.

关键词：短柄樱桃温度丙二醛抗氧化酶

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2株柴油降解菌的分离筛选及生长特性分析

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浙江师范大学学报（自然科学版） 2019年第1期42卷 81-87页

作者：周宏飞陈玮杨鑫星辛德东巩菊芳孙梅好浙江师范大学化学与生命科学学院浙江金华321004

以0~#柴油为唯一碳源,从柴油污染土壤中分离、筛选出2株柴油降解菌(EGY和GY),通过形态、生理生化特征观察及16S rDNA序列分析鉴定菌株,利用单因素实验确定各菌株的最适培养条件,通过设计不同柴油浓度下柴油降解实验及土壤柴油降解实验分... 详细信息

以0~#柴油为唯一碳源,从柴油污染土壤中分离、筛选出2株柴油降解菌(EGY和GY),通过形态、生理生化特征观察及16S rDNA序列分析鉴定菌株,利用单因素实验确定各菌株的最适培养条件,通过设计不同柴油浓度下柴油降解实验及土壤柴油降解实验分析EGY降解柴油的性能.结果表明:EGY为琼氏不动杆菌,GY为鞘脂菌属的一个新种;EGY的最适生长条件贴近油污污染的土壤环境,条件为温度25℃,pH 8.0,盐度1.5 g/L,柴油初始浓度1.5%(V_(柴油)/V_(培养基));EGY在不同柴油浓度的无机培养基中培养24 h后,在0.5%(V_(柴油)/V_(培养基))柴油浓度下具有最大降解率(41.67%±5.31%),但降解量最低;EGY在含1.0%(m_(柴油)/m_(土壤))柴油的土壤中培养10 d后,未调节盐度和调节至最适盐度的柴油降解率分别为57.80%和72.10%,而自然降解的降解率仅为15.30%.因此,EGY可作为高效的柴油降解菌修复柴油污染的土壤和水体.

关键词：油污土壤柴油降解菌条件优化生物修复

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水稻籽粒维生素E QTL挖掘及候选基因分析

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植物学报 2022年第2期57卷 157-170页

作者：叶涵斐殷文晶管易安杨凯如陈芊羽俞淑颖朱旭东辛德东章薇王跃星饶玉春浙江师范大学化学与生命科学学院金华321004 中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室杭州310006

维生素E(VE)是稻米营养品质的重要指标。水稻(Oryza sativa)是我国种植最广泛的粮食作物,增加其籽粒的VE含量是实现国民营养强化的一条便捷有效的途径。该研究以籼稻华占(HZ)为父本,粳稻热研2号(Nekken2)为母本,构建120个重组自交系(RI... 详细信息

维生素E(VE)是稻米营养品质的重要指标。水稻(Oryza sativa)是我国种植最广泛的粮食作物,增加其籽粒的VE含量是实现国民营养强化的一条便捷有效的途径。该研究以籼稻华占(HZ)为父本,粳稻热研2号(Nekken2)为母本,构建120个重组自交系(RILs)群体。采用高效液相色谱法(HPLC)对RILs群体的VE各组分含量进行测定,并基于构建的高密度分子遗传图谱进行QTL定位,谱系分析后挖掘到122个VE总量和分量相关QTLs,分布在12条染色体上。其中qT3α/to2-1的LOD值高达10.32,qT3α2-1的LOD值高达9.91,另有多个控制各异构体含量的主效QTLs,且区间内包含OsGGR1、OsGGR2、OsTC及OsγTMT等VE生物合成基因。通过qRT-PCR检测亲本中VE合成基因的表达量,发现在华占中候选基因的表达量均极显著高于热研2号,推测这些基因的高表达是华占生育酚及生育三烯酚含量高于热研2号的原因。研究挖掘到的QTL数目较多,LOD值也较大,为进一步筛选和培育高VE含量的水稻新品种奠定了分子基础,同时为揭示水稻VE生物合成的分子调控机制提供了重要基因资源。

关键词：水稻维生素E QTL定位候选基因稻米质量

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水稻黄绿叶调控基因YGL18的克隆与功能解析

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植物学报 2022年第3期57卷 276-287页

作者：杨凯如贾绮玮金佳怡叶涵斐王盛陈芊羽管易安潘晨阳辛德东方媛王跃星饶玉春浙江师范大学化学与生命科学学院金华321004 中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室杭州310006

叶色突变体往往伴随着叶绿素含量变化及叶绿体结构异常,是研究叶绿体发育与光合作用相关基因功能的重要材料。该研究通过甲基磺酸乙酯(EMS)诱变籼稻(***)品种华占(HZ)获得黄绿叶突变体,将其命名为ygl18(yellow-green leaf 18)。与野生... 详细信息

叶色突变体往往伴随着叶绿素含量变化及叶绿体结构异常,是研究叶绿体发育与光合作用相关基因功能的重要材料。该研究通过甲基磺酸乙酯(EMS)诱变籼稻(***)品种华占(HZ)获得黄绿叶突变体,将其命名为ygl18(yellow-green leaf 18)。与野生型相比,黄绿叶突变体ygl18自三叶期起叶片开始变黄且程度不断加深,同时伴随着光合速率与叶绿素含量下降,且结实率、千粒重及有效穗数均显著降低。透射电镜观察结果显示,ygl18的叶绿体结构紊乱,基质片层疏松,发育受到抑制,与叶片出现黄绿色表型一致。遗传分析表明,ygl18突变性状受1对隐性等位核基因控制,这对等位基因位于水稻第3号染色体长臂标记InDel2和InDel3之间115.2 kb范围内。进一步研究发现该突变体表型是编码铁氧还蛋白FdC2的基因LOC_Os03g48040的5’UTR发生突变所致。通过CRISPR转基因实验验证了该基因对表型的控制作用。研究结果揭示了叶色调控网络的遗传基础,可为今后选育高光效水稻品种提供新线索。

关键词：水稻叶色变异遗传分析图位克隆铁氧还蛋白

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在配电网中应用大数据的机遇与挑战

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电网技术 2015年第11期39卷 3122-3127页

作者：苗新张东霞孙德栋国网北京经济技术研究院北京市昌平区102209 中国电力科学研究院北京市海淀区100192 国网信息通信产业集团有限公司北京市昌平区102209

供电系统产业链包含规划、设计、建设、运行、管理和设备制造6个环节,分析了不同环节对应用大数据的需求强弱和相对应用成熟度,各环节的需求强度和相对应用成熟度由强到弱依次为:管理、运行、设备制造、建设、设计、规划。采用态势分析... 详细信息

供电系统产业链包含规划、设计、建设、运行、管理和设备制造6个环节,分析了不同环节对应用大数据的需求强弱和相对应用成熟度,各环节的需求强度和相对应用成熟度由强到弱依次为:管理、运行、设备制造、建设、设计、规划。采用态势分析法,分析了在配电网中应用大数据的机遇和挑战。供电企业内部的大数据源包括物理电网运维、供电营销服务和电网企业运营,目前各种非结构数据量正呈爆炸式增长,如何利用大数据带来的数据密集型科学进行科技创新以更好地服务社会仍需努力钻研。

关键词：配电网智能化大数据路线图安全能耗隐私保护

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