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Quantitative and qualitative subgenomic RNA profiles of SARS-CoV-2 in respiratory samples: A comparison between Omicron BA.2 and non-VOC-D614G

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Virologica Sinica 2024年第2期39卷 218-227页

作者： zigui chen Rita Way Yin Ng Grace Lui Lowell Ling Agnes S.Y.Leung Chit Chow Siaw Shi Boon Wendy C.S.Ho Maggie Haitian Wang Renee Wan Yi Chan Albert Martin Li David Shu Cheong Hui Paul Kay Sheung Chan Department of Microbiology Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Medicine and Therapeutics Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Anaesthesia and Intensive Care Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Paediatrics Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Anatomical and Cellular Pathology Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Jockey Club School of Public Health and Primary Care Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Stanley Ho Centre for Emerging Infectious Diseases Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina

The SARS-CoV-2 Omicron variants are notorious for their transmissibility,but little is known about their subgenomic RNA(sgRNA)*** study applied RNA-seq to delineate the quantitative and qualitative profiles of canonical sgRNA of 118 respiratory samples collected from patients infected with Omicron BA.2 and compared with 338 patients infected with non-variant of concern(non-VOC)-D614G.A unique characteristic profile depicted by the relative abundance of 9 canonical sgRNAs was reproduced by both BA.2 and non-VOCD614G regardless of host gender,age and presence of ***,such profile was lost in samples with low viral load,suggesting a potential application of sgRNA pattern to indicate viral activity of individual patient at a specific time point.A characteristic qualitative profile of canonical sgRNAs was also reproduced by both BA.2 and *** presence of a full set of canonical sgRNAs carried a coherent correlation with crude viral load(AUC¼0.91,95%CI 0.88–0.94),and sgRNA ORF7b was identified to be the best surrogate marker allowing feasible routine application in characterizing the infection status of individual *** potentials in using sgRNA as a target for vaccine and antiviral development are worth pursuing.

关键词： Coronavirus SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Non-VOC-D614G RNA-seq Subgenomic RNA(sgRNA)

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神狐海域气烟囱发育特征及其对天然气水合物分布的影响

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地质学报 2024年第9期98卷 2579-2591页

作者：程聪姜涛匡增桂任金锋陈子归中国地质大学广州南沙地大滨海研究院广东广州511462 中国地质大学海洋地质资源湖北省重点实验室湖北武汉430074 天然气水合物勘查开发国家工程研究中心中国地质调查局广州海洋地质调查局广东广州511458

天然气水合物不仅是未来潜在的清洁能源,同时对全球气候变化也有着显著影响,已受到世界各国的广泛关注。神狐海域作为天然气水合物研究热点区域,至今已涌现大量成果,但有关气体运移通道对天然气水合物分布的研究还较为薄弱。为了进一步... 详细信息

天然气水合物不仅是未来潜在的清洁能源,同时对全球气候变化也有着显著影响,已受到世界各国的广泛关注。神狐海域作为天然气水合物研究热点区域,至今已涌现大量成果,但有关气体运移通道对天然气水合物分布的研究还较为薄弱。为了进一步揭示该区天然气水合物成藏机理,本文综合运用高精度三维地震资料、测井资料以及气体地球化学数据,精细刻画了气烟囱的地震反射特征、发源层位及发育时间,分析了典型钻井天然气水合物赋存特征,阐明了气烟囱发育对水合物分布的影响。气烟囱从底到顶呈现出复杂多样的特征,包括底部杂乱反射带、体部振幅空白带以及顶部强振幅反射带。根据其根部延伸层位,气烟囱主要发源于古近系,部分发源于新近系,并且绝大多数气烟囱顶部终止于第四系。结合测井数据,可发现气烟囱的发育对天然气水合物的分布具有明显的控制作用。天然气水合物赋存在发源于古近系文昌组—恩平组并终止于第四系的气烟囱发育区域。结合天然气水合物气体地球化学数据,证实了研究区热成因气对天然气水合物成藏的贡献,表明了断层和气烟囱在垂向气体运移输导体系中的重要性,并在此基础上建立了天然气水合物成藏模式,为早日实现天然气水合物的商业化开采提供了坚实的地质基础。

关键词：天然气水合物气烟囱热成因气气体运移成藏模式神狐海域

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珠三角地区家具产业链空间聚类识别及空间熵分解

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经济地理 2024年第4期44卷 131-141页

作者：陈子归苏乐言吴客形王振军戴向东中南林业科技大学家居与艺术设计学院湖南长沙410004 湖南工商大学设计艺术学院湖南长沙410205 湖南工商大学经济与贸易学院湖南长沙410205 上海立信会计金融学院金融学院上海201209

文章基于珠三角地区全产业链家具企业POI数据,采用DBSCAN空间聚类算法识别并提取家具产业空间聚类集群,运用核密度估计、轮廓系数等方法剖析了家具产业空间聚类的总体特征、产业链结构特征和等级结构特征,并通过空间熵指数分解辨析了珠... 详细信息

文章基于珠三角地区全产业链家具企业POI数据,采用DBSCAN空间聚类算法识别并提取家具产业空间聚类集群,运用核密度估计、轮廓系数等方法剖析了家具产业空间聚类的总体特征、产业链结构特征和等级结构特征,并通过空间熵指数分解辨析了珠三角地区家具产业空间聚类的驱动力。结果表明:(1)珠三角地区家具产业主要聚类集群有7个,呈“多核心扇状”空间分布以及“一主三副”中心分布的等级结构特征,主中心位于顺德,副中心位于厚街、沙溪和香洲。(2)家具产业链上游企业空间聚类呈“二主一副”中心分布的等级结构,主中心为顺德和香洲,次中心为斗门;中游和下游企业空间聚类呈“一主一副”中心分布的等级结构,主中心均为顺德,次中心分别为禅城、厚街。(3)非空间因素更能解释珠三角地区总体家具产业的空间聚类,解释程度达80%,且随着空间距离的上升而逐渐增加。而空间因素主导家具产业链上、中、下游空间聚类,解释程度为60%~70%。(4)珠三角各地区家具产业空间聚类的形成与演进受空间与非空间因素的影响程度各不一样,广州、中山、江门等地家具产业空间聚类集群受空间因素的影响相比其他地区更突出。

关键词：家具产业链 DBSCAN空间聚类空间熵等级结构产业集群供应链珠三角地区

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琼东南盆地宝岛21-1区陵水组沉积特征及其油气地质意义

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地质科技通报 2024年第5期43卷 31-44页

作者：江汝锋曹立成邓孝亮何云龙焦垚祺陈子归李韬张祺中海石油(中国)有限公司海南分公司海口570311 中国地质大学(武汉)海洋地质资源湖北省重点实验室武汉430074

近期在琼东南盆地宝岛21-1区发现了我国首个深水深层大气田,对南海深水区深层油气勘探研究具有重要意义。基于宝岛21-1区最新获得的钻井和地震资料,分析了上渐新统陵水组三段的沉积特征及其油气地质意义。结果表明,陵三段沉积时期以双... 详细信息

近期在琼东南盆地宝岛21-1区发现了我国首个深水深层大气田,对南海深水区深层油气勘探研究具有重要意义。基于宝岛21-1区最新获得的钻井和地震资料,分析了上渐新统陵水组三段的沉积特征及其油气地质意义。结果表明,陵三段沉积时期以双向物源为主,早期扇三角洲沉积发育于邻近高地,晚期辫状河三角洲沉积受NW向海南隆起物源和NE向神狐隆起物源的控制。此外,陡坡和缓坡的沉积物搬运通道表现出较大差异。陵三段沉积演化可分为3个阶段:由早期扇三角洲沉积、中期扇三角洲-辫状河三角洲沉积发展至晚期辫状河三角洲沉积,物源区也从早期邻近高地的单向供源、中期邻近高地-神狐隆起的双向供源演化至晚期海南隆起-神狐隆起的双向供源。研究区邻近崖城组烃源岩,发育12-1号断裂及伴生断裂,形成构造-岩性圈闭,成藏地质条件优越。宝岛21-1区气田的发现是我国深水油气勘探领域的重大突破,指明了海相盆地中断裂转换带是未来深水勘探的关键区域。

关键词：琼东南盆地宝岛21-1区陵水组沉积特征油气勘探

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Sedimentary characteristics and genetic mechanism of the giant ancient pockmarks in the Qiongdongnan Basin,northern South China Sea

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Acta Oceanologica Sinica 2023年第2期42卷 120-133页

作者： Pengfei Xiong Cong cheng Zenggui Kuang Jinfeng Ren Jinqiang Liang Hongfei Lai zigui chen Jiang Lu Xiaoyu Fang Tao Jiang Hubei Key Laboratory of Marine Geological Resources China University of GeosciencesWuhan430074China Guangzhou Marine Geological Survey Ministry of Natural ResourcesGuangzhou510075China Southern Marine Science and Engineering Guangdong Laboratory(Zhanjiang) Zhanjiang524088China

In the late Miocene,giant ancient pockmarks,which are fairly rare globally,developed in the Qiongdongnan *** this paper,to determine the sedimentary characteristics and genetic mechanism of these giant ancient pockmarks in the Yinggehai Formation of the Qiongdongnan Basin,based on high-resolution 3D seismic data and multiattribute fusion technologies,we analyzed the planar distribution and seismic facies of the ancient pockmarks and compared the characteristics of the ancient pockmarks with those of channels,craters,and hydrate ***,we also discussed the implications of the fluid escape system and paleo-bottom current activity in the ancient pockmark development area and analyzed the influence of the ancient pockmarks on the paleoclimate in this ***,an evolutionary model was proposed for the giant ancient *** model shows that the giant ancient pockmarks in the southern Qiongdongnan Basin were affected by both deep fluid escape and lateral transformation of paleobottom *** addition,the giant ancient pockmarks contributed to the atmospheric CO_(2)concentration in the late Miocene and played a great role in the contemporary evaluation of deepwater petroleum exploration.

关键词： giant ancient pockmark bottom current fluid escape Yinggehai Formation Qiongdongnan Basin

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桂北山区稻田罗非鱼生长性能研究

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水产养殖 2024年第1期45卷 28-32页

作者：卢飞麟潘江旺覃定彪陈子桂何金钊李华广西壮族自治区水产引育种中心广西南宁530031

在桂北高寒山区开展稻田罗非鱼生态养殖试验。通过分析罗非鱼生长常数、特定生长率、血液生理生化指标,探究罗非鱼在高寒山区稻田的生长性能。结果表明,在水温26.4℃时,生长常数最大值为0.76 d,罗非鱼在桂北山区稻田获得良好的生长性能... 详细信息

在桂北高寒山区开展稻田罗非鱼生态养殖试验。通过分析罗非鱼生长常数、特定生长率、血液生理生化指标,探究罗非鱼在高寒山区稻田的生长性能。结果表明,在水温26.4℃时,生长常数最大值为0.76 d,罗非鱼在桂北山区稻田获得良好的生长性能。对罗非鱼特定增长率和日增质量与水温的关系二次回归曲线进行拟合,水温与罗非鱼特定生长率相关曲线为y=0.1129x2-6.6352x+98.537(R2=0.6345),水温与饵料系数相关曲线为y=-0.0013x2+0.0922x-0.2948(R2=0.4418),罗非鱼在桂北地区稻田最佳生长水温为26.4℃。在水温22.0~29.0℃时,血液生理生化指标表明,高寒山区罗非鱼能保证机体组织器官的完整性和正常功能。

关键词：罗非鱼稻田养殖生长常数血液生化指标

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Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA(RAPD)

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Acta Oceanologica Sinica 2009年第1期28卷 55-61页

作者： GAO Shan HU Xiaozhong chen zigui XU Henglong YI Zhenzhen LIN Xiaofeng LI Jiqiu Laboratory of Protozoology Key Laboratory of Maricuhure Ocean University of China Qingdao 266003 China Laboratory of Protozoology College of Life Science South China Normal University Guangzhou 510631 China

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao,Shandong Province,China were investigated using RAPD（random amplified polymorphic DNA） molecular markers and morphological *** RAPD-primers were selected to amplify the DNA *** genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree ***,the traditional microscopic determination,a way of visualizing the species composition,was performed to detect the major taxa of microplanktons from all *** showed that：（1） the band sharing index values were in the range of 0.504 2-0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales,while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales,indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones;（2） samples from the same station basically clustered together,corresponding to the geographic distribution of the sampling sites;（3） diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well.

关键词： marine plankton RAPD community diversity phylogeny

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On four closely related hypotrichous ciliates(Protozoa,Ciliophora,Spirotrichea):molecular characters,interspecific relationships and phylogeny defined with multigene sequence information

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Acta Oceanologica Sinica 2010年第5期29卷 90-96页

作者： GAO Feng YI Zhenzhen chen zigui AL-RASHEID Khaled A S SONG Weibo Laboratory of Protozoology Key Laboratory of Ecology and Environmental Science in Guangdong Higher Education College of Life Science South China Normal University Guangzhou 510631 China Laboratory of Protozoology KLM Ocean University of China Qingdao 266003 China Zoology Department King Saud University Riyadh 11451 Saudi Arabia

In order to clarify the phylogeny and relationships of the most confused hypotrichous ciliates,Holosticha-complex,four closely related holostichids（five populations）,Holosticha bradburyae,***,Anteholosticha sp.,and ***,were compared and analyzed using ITS2 secondary structures,ITS1-5.8S-ITS2 region and SSrRNA gene *** ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of these four species were first sequenced,and they shared sequence identities ranging from 68.0% to 90.1%,while two populations of Anteholosticha *** in three nucleotides（sequence identity 99.8%）.There were several minor differences among ITS2 secondary structures of these species,while two populations of Anteholosticha *** the identical secondary *** trees inferred from the ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of stichotrichs using multiple algorithms（Neighbor-Joining,Maximum Parsimony and Bayesian） revealed similar *** results show that：（1） Holosticha bradburyae and *** firmly clustered together with strong bootstrap supports,forming a sister clade with Anteholosticha sp.,（2） Anteholosticha appeared to be a paraphyletic assemblage,in which the morphotype *** was more closely related to Diaxonella trimarginata than to its congener Anteholosticha *** analyses based on the SSrRNA gene and the combined sequences of SSrRNA gene and ITS1-5.8S-ITS2 region revealed the similar relationships between Holosticha and Anteholosticha,nevertheless their positions within the subclass Stichotrichia differed from each other inferred from different genes.

关键词： phylogeny gene sequencing marine ciliates SSrRNA ITS1-5.8S-ITS2

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琼东南盆地天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征

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地球科学 2022年第5期47卷 1619-1634页

作者：陈子归姜涛匡增桂程聪熊鹏飞陈岳中国地质大学海洋地质资源湖北省重点实验室湖北武汉430074 南方海洋科学与工程广东省实验室广东广州511458 自然资源部广州海洋地质调查局广东广州510075

继我国在神狐海域两次天然气水合物试采成功之后,近几年来在琼东南盆地的勘探证实了天然气水合物的存在,而且钻探表明其与浅层气具有复杂的共生关系.为揭示琼东南盆地深水区天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征,结合岩心、测井及三维... 详细信息

继我国在神狐海域两次天然气水合物试采成功之后,近几年来在琼东南盆地的勘探证实了天然气水合物的存在,而且钻探表明其与浅层气具有复杂的共生关系.为揭示琼东南盆地深水区天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征,结合岩心、测井及三维地震数据,阐明了天然气水合物与浅层气的空间分布特征,研究结果表明,天然气水合物主要赋存在海底以下200 m范围内的沙质沉积物中,且其形成过程与浅层气的垂向运移有关.对天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征的深入分析表明,深部热成因气和浅部生物成因气是其重要的气体来源,第四系未固结沙层是良好的储层,且天然气水合物和浅层气共生体系的分布主要受深部气烟囱和断层的控制.浅层气藏为天然气水合物提供稳定的气源条件;第四系块体流沉积与含天然气水合物地层能有效地封堵浅层气的纵向运移,进一步促进浅层气的成藏.因此,天然气水合物的形成与浅层气的发育具有正反馈的相互作用关系,有利于形成更大规模的天然气水合物矿体和浅层气藏,具有良好的商业开发潜力.

关键词：天然气水合物浅层气天然气水合物与浅层气共生体系成藏模式琼东南盆地油气地质

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多涅茨尾孢虫（Henneguya doneci） 4个种群遗传多样性的RAPD分析

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高技术通讯 2006年第10期16卷 1097-1100页

作者：孙春燕赵元莙陈子桂重庆师范大学重庆市动物生物学重点实验室重庆400047 中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室青岛266003

利用RAPD技术研究了多涅茨尾孢虫4个种群的遗传多样性.多涅茨尾孢虫的3个采样点是重庆市沙坪坝区、江津县和大足县;选取一种碘泡虫为外群,采自大足县.用筛选出的3个随机引物扩增基因组DNA.实验结果表明,种群间存在一定的变异,遗传距离在... 详细信息

利用RAPD技术研究了多涅茨尾孢虫4个种群的遗传多样性.多涅茨尾孢虫的3个采样点是重庆市沙坪坝区、江津县和大足县;选取一种碘泡虫为外群,采自大足县.用筛选出的3个随机引物扩增基因组DNA.实验结果表明,种群间存在一定的变异,遗传距离在0.24～0.40之间,而与异种的一种碘泡虫的遗传距离可达0.51.通过对多涅茨尾孢虫4个种群的RAPD结果分析,认为RAPD技术可用于粘孢子虫近缘属间的系统发育关系分析.

关键词：粘孢子虫多涅茨尾孢虫随机扩增多态DNA

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