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Drug target inference by mining transcriptional data using a novel graph convolutional network framework

Protein & Cell 2022年第4期13卷 281-301页

作者： Feisheng Zhong Xiaolong Wu Ruirui Yang Xutong Li Dingyan Wang Zunyun Fu Xiaohong Liu XiaoZhe Wan Tianbiao Yang zisheng fan Yinghui Zhang Xiaomin Luo Kaixian Chen Sulin Zhang Hualiang Jiang Mingyue Zheng Drug Discovery and Design Center State Key Laboratory of Drug ResearchShanghai Institute of Materia MedicaChinese Academy of SciencesShanghai 201203China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China School of Pharmacy East China University of Science and TechnologyShanghai 200237China Nanjing University of Chinese Medicine Nanjing 210023China Shanghai Institute for Advanced Immunochemical Studies and School of Life Science and TechnologyShanghaiTech UniversityShanghai 200031China

A fundamental challenge that arises in biomedicine is the need to characterize compounds in a relevant cellular context in order to reveal potential on-target or offtarget ***,the fast accumulation of gene transcriptional profiling data provides us an unprecedented opportunity to explore the protein targets of chemical compounds from the perspective of cell transcriptomics and RNA ***,we propose a novel Siamese spectral-based graph convolutional network(SSGCN)model for inferring the protein targets of chemical compounds from gene transcriptional *** the gene signature of a compound perturbation only provides indirect clues of the interacting targets,and the biological networks under different experiment conditions further complicate the situation,the SSGCN model was successfully trained to learn from known compound-target pairs by uncovering the hidden correlations between compound perturbation profiles and gene knockdown *** a benchmark set and a large time-split validation dataset,the model achieved higher target inference accuracy as compared to previous methods such as Connectivity *** experimental validations of prediction results highlight the practical usefulness of SSGCN in either inferring the interacting targets of compound,or reversely,in finding novel inhibitors of a given target of interest.

关键词： drug target inference transcriptomics deep learning experimental verification

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Targeting STING oligomerization with licochalcone D ameliorates STING-driven inflammatory diseases

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Science China Life Sciences 2024年第12期67卷 2664-2677页

作者： Yinghui Zhang Yadan Liu Bing Jiang Lifan Chen Jie Hu Buying Niu Jie Chang zisheng fan Jingyi Zhou Yajie Wang Dan Teng Ning Ma Xiaofeng Wang Ruirui Yang Mingyue Zheng Sulin Zhang Drug Discovery and Design Center State Key Laboratory of Drug Research Shanghai Institute of Materia Medica Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences School of Chinese Materia Medica Nanjing University of Chinese Medicine Shanghai Institute for Advanced Immunochemical Studies and School of Life Science and Technology Shanghai Tech University School of Physical Science and Technology Shanghai Tech University School of Pharmaceutical Science and Technology Hangzhou Institute for Advanced Study University of Chinese Academy of Sciences State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology Nanjing University

The development of STING inhibitors for the treatment of STING-related inflammatory diseases continues to encounter significant challenges. The activation of STING is a multi-step process that includes binding with c GAMP, self-oligomerization, and translocation from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus, ultimately inducing the expression of IRF3 and NF-κB-mediated interferons and inflammatory cytokines. It has been demonstrated that disruption of any of these steps can effectively inhibit STING activation. Traditional structure-based drug screening methodologies generally focus on specific binding sites. In this study, a Transformer CPI model based on protein primary sequences and independent of binding sites is employed to identify compounds capable of binding to the STING protein. The natural product Licochalcone D(Lico D) is identified as a potent and selective STING inhibitor. Lico D does not bind to the classical ligandbinding pocket; instead, it covalently modifies the Cys148 residue of STING. This modification inhibits STING oligomerization, consequently suppressing the recruitment of TBK1 and the nuclear translocation of IRF3 and NF-κB. Lico D treatment ameliorates the inflammatory phenotype in Trex1-/-mice and inhibits the progression of DSS-induced colitis and AOM/DSS-induced colitis-associated colon cancer(CAC).In summary, this study reveals the potential of Lico D in treating STING-driven inflammatory diseases. It also demonstrates the utility of the Transformer CPI model in discovering allosteric compounds beyond the conventional binding pockets.

关键词： cGAS-STING signaling STING inhibitor TransformerCPI model Licochalcone D inflammatory diseases

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Discovery of ARF1-targeting inhibitor demethylzeylasteral as a potential agent against breast cancer

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Acta Pharmaceutica Sinica B 2022年第5期12卷 2619-2622页

作者： Jie Chang Ruirui Yang Lifan Chen zisheng fan Jingyi Zhou Hao Guo Yinghui Zhang Yadan Liu Guizhen Zhou Keke Zhang Kaixian Chen Hualiang Jiang Mingyue Zheng Sulin Zhang School of Chinese Materia Medica Nanjing University of Chinese MedicineNanjing 210023China Drug Discovery and Design Center State Key Laboratory of Drug ResearchShanghai Institute of Materia MedicaChinese Academy of SciencesShanghai 201203China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Shanghai Institute for Advanced Immunochemical Studies and School of Life Science and TechnologyShanghaiTech UniversityShanghai 200031China

To the Editor:ADP-ribosylation factor 1 (ARF1) plays a critical role in regulating vesicle formation and transport1. The dysregulation of ARF1 expression and/or activity is involved in many human cancers, such as brea... 详细信息

关键词： ADP-ribosylation factor 1 Breast cancer Demethylzeylasteral Virtual screening

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数值模拟技术在某海堤工程龙口合龙中的应用

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港工技术 2010年第6期47卷 38-41页

作者：范滋胜中交第一航务工程勘察设计院有限公司天津300222

在总结多种龙口流速计算公式的基础上,分析各公式具体的适用条件及影响因素。为确定某工程海堤合理的龙口合龙方案,应用数值模拟技术对龙口周边的流速、流场进行计算,计算结果用于确定龙口位置、宽度和结构型式,为工程施工提供有效指导。

关键词：海堤数值模拟龙口合龙

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HXD1C型机车空调检修工艺及处置流程的改进

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铁道机车与动车 2022年第10期 41-43,46页

作者：范子胜哈密机务段新疆哈密839000

HX1C型电力机车在兰新线投入使用以来,随着机车运用里程的不断增长和运用区段的不断扩大,该型机车空调故障对运输秩序的影响逐渐凸显。课题组从空调滤网清洁、冷凝器清洁度、空调固态继电器线路改造、空调柜门改造、提高应急处置能力等... 详细信息

HX1C型电力机车在兰新线投入使用以来,随着机车运用里程的不断增长和运用区段的不断扩大,该型机车空调故障对运输秩序的影响逐渐凸显。课题组从空调滤网清洁、冷凝器清洁度、空调固态继电器线路改造、空调柜门改造、提高应急处置能力等5个方面对HX1C型机车空调检修工艺及处置流程进行改进,有效减少机务段和谐型机车夏季空调故障,改善值乘环境。

关键词： HXD1C型机车空调检修工艺处置流程

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HX_D1C型机车走行部轮对失圆检测方法探讨

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铁道机车与动车 2019年第7期 28-31页

作者：范子胜哈密机务段

随着机车走行公里数不断增加,走行部轮对失圆趋势开始凸显,带来了齿轮箱螺栓断裂的安全隐患;同时机车运行过程中振动大、噪音大,影响乘务员值乘环境。为了解决机车轮对失圆问题,从轮对失圆在线检测、车载走行部监测装置轮对失圆预分析... 详细信息

随着机车走行公里数不断增加,走行部轮对失圆趋势开始凸显,带来了齿轮箱螺栓断裂的安全隐患;同时机车运行过程中振动大、噪音大,影响乘务员值乘环境。为了解决机车轮对失圆问题,从轮对失圆在线检测、车载走行部监测装置轮对失圆预分析和人工复测确认环节方面进行阐述,探讨解决措施,以保证铁路运输的安全、有序。

关键词： HXD1C型机车走行部轮对失圆预防修

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过桥管道的斜拉桥全桥受力性能数值模拟分析

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华北科技学院学报 2021年第1期18卷 58-65,124页

作者：范自盛潘瑜福建船政交通职业学院安全与环境学院福建福州350007

随着城市管廊的快速发展,综合管廊、管线的敷设方式越来越多样化。当管线跨越江河湖海时,受到地理条件、通航、管线检修等诸多因素的影响时,利用现有桥梁进行跨越,既能节约成本降低造价,又能实现高效运营。但管线随桥敷设也会带来诸多... 详细信息

随着城市管廊的快速发展,综合管廊、管线的敷设方式越来越多样化。当管线跨越江河湖海时,受到地理条件、通航、管线检修等诸多因素的影响时,利用现有桥梁进行跨越,既能节约成本降低造价,又能实现高效运营。但管线随桥敷设也会带来诸多安全问题,导致全桥受力发生变化,需要分析确认管线建成后增加的荷载是否会对桥梁全桥受力性能造成影响。本文将以某入岛连接桥挂管工程为研究背景,基于有限元建立过桥管道的斜拉桥数学计算模型,分析管线过桥荷载及荷载组合变化,并模拟分析挂管荷载对全桥受力性能的影响。从而为管线设计提供指导,也为其他管道过桥项目方案制定提供参考。

关键词：过桥管道斜拉桥受力性能数值模拟

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加油站工作危害风险分级研究

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华北科技学院学报 2019年第5期16卷 63-72,78页

作者：潘瑜范自盛福建船政交通职业学院安全技术与环境工程系

加油站作业过程中存在很多潜在的风险,若不实施有效的管控,将威胁加油站安全生产和周边安全。本文使用工作危害分析方法,细化参数评判依据,并以危险性较大的接卸油作业作为例,进行分析评价,确定出可实施的风险分级管控的管理执行层级。... 详细信息

加油站作业过程中存在很多潜在的风险,若不实施有效的管控,将威胁加油站安全生产和周边安全。本文使用工作危害分析方法,细化参数评判依据,并以危险性较大的接卸油作业作为例,进行分析评价,确定出可实施的风险分级管控的管理执行层级。为企业实现安全效益最大化,提高企业自身的风险管控能力,落实国家建设风险分级管控、隐患排查治理双重预防性工作机制提供科学借鉴。

关键词：加油站工作危害分析(JHA) 风险分级管控

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基于FTA的挂桥管道泄漏风险分析

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华北科技学院学报 2020年第5期17卷 66-71页

作者：范自盛潘瑜福建船政交通职业学院安全与环境学院福建福州350007

随着我国城镇化进程的推进,城市管廊的建设规模扩大。当管线跨越河流时,可利用现有桥梁进行跨越。由于外界环境的影响,管桥叠加,可能发生管线泄漏事故。在发生污水管线泄漏事故之后,将对桥梁通行安全和水域环境造成严重的威胁。因此,必... 详细信息

随着我国城镇化进程的推进,城市管廊的建设规模扩大。当管线跨越河流时,可利用现有桥梁进行跨越。由于外界环境的影响,管桥叠加,可能发生管线泄漏事故。在发生污水管线泄漏事故之后,将对桥梁通行安全和水域环境造成严重的威胁。因此,必须特别关注污水管线泄漏事故。本文以某入岛连接桥挂管工程为研究背景,运用安全系统工程事故树分析法(FTA),分析挂桥管道泄漏风险危险性,编制FTA事故树,全面系统分析可能导致的管道泄漏的原因,并提出工程设计、施工及运营的安全防护措施,为设计单位和建设单位提供决策参考;为主管部门对项目的审批、工程验收和项目建成投产后的安全监督管理提供依据。

关键词：挂桥管道泄漏分析事故树分析(FTA)

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粗纤维物料方捆打包机进草机构运动学仿真分析

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农机化研究 2013年第2期35卷 18-22,55页

作者：范子胜张立新葛云王升石河子大学机械电气工程学院新疆石河子832003

针对典型粗纤维物料方捆打包机进草机构运动轨迹要求严格的问题,为避免其与进料口、活塞等结构的干涉和碰撞,利用Adams软件对进草机构进行运动特性分析,得出压草板相对于活塞、进料口的相对位移关系及变化规律;并利用Adams所测得的力使... 详细信息

针对典型粗纤维物料方捆打包机进草机构运动轨迹要求严格的问题,为避免其与进料口、活塞等结构的干涉和碰撞,利用Adams软件对进草机构进行运动特性分析,得出压草板相对于活塞、进料口的相对位移关系及变化规律;并利用Adams所测得的力使用应力分析软件进行动力学分析,校验进草机构支撑件安全设计参数,提出合理的设计建议;最终,提出避免进草机构与活塞、料口发生干涉、碰撞及提高进草机构支撑件固定联接孔安全性的优化设计方案,以提高打包机的工作稳定性。

关键词：打包机粗纤维物料进草机构仿真分析

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