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Quantitative and qualitative subgenomic RNA profiles of SARS-CoV-2 in respiratory samples: A comparison between Omicron BA.2 and non-VOC-D614G

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Virologica Sinica 2024年第2期39卷 218-227页

作者： zigui chen Rita Way Yin Ng Grace Lui Lowell Ling Agnes S.Y.Leung Chit Chow Siaw Shi Boon Wendy C.S.Ho Maggie Haitian Wang Renee Wan Yi Chan Albert Martin Li David Shu Cheong Hui Paul Kay Sheung Chan Department of Microbiology Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Medicine and Therapeutics Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Anaesthesia and Intensive Care Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Paediatrics Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Department of Anatomical and Cellular Pathology Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Jockey Club School of Public Health and Primary Care Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina Stanley Ho Centre for Emerging Infectious Diseases Faculty of MedicineThe Chinese University of Hong KongHong KongChina

The SARS-CoV-2 Omicron variants are notorious for their transmissibility,but little is known about their subgenomic RNA(sgRNA)*** study applied RNA-seq to delineate the quantitative and qualitative profiles of canonical sgRNA of 118 respiratory samples collected from patients infected with Omicron BA.2 and compared with 338 patients infected with non-variant of concern(non-VOC)-D614G.A unique characteristic profile depicted by the relative abundance of 9 canonical sgRNAs was reproduced by both BA.2 and non-VOCD614G regardless of host gender,age and presence of ***,such profile was lost in samples with low viral load,suggesting a potential application of sgRNA pattern to indicate viral activity of individual patient at a specific time point.A characteristic qualitative profile of canonical sgRNAs was also reproduced by both BA.2 and *** presence of a full set of canonical sgRNAs carried a coherent correlation with crude viral load(AUC¼0.91,95%CI 0.88–0.94),and sgRNA ORF7b was identified to be the best surrogate marker allowing feasible routine application in characterizing the infection status of individual *** potentials in using sgRNA as a target for vaccine and antiviral development are worth pursuing.

关键词： Coronavirus SARS-CoV-2 Omicron BA.2 Non-VOC-D614G RNA-seq Subgenomic RNA(sgRNA)

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珠三角地区家具产业链空间聚类识别及空间熵分解

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经济地理 2024年第4期44卷 131-141页

作者：陈子归苏乐言吴客形王振军戴向东中南林业科技大学家居与艺术设计学院湖南长沙410004 湖南工商大学设计艺术学院湖南长沙410205 湖南工商大学经济与贸易学院湖南长沙410205 上海立信会计金融学院金融学院上海201209

文章基于珠三角地区全产业链家具企业POI数据,采用DBSCAN空间聚类算法识别并提取家具产业空间聚类集群,运用核密度估计、轮廓系数等方法剖析了家具产业空间聚类的总体特征、产业链结构特征和等级结构特征,并通过空间熵指数分解辨析了珠... 详细信息

文章基于珠三角地区全产业链家具企业POI数据,采用DBSCAN空间聚类算法识别并提取家具产业空间聚类集群,运用核密度估计、轮廓系数等方法剖析了家具产业空间聚类的总体特征、产业链结构特征和等级结构特征,并通过空间熵指数分解辨析了珠三角地区家具产业空间聚类的驱动力。结果表明:(1)珠三角地区家具产业主要聚类集群有7个,呈“多核心扇状”空间分布以及“一主三副”中心分布的等级结构特征,主中心位于顺德,副中心位于厚街、沙溪和香洲。(2)家具产业链上游企业空间聚类呈“二主一副”中心分布的等级结构,主中心为顺德和香洲,次中心为斗门;中游和下游企业空间聚类呈“一主一副”中心分布的等级结构,主中心均为顺德,次中心分别为禅城、厚街。(3)非空间因素更能解释珠三角地区总体家具产业的空间聚类,解释程度达80%,且随着空间距离的上升而逐渐增加。而空间因素主导家具产业链上、中、下游空间聚类,解释程度为60%~70%。(4)珠三角各地区家具产业空间聚类的形成与演进受空间与非空间因素的影响程度各不一样,广州、中山、江门等地家具产业空间聚类集群受空间因素的影响相比其他地区更突出。

关键词：家具产业链 DBSCAN空间聚类空间熵等级结构产业集群供应链珠三角地区

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Sedimentary characteristics and genetic mechanism of the giant ancient pockmarks in the Qiongdongnan Basin,northern South China Sea

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Acta Oceanologica Sinica 2023年第2期42卷 120-133页

作者： Pengfei Xiong Cong cheng Zenggui Kuang Jinfeng Ren Jinqiang Liang Hongfei Lai zigui chen Jiang Lu Xiaoyu Fang Tao Jiang Hubei Key Laboratory of Marine Geological Resources China University of GeosciencesWuhan430074China Guangzhou Marine Geological Survey Ministry of Natural ResourcesGuangzhou510075China Southern Marine Science and Engineering Guangdong Laboratory(Zhanjiang) Zhanjiang524088China

In the late Miocene,giant ancient pockmarks,which are fairly rare globally,developed in the Qiongdongnan *** this paper,to determine the sedimentary characteristics and genetic mechanism of these giant ancient pockmarks in the Yinggehai Formation of the Qiongdongnan Basin,based on high-resolution 3D seismic data and multiattribute fusion technologies,we analyzed the planar distribution and seismic facies of the ancient pockmarks and compared the characteristics of the ancient pockmarks with those of channels,craters,and hydrate ***,we also discussed the implications of the fluid escape system and paleo-bottom current activity in the ancient pockmark development area and analyzed the influence of the ancient pockmarks on the paleoclimate in this ***,an evolutionary model was proposed for the giant ancient *** model shows that the giant ancient pockmarks in the southern Qiongdongnan Basin were affected by both deep fluid escape and lateral transformation of paleobottom *** addition,the giant ancient pockmarks contributed to the atmospheric CO_(2)concentration in the late Miocene and played a great role in the contemporary evaluation of deepwater petroleum exploration.

关键词： giant ancient pockmark bottom current fluid escape Yinggehai Formation Qiongdongnan Basin

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桂北山区稻田罗非鱼生长性能研究

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水产养殖 2024年第1期45卷 28-32页

作者：卢飞麟潘江旺覃定彪陈子桂何金钊李华广西壮族自治区水产引育种中心广西南宁530031

在桂北高寒山区开展稻田罗非鱼生态养殖试验。通过分析罗非鱼生长常数、特定生长率、血液生理生化指标,探究罗非鱼在高寒山区稻田的生长性能。结果表明,在水温26.4℃时,生长常数最大值为0.76 d,罗非鱼在桂北山区稻田获得良好的生长性能... 详细信息

在桂北高寒山区开展稻田罗非鱼生态养殖试验。通过分析罗非鱼生长常数、特定生长率、血液生理生化指标,探究罗非鱼在高寒山区稻田的生长性能。结果表明,在水温26.4℃时,生长常数最大值为0.76 d,罗非鱼在桂北山区稻田获得良好的生长性能。对罗非鱼特定增长率和日增质量与水温的关系二次回归曲线进行拟合,水温与罗非鱼特定生长率相关曲线为y=0.1129x2-6.6352x+98.537(R2=0.6345),水温与饵料系数相关曲线为y=-0.0013x2+0.0922x-0.2948(R2=0.4418),罗非鱼在桂北地区稻田最佳生长水温为26.4℃。在水温22.0~29.0℃时,血液生理生化指标表明,高寒山区罗非鱼能保证机体组织器官的完整性和正常功能。

关键词：罗非鱼稻田养殖生长常数血液生化指标

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琼东南盆地天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征

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地球科学 2022年第5期47卷 1619-1634页

作者：陈子归姜涛匡增桂程聪熊鹏飞陈岳中国地质大学海洋地质资源湖北省重点实验室湖北武汉430074 南方海洋科学与工程广东省实验室广东广州511458 自然资源部广州海洋地质调查局广东广州510075

继我国在神狐海域两次天然气水合物试采成功之后,近几年来在琼东南盆地的勘探证实了天然气水合物的存在,而且钻探表明其与浅层气具有复杂的共生关系.为揭示琼东南盆地深水区天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征,结合岩心、测井及三维... 详细信息

继我国在神狐海域两次天然气水合物试采成功之后,近几年来在琼东南盆地的勘探证实了天然气水合物的存在,而且钻探表明其与浅层气具有复杂的共生关系.为揭示琼东南盆地深水区天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征,结合岩心、测井及三维地震数据,阐明了天然气水合物与浅层气的空间分布特征,研究结果表明,天然气水合物主要赋存在海底以下200 m范围内的沙质沉积物中,且其形成过程与浅层气的垂向运移有关.对天然气水合物与浅层气共生体系成藏特征的深入分析表明,深部热成因气和浅部生物成因气是其重要的气体来源,第四系未固结沙层是良好的储层,且天然气水合物和浅层气共生体系的分布主要受深部气烟囱和断层的控制.浅层气藏为天然气水合物提供稳定的气源条件;第四系块体流沉积与含天然气水合物地层能有效地封堵浅层气的纵向运移,进一步促进浅层气的成藏.因此,天然气水合物的形成与浅层气的发育具有正反馈的相互作用关系,有利于形成更大规模的天然气水合物矿体和浅层气藏,具有良好的商业开发潜力.

关键词：天然气水合物浅层气天然气水合物与浅层气共生体系成藏模式琼东南盆地油气地质

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Characterization of marine microplankton communities of Qingdao coastal areas using randomly amplified polymorphic DNA(RAPD)

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Acta Oceanologica Sinica 2009年第1期28卷 55-61页

作者： GAO Shan HU Xiaozhong chen zigui XU Henglong YI Zhenzhen LIN Xiaofeng LI Jiqiu Laboratory of Protozoology Key Laboratory of Maricuhure Ocean University of China Qingdao 266003 China Laboratory of Protozoology College of Life Science South China Normal University Guangzhou 510631 China

Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao,Shandong Province,China were investigated using RAPD（random amplified polymorphic DNA） molecular markers and morphological *** RAPD-primers were selected to amplify the DNA *** genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree ***,the traditional microscopic determination,a way of visualizing the species composition,was performed to detect the major taxa of microplanktons from all *** showed that：（1） the band sharing index values were in the range of 0.504 2-0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales,while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales,indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones;（2） samples from the same station basically clustered together,corresponding to the geographic distribution of the sampling sites;（3） diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well.

关键词： marine plankton RAPD community diversity phylogeny

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On four closely related hypotrichous ciliates(Protozoa,Ciliophora,Spirotrichea):molecular characters,interspecific relationships and phylogeny defined with multigene sequence information

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Acta Oceanologica Sinica 2010年第5期29卷 90-96页

作者： GAO Feng YI Zhenzhen chen zigui AL-RASHEID Khaled A S SONG Weibo Laboratory of Protozoology Key Laboratory of Ecology and Environmental Science in Guangdong Higher Education College of Life Science South China Normal University Guangzhou 510631 China Laboratory of Protozoology KLM Ocean University of China Qingdao 266003 China Zoology Department King Saud University Riyadh 11451 Saudi Arabia

In order to clarify the phylogeny and relationships of the most confused hypotrichous ciliates,Holosticha-complex,four closely related holostichids（five populations）,Holosticha bradburyae,***,Anteholosticha sp.,and ***,were compared and analyzed using ITS2 secondary structures,ITS1-5.8S-ITS2 region and SSrRNA gene *** ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of these four species were first sequenced,and they shared sequence identities ranging from 68.0% to 90.1%,while two populations of Anteholosticha *** in three nucleotides（sequence identity 99.8%）.There were several minor differences among ITS2 secondary structures of these species,while two populations of Anteholosticha *** the identical secondary *** trees inferred from the ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of stichotrichs using multiple algorithms（Neighbor-Joining,Maximum Parsimony and Bayesian） revealed similar *** results show that：（1） Holosticha bradburyae and *** firmly clustered together with strong bootstrap supports,forming a sister clade with Anteholosticha sp.,（2） Anteholosticha appeared to be a paraphyletic assemblage,in which the morphotype *** was more closely related to Diaxonella trimarginata than to its congener Anteholosticha *** analyses based on the SSrRNA gene and the combined sequences of SSrRNA gene and ITS1-5.8S-ITS2 region revealed the similar relationships between Holosticha and Anteholosticha,nevertheless their positions within the subclass Stichotrichia differed from each other inferred from different genes.

关键词： phylogeny gene sequencing marine ciliates SSrRNA ITS1-5.8S-ITS2

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含铬污水的生物修复技术研究现状及展望

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工业水处理 2022年第7期42卷 1-6页

作者：安秋颖郭璐露黄泽波陈紫桂赵苒厦门大学分子疫苗学和分子诊断学国家重点实验室厦门大学公共卫生学院福建厦门361102

六价铬被广泛应用于工业生产。含铬污水排入环境,在污染周边水源和土壤的同时,还可通过生物富集和生物放大作用威胁人类健康,因此高效处理含铬污水是世界环境科学领域亟待解决的问题。传统的铬修复技术一般采用物理化学处理方法,但其具... 详细信息

六价铬被广泛应用于工业生产。含铬污水排入环境,在污染周边水源和土壤的同时,还可通过生物富集和生物放大作用威胁人类健康,因此高效处理含铬污水是世界环境科学领域亟待解决的问题。传统的铬修复技术一般采用物理化学处理方法,但其具有处理程序复杂、成本较高、效率低、容易导致二次污染等缺点。生物修复技术则利用植物、动物和微生物,通过吸收、降解、转化等途径减少污水中的铬,具有经济、无二次污染、修复效率高、过程安全等优点,因此被认为是处理含铬污水的资源节约型、环境友好型技术。就微生物还原,微生物吸附,植物、纳米材料与微生物联用等现有处理含铬污水的生物修复技术的作用机制、反应机理及优缺点进行了归纳总结,揭示其应用潜力,并对其未来的发展趋势进行展望。

关键词：含铬污水生物还原生物吸附

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饲料中添加马尾藻多糖对杂交黄颡鱼生长性能、血清生化指标、消化酶活性和抗氧化能力的影响

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动物营养学报 2023年第7期35卷 4485-4494页

作者：冯鹏霏潘传燕马华威陈秀荔杨琼陈子桂冯勇翔唐东姣李华广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室南宁530021 广西壮族自治区水产引育种中心南宁530031 广西壮族自治区扶绥种畜场崇左532199 全州县全州镇农业农村综合服务中心桂林541501

为研究饲料中添加马尾藻多糖对杂交黄颡鱼(黄颡鱼♀×瓦氏黄颡鱼?)生长性能、血清生化指标、消化酶活性和抗氧化能力的影响,以(5.02±0.05)g杂交黄颡鱼为研究对象,在饲料中分别添加0(对照组)、0.10%、0.20%、0.40%、0.60%和0.80%的马尾... 详细信息

为研究饲料中添加马尾藻多糖对杂交黄颡鱼(黄颡鱼♀×瓦氏黄颡鱼?)生长性能、血清生化指标、消化酶活性和抗氧化能力的影响,以(5.02±0.05)g杂交黄颡鱼为研究对象,在饲料中分别添加0(对照组)、0.10%、0.20%、0.40%、0.60%和0.80%的马尾藻多糖,喂养杂交黄颡鱼60 d后测定增重率、特定生长率等生长性能指标以及血清生化指标、抗氧化指标和胃、肠道消化酶活性。结果显示:1)饲料中马尾藻多糖的添加量为0.40%~0.60%时,与对照组相比,杂交黄颡鱼的增重率和特定生长率显著增加(P0.05),但以0.60%马尾藻多糖组最高,且在马尾藻多糖添加量为0.60%及以上时,血清谷草转氨酶、谷丙转氨酶和碱性磷酸酶活性较对照组显著降低(P<0.05);3)饲料中马尾藻多糖的添加量为0.40%~0.80%时,杂交黄颡鱼胃和肠道中蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶活性较对照组显著提高(P<0.05),且肠道中蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶活性在0.60%马尾藻多糖组最高;4)与对照组相比,饲料中马尾藻多糖的添加量为0.40%~0.80%时杂交黄颡鱼血清超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽过氧化物酶活性显著升高(P<0.05),血清丙二醛含量显著降低(P<0.05),其中血清超氧化物歧化酶和谷胱甘肽过氧化物酶活性均以0.60%马尾藻多糖组最高。综合生长性能、血清生化指标、抗氧化酶活性和消化酶活性,建议杂交黄颡鱼[(5.02±0.05)g]饲料中马尾藻多糖的添加量为0.60%。

关键词：马尾藻多糖杂交黄颡鱼生长性能消化酶抗氧化能力

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多涅茨尾孢虫（Henneguya doneci） 4个种群遗传多样性的RAPD分析

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高技术通讯 2006年第10期16卷 1097-1100页

作者：孙春燕赵元莙陈子桂重庆师范大学重庆市动物生物学重点实验室重庆400047 中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室青岛266003

利用RAPD技术研究了多涅茨尾孢虫4个种群的遗传多样性.多涅茨尾孢虫的3个采样点是重庆市沙坪坝区、江津县和大足县;选取一种碘泡虫为外群,采自大足县.用筛选出的3个随机引物扩增基因组DNA.实验结果表明,种群间存在一定的变异,遗传距离在... 详细信息

利用RAPD技术研究了多涅茨尾孢虫4个种群的遗传多样性.多涅茨尾孢虫的3个采样点是重庆市沙坪坝区、江津县和大足县;选取一种碘泡虫为外群,采自大足县.用筛选出的3个随机引物扩增基因组DNA.实验结果表明,种群间存在一定的变异,遗传距离在0.24～0.40之间,而与异种的一种碘泡虫的遗传距离可达0.51.通过对多涅茨尾孢虫4个种群的RAPD结果分析,认为RAPD技术可用于粘孢子虫近缘属间的系统发育关系分析.

关键词：粘孢子虫多涅茨尾孢虫随机扩增多态DNA

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