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Development of a High-throughput Sequencing Platform for Detection of Viral Encephalitis Pathogens Based on Amplicon Sequencing

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Biomedical and Environmental Sciences 2024年第3期37卷 294-302页

作者： zhang ya li SU Wen Zhe WANG Rui Chen li yan zhang Jun Feng liU Sheng Hui HU Dan He XU Chong Xiao YIN Jia Yu YIN Qi Kai HE Ying li Fan FU Shi Hong NIE Kai liANG Guo Dong TAO Yong XU Song Tao MA Chao Feng WANG Huan Yu Shaanxi University of Chinese Medicine Xianyang 712000ShaanxiChina National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases National Institute for Viral Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China Guangzhou Center for Disease Control and Prevention Guangzhou 510000GuangdongChina Shandong Center for Disease Control and Prevention Jinan 250000ShandongChina Department of Ophthalmology Beijing Chaoyang HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100020China Xi'an Center for Disease Control and Prevention Xi’an 710054ShaanxiChina

Objective Viral encephalitis is an infectious disease severely affecting human *** is caused by a wide variety of viral pathogens,including herpes viruses,flaviviruses,enteroviruses,and other *** laboratory diagnosis of viral encephalitis is a worldwide ***,high-throughput sequencing technology has provided new tools for diagnosing central nervous system ***,In this study,we established a multipathogen detection platform for viral encephalitis based on amplicon *** We designed nine pairs of specific polymerase chain reaction(PCR)primers for the 12 viruses by reviewing the relevant *** detection ability of the primers was verified by software simulation and the detection of known positive *** sequencing was used to validate the samples,and consistency was compared with Sanger *** The results showed that the target sequences of various pathogens were obtained at a coverage depth level greater than 20×,and the sequence lengths were consistent with the sizes of the predicted *** sequences were verified using the National Center for Biotechnology Information BLAST,and all results were consistent with the results of Sanger *** Amplicon-based high-throughput sequencing technology is feasible as a supplementary method for the pathogenic detection of viral *** is also a useful tool for the high-volume screening of clinical samples.

关键词： Viral encephalitis Amplicon sequencing High-throughput sequencing Multipathogen detection

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基于头发蛋白质组学区分个人特质的方法学探究

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生物化学与生物物理进展 2024年第1期51卷 230-240页

作者：吴晓淋张涛徐平张亚莉张振鹏贵州大学医学院贵阳550025 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心北京102206 中国医学科学院蛋白组学与新药研发创新单元北京102206

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的... 详细信息

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。

关键词：头发蛋白质组学个人特质 PLEE

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新疆早熟棉花不同水分下临界氮稀释曲线的构建与验证

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植物营养与肥料学报 2024年第4期30卷 731-744页

作者：张雨鑫吕宁高志建李全胜张亚黎王国栋石河子大学农学院/新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室新疆石河子832003 新疆农垦科学院农业农村部西北绿洲节水农业重点实验室/水肥资源高效利用兵团重点实验室新疆石河子832000

[目的]基于临界氮浓度(Nc),构建不同水分条件下早熟棉花氮营养指数(NNI)、氮吸收量(N_(upt))和累积氮亏缺量(N_(and))模型,为棉花氮素营养诊断提供快捷准确的方法,以提高水肥利用效率。[方法]田间试验于2021和2022年在新疆石河子市进行... 详细信息

[目的]基于临界氮浓度(Nc),构建不同水分条件下早熟棉花氮营养指数(NNI)、氮吸收量(N_(upt))和累积氮亏缺量(N_(and))模型,为棉花氮素营养诊断提供快捷准确的方法,以提高水肥利用效率。[方法]田间试验于2021和2022年在新疆石河子市进行,供试棉花品种为当地主栽早熟品种‘新石K-18’。试验采用完全区组设计,设置4个灌溉水量(W):中度亏缺(W1,3000 m^(3)/hm^(2))、轻度亏缺(W2,3750 m^(3)/hm^(2))、正常水分(W3,4500 m^(3)/hm^(2))、水分盈余(W4,5250 m^(3)/hm^(2));5个氮素(N)水平:0、225、262.5、300、337.5 kg/hm^(2),记为N0、N1、N2、N3和N4,共20个处理。出苗后第60、75、90、105、120天,取棉株样品,分为茎、叶和铃,吐絮后棉铃又分为铃壳、棉籽、皮棉,测定干物质量和氮浓度。在吐絮期调查棉花株数、单株结铃数、单铃重,以及皮棉产量和衣分。以植株干重与含氮量构建不同水分条件下的临界氮浓度稀释曲线(Nc),采用均方根误差(root mean square error,RMSE)和标准化均方根误差(n-RMSE)对临界氮浓度稀释曲线的可靠性进行验证。基于Nc,建立棉株氮营养指数、氮吸收量、累积氮亏缺量模型,用于不同水分条件下的棉花氮素最佳用量推荐。[结果]棉花各生育期地上部干物质、棉花产量、氮含量均随灌水与施氮量的增加而增加,籽棉与皮棉产量均以W3N3处理最高,分别为5892与2747 kg/hm^(2)。W1~W4各水分条件下临界氮浓度稀释曲线R~2分别为0.999、0.912、0.952、0.974,RMSE分别为0.284、0.280、0.243和0.269,说明模型具有较高的精度。基于Nc的氮营养指数、氮吸收量与累积氮亏缺量模型,对不同水分条件滴灌棉花氮营养状况的诊断结果均表明N3 (300 kg/hm^(2))为最适施氮水平。综合棉花产量与氮含量,中度水分亏缺条件(W1)下的最佳施氮量为262.5 kg/hm^(2),轻度亏缺、正常水分和水分盈余(W2、W3和W4)条件下均为300 kg/hm^(2)。[结论]建立的滴灌棉花临界氮浓度稀释曲线和基于该模型建立的氮营养指数、氮吸收量和累积氮亏缺量模型,能够精准预测不同水分条件下滴灌棉花的氮素营养状况,为棉花氮营养诊断和高效施氮管理提供支撑。

关键词：棉花滴灌临界氮浓度稀释曲线氮素诊断

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人工智能辅助高校英语专业“英美文学”教学探析

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教育教学论坛 2024年第27期 77-80页

作者：张亚丽山西师范大学外国语学院山西太原030031

针对目前高校英语专业“英美文学”课程教学中存在的一些问题,如未能充分引导学生发挥主观能动性、文本分析及作品选择方面的局限性等,探析人工智能辅助推动“英美文学”课程教学改革的可行性。人工智能的引入将极大地丰富“英美文学”... 详细信息

针对目前高校英语专业“英美文学”课程教学中存在的一些问题,如未能充分引导学生发挥主观能动性、文本分析及作品选择方面的局限性等,探析人工智能辅助推动“英美文学”课程教学改革的可行性。人工智能的引入将极大地丰富“英美文学”课程的教学内容,使得对文学作品的分析达到新的高度,突破作品选择的局限性,为学生提供个性化的学习支持,促进“英美文学”教学的国际交流与合作。因此,高校英语专业的“英美文学”教学若能抓住人工智能带来的新机遇,扬长避短,那么人工智能必将对培养具有国际视野和跨文化交流能力的优秀外语人才起到推动作用。

关键词：人工智能高校英语专业英美文学教学改革

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基于RSEI和MSPA模型的生境质量时空动态演变分析——以安徽金寨霍山两县为例

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西北林学院学报 2024年第2期39卷 123-132页

作者：张亚丽苏子浩王妮王玉亮滁州学院地理信息与旅游学院安徽滁州239000 滁州学院实景地理环境安徽省重点实验室安徽滁州239000 滁州学院计算机与信息工程学院安徽滁州239000

随着城镇化进程的加快,人类社会与自然界联系日益密切的同时,生态环境问题也日趋显著。当前大多数基于遥感的生境研究都是只采用遥感生态指数(remote sensing ecology index,RSEI)评估生境质量,缺少对生境内部结构的评估。为此,提出一... 详细信息

随着城镇化进程的加快,人类社会与自然界联系日益密切的同时,生态环境问题也日趋显著。当前大多数基于遥感的生境研究都是只采用遥感生态指数(remote sensing ecology index,RSEI)评估生境质量,缺少对生境内部结构的评估。为此,提出一套完整的生境质量评估框架,将RSEI和形态学空间格局分析(morphological spatial pattern analysis,MSPA)结合,从功能和结构2个角度综合对研究区进行生态环境监测和评价。以安徽省的金寨、霍山2县为研究对象,选取3期Landsat遥感影像,首先基于随机森林算法(random forest,RF)进行土地利用分类,然后构建RSEI评估研究区生境质量,最后以生境质量最高的森林作为主体,采用MSPA识别不同景观类型评估森林的结构变化。结果表明,1)研究期间,金寨、霍山2县面积占比最大的林地面积其RSEI均值先增加后略微减少,建设用地和耕地的面积及其RSEI均值一直呈上升趋势;2)研究区的生境质量持续稳定以“优”“良”等级为主,“差”等级区域面积呈减少趋势;3)林地内部的核心区面积呈下降趋势,RSEI均值总体却呈上升趋势。此外,孤岛、支线区面积增加的同时RSEI均值也在提高。据此,研究区的森林内部结构出现破碎化现象,但是生境功能总体呈上升趋势,这与合理的土地利用及森林内部结构的改变联系十分密切。研究结果可为与类似金寨县和霍山县的生态环境建设提供科学的参考价值。

关键词： RSEI MSPA 生境质量 Landsat

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骨髓增生异常综合征患者基因突变与临床特征相关性及预后

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中国实验血液学杂志 2024年第1期32卷 176-183页

作者：张婉婉张雅丽任崇崇吴庭恺刘蓓甘肃省兰州大学第一临床医学院兰州大学第一医院血液内科甘肃兰州730000

目的:探索骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变与临床特征的相关性及预后分析。方法:收集兰州大学第一医院2015年6月至2023年2月期间131例MDS患者的临床资料,随访期间其中19例进展为继发性急性髓系白血病(sAML)。利用二代测序技术检测MDS... 详细信息

目的:探索骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变与临床特征的相关性及预后分析。方法:收集兰州大学第一医院2015年6月至2023年2月期间131例MDS患者的临床资料,随访期间其中19例进展为继发性急性髓系白血病(sAML)。利用二代测序技术检测MDS疾病相关基因突变类型并绘制突变谱,结合患者临床资料分析其之间相关性及预后。结果:131例MDS患者中位年龄58(17-86)岁,男女比例约为1.3∶1。131例中共检测出148个基因突变、25种突变类型,其中U2AF1、ASXL1常与其它基因发生共突变,且分别与20q-和正常核型伴随出现。SETBP1和SRSF2多见于60岁以上患者,NPM1和WT1常见于60岁以下患者,老年患者的基因突变数目多于年轻患者。男性SF3B1和RUNX1基因突变发生率高于女性,女性DNMT3A基因突变发生率高于男性。MDS进展为sAML患者组的基因突变数目高于MDS组(1.8 vs 1.0个,P=0.006)。单因素、多因素分析结果显示,IPSS-R预后评分≥3.5分和TP53是MDS患者预后不良的危险因素。单等位基因TP53突变和野生型TP53患者OS优于双等位基因突变型(P=0.003);未转白患者OS优于sAML患者(P=0.01);移植患者OS明显优于未移植患者(P=0.036)。结论:基因突变与细胞遗传学指标和临床特征(外周血细胞数、性别、年龄)密切相关。IPSS-R预后评分、TP53是影响MDS患者OS的危险因素。

关键词：骨髓增生异常综合征共突变细胞遗传学临床表型预后

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父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾:越轨同伴交往的中介作用

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沧州师范学院学报 2024年第1期40卷 59-64页

作者：靳康悦李昳张亚利河北师范大学教育学院河北石家庄050024 唐山学院土木工程学院河北唐山063000

目的:探究父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾的关系,以及越轨同伴交往在两者间的中介作用.方法:采用父母手机冷落量表、越轨同伴交往量表和网络游戏成瘾量表对808名青少年进行调查,采用AMOS 26.0检验中介效应.结果:父母手机冷落与网络... 详细信息

目的:探究父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾的关系,以及越轨同伴交往在两者间的中介作用.方法:采用父母手机冷落量表、越轨同伴交往量表和网络游戏成瘾量表对808名青少年进行调查,采用AMOS 26.0检验中介效应.结果:父母手机冷落与网络游戏成瘾(r=0.23,p<0.01)和越轨同伴交往(r=0.19,p<0.01)呈显著正相关,越轨同伴交往与网络游戏成瘾呈显著正相关(r=0.23,p<0.01);越轨同伴交往在父母手机冷落与网络游戏成瘾间起部分中介作用.结论:父母手机冷落既能直接诱发青少年网络游戏成瘾,也能通过助长越轨同伴交往间接增加网络游戏成瘾风险.

关键词：父母手机冷落网络游戏成瘾越轨同伴交往

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依折麦布联合比索洛尔对冠心病介入治疗患者心功能水平及炎症因子的影响

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四川生理科学杂志 2024年第3期46卷 559-561,647页

作者：张亚利李小静牛艳菲平顶山市第一人民医院心血管内科一病区河南平顶山467000 河南省人民医院超声科郑州大学人民医院河南郑州455000

目的:研究依折麦布联合比索洛尔对冠心病介入治疗患者心功能水平及炎症因子的影响.方法:选取2020年3月至2023年3月于我院行介入治疗的150例冠心病患者,采用随机数字法分为对照组、联合组,各75例.对照组采用比索洛尔治疗,联合组采用依折... 详细信息

目的:研究依折麦布联合比索洛尔对冠心病介入治疗患者心功能水平及炎症因子的影响.方法:选取2020年3月至2023年3月于我院行介入治疗的150例冠心病患者,采用随机数字法分为对照组、联合组,各75例.对照组采用比索洛尔治疗,联合组采用依折麦布联合比索洛尔治疗.比较两组临床疗效、治疗前、治疗4 w后心功能指标、血脂水平[高密度脂蛋白胆固醇(High-density lipoprotein-cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(Low-density lipoprotein cholesterol,LDL-C)、三酰甘油(Triacylglycerol,TG)、总胆固醇(Total cholesterol,TC)]、血清细胞因子水平、不良反应.结果:联合组临床总有效率高于对照组(P<0.05);治疗4 w后联合组心功能指标高于对照组(P<0.05);治疗4 w后联合组HDL-C水平高于对照组,LDL-C、TG、TC水平均低于对照组(P<0.05);治疗4 w后联合组血清细胞因子水平均低于对照组(P<0.05);两组不良反应总发生率差异无统计学意义.结论:依折麦布联合比索洛尔治疗冠心病介入治疗患者疗效显著,可有效改善心功能,调节血脂水平,缓解炎症反应,且不显著增加不良反应.

关键词：依折麦布比索洛尔冠心病心功能

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基于国产资源一号02D卫星和机器学习算法的钦州湾滨海土壤盐分反演

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中国环境科学 2024年第1期44卷 371-385页

作者：田义超郑丹琳张强卢芳黄友菊陶进张亚丽林俊良姚贵钊姚媛元北部湾大学资源与环境学院北部湾海洋发展研究中心广西钦州535000 北部湾大学广西北部湾海洋环境变化与灾害研究重点实验室海洋地理信息资源开发利用重点实验室广西钦州535000 广西壮族自治区自然资源遥感院广西南宁530028

以钦州湾滨海地区作为研究区,基于国产资源一号02D(ZY1-02D)多光谱卫星提取的相关特征参数,在Ada Booost、light GBM、XGBoost、RFR以及Cat Boost五种不同机器学习算法的支持下,设置了5种不同的输入变量组合,并基于决定系数(R^(2))和均... 详细信息

以钦州湾滨海地区作为研究区,基于国产资源一号02D(ZY1-02D)多光谱卫星提取的相关特征参数,在Ada Booost、light GBM、XGBoost、RFR以及Cat Boost五种不同机器学习算法的支持下,设置了5种不同的输入变量组合,并基于决定系数(R^(2))和均方根误差(RMSE)对不同模型的性能进行了评价.结果显示:研究区实测土壤盐分含量范围为0.740~10.352 g/kg,均值为1.739 g/kg;Cat Boost相较于Ada Booost、light GBM、XGBoost、RFR有更好的预测性能,Cat Boost结合全变量组在预测阶段取得了最高精度(R^(2)=0.8317,RMSE=0.3957 g/kg);在全变量组中,纹理特征中的均值对土壤盐分含量最为敏感,贡献度最高;研究区土壤盐分含量预测值为0~8.784g/kg,均值为2.478g/kg,轻度盐渍土分布广泛,主要集中分布在研究区西部,在东部地区分布较零散.国产资源卫星遥感数据结合Cat Boost模型在钦州湾滨海土壤盐分反演中表现出较好的性能,可为大规模估算土壤盐分含量提供一种新的方法和思路.

关键词：土壤盐分遥感定量反演机器学习资源一号钦州湾

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新生儿血流感染病原菌分布及耐药性分析

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中华医院感染学杂志 2024年第2期34卷 267-271页

作者：张丽亚刘瑜李珑琪王冬娥沈裕崔英波陈黎丽宁波市妇女儿童医院新生儿中心浙江宁波315012

目的分析新生儿血流感染病原菌的分布及其对抗菌药物的敏感性,为指导临床诊断、合理选择抗菌药物和提高治愈率提供客观依据。方法回顾性分析2019年6月—2022年3月宁波市妇女儿童医院新生儿中心血培养结果阳性患儿临床资料、病原菌分布... 详细信息

目的分析新生儿血流感染病原菌的分布及其对抗菌药物的敏感性,为指导临床诊断、合理选择抗菌药物和提高治愈率提供客观依据。方法回顾性分析2019年6月—2022年3月宁波市妇女儿童医院新生儿中心血培养结果阳性患儿临床资料、病原菌分布及其对常见抗菌药物的耐药率。结果共251例患儿血培养标本阳性,其中早产儿、人住重症监护室、晚发型败血症、男性占比较高;血培养分离出251株病原菌,其中革兰阴性菌41株占16.33%,革兰阳性菌207株占82.47%,真菌3株占1.2%,总检出率前3位的病原菌依次为表皮葡萄球菌74株占29.48%、金黄色葡萄球菌28株占11.16%、沃氏葡萄球菌21株占8.37%;革兰阳性菌对青霉素的耐药率为71.98%,未发现万古霉素耐药菌株,对常见抗菌药物耐药率均较高。革兰阴性菌对氨苄西林的耐药率为21.95%,未发现亚胺培南耐药菌株,对常用头孢类抗菌药物耐药率较高。结论医院新生儿败血症病原菌在不同起病时间、胎龄的分布有差异,应加强病原菌的监测,根据耐药情况合理用药。

关键词：新生儿血流感染病原菌耐药性革兰阴性菌革兰阳性菌

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