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Identification of hub genes and their novel diagnostic and prognostic significance in pancreatic adenocarcinoma

Cancer Biology & Medicine 2022年第7期19卷 1029-1046页

作者： Duo Zuo yongzi chen Xinwei Zhang Zhuozhi Wang Wenna Jiang Fan Tang Runfen cheng Yi Sun Lu Sun Li Ren Rui Liu Department of Clinical Laboratory Department of Tumor Cell Biology Tianjin Medical University Cancer Institute and HospitalNational Clinical Research Center for CancerKey Laboratory of Cancer Prevention and TherapyTianjinTianjin’s Clinical Research Center for CancerTianjin 300060China School of Biomedical Engineering Tianjin Medical UniversityTianjin 300070China Department of Pathology Tianjin Huanhu HospitalTianjin 300350China Department of Pathology Tianjin Medical University Cancer Institute and HospitalNational Clinical Research Center for CancerKey Laboratory of Cancer Prevention and TherapyTianjinTianjin’s Clinical Research Center for CancerTianjin 300060China School of Pharmacy Tianjin Medical UniversityTianjin 300070China Department of Gastrointestinal Medical Oncology Tianjin Medical University Cancer Institute and HospitalNational Clinical Research Center for CancerKey Laboratory of Cancer Prevention and TherapyTianjinTianjin’s Clinical Research Center for CancerTianjin 300060China

Objective:The main reasons for the poor prognoses of pancreatic adenocarcinoma(PA)patients are rapid early-stage progression,advanced stage metastasis,and chemotherapy *** of novel diagnostic and prognostic biomarkers of PA is therefore urgently ***:Three mRNA microarray datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus database to select differentially expressed genes(DEGs).Gene Ontology(GO)and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway enrichment analyses for hub genes were performed using *** between expression levels of hub genes and cancer-infiltrating immune cells were investigated by *** proportional hazard regression analyses were also *** hub genes were screened using the HPA platform and verified for diagnostic value using ***:We identified 59 hub genes among 752 *** analysis indicated that these 59 hub genes were mainly involved in the defense response to viruses and the type I interferon signaling *** also discovered that RSAD2 and SMC4 were associated with immune cell infiltration in the PA ***,DLGAP5 mRNA might be used as an independent risk factor for the prognoses of PA ***,the protein encoded by ISG15,which exists in peripheral blood,was validated as a potential diagnostic biomarker that distinguished PA patients from healthy controls(area under the curve:0.902,95%confidence interval:0.819–0.961).Conclusions:Our study suggested that RSAD2 and SMC4 were associated with immune cell infiltration in the PA microenvironment,while DLGAP5 mRNA expression might be an independent risk factor for the survival prognoses of PA ***,ELISAs indicated that serum ISG15 could be a potential novel diagnostic biomarker for PA.

关键词： RSAD2 SMC4 DLGAP5 ISG15 pancreatic adenocarcinoma

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基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状

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生物信息学 2019年第1期17卷 18-23页

作者：陈永孜天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面... 详细信息

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面则具有很大优势。总体来说,二者在癌症研究中都发挥着巨大的作用。随着精准医学的不断发展,对这些高通量数据的深入研究可以有助于人们进一步了解癌症的分子机制,从而加速个体化治疗的进程。

关键词：芯片高通量测序癌症生物信息学

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空间转录组学的发展及其应用进展

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中国农业科技导报 2024年第11期26卷 23-31页

作者：陈永孜王化王维轩天津医科大学肿瘤医院天津市恶性肿瘤临床医学研究中心国家恶性肿瘤临床医学研究中心天津市肿瘤防治重点实验室天津300060 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津300060 天津市肿瘤医院空港医院放射诊断科天津300038 天津医科大学肿瘤医院放射科天津300060 中国农业科学院生物技术研究所北京100081 三亚中国农业科学院国家南繁研究院海南三亚572024

空间转录组学是一项颠覆性的生物学技术,融合了分子生物学和空间成像技术,旨在揭示组织或细胞中基因表达的空间分布。其通过对转录组数据进行分析,可以全面理解基因在组织或细胞水平上的空间表达规律,从而深入揭示生物系统中基因调控的... 详细信息

空间转录组学是一项颠覆性的生物学技术,融合了分子生物学和空间成像技术,旨在揭示组织或细胞中基因表达的空间分布。其通过对转录组数据进行分析,可以全面理解基因在组织或细胞水平上的空间表达规律,从而深入揭示生物系统中基因调控的时空特征及其在生物学过程中的功能和意义。该技术为发育生物学、免疫学、医学以及农业等领域的研究提供了前所未有的帮助,为理解细胞分化、农作物发育等关键过程提供了支撑。详细介绍了空间转录组技术的发展进程、数据分析及其在医学以及农业领域中的主要应用,提出了该领域所存在的问题并对未来发展趋势进行展望。

关键词：空间转录组学数据分析研究进展应用

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石化工程建设中的仪表专业项目全过程管理要点

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建设监理 2021年第8期 13-16页

作者：乔妹莉陈永资青岛华鹏工程咨询集团有限公司山东青岛266000 中海油石化工程有限公司山东济南250101

石化工程建设项目具有技术难度高、工程投资大、建设周期长、影响因素多等特点,项目建设的各参与方在熟悉项目各阶段管理要点后,才能够更好地沟通协调,才能更有助于项目的进展。从石化工程项目建设全过程分析了仪表专业管理要点,既有理... 详细信息

石化工程建设项目具有技术难度高、工程投资大、建设周期长、影响因素多等特点,项目建设的各参与方在熟悉项目各阶段管理要点后,才能够更好地沟通协调,才能更有助于项目的进展。从石化工程项目建设全过程分析了仪表专业管理要点,既有理论依据又有实践经验。以期对石化工程仪表专业项目管理起到借鉴作用。

关键词：石化工程仪表项目全过程管理安全管理成本控制

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肝细胞肝癌NTS的表达与炎症微环境形成和肿瘤上皮间质转化及预后的相关性研究

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中国肿瘤临床 2013年第19期40卷 1150-1154页

作者：刘芃芃陈永孜任秀宝李慧应国光陈可欣于津浦天津医科大学肿瘤医院强生联合实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津医科大学肿瘤医院天津市肿瘤防治重点实验室天津市肿瘤免疫与生物治疗重点实验室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院生物技术研究室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市075000 天津医科大学肿瘤医院流行病学研究室天津市075000

目的:利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达,并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。方法:收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术... 详细信息

目的:利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达,并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。方法:收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术后确诊为肝细胞癌(HCC)、随访资料完整的肝癌患者64例。采用IHC法检测肝癌及相应癌旁正常组织中NTS,多种炎症因子和EMT相关蛋白的表达情况,包括IL-8、VEGF、MMP-9、CD68、E-cadherin,β-Catenin和Vimentin的表达水平,并比较不同NTS表达对HCC患者总生存时间(OS)的影响。结果:NTS在HCC中表达率为17.19%(11/64),NTS阳性HCC标本中IL-8阳性率较NTS阴性标本明显增加(90.91%vs.41.17%),二者表达呈正相关(R2=0.298,P=0.006)。NTS和IL-8双阳性(NTS+IL-8+)HCC标本中,VEGF和MMP-9表达显著增加。同时,NTS+IL-8+HCC细胞EMT特征明显,表现为E-Cadherin表达降低和Vi mentin表达升高。在肿瘤中NTS和IL-8共表达与患者的临床疗效呈正相关,术后NTS+IL-8+HCC患者的死亡率比非NTS和IL-8共表达的患者高2.5倍(P=0.022)。NTS+IL-8+HCC患者的OS显著缩短[(24.65±4.45)个月vs.(75.79±16.32)个月,P=0.013)],而死亡风险明显升高,其预期危险比(HR)为3.457。结论:在部分HCC中存在NTS/IL-8炎症通路的异常活化,NTS的高表达与炎症微环境形成和肿瘤EMT与肝癌患者预后较差密切相关。

关键词： HCC NTS 炎症微环境 EMT 预后

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人STC2蛋白的生物学分析

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基因组学与应用生物学 2018年第11期37卷 5138-5145页

作者：李伟周蒙董秋萍魏梅王星宇陈永孜许世磊天津医科大学肿瘤医院国家肿瘤临床医学研究中心天津300060 天津市肿瘤防治重点实验室天津300060 天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

运用生物信息学方法预测分析不同物种问STC2蛋白的理化性质、同源性以及人STC2蛋白亲水性、核定位序列，跨膜区域、信号肽结构、亚细胞定位，二级结构、三级结构、互作蛋白、GO注释分析。STC2蛋白由302个氨基酸组成，理论等电点为6．93... 详细信息

运用生物信息学方法预测分析不同物种问STC2蛋白的理化性质、同源性以及人STC2蛋白亲水性、核定位序列，跨膜区域、信号肽结构、亚细胞定位，二级结构、三级结构、互作蛋白、GO注释分析。STC2蛋白由302个氨基酸组成，理论等电点为6．93，具有较强亲水性，在哺乳动物中较为保守，不存在核定位序列和跨膜结构，含有信号肽，主要集中在细胞内质网或分泌到胞外；STC2蛋白二级结构预测有11个α螺旋区和1个β折叠区，拉曼图表明三级预测结构可靠，互作蛋白及GO注释提示STC2可参与多种细胞生物学过程。通过对人STC2蛋白结构和功能的预测分析，为STC2蛋白的进一步研究提供一定的理论依据，也为STC2相关疾病的诊治提供新的思路。

关键词： STC2蛋白糖蛋白肿瘤生物信息学

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影像组学在免疫治疗方面的应用现状

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分子影像学杂志 2024年第2期47卷 216-219页

作者：张丽菡王化陈永孜路红赤峰松山医院CT/MRI室内蒙古赤峰024000 天津市肿瘤医院空港医院放射诊断科天津300308 天津医科大学肿瘤医院放射科天津300060 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津300060 天津医科大学肿瘤医院乳腺影像诊断科天津300060 天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060

影像组学在医学图像中挖掘信息,对癌症的诊断、预后和治疗疗效预测具有极为重要的地位。当前,免疫治疗成为癌症治疗的热点,极大地推动了肿瘤学领域的发展。影像组学特征具备无创、可重复、常规获取以及量化肿瘤异质性等优点,因此可作为... 详细信息

影像组学在医学图像中挖掘信息,对癌症的诊断、预后和治疗疗效预测具有极为重要的地位。当前,免疫治疗成为癌症治疗的热点,极大地推动了肿瘤学领域的发展。影像组学特征具备无创、可重复、常规获取以及量化肿瘤异质性等优点,因此可作为免疫治疗疗效的生物标志物。本文将阐述影像组学的特征提取及其数据分析,将其作为生物标志物在免疫治疗中的研究进展,包括预测治疗反应和不良事件,为影像组学在个体化治疗中的应用提供了新的见解。

关键词：影像组学癌症免疫治疗医学图像

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基于3D细胞培养系统的肺癌类干细胞的分离和鉴定

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中国肿瘤临床 2014年第16期41卷 1013-1016页

作者：刘芃芃于文文程亚楠韩雷陈永孜魏熙胤李慧任秀宝于津浦天津医科大学肿瘤医院肿瘤分子诊断中心国家肿瘤临床医学研究中心天津市肿瘤防治重点实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院生物技术研究室天津市肿瘤免疫与生物治疗重点实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市300060 天津医科大学肿瘤医院公共实验室天津市300060

目的:本研究建立三维细胞培养方法(3D)以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法(2D)比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。方法:将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊... 详细信息

目的:本研究建立三维细胞培养方法(3D)以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法(2D)比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。方法:将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊格尔基础培养基(basal medium of eagle,BME)制成细胞悬液,培养7 d,收集细胞采用流式细胞仪进行类干细胞表型检测,以及体外成球、耐药性、体内成瘤等干细胞功能鉴定,并将3D与2D细胞培养的A549细胞进行比较。结果:细胞表型检测证明3D系统培养的A549细胞中CD44和CD326阳性比例升高,CD24阳性比例下降,细胞体外成球率显著升高(28.50%±1.17%vs.8.67%±0.80%,P<0.01)对顺铂耐药性显著提高。加药后48 h为58.17%±2.19%vs.33.27%±5.76%(P<0.01),加药后72 h为41.70%±5.81%vs.27.30%±4.25%(P<0.01),体内成瘤时间显著缩短[(20.75±0.85)d vs.(60.25±1.49)d,P<0.01]。结论:3D培养的肺癌细胞中获得更高比例的类干细胞样细胞,具有体内成瘤快、体外成克隆团率高、耐药性提高的特征。

关键词：肺癌 3D细胞培养肿瘤干细胞

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新一代测序技术在抗癌药物精准治疗中的研究现状

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医药导报 2021年第2期40卷 193-198页

作者：陈永孜杨丽雯李强陈骏王冬园陈秋月王卓智李居怡邓艾平韩勇吕永宁张玉天津医科大学肿瘤医院肿瘤细胞生物学实验室天津市肿瘤防治重点实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市恶性肿瘤临床医学研究中心天津300060 华中科技大学同济医学院附属协和医院药学部湖北省重大疾病精准用药医学研究中心武汉430022 天津医科大学生物医学工程与技术学院天津300070 武汉市中心医院武汉430024

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如... 详细信息

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如今,它已经成为了生物学家进行科学研究不可或缺的工具,并在抗癌药物精准治疗领域做出了重要贡献。该文将针对不同测序方法在抗癌药物精准治疗中的作用进行阐述,探讨新一代测序技术在其中的指导意义。

关键词：精准医疗抗癌药物新一代测序技术癌症

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Role of the Greenland Sea ice anomaly in the late-spring drought over Northwest China

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Atmospheric and Oceanic Science Letters 2025年第1期18卷 1-5页

作者： Yang Liu Huopo chen Nansen-Zhu International Research Centre Institute of Atmospheric Physics Chinese Academy of SciencesBeijingChina Collaborative Innovation Center on Forecast and Evaluation of Meteorological Disasters Nanjing University for Information Science and TechnologyNanjingChina

Drought across Northwest China in late spring has exerted a vital effect on the local climate and agricultural production,and has been alleviated during the past *** study explored the influence of the preceding Arctic sea ice on the May drought in Northwest China caused by the precipitation *** analysis indicated that when the Greenland Sea ice concentration is abnormally high during February to April,the dry conditions in Northwest China tend to be *** increase of sea ice in the Greenland Sea can excite a meridional circulation,which causes sea surface temperature(SST)anomalies in the North Atlantic via the sea-air interaction,manifested as significant warm SST anomalies over the south of Greenland and the subtropical North Atlantic,but negative SST anomalies over the west of the *** abnormal SST pattern maintains to May and triggers a zonal wave train from the North Atlantic through Scandinavia and Central Asia to Northwest China,leading to abnormal cyclones in Northwest ***,Northwest China experiences a more humid climate than usual.

关键词： Arctic sea ice Greenland Sea North Atlantic SST Drought Northwest China

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