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Sequence variability of human cytomegalovirus UL143 in low-passage clinical isolates

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Chinese Medical Journal 2006年第5期119卷 397-402页

作者： he rong ruan qiang qi ying ma yan-ping huang yu-jing sun zheng-rong ji yao-hua Virus Laboratory Second Affiliated Hospital China Medical University Shenyang 110004 China

Background Human cytomegalovirus （HCMV） infects a number of organs and tissues in vivo. The different symptoms and tissue tropisms of HCMV infection perhaps result from genetic polymorphism. A new region of DNA containing at least 19 open reading frames （ORFs）（denoted UL133 to 151） was found in the low-passage HCMV clinical strain, Toledo, and several other low-passage clinical isolates, but not present in the HCMV laboratory strain, AD169. One of these genes, UL143, was studied to explore the sequence variability of UL143 ORF in HCMV clinical isolates and examine the possible association between gcne variability and the outcome of HCMV infection. Methods The UL143 gone of the strains obtained from suspected congenitally HCMV-infectcd infants was amplified by polymerase chain reaction （PCR） and sequenced. Results Nineteen sequences of the strains were divided into 2 major groups, G1（n=16） and G2（n=3）. All of the sequences had frame-shift mutation compared to Toledo. Nucleotide polymorphisms conferred substantial amino acid substitutions when compared with Toledo. All 16 UL143 putative proteins of the strains in G1 had a new myristylation site and loss of two PKC sites owing to missense mutations. No convincing relationships were observed between the presence of HCMV disease and the UL143 sequence group. Conclusions HCMV-UL143 existed in low passage isolates. Sequence variability caused by frame -shift mutation was found in all HCMV clinical strains. No obvious linkage was observed between UL143 polymorphisms and the outcome of suspected congenital HCMV infection.

关键词： human cytomegalovirus UL 143 gene polymorphism

Genetic polymorphism of UL144 open reading frame of human cytomegalovirus DNA detected in colon samples from infants with Hirschsprung's disease

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World Journal of Gastroenterology 2007年第32期13卷 4350-4354页

作者： Zhi-qin mao ying huang Mei sun qiang ruan ying qi rong he yu-jing huang yan-ping ma yao-hua ji zheng-rong sun Hong Gao Department of Pediatrics Second Affiliated Hospital China Medical University Shenyang 110004 Liaoning Province China Department of Pediatric Surgery Second Affiliated Hospital China Medical University Shenyang 110004 Liaoning Province China Virus Laboratory Second Affiliated Hospital China Medical University Shenyang 110004 Liaoning Province China

AIM:To explore the genetic diversities of UL144 open reading frame (ORF) of cytomegalovirus DNA detected in colon tissue from infants with Hirschsprung's disease (HD) by sequencing UL144 DNA in 23 aganglionic colon tissue and 4 urine samples from 25 HD infants. METHODS:Nest PCR was performed for amplification of the UL144 gene. The UL144 gene was analyzed with softwares,such as DNAclub,BioEdit,PROSITE database,and DNAstar. RESULTS:The strains from HD patients were distributed among three genotypes of UL144:group 1A (64%),group 2 (24%),and group 3 (12%). The UL144 genotypes between strains from HD and control group were compared by chi square test (χ2 = 1.870,P = 0.393). Strains from the colon were sporadically distributed in UL144 genotypes. CONCLUSION:There are genetic diversities of UL144 ORF in colon tissue of infants with HD. However,cytomegalovirus UL144 genotypes are not associated with clinical manifestations of HD.

关键词：多态现象细胞巨化病毒先天性巨结肠巨细胞病毒基因

HIGH VARIABILITY OF HUmaN CYTOMEGALOVIRUS UL150 OPEN READING FRAME IN LOW-PASSAGED CLINICAL ISOLATES

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Chinese Medical Sciences Journal 2006年第2期21卷 69-74页

作者： yao-hua ji zheng-rong sun qiang ruan rong he ying qi yan-ping ma yu-jing huang Virus Laboratory .the Second Affiliated Hospital China Medical University Shenyang 110004

Objective To investigate the polymorphism of human cytomegalovirus (HCMV) UL150 open reading frame (ORF) in low-passaged clinical isolates, and to study the relationship between the polymorphism and different pathogenesis of congenital HCMV infection. Methods PCR was performed to amplify the entire HCMV UL150 ORF region of 29 clinical isolates, which had been proven containing detectable HCMV-DNA using fluorescence quantitative PCR. PCR amplification products were sequenced directly, and the data were analyzed. Results Totally 25 among 29 isolates were amplified, and 18 isolates were sequenced successfully. HCMV UL150 ORF sequences derived from congenitally infected infants were high variability. The UL150 ORF in all 18 clinical isolates shifted backward by 8 nucleotides leading to frame-shift, and contained a single nucleotide deletion at nucleotide position 226 compared with that of Toledo strain. The nucleotide diversity was 0.1% to 6.8% and the amino acid diversity was 0.2% to 19.2% related to Toledo strain. However, the nucleotide diversity was 0.1% to 6.4% and amino acid diversity was 0.2% to 8.3% by compared with Merlin strain. Compared with Toledo, 4 new cysteine residues and 13 additional posttranslational modification sites were observed in UL150 putative proteins of clinical isolates. Moreover, the UL150 putative protein contained an additional transmembrane helix at position of 4-17 amino acid related to Toledo. Conclusion HCMV UL150 ORF and deduced amino acid sequences of clinical strains are hypervariability. No obvious linkage between the polymorphism and different pathogenesis of congenital HCMV infection is found.

关键词：巨细胞病毒 UL150 基因表达病毒感染

人类巨细胞病毒编码趋化因子HCMV UL146序列在临床低传代分离株中的多态性研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2007年第1期27卷 65-68页

作者：何蓉阮强齐莹马艳萍孙峥嵘吉耀华黄郁晶中国医科大学附属第二临床医院病毒室沈阳110004

目的探讨人类巨细胞病毒（human cytomegalovims，HCMV）UL146序列在临床患儿低传代分离株中的多态性及其与临床疾病的关系。方法对23株HCMV临床低传代分离株及2例同年龄组HCMV-DNA定量PCR方法检测阳性健康儿尿液进行HCMV-UL146 PCR扩... 详细信息

目的探讨人类巨细胞病毒（human cytomegalovims，HCMV）UL146序列在临床患儿低传代分离株中的多态性及其与临床疾病的关系。方法对23株HCMV临床低传代分离株及2例同年龄组HCMV-DNA定量PCR方法检测阳性健康儿尿液进行HCMV-UL146 PCR扩增及测序分析。结果UL146序列呈现较高的多态性，UL146的序列可以分为3组，所有巨结肠患儿标本均分布在G2组，无症状感染儿均在G2B组，而α化学因子功能域在各序列中保守。结论序列的变异可能会影响UL146吸附中性粒细胞，影响病毒扩散。

关键词：人类巨细胞病毒 UL146基因多态性

人巨细胞病毒UL137基因在临床低传代分离株中的多态性研究

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中国医科大学学报 2006年第1期35卷 20-22页

作者：黄郁晶阮强卢颖齐莹何蓉马艳萍吉耀华孙峥嵘中国医科大学附属第二医院病毒研究室辽宁沈阳110004

目的：研究人巨细胞病毒（HCMV）UL137基因在先天巨细胞病毒感染临床低传代分离株中的多态性。方法：选择经荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA为阳性的临床分离株进行涵盖UL137全序列的UL136，UL138基因全序列PCR扩增，对扩增阳性的标本进行... 详细信息

目的：研究人巨细胞病毒（HCMV）UL137基因在先天巨细胞病毒感染临床低传代分离株中的多态性。方法：选择经荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA为阳性的临床分离株进行涵盖UL137全序列的UL136，UL138基因全序列PCR扩增，对扩增阳性的标本进行全序列的测序，核实测序结果，拼接出UL137基因编码序列，进行相关分析。结果：经分析获得22株HCMV临床分离株UL137ORF核苷酸序列，核苷酸变异分布于整个编码区，但主要集中在5’端220—290bp处，均为核苷酸碱基替换，无插入及移码突变。在UL137预测编码蛋白氨基酸序列中，新增2个半胱氨酸位点，导致17株临床分离株在71-76位氨基酸出现了N相连豆蔻酰化位点（MYR）的新增，及第90～92位氨基酸硫化cAMP位点的相应缺失。结论：HCMVUL137基因在临床低传代分离株中高度保守，但存在一定的多态性。

关键词：人巨细胞病毒 UL137基因多态性

人巨细胞病毒UL132基因在先天感染患儿临床株中的变异研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2007年第2期27卷 145-150页

作者：孙峥嵘吉耀华阮强何蓉齐莹马艳萍毛志芹黄郁晶王岳平中国医科大学附属第二医院病毒研究室沈阳110004

目的研究人巨细胞病毒（human cytomegalovirus，HCMV）UL132基因序列在先天性感染患儿中的多态性，探讨HCMV基因多态性与其感染引起不同临床症状的关系。方法对30株经荧光定量PCR方法（Q-PCR）检测HCMV DNA为阳性的临床株进行HCMVUL... 详细信息

目的研究人巨细胞病毒（human cytomegalovirus，HCMV）UL132基因序列在先天性感染患儿中的多态性，探讨HCMV基因多态性与其感染引起不同临床症状的关系。方法对30株经荧光定量PCR方法（Q-PCR）检测HCMV DNA为阳性的临床株进行HCMVUL132全序列PCR扩增，并对PCR扩增产物进行序列测定及分析。结果 30株HCMV临床株的测序结果与HCMV Toledo株进行序列比较分析显示，临床株UL132开放阅读框架（open reading frame，ORF）间存在着高度的多态性，基因变异主要集中在UL132ORF的5’端。30株HCMV临床株种系进化树分析结果显示，UL132序列可分为3个基因型，黄疸患儿分布以G1型为主；神经损伤患儿以G2型为主；巨结肠患儿分别见于G1、G2、G33个基因型。所有临床株的UL132编码蛋白是疏水性蛋白，含有信号肽及跨膜蛋白区域，并在信号肽和跨膜蛋白区域之间存在2个保守的N-糖基化位点。结论 HCMVUL132基因在临床株中存在着高度的多态性。来自不同临床症状的HCMVUL132基因及其编码蛋白具有一定的结构特点，提示UL132基因及其所编码的蛋白在HCMV的致病性上可能起重要作用。

关键词：人巨细胞病毒 UL132基因基因多态性

人巨细胞病毒UL134基因在临床低传代分离株的多态性研究

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中国当代儿科杂志 2007年第6期9卷 583-586页

作者：马艳萍阮强何蓉齐莹孙峥嵘吉耀华黄郁晶刘庆陈淑荣王继东中国医科大学附属第二医院病毒研究室辽宁沈阳110004

目的人巨细胞病毒（HCMV）呈现一定的基因多态性。病毒的致病性可能与不同分离株的基因变化有关。HCMV Toledo株和其他低传代临床分离株基因组UL／b’区中发现的19个基因（UL133-UL151）可能在病毒潜伏、复制、逃避机体免疫和不同组织... 详细信息

目的人巨细胞病毒（HCMV）呈现一定的基因多态性。病毒的致病性可能与不同分离株的基因变化有关。HCMV Toledo株和其他低传代临床分离株基因组UL／b’区中发现的19个基因（UL133-UL151）可能在病毒潜伏、复制、逃避机体免疫和不同组织细胞嗜性等方面起重要作用。该文研究HCMV不同临床分离株UL134基因及其编码蛋白氨基酸序列的多态性，分析这种多态性与人巨细胞病毒感染引起的各种疾病之间的关系，提供了HCMV基因多态性的一项基本数据。方法对荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA阳性的32株临床低传代分离株进行UL134基因全序列PCR扩增、测序及分析。结果32株临床低传代分离株UL134基因PCR扩增均阳性。与Toledo株比较，临床分离株UL134基因核苷酸和预测编码蛋白质的氨基酸序列较保守，同源性分别为96．4％-98．3％和92．7％-94．9％，但预测编码蛋白质新增一个SUL位点。结论与Toledo株比较，临床分离株UL134基因比较保守，但仍具有一定的多态性，未发现UL134基因与HCMV致病性之间的本质联系。

关键词：人巨细胞病毒 UL134 多态性

先天性巨结肠患者人类巨细胞病毒UL144基因多态性的研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2006年第4期26卷 348-353页

作者：毛志芹黄英孙梅何蓉黄郁静吉耀华齐莹马艳平孙峥嵘高红阮强中国医科大学附属盛京医院儿内科沈阳110004 中国医科大学附属盛京医院儿外科沈阳110004 卫生部小儿畸形重点实验室

目的研究人类巨细胞病毒(human cytomegalovims,HCMV)UL144基因在先天性巨结肠(Hirschsorung's disease,HD)临床株中的多态性,探讨HCMV UL144基因多态性与致病性之间的关系。方法随机选取53个先天性巨结肠患儿痉挛段结肠手术标本及经荧... 详细信息

目的研究人类巨细胞病毒(human cytomegalovims,HCMV)UL144基因在先天性巨结肠(Hirschsorung's disease,HD)临床株中的多态性,探讨HCMV UL144基因多态性与致病性之间的关系。方法随机选取53个先天性巨结肠患儿痉挛段结肠手术标本及经荧光定量PCR方法检测HC- MV DNA为阳性的4个HD患儿的尿标本,对照组为无症状或仅有皮肤轻度黄疸的6个尿标本。应用巢式聚合酶链反应的方法,扩增HCMVUL144基因开放阅读框架(ORF),扩增阳性的临床株进行双向 DNA测序,最后通过DNAclub、Bioedit、DNAstar、GeneDoc等软件进行分析。结果23份HD痉挛段肠组织(46％)及4份尿标本HCMVUL144基因扩增阳性,并且完成测序。种系进化树分析结果显示25个 HD患儿的DNA序列分为3个基因型,G1A型64．O％,G2型24％,G3型12％。与对照组比较,经X^2检验,X^2=10．93,p为0．012;其中HD临床株G1A和G3型基因经Fisher检验,P为0．015,差异具有统计学意义。全结肠型、长段型及普通型HD分散分布于UL144各个基因型中。结论HD与HCMV感染有关,HCMV可能是HD的病因之一;在HD患儿中,HCMV感染以UL144．基因G1A型为主;HD的临床分型与HCMVUL144基因分型无关。

关键词：人巨细胞病毒先天性巨结肠 UL144基因多态性

人巨细胞病毒UL145基因在先天感染患儿临床株中的多态性研究

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中国医科大学学报 2006年第6期35卷 561-563,567页

作者：孙峥嵘卢颖阮强吉耀华何蓉马艳萍齐莹毛志芹黄郁晶中国医科大学附属第二医院病毒研究室辽宁沈阳110004 锦州医学院微生物学与免疫学教研室

目的:研究人巨细胞病毒(HCMV)UL145序列在先天感染患儿临床株中的基因多态性,探讨HCMV基因多态性与先天感染引起的不同临床症状之间的关系。方法:对16株临床低传代分离株和15株未传代临床株的HCMV临床标本分别进行UL145全序列PCR扩增,对... 详细信息

目的:研究人巨细胞病毒(HCMV)UL145序列在先天感染患儿临床株中的基因多态性,探讨HCMV基因多态性与先天感染引起的不同临床症状之间的关系。方法:对16株临床低传代分离株和15株未传代临床株的HCMV临床标本分别进行UL145全序列PCR扩增,对PCR扩增阳性的31例标本进行序列测定及分析,并且与9株已在GenBank递交的HCMV UL145序列进行比较分析。结果:序列分析结果表明31株HCMV临床株的UL145基因是高度保守的。所有临床株的HCMV UL145开放阅读框架均为393 bp,编码蛋白含有130个氨基酸。所有临床株的核苷酸同源率为95.9%～100%,编码蛋白的同源率为97.7%～100%。临床症状不同的患儿其HCMV UL145基因及其编码蛋白具有相似的结构。所有先天感染患儿临床株的UL145编码蛋白具有蛋白激酶(C PKC)磷酸化功能位点和酪蛋白激酶(CK2)磷酸化功能位点。结论:HCMV UL145基因在临床株中是高度保守,未发现其与HCMV先天感染不同临床症状间存在明显的关系。HCMV UL145基因的高度保守性在先天感染中具有重要作用。

关键词：巨细胞病毒 UL145基因基因多态性