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Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第2期22卷 27-42页

作者： Xi Wang Qiwei Lian Haoyu Dong Shuo Xu yaru su Xiaohui Wu Pasteurien College Suzhou Medical College of Soochow UniversitySoochow UniversitySuzhou 215000China Department of Automation Xiamen UniversityXiamen 361005China College of Mathematics and Computer Science Fuzhou UniversityFuzhou 350116China

Gene set scoring(GSS)has been routinely conducted for gene expression analysis of bulk or single-cell RNA sequencing(RNA-seq)data,which helps to decipher single-cell heterogeneity and cell type-specific variability by incorporating prior knowledge from functional gene ***-cell assay for transposase accessible chromatin using sequencing(scATAC-seq)is a powerful technique for interrogating single-cell chromatin-based gene regulation,and genes or gene sets with dynamic regulatory potentials can be regarded as cell type-specific markers as if in single-cell RNA-seq(scRNA-seq).However,there are few GSS tools specifically designed for scATAC-seq,and the applicability and performance of RNA-seq GSS tools on scATAC-seq data remain to be ***,we systematically benchmarked ten GSS tools,including four bulk RNA-seq tools,five scRNA-seq tools,and one scATAC-seq ***,using matched scATAC-seq and scRNA-seq datasets,we found that the performance of GSS tools on scATAC-seq data was comparable to that on scRNA-seq,suggesting their applicability to ***,the performance of different GSS tools was extensively evaluated using up to ten scATAC-seq ***,we evaluated the impact of gene activity conversion,dropout imputation,and gene set collections on the results of *** show that dropout imputation can significantly promote the performance of almost all GSS tools,while the impact of gene activity conversion methods or gene set collections on GSS performance is more dependent on GSS tools or ***,we provided practical guidelines for choosing appropriate preprocessing methods and GSS tools in different application scenarios.

关键词： Single-cell ATAC-seq Gene set scoring Pathway analysis Single-cell RNA-seq Benchmark

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Performance of the Multilayer Film for Infrared Stealth based on VO_(2) Thermochromism

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Journal of Thermal Science 2024年第4期33卷 1312-1324页

作者： LI yaru WANG Fuqiang ZHANG Aoyu FU Zhichang su Ronghua GAO Tengfei WANG Zhen GUO Jicheng ORDOS Institute of Technology Ordos017000China School of Energy Science and Engineering Harbin Institute of TechnologyHarbin150001China School of New Energy Harbin Institute of Technology at WeihaiWeihai264209China Defense Engineering Institute AMSPLABeijing100850China

With the development of detection and identification technology,infrared stealth is of great value to realize anti-reconnaissance detection of military *** present,infrared stealth materials generally have deficiency,such as complex structure,inconvenient radiation regulation and cumbersome preparation steps,which greatly limit the practical application of infrared stealth *** view of the above deficiency of infrared stealth materials,we proposed a kind of multilayer film for infrared stealth using VO2thermochromism based on the temperature response mechanism of tuna to adjust its color,and through the intelligent reversible radiation regulation mechanism to meet the infrared stealth requirements of tanks in different actual *** results show that when the temperature increases from 300 K to 373 K,the peak emissivity of the film decreases from 94%to 20%in the 8-14μm band after structural optimization,which can realize the infrared stealth of the high temperature target in the 8-14μm *** average emissivity of the multilayer film for infrared stealth at3-5μm and 8-14μm band can be reduced to 34%and 27%at 373 K,and the peak emissivity at 5-8μm band can reach 65%,realizing dual-band infrared stealth in the 3-5μm and 8-14μm bands and heat dissipation in the 5-8μm *** multilayer film for infrared stealth based on VO2thermochromism designed by the authors can meet the characteristics of simple film structure,convenient radiation regulation and simple preparation.

关键词： vanadium dioxide multilayer film infrared stealth thermal management

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基于l_P范数的非凸低秩张量最小化

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模式识别与人工智能 2019年第6期32卷 494-503页

作者：苏雅茹刘耿耿刘文犀朱丹红福州大学数学与计算机科学学院

在低秩矩阵、张量最小化问题中,凸函数容易求得最优解,而非凸函数可以得到更低秩的局部解.文中基于非凸替换函数的低秩张量恢复问题,提出基于lp 范数的非凸张量模型.采用迭代加权核范数算法求解模型,实现低秩张量最小化.在合成数据和真... 详细信息

在低秩矩阵、张量最小化问题中,凸函数容易求得最优解,而非凸函数可以得到更低秩的局部解.文中基于非凸替换函数的低秩张量恢复问题,提出基于lp 范数的非凸张量模型.采用迭代加权核范数算法求解模型,实现低秩张量最小化.在合成数据和真实图像上的大量实验验证文中方法的恢复性能.

关键词：低秩张量恢复非凸惩罚函数 lp范数迭代加权核范数算法(IRNN)

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非凸张量多视图子空间聚类

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福州大学学报（自然科学版） 2022年第6期50卷 737-741页

作者：洪振宁苏雅茹福州大学计算机与大数据学院福建福州350108

为了探索非凸方法在多视图聚类方面的应用,基于非凸替换函数和子空间学习,提出非凸张量多视图子空间聚类算法.该算法不仅对多视图数据进行自表示学习来达到学习低维子空间的目的,而且采用带有旋转的张量结构对张量的高阶关联进行挖掘.同... 详细信息

为了探索非凸方法在多视图聚类方面的应用,基于非凸替换函数和子空间学习,提出非凸张量多视图子空间聚类算法.该算法不仅对多视图数据进行自表示学习来达到学习低维子空间的目的,而且采用带有旋转的张量结构对张量的高阶关联进行挖掘.同时,使用非凸函数替换和广义奇异值算子进行张量最小化问题的求解,从而实现对张量秩的近似.最后基于联合优化所得关联/仿射矩阵实现聚类操作,在不同类型的多视图数据集上的大量实验验证了该方法的聚类效果.

关键词：多视图聚类子空间学习张量约束非凸函数

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新时代刑侦视角下加强群众工作的路径探析

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呼伦贝尔学院学报 2018年第6期26卷 29-33页

作者：苏雅茹中国人民公安大学北京100038

刑侦部门依法打击刑事犯罪,这项工作与人民群众生活的各方各面都发生着广泛而密切的联系,具有广泛的社会性和群众性特点,从这个意义上来说,刑侦工作与群众工作的关联性十分紧密。进入新时代,对于刑侦视角下的群众工作而言,如何在目前刑... 详细信息

刑侦部门依法打击刑事犯罪,这项工作与人民群众生活的各方各面都发生着广泛而密切的联系,具有广泛的社会性和群众性特点,从这个意义上来说,刑侦工作与群众工作的关联性十分紧密。进入新时代,对于刑侦视角下的群众工作而言,如何在目前刑侦工作错综复杂的新形势下去认识群众工作的特点和涵义,如何去解决现阶段群众工作中所出现的问题和难点,如何以新的视角和思维方式在刑侦工作中开拓群众工作的新路径,从而使群众工作与刑侦工作更加紧密地结合起来,是我们在当前的刑侦工作中所面临的实践性难题,也是提高公安群众工作效率并更好地实现群众工作目标的现实需要。

关键词：新时代刑侦工作群众工作路径探析

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矿床地球化学类型及其在地质勘查中的意义

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矿床地质 2010年第3期29卷 572-578页

作者：李赋屏李毅苏亚汝谭运金广西有色金属集团有限公司广西南宁530022

根据文献报导及作者的研究,分别对Sedex型铅锌矿床、浅成低温热液金矿床、岩浆期后高温热液型石英脉状黑钨矿矿床和沉积岩为主岩的微细浸染型（卡林型）金矿床进行了矿床地球化学分类：Sedex型铅锌矿床分为Selwyn型矿床和McArthur型矿床... 详细信息

根据文献报导及作者的研究,分别对Sedex型铅锌矿床、浅成低温热液金矿床、岩浆期后高温热液型石英脉状黑钨矿矿床和沉积岩为主岩的微细浸染型（卡林型）金矿床进行了矿床地球化学分类：Sedex型铅锌矿床分为Selwyn型矿床和McArthur型矿床,前者的成矿热卤水产生于开阔海盆或大陆斜坡的浊积岩建造,后者的成矿热卤水产生于氧化的海底裂谷沉积建造,浅成低温热液型金矿床分为酸性-硫酸盐型（明矾石-高岭石型）金矿床和冰长石-绢云母型金矿床,前一类金矿床的成矿流体,f（S2）和f（O2）较高,pH值较低,后一类金矿床的成矿流体,f（S2）和f（O2）较低,pH值较高。岩浆期后高温热液型石英脉状黑钨矿矿床分为钨-铍-钼-铋型黑钨矿矿床和钨-锡-硫化物型黑钨矿矿床,钨-铍-钼-铋型黑钨矿矿床的成矿作用是在pH值较高的弱碱性、Eh值较高的环境中进行的,钨-锡-硫化物型黑钨矿床的成矿作用是在pH值较低的弱酸性的,Eh值较低的环境中进行的。沉积岩为主岩的微细浸染型（卡林型）金矿床分为金-砷-（锑）型金矿床、金-汞-（铊）型金矿床和金-锑-黄铁矿型金矿床。金-砷-（锑）型金矿床的成矿流体是地层建造水（为主）与改造后的大气降水混合形成的热液,其pH值为3.6～5.2,且Eh值较低;金-汞-（铊）型金矿床的成矿流体是大气降水与地层建造水混合形成的热液,其pH值为5.0～7.5,Eh值较高;金-锑-黄铁矿金矿床的成矿流体是改造后的大气降水与岩浆演化成的流体混合形成的热液,其pH值为5.4～6.77,Eh值较高。

关键词：地球化学铅锌矿金矿钨矿矿床地球化学类型综述

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广西大厂锡矿田某矿体三维矿床数学模型

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矿业研究与开发 2005年第6期25卷 56-57,63页

作者：黎应书秦德先党玉涛苏亚汝马毅昆明理工大学矿产地质研究所云南昆明650093 云南锡业公司云南个旧市661400

应用地质统计学的理论和方法,借助计算机以及矿床数学经济模型软件包和M icrom ine软件包,建立了广西大厂矿田某矿体的三维矿床数学模型。结果表明,该模型可以使矿山很清楚地了解矿体的形态、产状和化学组分分布特征等,为动态圈定矿体... 详细信息

应用地质统计学的理论和方法,借助计算机以及矿床数学经济模型软件包和M icrom ine软件包,建立了广西大厂矿田某矿体的三维矿床数学模型。结果表明,该模型可以使矿山很清楚地了解矿体的形态、产状和化学组分分布特征等,为动态圈定矿体和计算储量打下了基础。

关键词：地质统计学三维地质模型锡矿床大厂矿田可视化

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Radon变换频变自适应多次波压制方法

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地球物理学报 2024年第6期67卷 2402-2414页

作者：冯璐瑜薛亚茹张程苏军利梁琪乔佳瑜中国石油大学(北京)信息科学与工程学院/人工智能学院北京102249 中国石油大学(北京)油气资源与探测国家重点实验室北京102249

Radon变换是常用多次波压制方法之一,然而有限、离散的采样空间导致一次波和多次波在Radon域混叠,并且混叠程度随频率降低愈加严重.高分辨率Radon变换可以改善一次波和多次波分离效果,但分辨率的提高会降低保幅性,导致多次波残留或一次... 详细信息

Radon变换是常用多次波压制方法之一,然而有限、离散的采样空间导致一次波和多次波在Radon域混叠,并且混叠程度随频率降低愈加严重.高分辨率Radon变换可以改善一次波和多次波分离效果,但分辨率的提高会降低保幅性,导致多次波残留或一次波损伤.为此,本文在最小二乘反演基础上,提出一种随混叠程度自适应分离多次波的频变滤波方法.根据Radon变换褶积模型,分析一次波和多次波频变混叠机制;建立随频率调整的修正柯西函数混叠模型;依据一次波和多次波的混叠比例设计多次波滤波器,该滤波器能够根据一次波和多次波的混叠程度自适应调整滤波函数,提高多次波估计精度.合成数据和实际数据的多次波压制实验表明,这种频变滤波方法既可以改善多次波压制效果,又可避免高分辨率反演方法计算量大的问题.

关键词： Radon变换多次波压制混叠机制频变滤波

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广西大厂锡矿田100号矿体成矿模型的建立

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有色金属（矿山部分） 2007年第2期59卷 21-25页

作者：苏亚汝黎应书秦德先昆明理工大学国土资源工程学院

为了在广西大厂周围找到类似100号矿体的矿床,作者对100号矿体的控矿构造,与花岗岩和生物礁的关系,矿石的铅、硫、氢、氧、氦同位素,稀土元素和成矿温度进行了分析。结果表明,100号矿体是含矿有机流体溶蚀交代礁核骨架灰岩微相而形成的... 详细信息

为了在广西大厂周围找到类似100号矿体的矿床,作者对100号矿体的控矿构造,与花岗岩和生物礁的关系,矿石的铅、硫、氢、氧、氦同位素,稀土元素和成矿温度进行了分析。结果表明,100号矿体是含矿有机流体溶蚀交代礁核骨架灰岩微相而形成的矿床,同时建立了成矿模型。

关键词：成矿模式礁灰岩 100号矿体锡矿床广西大厂

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UPLC-MS/MS法测定红参多指标成分分析结合化学计量学和熵权优劣解距离法评价参麦颗粒质量

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中国药学杂志 2024年第15期59卷 1445-1452页

作者：刘亚茹雷蓉苏建刘永利河北医科大学石家庄050017 河北省药品医疗器械检验研究院河北省中药质量评价与标准研究重点实验室石家庄050227

目的建立超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法同时测定参麦颗粒中14个成分含量的方法,分析不同厂家红参投料的质量差异。方法采用Shimadzu Shim-pack gist C_(18)(2.1 mm×100 mm,2μm)色谱柱,以乙腈和水为流动相,同时测定71批参麦... 详细信息

目的建立超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法同时测定参麦颗粒中14个成分含量的方法,分析不同厂家红参投料的质量差异。方法采用Shimadzu Shim-pack gist C_(18)(2.1 mm×100 mm,2μm)色谱柱,以乙腈和水为流动相,同时测定71批参麦颗粒中14个皂苷类成分的含量,结合化学计量学分析影响参麦颗粒中红参投料差异的主要物质基础,并运用熵权优劣解距离法(EW-TOPSIS)对不同厂家参麦颗粒红参投料质量进行优劣性评价。结果14个成分在一定浓度范围内与峰面积呈良好线性关系(r≥0.9985);平均加样回收率范围均为95.6%~105.0%[相对标准偏差(RSD)<4.7%];经化学计量学以及熵权优劣解距离法分析可知,3个厂家生产的样品分别聚为3类,其中B厂家投入红参质量整体较好,C厂家红参投料存在掺伪现象。结论该方法特异、灵敏、高效、可靠,可用于参麦颗粒的质量控制。

关键词：参麦颗粒红参质量评价化学计量学熵权优劣解距离法

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