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Development of a High-throughput Sequencing Platform for Detection of Viral Encephalitis Pathogens Based on Amplicon Sequencing

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Biomedical and Environmental Sciences 2024年第3期37卷 294-302页

作者： ZHANG Ya Li SU Wen Zhe WANG Rui Chen LI Yan ZHANG Jun Feng LIU Sheng Hui HU Dan He XU Chong Xiao yin Jia Yu yin qi kai HE ying LI Fan FU Shi Hong NIE kai LIANG Guo Dong TAO Yong XU Song Tao MA Chao Feng WANG Huan Yu Shaanxi University of Chinese Medicine Xianyang 712000ShaanxiChina National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases National Institute for Viral Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China Guangzhou Center for Disease Control and Prevention Guangzhou 510000GuangdongChina Shandong Center for Disease Control and Prevention Jinan 250000ShandongChina Department of Ophthalmology Beijing Chaoyang HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100020China Xi'an Center for Disease Control and Prevention Xi’an 710054ShaanxiChina

Objective Viral encephalitis is an infectious disease severely affecting human *** is caused by a wide variety of viral pathogens,including herpes viruses,flaviviruses,enteroviruses,and other *** laboratory diagnosis of viral encephalitis is a worldwide ***,high-throughput sequencing technology has provided new tools for diagnosing central nervous system ***,In this study,we established a multipathogen detection platform for viral encephalitis based on amplicon *** We designed nine pairs of specific polymerase chain reaction(PCR)primers for the 12 viruses by reviewing the relevant *** detection ability of the primers was verified by software simulation and the detection of known positive *** sequencing was used to validate the samples,and consistency was compared with Sanger *** The results showed that the target sequences of various pathogens were obtained at a coverage depth level greater than 20×,and the sequence lengths were consistent with the sizes of the predicted *** sequences were verified using the National Center for Biotechnology Information BLAST,and all results were consistent with the results of Sanger *** Amplicon-based high-throughput sequencing technology is feasible as a supplementary method for the pathogenic detection of viral *** is also a useful tool for the high-volume screening of clinical samples.

关键词： Viral encephalitis Amplicon sequencing High-throughput sequencing Multipathogen detection

Japanese Encephalitis in China in the Period of 1950–2018:From Discovery to Control

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Biomedical and Environmental Sciences 2021年第3期34卷 175-183页

作者： CHEN Xiao Jing WANG Huan Yu LI Xiao Long GAO Xiao Yan LI Ming Hua FU Shi Hong HE ying LI Fan yin qi kai XU Song Tao WU Dan LI Yi Xing yin Zun Dong YANG Guang LIANG Guo Dong Department of Arbovirus NHC Key Laboratory of BiosafetyNational Institute for Viral Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control Chinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China Department of Epidemiology School of MedicineJinan UniversityGuangzhou 510632GuangdongChina Department of Environmental and Global Health College of Public Health and Health ProfessionsUniversity of FloridaGainesvilleUSA Department of Science and Technology Beijing Tiantan HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100070China Department of Microbiology University of PennsylvaniaPhiladelphiaPA 19104USA National Immunization Program Chinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China

Japanese encephalitis(JE)was first discovered in Japan in 1871;in 1924,a major outbreak occurred,with 6,000 JE cases reported and a mortality rate of approximately 60%[1,2].Later studies showed that JE is caused by th... 详细信息

关键词： encephalitis Japanese JEV

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埃博拉病毒病——病死率极高的人畜共患病

中国热带医学 2023年第1期23卷 1-9页

作者：殷启凯梁国栋中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京100052

埃博拉病毒病是由埃博拉病毒感染引起人和灵长类动物的一种以发热和出血为主要临床特征的烈性传染病。本病于1976年首次发现于非洲的扎伊尔和苏丹地区,此后在非洲造成多次大规模流行,其中2014—2016年西非暴发的疫情是有史以来规模最大... 详细信息

埃博拉病毒病是由埃博拉病毒感染引起人和灵长类动物的一种以发热和出血为主要临床特征的烈性传染病。本病于1976年首次发现于非洲的扎伊尔和苏丹地区,此后在非洲造成多次大规模流行,其中2014—2016年西非暴发的疫情是有史以来规模最大、最复杂的埃博拉疫情,导致的病例和死亡人数超过了历次疫情病例和死亡人数的总和,截至2022年共报告约3.5万例埃博拉病毒病病例,死亡约1.5万例。埃博拉病毒病在非洲大流行期间还外溢至美洲和欧洲等非洲大陆以外地区,成为世界关注的公共卫生问题。2022年在非洲乌干达和刚果共和国再次出现该病流行,引起了全世界的广泛关注。本文对埃博拉病毒病的历史、流行病学分布、病毒感染途径、患者临床症状、诊断、治疗以及预防与控制等方面进行系统总结,为国内相关工作者提供参考。

关键词：埃博拉病毒埃博拉病毒病人畜共患病毒病

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Multilevel analysis of the central-peripheral-target organ pathway:contributing to recovery after peripheral nerve injury

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Neural Regeneration Research 2025年第10期20卷 2807-2822页

作者： Xizi Song Ruixin Li Xiaolei Chu qi Li Ruihua Li qingwen Li kai-Yu Tong Xiaosong Gu Dong Ming Academy of Medical Engineering and Translational Medicine Tianjin UniversityTianjinChina Haihe Laboratory of Brain-Machine Interface and Human-Machine Fusion TianjinChina Department of Rehabilitation Tianjin University Tianjin HospitalTianjinChina Department of Hand Microsurgery Tianjin University Tianjin HospitalTianjinChina School of Exercise and Health Tianjin University of SportTianjinChina Department of Biomedical Engineering the Chinese University of Hong KongHong Kong Special Administrative RegionChina

Peripheral nerve injury is a common neurological condition that often leads to severe functional limitations and *** on the pathogenesis of peripheral nerve injury has focused on pathological changes at individual injury sites,neglecting multilevel pathological analysis of the overall nervous system and target *** has led to restrictions on current therapeutic *** this paper,we first summarize the potential mechanisms of peripheral nerve injury from a holistic perspective,covering the central nervous system,peripheral nervous system,and target *** peripheral nerve injury,the cortical plasticity of the brain is altered due to damage to and regeneration of peripheral nerves;changes such as neuronal apoptosis and axonal demyelination occur in the spinal *** nerve will undergo axonal regeneration,activation of Schwann cells,inflammatory response,and vascular system regeneration at the injury *** damage to target organs can occur,including skeletal muscle atrophy and sensory receptor *** then provide a brief review of the research advances in therapeutic approaches to peripheral nerve *** main current treatments are conducted passively and include physical factor rehabilitation,pharmacological treatments,cell-based therapies,and physical ***,most treatments only partially address the problem and cannot complete the systematic recovery of the entire central nervous system-peripheral nervous system-target organ ***,we should further explore multilevel treatment options that produce effective,long-lasting results,perhaps requiring a combination of passive(traditional)and active(novel)treatment methods to stimulate rehabilitation at the central-peripheral-target organ levels to achieve better functional recovery.

关键词： central nervous system central peripheral target organ multilevel pathological analysis nerve regeneration peripheral nerve injury peripheral nervous system target organs therapeutic approach

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库蚊黄病毒的病毒滴度测定方法建立

中国媒介生物学及控制杂志 2021年第4期32卷 412-414页

作者：何英殷启凯付士红王环宇中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所虫媒室北京102206

目的建立我国分离库蚊黄病毒(Culex flavivirus,CxFV)毒株(SDDM06-11)的病毒滴度测定方法。方法在6孔细胞培养板中培养C6/36细胞,感染库蚊黄病毒,加入甲基纤维素培养4 d,结晶紫进行染色,通过统计空斑数量计算病毒的噬斑形成单位。结果... 详细信息

目的建立我国分离库蚊黄病毒(Culex flavivirus,CxFV)毒株(SDDM06-11)的病毒滴度测定方法。方法在6孔细胞培养板中培养C6/36细胞,感染库蚊黄病毒,加入甲基纤维素培养4 d,结晶紫进行染色,通过统计空斑数量计算病毒的噬斑形成单位。结果使用甲基纤维素-结晶紫空斑方法观察,发现CxFV(SDDM06-11)毒株感染C6/36细胞后形成清晰的圆形噬斑,大小如针尖,成功测定CxFV(SDDM06-11株)滴度在106.85 pfu/ml。结论甲基纤维素-结晶紫空斑法可用于测定CxFV滴度。

关键词：库蚊黄病毒病毒滴度噬斑试验

山西省武乡县1株白蛉携带病毒(SXWX1816-2)的分离与鉴定

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中国媒介生物学及控制杂志 2023年第2期34卷 270-275页

作者：殷启凯王晶付士红聂凯李樊何英许松涛王环宇梁国栋中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所虫媒室北京102206 中山大学医学院广东深圳518107

目的调查山西省武乡县白蛉标本携带病毒的种类及其流行情况。方法2018年6月在山西省武乡县采集白蛉标本,使用实验室保存的金黄地鼠肾细胞(BHK-21细胞)和白纹伊蚊卵细胞(C6/36细胞)2种细胞系进行病毒分离,阳性分离物经病毒RNA提取、cDNA... 详细信息

目的调查山西省武乡县白蛉标本携带病毒的种类及其流行情况。方法2018年6月在山西省武乡县采集白蛉标本,使用实验室保存的金黄地鼠肾细胞(BHK-21细胞)和白纹伊蚊卵细胞(C6/36细胞)2种细胞系进行病毒分离,阳性分离物经病毒RNA提取、cDNA文库制备后,进行病毒基因扩增与核苷酸序列测定及系统进化分析。结果SXWX1816-2病毒分离株可引起哺乳动物细胞(BHK-21细胞)病变,但是对昆虫细胞(C6/36细胞)并不引起病变。病毒基因组核苷酸序列测定和分析结果显示该病毒M基因和S基因编码区核苷酸序列长度分别为4089和1611 nt;病毒M基因和S基因核苷酸/氨基酸序列同源性分析和分子遗传进化分析结果均表明SXWX1816-2分离株隶属于白纤病毒科白蛉病毒属,并与我国此前分离的武乡病毒(Wuxiang virus,WUXV)的同源性最高,病毒基因分子遗传进化关系最近。结论明确了我国白蛉分离病毒(SXWX1816-2)的分类地位,研究结果为我国吸血昆虫携带病毒,特别是白蛉携带和传播病毒的研究提供了重要的基础数据。

关键词：白蛉白蛉传播病毒武乡病毒

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黑龙江省桦南县2020年蜱媒病毒调查

中国媒介生物学及控制杂志 2022年第5期33卷 637-641页

作者：李樊刘凤明冯盼盼王东强付士红聂凯殷启凯何英殷佳宇许松涛包名家王环宇中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所虫媒室传染病预防控制国家重点实验室北京102206 佳木斯市疾病预防控制中心黑龙江佳木斯154000 桦南县疾病预防控制中心黑龙江佳木斯154400

目的调查黑龙江省佳木斯市桦南县蜱及蜱媒病毒种类。方法于2020年5月在桦南县采集蜱标本,并进行形态学鉴定。利用实时荧光定量PCR方法对采集的蜱标本进行蜱传脑炎病毒(TBEV)、发热伴血小板减少综合征病毒、鄂木斯克出血热病毒、兰加特... 详细信息

目的调查黑龙江省佳木斯市桦南县蜱及蜱媒病毒种类。方法于2020年5月在桦南县采集蜱标本,并进行形态学鉴定。利用实时荧光定量PCR方法对采集的蜱标本进行蜱传脑炎病毒(TBEV)、发热伴血小板减少综合征病毒、鄂木斯克出血热病毒、兰加特病毒、波瓦森病毒、阿龙山病毒核酸检测,并使用高通量测序法获得阳性病毒基因组序列。结果共采获890只蜱,包括全沟硬蜱475只(雄蜱210只、雌蜱265只),森林革蜱360只(雄蜱260只、雌蜱100只),嗜群血蜱55只(雄蜱5只、雌蜱50只)。1批(10只蜱混合)标本(JMS20)TBEV核酸阳性,由雌性全沟硬蜱携带。其他病毒核酸全部阴性。系统进化显示,该株蜱传脑炎病毒与远东型TBEV亲缘关系较近。结论佳木斯地区蜱媒样本仍携带蜱传脑炎病毒,研究结果为该地区蜱传病毒病的防控提供了基础数据。

关键词：蜱蜱媒病毒蜱传脑炎病毒

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乙型脑炎病毒部分NS1基因假病毒的构建

中国人兽共患病学报 2024年第3期40卷 231-235,242页

作者：龙彩韵王瑞晨姚晓慧武婕慧付士红李樊殷启凯崔倩倩许松涛聂凯王环宇安徽理工大学医学院淮南232001 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

目的构建耐核酸酶的含乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)部分非结构蛋白1(Non-structural protein 1,NS1)基因的假病毒,为JEV的实验室核酸检测提供质控品,提高检测质量。方法将JEV部分NS1基因、蚊18S RNA基因和人GAPDH基... 详细信息

目的构建耐核酸酶的含乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)部分非结构蛋白1(Non-structural protein 1,NS1)基因的假病毒,为JEV的实验室核酸检测提供质控品,提高检测质量。方法将JEV部分NS1基因、蚊18S RNA基因和人GAPDH基因片段次序连接克隆到该质粒上,构建重组载体pET-MS2-JEV;转化大肠杆菌后表达纯化假病毒,并对其进行耐受性和稳定性评估。结果构建了重组载体pET-MS2-JEV,表达获得的假病毒具有耐核酸酶、耐物理化学因子的特性,可在4℃和-20℃条件下稳定保存。结论本研究获得了稳定性好的含JEV部分NS1基因的假病毒,可作为JEV实验室核酸检测的质控品。

关键词：乙型脑炎病毒 MS2噬菌体假病毒

宽光束、高均匀性显示贴片灯珠的光学仿真设计

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中国光学（中英文） 2024年第1期17卷 217-225页

作者：魏伟陈志忠郭浩中贾传宇方方邹军房倩吴优孙铭浩李倩匡宇涵殷琦凯张国义江苏省智能光电器件与测控工程研究中心盐城师范学院江苏盐城224007 东莞理工学院国际微电子学院广东东莞523000 金鉴科技有限公司广东广州511338 北京大学物理学院北京100871 北京大学东莞光电研究院广东东莞523808 半导体所鸿海研究院中国台湾新北236 上海应用技术大学上海201418

本文通过分析目前显示器用的高均匀宽角度灯珠的光学要求,采用新型非朗伯(non-Lambertian)分布封装Micro-LED芯片,实现了宽光束、高均匀性的微型LED芯片光珠。分析了在不同封装倾角、封装高度、封装材料、封装支架材料、蓝宝石厚度和图... 详细信息

本文通过分析目前显示器用的高均匀宽角度灯珠的光学要求,采用新型非朗伯(non-Lambertian)分布封装Micro-LED芯片,实现了宽光束、高均匀性的微型LED芯片光珠。分析了在不同封装倾角、封装高度、封装材料、封装支架材料、蓝宝石厚度和图案化蓝宝石衬底尺寸下,使用由不同封装材料(铜、钛、铝和银)和材料类型(完全反射和完全吸收)组成的支架模拟固定灯珠的光输出效率和出光角度的变化情况。研究发现通过调整材料、芯片和封装参数,可以得到一个、两个或三个光束,具有贴片灯珠的宽角度、高均匀性的远场光分布特性,满足当前LED和LCD的显示要求。

关键词：非朗伯分布朗伯分布显示贴片灯珠