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shinyTempSignal:an R shiny application for exploring temporal and other phylogenetic signals

Journal of Genetics and Genomics 2024年第7期51卷 762-768页

作者： Li Zhan Xiao Luo Wenqin xie Xuan-An Zhu zijing xie Jianfeng Lin Lin Li Wenli Tang Rui Wang Lin Deng Yufan Liao Bingdong Liu Yantong Cai Qianwen Wang Shuangbin Xu Guangchuang Yu Department of Bioinformatics School of Basic Medical SciencesSouthern Medical UniversityGuangzhouGuangdong 510515China Faculty of Computers Guangdong University of TechnologyGuangzhouGuangdong 510006China Ubigene Biosciences Co. Ltd.GuangzhouGuangdong 510530China State Key Laboratory of Applied Microbiology Southern China Guangdong Provincial Key Laboratory of Microbial Culture Collection and ApplicationGuangdong Open Laboratory of Applied MicrobiologyGuangdong Institute of MicrobiologyGuangdong Academy of SciencesGuangzhouGuangdong 510070China

The molecular clock model is fundamental for inferring species divergence times from molecular ***,its direct application may introduce significant biases due to sequencing errors,recombination events,and inaccurately labeled sampling *** accuracy necessitates rigorous quality control measures to identify and remove potentially erroneous ***,while not all branches of a phylogenetic tree may exhibit a clear temporal signal,specific branches may still adhere to the assumptions,with varying evolutionary *** a relaxed molecular clock model better aligns with the complexities of *** root-to-tip regression method has been widely used to analyze the temporal signal in phylogenetic studies and can be generalized for detecting other phylogenetic *** its utility,there remains a lack of corresponding software implementations for broader *** address this gap,we present shinyTempSignal,an interactive web application implemented with the shiny framework,available as an R package and publicly accessible at https://***/YuLab-SMU/*** tool facilitates the analysis of temporal and other phylogenetic signals under both strict and relaxed *** extending the root-to-tip regression method to diverse signals,shinyTempSignal helps in the detection of evolving features or traits,thereby laying the foundation for deeper insights and subsequent analyses.

关键词： Molecular clock Root-to-tip regression Temporal signal Phylogenetic signal

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Reducing language barriers, promoting information absorption, and communication using fanyi

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中华医学杂志(英文版) 2024年第16期137卷 2024 Jul 22页

作者： Wang Difei Chen Guannan Li Lin Wen Shaodi xie zijing Luo Xiao Zhan Li Xu Shuangbin Li Junrui Wang Rui Wang Qianwen Yu Guangchuang Nanfang Hospital Southern Medical University Guangzhou Guangdong China Department of Bioinformatics School of Basic Medical Sciences Southern Medical University Guangzhou Guangdong China Comprehensive Technology Center of Lianyungang Customs Lianyungang Jiangsu China Department of Oncology The Affiliated Cancer Hospital of Nanjing Medical University &amp Jiangsu Cancer Hospital Nanjing Jiangsu China Department of Laboratory Medicine Microbiome Medicine Center Zhujiang Hospital Southern Medical University Guangzhou Guangdong China

Interpreting genes of interest is essential for identifying molecular mechanisms, but acquiring such information typically involves tedious manual retrieval. To streamline this process, thefanyi package offers tools to retrieve gene information from sources like National Center for Biotechnology Information (NCBI), significantly enhancing accessibility. Additionally, understanding the latest research advancements and sharing achievements are crucial for junior researchers. However, language barriers often restrict knowledge absorption and career development. To address these challenges, we developed thefanyi package, which leverages artificial intelligence (AI)-driven online translation services to accurately translate among multiple languages. This dual functionality allows researchers to quickly capture and comprehend information, promotes a multilingual environment, and fosters innovation in academic community. Meanwhile, the translation functions are versatile and applicable beyond biomedicine research to other domains as well. Thefanyi package is freely available at https://***/YuLab-SMU/fanyi.

关键词： Multilingualism Communication barriers Translating Artificial intelligence Single-cell analysis Gene expression profiling Biological markers

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全科医生视角下影响社区医疗机构开展体医融合服务的质性研究

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中国全科医学 2024年第19期27卷 2312-2318页

作者：刘湘雅王世强唐民李丹谢子靖刘遥高明珠湖南工业大学体育学院湖南省株洲市412007 湖南省株洲市中心医院 412007 体质健康和运动健身湖南省重点实验室湖南省株洲市412007 湖南省株洲市第二中学湖南省株洲市412007

背景体医融合是推动社区居民健康的基础环节,也是助力社区医疗服务高质量发展的重要保障,而全科医生又是践行体医融合服务的落脚点与着力点,但目前缺乏基于全科医生视角的影响社区医疗机构开展体医融合服务的相关研究。目的研究全科医... 详细信息

背景体医融合是推动社区居民健康的基础环节,也是助力社区医疗服务高质量发展的重要保障,而全科医生又是践行体医融合服务的落脚点与着力点,但目前缺乏基于全科医生视角的影响社区医疗机构开展体医融合服务的相关研究。目的研究全科医生对影响社区开展体医融合服务的理解和看法,旨在为社区更好地开展体医融合服务工作提供思路和参考。方法于2023年3—4月,通过目的抽样法,在湖南省株洲市选取5家社区卫生服务中心(站)的11名全科医生作为调查对象,利用“一对一”半结构化深度访谈的研究方法,借助内容分析软件Nvivo 12.0对访谈内容进行录音文本转录、分析单元形成、内容编码以及主题提炼。最后利用描述现象学分析法对访谈资料进行逻辑分析,掌握全科医生对影响社区开展体医融合服务的理解和看法,并归纳总结出访谈主题。结果影响社区开展体医融合服务的内容可归纳为4个主题和10个亚主题:体医融合服务环境亟待优化(场地供给不足、氛围滞后、宣传不足)、全科医生能力亟待提高(体医融合认知能力不足、开具运动处方能力缺乏)、社区卫生服务机构支持乏力(体医融合相关培训活动匮乏、经费划拨不足、人力资源短缺)、患者对体医融合服务认知不足(患者对体医融合疗效认知不足、患者对体医融合风险认知不够)。结论社区全科医生在体医融合服务能力方面还存在诸多不足,为了促进社区体医融合服务更好地发展,亟须优化社区体医融合服务环境;提高全科医生体医融合认知能力与开具运动处方能力;加强社区卫生服务机构支持保障力度;提升患者对体医融合服务的疗效和风险认知。

关键词：全科医生社区卫生中心体医融合服务认知质性研究

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基于Ameriflux通量观测数据的Hi-GLASS潜热通量产品验证

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自然资源遥感 2024年第1期36卷 146-153页

作者：范佳慧姚云军杨军明于瑞阳刘露张学艺谢紫菁宁静北京师范大学遥感科学国家重点实验室地理学与遥感科学学院北京100875 中国气象局旱区特色农业气象灾害监测预警与风险管理重点实验室银川750002

潜热通量产品的验证与分析对于研究气候变化及能量循环具有重要意义。全球陆表高分辨率蒸散产品(high resolution global lAnd surface evapotranspiration product,Hi-GLASS ET)融合了5种传统蒸散算法,能够生产出较高精度的陆表潜热通... 详细信息

潜热通量产品的验证与分析对于研究气候变化及能量循环具有重要意义。全球陆表高分辨率蒸散产品(high resolution global lAnd surface evapotranspiration product,Hi-GLASS ET)融合了5种传统蒸散算法,能够生产出较高精度的陆表潜热通量产品,但目前没有针对此产品的验证研究。利用Ameriflux通量观测站点的潜热通量观测值与相应的Hi-GLASS陆表潜热通量产品估算值进行对比,获取多组有效验证数据。验证结果显示,所选站点实际观测值与产品估算值的决定系数(R 2)为0.6,均方根误差(RMSE)为34.4 W/m^(2),平均偏差(Bias)为-13.4 W/m^(2),克林-古普塔效率(Kling-Gupta efficiency,KGE)为0.49,Hi-GLASS潜热通量产品具有较高的精度,算法的拟合结果较好;此外,空间分布也表明Hi-GLASS陆表潜热通量产品符合正常的自然规律。由于数据获取的局限性,仅采用了美国地区18个站点数据对产品进行验证,在其他地区仍需进一步验证。

关键词：陆表潜热通量 Ameriflux通量站点 Hi-GLASS陆表潜热通量产品精度验证

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四层插入层量子垒AlGaN深紫外LED研究

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赣南师范大学学报 2024年第3期45卷 90-94页

作者：方文浚万垂铭李深海谢子敬谭礼军赣南师范大学物理与电子信息学院江西赣州341000 广东晶科电子股份有限公司广州511458 华南理工大学微电子学院广州510641

本文通过对不同量子垒结构的AlGaN深紫外LED进行数值研究,对比分析了量子垒结构与其发光性能之间的关联.结果表明,相较于传统量子垒结构的样品A,四层插入层量子垒结构的样品B和样品C,内量子效率峰值分别提升了27.04%和18.8%,光输出功率... 详细信息

本文通过对不同量子垒结构的AlGaN深紫外LED进行数值研究,对比分析了量子垒结构与其发光性能之间的关联.结果表明,相较于传统量子垒结构的样品A,四层插入层量子垒结构的样品B和样品C,内量子效率峰值分别提升了27.04%和18.8%,光输出功率在200 mA下分别提升了31.04%和21.62%.这主要是因为四层插入层量子垒结构可有效增加有源区内量子垒的能带势垒高度,提升量子阱对载流子的束缚能力.

关键词： AlGaN深紫外LED 量子垒插入层内量子效率辐射复合率

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高气密性的深紫外LED半无机封装技术

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发光学报 2023年第10期44卷 1842-1848页

作者：万垂铭曾照明肖国伟蓝义安谢子敬王洪华南理工大学电子与信息学院广东广州510640 广东晶科电子股份有限公司广东广州511458 中山市华南理工大学现代产业技术研究院广东中山528437

深紫外LED可通过物理方式破坏病毒和细菌的结构,从而获得高效消毒的效果。相比于工艺成熟的蓝光LED,如何提高深紫外LED的封装可靠性和出光率仍是关键问题。本文采用基底预热方式微固化封装胶,结合阵列点胶方式将石英玻璃固定在镀铜围坝... 详细信息

深紫外LED可通过物理方式破坏病毒和细菌的结构,从而获得高效消毒的效果。相比于工艺成熟的蓝光LED,如何提高深紫外LED的封装可靠性和出光率仍是关键问题。本文采用基底预热方式微固化封装胶,结合阵列点胶方式将石英玻璃固定在镀铜围坝,制备了半无机封装的深紫外LED。该器件的输出波长为275 nm,半峰宽约为11 nm。对比传统类透明材料封装的器件,石英封装的深紫外LED有更高的出光率。在真空红墨水和氦气漏率实验中,采用本文提出的半无机封装技术的深紫外LED器件表现出高密封性。此外,在加速老化测试中,该封装器件的光衰速率在20%以内。实验结果表明,对比有机封装的深紫外LED器件,在基底预热条件下,采用阵列点胶固定石英玻璃是现阶段提高深紫外LED可靠性的一种封装方法。

关键词：深紫外LED 可靠性出光率基底预热阵列点胶

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幼儿园国画教学的现状与反思

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学前教育研究 2008年第5期 49-51页

作者：谢子静温州大学教育学院温州325000

幼儿园国画教学对传承中国传统文化和发展幼儿的艺术审美能力有着积极意义。为克服当前幼儿园国画教学存在的诸多弊端,教师应以欣赏教学为基础,通过提高自身的国画修养,培养幼儿对国画的审美感知能力,接受中国传统文化的熏陶与浸染。

关键词：幼儿园教学国画教学中国传统文化

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基于OX1R/PLCβ-1/PKCα/ERK1/2信号通路探讨安寐丹对失眠模型大鼠肝脏神经递质和昼夜节律的影响及机制

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中国实验方剂学杂志 2024年第15期30卷 11-20页

作者：徐波王平夏婧谢光璟叶子靖秦庆花程静湖北中医药大学老年脑健康中医药防护技术与新产品研发教育部工程研究中心武汉430065 湖北时珍实验室武汉430065

目的:基于食欲素受体1(OX1R)/磷脂酰肌醇特异性磷酯酶Cβ-1(PLCβ-1)/蛋白激酶Cα(PKCα)/细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)信号通路探讨安寐丹对失眠大鼠肝脏神经递质及昼夜节律的影响及机制。方法:SPF级SD大鼠60只,随机分为空白组、模... 详细信息

目的:基于食欲素受体1(OX1R)/磷脂酰肌醇特异性磷酯酶Cβ-1(PLCβ-1)/蛋白激酶Cα(PKCα)/细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)信号通路探讨安寐丹对失眠大鼠肝脏神经递质及昼夜节律的影响及机制。方法:SPF级SD大鼠60只,随机分为空白组、模型组、苏沃雷生组、安寐丹低、中、高剂量组,各10只;除空白组外,其余各组通过腹腔注射对氯苯丙氨酸(PCPA)进行造模,空白组给予等容生理盐水、苏沃雷生组给予苏沃雷生溶液30 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃、安寐丹低、中、高剂量组分别给予安寐丹水煎液(4.55、9.09、18.18 g·kg^(-1)·d^(-1));观察各组一般情况、体质量和24 h自主活动情况;采用苏木素-伊红(HE)和马松(Masson)染色观察肝脏病理学改变,酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测肝脏神经递质γ-氨基丁酸(GABA)、5-羟色胺(5-HT)、肾上腺素(EPI)、去甲肾上腺素(NE)和乙酰胆碱(ACh)的表达,生化检测肝脏谷氨酸(Glu)的表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测肝脏生物钟基因Per1、Per2、Cry1、Cry2、Bmal1、Bmal2的m RNA表达,蛋白免疫印迹法(Western blot)、Real-time PCR检测肝脏OX1R/PLCβ-1/PKCα/ERK1/2信号通路蛋白及m RNA表达。结果:与空白组比较,模型组体质量下降(P<0.05,P<0.01),狂躁、静止节律紊乱(P<0.01),肝脏肌纤维断裂、水肿伴炎性细胞浸润,GABA、5-HT、EPI、NE和ACh含量降低、Glu含量升高(P<0.01),Per1、Per2、Cry1和Cry2 m RNA表达降低(P<0.01),Bmal1和Bmal2 m RNA表达升高(P<0.01),OX1R、PLCβ-1、PKCα、ERK1/2蛋白及m RNA基因表达均增高(P<0.01);与模型组比较,苏沃雷生和安寐丹低、中、高剂量组可增加失眠大鼠体质量(P<0.05,P<0.01),减少狂躁状态、增加其静止时间和频率(P<0.05,P<0.01),并可上调神经递质GABA、5-HT、EPI、NE、ACh和节律基因Per1、Per2、Cry1、Cry2 m RNA表达(P<0.05,P<0.01),抑制Glu及Bmal1、Bmal2、OX1R、PLCβ-1、PKCα、ERK1/2 m RNA和OX1R、PLCβ-1、PKCα、ERK1/2蛋白表达(P<0.05,P<0.01)。结论:安寐丹可通过抑制OX1R/PLCβ-1/PKCα/ERK1/2信号通路调节失眠大鼠肝脏神经递质表达,改善昼夜节律紊乱,且安寐丹高剂量组效果最佳。

关键词：安寐丹失眠昼夜节律神经递质食欲素受体1(OX1R)/磷脂酰肌醇特异性磷酯酶Cβ-1(PLCβ-1)/蛋白激酶Cα(PKCα)/细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)信号通路

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OsGA3ox通过合成不同活性GA调控水稻育性及株高

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遗传 2023年第9期45卷 845-855页

作者：郝小花胡爽赵丹田连福谢子靖吴莎胡文俐雷晗李东屏湖南文理学院生命与环境科学学院植物产品精深加工科技创新团队常德415000 湖南师范大学生命科学学院长沙410081

赤霉素(gibberellin,GA)是一种重要的激素,参与调控植物多种生长发育过程。GA生物合成通路已基本阐明,其中赤霉素3β羟化酶(gibberellin 3β-hydroxylase,GA3ox)是多种活性GA合成的关键酶。水稻中有2个GA3ox基因(OsGA3ox1和OsGA3ox2),... 详细信息

赤霉素(gibberellin,GA)是一种重要的激素,参与调控植物多种生长发育过程。GA生物合成通路已基本阐明,其中赤霉素3β羟化酶(gibberellin 3β-hydroxylase,GA3ox)是多种活性GA合成的关键酶。水稻中有2个GA3ox基因(OsGA3ox1和OsGA3ox2),其生理功能虽有初步研究,但它们在合成活性GA调控水稻发育过程中是如何分工协作尚不清楚。本研究通过CRISPR/Cas9技术获得基因编辑突变体ga3ox1和ga3ox2,发现ga3ox1花粉育性显著下降,而ga3ox2株高显著变矮,表明OsGA3ox1是花粉正常发育必需的,而OsGA3ox2是茎叶伸长必需的。组织表达分析表明,OsGA3ox1主要在未开的花中表达,OsGA3ox2主要在未伸长的叶中表达。进一步对野生型(WT)和两个ga3ox突变体未开的花、未伸长的叶及根中的GA进行检测分析,发现OsGA3ox1在花中催化GA9形成GA7与花粉育性密切相关;OsGA3ox2在未伸长的叶中催化GA20形成GA1调控株高;OsGA3ox1在根中催化GA19形成GA20,调控GA3的生成。总之,OsGA3ox1和OsGA3ox2响应发育信号,在不同组织分工协作合成内源GA,调控水稻生长和发育。本研究为阐明OsGA3ox1和OsGA3ox2在GA生物合成中的作用以及深入理解OsGA3ox的功能提供参考。

关键词：水稻赤霉素赤霉素3β羟化酶基因功能分析

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温州苍南碗窑三官庙古戏台彩绘考论

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浙江艺术职业学院学报 2018年第4期16卷 41-44页

作者：谢子静温州大学美术与设计学院

建于清代乾隆年间的温州苍南碗窑三官庙古戏台在轩棚、藻井等处存留着大量的花鸟、戏曲人物等彩绘,其中戏曲人物的组合构成类似中国画的长卷构图,以叙事性展开,以连环画的手法绘制。人物造型面部清秀,体态苗条,笔法疏秀,敷色淡雅。绘画... 详细信息

建于清代乾隆年间的温州苍南碗窑三官庙古戏台在轩棚、藻井等处存留着大量的花鸟、戏曲人物等彩绘,其中戏曲人物的组合构成类似中国画的长卷构图,以叙事性展开,以连环画的手法绘制。人物造型面部清秀,体态苗条,笔法疏秀,敷色淡雅。绘画线条粗细变化丰富,用笔抑扬顿挫,追求文人墨客的雅趣和情致,又融合了民间民俗画的特点,雅俗共赏。其彩绘的形成体现了民俗文化、戏曲文化、民间美术的影响因素。

关键词：碗窑三官庙古戏台彩绘

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