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Allelic reprogramming of chromatin states in human early embryos

National Science Review 2024年第3期11卷 58-71页

作者： Shenli Yuan Lei Gao wenrong tao Jianhong Zhan Gang Lu Jingye Zhang Chuanxin Zhang Lizhi Yi Zhenbo Liu Zhenzhen Hou Min Dai Han Zhao Zi-Jiang Chen Jiang Liu Keliang Wu Center for Reproductive Medicine Shandong University CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Collaborative Innovation Center of Genetics and Development Beijing Institute of Genomicsand China National Center for BioinformationChinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences CUHK-SDU Joint Laboratory on Reproductive Genetics School of Biomedical Sciences the Chinese University of Hong Kong Key Laboratory of Reproductive Endocrinology of the Ministry of Education Shandong University Center for Reproductive Medicine Ren Ji Hospital School of Medicine Shanghai Jiao Tong University CAS Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics Chinese Academy of Sciences

The reprogramming of parental epigenomes in human early embryos remains elusive. To what extent the characteristics of parental epigenomes are conserved between humans and mice is currently unknown. Here,we mapped parental haploid epigenomes using human parthenogenetic and androgenetic embryos. Human embryos have a larger portion of genome with parentally specific epigenetic states than mouse *** allelic patterns of epigenetic states for orthologous regions are not conserved between humans and mice. Nevertheless, it is conserved that maternal DNA methylation and paternal H3K27me3 are associated with the repression of two alleles in humans and mice. In addition, for DNA-methylation-dependent imprinting, we report 19 novel imprinted genes and their associated germline differentially methylated regions. Unlike in mice, H3K27me3-dependent imprinting is not observed in human early ***, allele-specific epigenomic reprogramming is different in humans and mice.

关键词： human embryo epigenetics reprogramming DNA methylation H3K27me3 chromatin accessibility

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半监督TS网络模型在齿轮故障诊断中的应用

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机械科学与技术 2024年第7期43卷 1249-1256页

作者：陈保家阮宇豪陈法法肖文荣李公法陶波三峡大学水电机械设备设计与维护湖北省重点实验室湖北宜昌443002 重庆大学机械传动国家重点实验室重庆400030 武汉科技大学冶金装备及其控制教育部重点实验室武汉430081

为解决在工业大数据条件下,有标签样本少导致机械故障诊断准确率低的问题,提出了一种半监督神经网络模型。该方法采用协同训练的方式,从时域和频域两个维度训练教师网络(T),将无标签数据转化为高质量的伪标签数据。再利用转化后的伪标... 详细信息

为解决在工业大数据条件下,有标签样本少导致机械故障诊断准确率低的问题,提出了一种半监督神经网络模型。该方法采用协同训练的方式,从时域和频域两个维度训练教师网络(T),将无标签数据转化为高质量的伪标签数据。再利用转化后的伪标签数据训练学生网络(S),通过对数据进行评判和计分,避免网络过拟合。最后通过得分函数,对伪标签数据进行阶梯筛选成为有标签数据。齿轮故障诊断结果表明:TS网络在仅有少量有标签数据的情况下,故障分类准确率达90.31%,与其他半监督方法相比,准确率高出15%~20%。在信噪比(SNR)为5、0、-5的条件下,模型可以达到86.81%、78.00%、52.78%的诊断准确率。

关键词：齿轮故障诊断伪标签学习抗噪性协同训练

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An Analysis of Targeted Serum Lipidomics in Patients with Pneumoconiosis—China,2022

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China CDC weekly 2023年第38期5卷 849-855,I0005页

作者： wenrong Wang Fangda Peng Chunguang Ding tao Li Huanqiang Wang National Institute of Occupational Health and Poison Control Chinese Center for Disease Control and PreventionBeijingChina National Center for Occupational Safety and Health BeijingChina National Key Laboratory for Engineering Control of Dust Hazard BeijingChina.

Introduction:Pneumoconiosis emerges as the most critical and prevalent occupational disease in China at present,according to *** indicate that pneumoconiosis may indeed impact the body’s phospholipid ***:In this study,serum samples were taken from 46 paired participants,which included patients with pneumoconiosis and dust-exposed *** employed ultra-performance liquid chromatographytandem mass spectrometry(UPLC-MS/MS)technology in targeted lipidomics to investigate serum target ***,a pilot study was conducted with a selection of 24 pneumoconiosis patients and 24 dust-exposed workers,using both univariate and multivariate statistical analyses to preliminarily identify significant differences in *** to this,the remaining subjects were engaged in a validation study,wherein receiver operating characteristic(ROC)analysis was performed to further substantiate the screening potency of potential lipid biomarkers for ***:The pilot study revealed significantly reduced serum levels of 16∶0 lysophosphatidylcholines(Lyso PC),18∶0–18∶1 phosphatidylglycerol(PG),18∶0–18∶1 phosphatidylethanolamine(PE),18∶0 PE,and 18∶1 lysophosphatidylethanolamine(Lyso PE)in the case group in comparison to the control ***,18∶0 PE,18∶0–18∶1 PE,and 18∶1 Lyso PE emerged as significant phospholipids with superior diagnostic values[area under the curve(AUC)>0.7].A diagnostic model was established,built on 16∶0 PC and 18∶0 PE(AUC>0.8).In the ROC analyses of validation studies,the 18∶0–18∶1 PE and this diagnostic model demonstrated excellent screening efficiency(AUC>0.7).Discussion:A significant divergence in phospholipid metabolism has been observed between pneumoconiosis patients and dust-exposed *** 18∶0–18∶1 PE present in serum could potentially function as a lipid biomarker for ***,diagnostic models were developed relying on 16∶0 PC and 18∶0 PE,proving to have sup

关键词： Lipid metabolism Serum

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基于电子舌技术研究蜜炙枇杷叶配方颗粒的“炮制痕迹”

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中草药 2024年第6期55卷 1970-1976页

作者：奉梅徐杨时小东杨文蓉邓梦雨李秭钰刘涛罗勇徐玉玲成都大学药学院四川成都610106 成都大学食品与生物工程学院四川成都610106 四川省抗病毒中药产业化工程技术研究中心四川成都610106 江苏康缘药业股份有限公司江苏连云港222001

目的为了解决配方颗粒的质量标准无法检识原料是否进行炮制的弊端,引入电子舌识别技术进行“炮制痕迹”挖掘,建立枇杷叶配方颗粒(Eriobotryae Folium formula granules,EF-FG)和蜜枇杷叶配方颗粒(honey-fried Eriobotryae Folium formul... 详细信息

目的为了解决配方颗粒的质量标准无法检识原料是否进行炮制的弊端,引入电子舌识别技术进行“炮制痕迹”挖掘,建立枇杷叶配方颗粒(Eriobotryae Folium formula granules,EF-FG)和蜜枇杷叶配方颗粒(honey-fried Eriobotryae Folium formula granules,HEF-FG)的电子滋味识别方法,对EF-FG和HEF-FG进行了味值定量表征。方法利用电子舌技术,对EF-FG、HEF-FG的酸味、咸味、鲜味、甜味、苦味、通用6种味值进行检测,并通过配对样本t检验、主成分分析(principal component analysis,PCA)、正交偏最小二乘法-判别分析(orthogonal partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)对用电子舌技术所获得的各种味值进行统计分析。结果电子舌配对样本t检验表明,枇杷叶蜜炙对AHS(酸味)、CPS(通用)、SCS(苦味)味阈值的改变都有作用;PCA有助于识别HEF-FG和EF-FG;利用OPLS-DA可以构建EF-FG和HEF-FG的滋味判别模式,该模型对X矩阵的解释率(Rχ^(2))为0.978、对Y矩阵的解释率(RY^(2))为0.852、预测能力(Q^(2))为0.788,表明该模式预测性较好。结论电子舌技术能够利用数字客观显示出蜜炙对EF-FG滋味的差异,有助于对EF-FG与HEFFG进行有效的区分,可作为HEF-FG“炮制痕迹”的探索技术。

关键词：电子舌技术枇杷叶配方颗粒炮制痕迹滋味特征蜜炙主成分分析正交偏最小二乘法-判别分析

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太湖生态涵养区浮游植物多样性

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环境监控与预警 2024年第5期16卷 131-138,156页

作者：陶江邵旭东范帆蔡琨李曌吕学研叶文荣阮晓杰苏州市吴中环境监测站江苏苏州215104 江苏省环境监测中心江苏南京210029 中国环境监测总站北京100012

为支撑太湖生态涵养区政策实施成效后续评估,以太湖生态涵养实验区为对象,于2023年7月—2024年4月,对西山岛、东山岛周边太湖水域开展浮游植物季度调查。本轮4次调查,共鉴定到浮游植物8门109种,以绿藻门物种数最多,夏季物种数(93种)最多... 详细信息

为支撑太湖生态涵养区政策实施成效后续评估,以太湖生态涵养实验区为对象,于2023年7月—2024年4月,对西山岛、东山岛周边太湖水域开展浮游植物季度调查。本轮4次调查,共鉴定到浮游植物8门109种,以绿藻门物种数最多,夏季物种数(93种)最多,冬季(45种)最少;共记录到20种优势种,以蓝藻门物种数最多,假鱼腥藻属某种的年度优势度最高(0.425),微囊藻的年度优势度较低,仅为0.042。浮游植物平均物种数和平均密度具有相同的季节差异性,春季和冬季之间、夏季和秋季之间均没有显著差异(P>0.05),但春、冬两季和夏、秋两季浮游植物平均物种数和平均密度差异显著(P秋季>冬季>春季,冬季浮游植物空间分布更为均匀。冬季浮游植物香农维纳(Shannon-Wiener)多样性指数平均值显著低于其他3个季节(P0.05);春季浮游植物Pielou均匀度指数平均值显著高于其他3个季度(P0.05)。基于浮游植物指标的区域水质评价结果整体处于β-中污型~寡污型状态。

关键词：太湖生态涵养区浮游植物生物多样性西山岛东山岛

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人早期胚胎染色质开放性图谱及其进化的关联

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科学新闻 2019年第2期 37-37页

作者： Lei Gao Keliang Wu Zhenbo Liu Xuelong Yao Shenli Yuan wenrong tao Lizhi Yi Guanling Yu Zhenzhen Hou Dongdong Fan Yong Tian 刘见桥陈子江刘江广州医科大学附属第三医院山东大学中国科学院北京基因组研究所

文章简介发育的进行需要体内的基因能够按照设定的程序、在特定的时间和特定的地点有序地表达,这个过程称为基因表达的编程。人体设定基因表达程序的一种"编程语言"被称为"染色体开放状态"。早期胚胎发育中"染色体开放性"如何指挥人类... 详细信息

文章简介发育的进行需要体内的基因能够按照设定的程序、在特定的时间和特定的地点有序地表达,这个过程称为基因表达的编程。人体设定基因表达程序的一种"编程语言"被称为"染色体开放状态"。早期胚胎发育中"染色体开放性"如何指挥人类胚胎的基因表达并不是很清楚。本研究克服研究材料缺乏的难题,建立了少至50细

关键词：染色质开放性染色体早期胚胎

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团结值的新刻画及其在联盟收益分配中的应用

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系统工程理论与实践 2023年第11期43卷 3230-3240页

作者：单而芳刘涛吕文蓉上海大学管理学院上海200444 上海大学数学系上海200444

团结值作为合作博弈中兼具公平性和团结性的一个分配规则,可为解决收益分配问题提供新思路.鉴于弱化后的公理意味着更大的适用范围,本研究在弱化得到符号平均收益相等性公理后,结合符号差异边际性给出了团结值的新刻画方法.此外,借助碳... 详细信息

团结值作为合作博弈中兼具公平性和团结性的一个分配规则,可为解决收益分配问题提供新思路.鉴于弱化后的公理意味着更大的适用范围,本研究在弱化得到符号平均收益相等性公理后,结合符号差异边际性给出了团结值的新刻画方法.此外,借助碳交易合作联盟收益分配算例对团结值的作用机理进行了讨论.研究发现:1)团结值可由有效性、符号平均收益相等性(或平均无效参与者性)以及符号差异边际性唯一刻画;2)当联盟中包含较强发展潜力的合作主体时,选用团结值指导收益分配或可最大化各方的总体效用.

关键词：合作博弈团结值公理化刻画收益分配碳交易

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Development of novel-nanobody-based lateral-flow immunochromatographic strip test for rapid detection of recombinant human interferon a2b

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Journal of Pharmaceutical Analysis 2022年第2期12卷 308-316页

作者： Xi Qin Maoqin Duan Dening Pei Jian Lin Lan Wang Peng Zhou wenrong Yao Ying Guo Xiang Li Lei tao Youxue Ding Lan Liu Yong Zhou Chuncui Jia Chunming Rao Junzhi Wang National Institutes for Food and Drug Control Beijing100050China Synthetic and Functional Biomolecules Center Peking UniversityBeijing100871China WHO Collaboration Centre for Biologicals Standardization and Evaluation Beijing100050China

Recombinant human interferon a2b(rhIFNa2b)is widely used as an antiviral therapy agent for the treatment of hepatitis B and hepatitis *** current identification test for rhIFNa2b is *** this study,an anti-rhIFNa2b nanobody was discovered and used for the development of a rapid lateral flow strip for the identification of ***2b was used to immunize an alpaca,which established a phage nanobody *** five steps of enrichment,the nanobody I22,which specifically bound rhIFNa2b,was isolated and inserted into the prokaryotic expression vector *** subsequent purification,the physicochemical properties of the nanobody were determined.A semiquantitative detection and rapid identification assay of rhIFNa2b was developed using this novel *** develop a rapid test,the nanobody I22 was coupled with a colloidal gold to produce lateral-flow test *** developed rhIFNa2b detection assay had a limit of detection of 1 mg/*** isolation of I22 and successful construction of a lateral-flow immunochromatographic test strip demonstrated the feasibility of performing ligand-binding assays on a lateral-flow test strip using recombinant protein *** principle of this novel assay is generally applicable for the rapid testing of other commercial products,with a great potential for routine use in detecting counterfeit recombinant protein products.

关键词： Recombinant human interferon a2b Nanobody Phage display Screening Rapid test

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A proof of concept for neutralizing antibody-guided vaccine design against SARS-CoV-2

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National Science Review 2021年第8期8卷 147-157页

作者： Li Zhang Lei Cao Xing-Su Gao Bin-Yang Zheng Yong-Qiang Deng Jing-Xin Li Rui Feng Qian Bian Xi-Ling Guo Nan Wang Hong-Ying Qiu Lei Wang Zhen Cui Qing Ye Geng Chen Kui-Kui Lu Yin Chen Yu-tao Chen Hong-Xing Pan Jiaping Yu wenrong Yao Bao-Li Zhu Jianping Chen Yong Liu Cheng-Feng Qin Xiangxi Wang Feng-Cai Zhu National Health Commission of the People’s Republic of China Key Laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology (Jiangsu Provincial Center for Disease Control and Prevention) Center for Global Health School of Public HealthNanjing Medical University CAS Key Laboratory of Infection and Immunity National Laboratory of MacromoleculesInstitute of BiophysicsChinese Academy of Sciences Guangzhou Regenerative Medicine and Health Guangdong Laboratory Jiangsu Rec-biotechnology Co.Ltd State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology

Mutations and transient conformational movements of the receptor binding domain(RBD) that make neutralizing epitopes momentarily unavailable present immune escape routes for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2). To mitigate viral escape, we developed a cocktail of neutralizing antibodies(NAbs) targeting epitopes located on different domains of spike(S) protein. Screening of a library of monoclonal antibodies generated from peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 convalescent patients yielded potent NAbs, targeting the N-terminal domain(NTD) and RBD domain of S, effective at n M concentrations. Remarkably, a combination of RBD-targeting NAbs and NTD-binding NAbs, FC05, enhanced the neutralization potency in cell-based assays and an animal model. Results of competitive surface plasmon resonance assays and cryo-electron microscopy(cryo-EM) structures of antigen-binding fragments bound to S unveil determinants of immunogenicity. Combinations of immunogens, identified in the NTD and RBD of S, when immunized in rabbits and macaques, elicited potent protective immune responses against SARS-CoV-2. More importantly, two immunizations of this combination of NTD and RBD immunogens provided complete protection in macaques against a SARS-CoV-2 challenge, without observable antibody-dependent enhancement of infection. These results provide a proof of concept for neutralization-based immunogen design targeting SARS-CoV-2 NTD and RBD.

关键词： SARS-CoV-2 neutralizing antibodies vaccine development structure-based immunogen design

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智能反射面辅助的无线传感网络充电策略研究

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计算机应用研究 2023年第2期40卷 561-564页

作者：陈秋实谈文蓉刘韬西南民族大学计算机科学与工程学院成都610041 西南民族大学计算机系统国家民委重点实验室成都610041

在无线可充电传感网的研究中面临诸多挑战,如无线功率传输中易衰弱、充电规划复杂度高、内存数据易溢出导致丢包。为此,引入智能反射面(IRS)并基于强化学习设计一种无线传感网能量传输和数据收集方案IRS_MDP。首先,该方案建立反射相位... 详细信息

在无线可充电传感网的研究中面临诸多挑战,如无线功率传输中易衰弱、充电规划复杂度高、内存数据易溢出导致丢包。为此,引入智能反射面(IRS)并基于强化学习设计一种无线传感网能量传输和数据收集方案IRS_MDP。首先,该方案建立反射相位偏移优化问题,计算出以任一传感器节点为充电目标节点时IRS的最优相移值,实现最大化目标节点处所接收的功率。其次,根据上述结果并结合传感器实时状态,基于强化学习设计关于充电和数据传输过程的优化充电策略实现丢包率降低。仿真结果表明,该方案相较其他方案可以更好地提升网络吞吐量和降低数据丢包率。

关键词：无线传感网马尔可夫决策过程智能反射面相位偏移优化

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