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Acta Pharmaceutica Sinica B 2021年第9期11卷 2945-2956页

作者： Ke Ma Yuting Zhang Cui Guo Yanlong Yang Junjie Han Bo Yu wenbing yin Hongwei Liu State Key Laboratory of Mycology Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Savaid Medical School University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China CAS Key Laboratory of Microbial Physiological and Metabolic Engineering Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China

Mushroom-derived cyathane-type diterpenes possess unusual chemical skeleton and diverse *** efficiently supply bioactive cyathanes for deep studies and explore their structural diversity,de novo synthesis of cyathane diterpenes in a geranylgeranyl pyrophosphate engineered Saccharomyces cerevisiae is *** by homologous analyses,one new unclustered FAD-dependent oxidase EriM accounting for the formation of allyl aldehyde and three new NADP(H)-dependent reductases in the biosynthesis of cyathanes are identified and *** combinatorial biosynthetic strategy,*** strains generating twenty-two cyathane-type diterpenes,including seven"unnatural"cyathane xylosides(12,13,14a,14b,19,20,and 22)are *** 12-14,19,and 20 show significant neurotrophic effects on PC 12 cells in the dose of 6.3-25.0μmol/*** studies provide new insights into the divergent biosynthesis of mushroom-originated cyathanes and a straightforward approach to produce bioactive cyathane-type diterpenes.

关键词： Cyathane-type diterpene Biosynthesis Heterologous expression Non-enzymatic reaction

Tricarbocyclic core formation of tyrosine-decahydrofluorenes implies a three-enzyme cascade with XenF-mediated sigmatropic rearrangement as a prerequisite

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Acta Pharmaceutica Sinica B 2021年第11期11卷 3655-3664页

作者： Zhiguo Liu Wei Li Peng Zhang Jie Fan Fangbo Zhang Caixia Wang Shuming Li Yi Sun Shilin Chen wenbing yin Institute of Chinese Materia Medica China Academy of Chinese Medical SciencesBeijing 100700China State Key Laboratory of Mycology CAS Key Laboratory of Microbial Physiological and Metabolic EngineeringInstitute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Savaid Medical School University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China Institut für Pharmazeutische Biologie und Biotechnologie Fachbereich PharmaziePhilipps-Universitat MarburgMarburg 35037Germany

Tyrosine-decahydrofluorene derivatives feature a fused[6.5.6]tricarbocyclic core and a 13-membered para-cyclophane ***,we identified new xenoacremones A,B,and C(1-3)from the fungal strain Xenoacremonium sinensis ML-31 and elucidated their biosynthetic pathway using gene deletion in the native strain and heterologous expression in Aspergillus *** hybrid polyketide synthaseenonribosomal peptide synthetase(PKS-NRPS)XenE together with enoyl reductase XenG were confirmed to be responsible for the formation of the tyrosine-nonaketide *** skeleton was subsequently dehydrated by XenA to afford a pyrrolidinone *** catalyzed a novel sigmatropic rearrangement to yield a key cyclohexane intermediate as a prerequisite for the formation of the multi-ring *** oxidation catalyzed by XenD supplied the substrate for XenC to link the para-cyclophane ether,which underwent subsequent spontaneous Diels-Alder reaction to give the end ***,the results indicated that three novel enzymes XenF,XenD,and XenC coordinate to assemble the[6.5.6]tricarbocyclic ring and para-cyclophane ether during biosynthesis of complex tyrosine-decahydrofluorene derivatives.

关键词： Tyrosine-decahydrofluorene Biosynthesis PKS-NRPS Xenoacremone Heterologous expression

From transcriptional regulation to the discovery of fungal natural product

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From transcriptional regulation to the discovery of fungal n...

中国菌物学会第六届会员代表大会（2014年学术年会）暨贵州省食用菌产业发展高峰论坛

作者： wenbing yin State Key Laboratory of Mycology Institute of MicrobiologyChinese Academy of Sciences

The fungal kingdom is remarkable for the production ofbioactive natural products commonly referred to as secondarymetabolites(SMs).The study of fungal secondary metabolism has recentlygamered significant interest,and the advent of fungalgenomics has led to new insights into SM discovery and *** of this activity is driven by interests indrug discovery due to the biological properties of ***,the treasure of SM is far underestimated and unexplored from the sequenced genomes because most of the biosynthetic genes are silent in the laboratory ***,we show the power of a global regulatorlaeA in the discovery of new SM and *** making LaeA suppressor mutant,we identified a series of SM restorers and studied the regulatory mechanism of *** greatly increases SMproduction(mainly sterigmatocystin and asperthecin) by binding to two sites in the Aspergillusnidulans AflR promoter ***,the fungivore,Folsomiacandida,exhibited a distinct preference for feeding onwild type rather than an OE:rsmA *** suggests that RsmA mayhave a critical function in mediating direct chemicalresistance against *** leads from laeA mutant microarray data in ***,we created gene deletion and overexpression strains and used 2D NMR-based comparative metabolomic analyses to identify previously undescribed metabolite,a tryptophan-derived iron(IH)-complex,hexadehydro-astechrome(HAS).HAS was characterized to be the major product of the cryptic non-ribosomal peptide synthetase(NRPS) *** activation of this metabolite increased the virulence of this ***,we established a heterologous expression system for novel polyketide production from natural hard manipulation fungi via synthetic biological *** together,our studies provide the efficient ways for finding new SM regulators and bioactive metabolites.

关键词：

来源： cnki会议评论

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免疫抑制剂霉酚酸的研究及产业化进展

微生物学报 2021年第10期61卷 3010-3025页

作者：黄润业亓兰达陈国参尹文兵河南省科学院生物研究所河南郑州450008 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 中国科学院大学医学院北京100049

霉酚酸是世界上应用最广泛的免疫抑制剂之一,市场需求巨大。目前为止,主要是通过真菌发酵的方式进行霉酚酸的工业生产,而用于生产的菌株多是经过诱变的高产短密青霉菌。本文从霉酚酸的研究应用现状、化学合成以及生物合成途径、遗传调... 详细信息

霉酚酸是世界上应用最广泛的免疫抑制剂之一,市场需求巨大。目前为止,主要是通过真菌发酵的方式进行霉酚酸的工业生产,而用于生产的菌株多是经过诱变的高产短密青霉菌。本文从霉酚酸的研究应用现状、化学合成以及生物合成途径、遗传调控、发酵生产以及市场分析等方面对霉酚酸的研究及产业化进展进行了系统综述。为该药物的新颖衍生物开发、提高产率以及应用先进生物技术智能化创制提供重要参考和依据。

关键词：霉酚酸生物合成调控途径发酵

大黄鱼共生菌Bacillus coagulans LL1103的代谢产物研究

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微生物学报 2020年第2期60卷 387-396页

作者：郭庆丰陈林尹震花张娟娟王彦波尹文兵黄河科技学院河南省小分子新药研发国际联合实验室郑州市药用资源研究重点实验室河南郑州450063 浙江工商大学浙江杭州310018 中国科学院微生物研究所北京100101

[目的]研究大黄鱼共生菌Bacillus coagulans LL1103的次生代谢产物及其抑菌活性。[方法]利用色谱层析技术对*** LL1103发酵液乙酸乙酯和正丁醇提取物进行分离纯化;运用波谱技术鉴定化合物的结构;采用微量肉汤稀释法对化合物进行抗菌活... 详细信息

[目的]研究大黄鱼共生菌Bacillus coagulans LL1103的次生代谢产物及其抑菌活性。[方法]利用色谱层析技术对*** LL1103发酵液乙酸乙酯和正丁醇提取物进行分离纯化;运用波谱技术鉴定化合物的结构;采用微量肉汤稀释法对化合物进行抗菌活性测定。[结果]从大黄鱼内生菌*** LL1103发酵液中分离并鉴定9个环二肽类化合物,分别为:(1)环(4-羟基-脯氨酸-亮氨酸)、(2)环(异亮氨酸-丙氨酸)、(3)环(脯氨酸-缬氨酸)、(4)环(脯氨酸-苯丙氨酸)、(5)环(脯氨酸-亮氨酸)、(6)环(甘氨酸-丙氨酸)、(7)环(脯氨酸-甘氨酸)、(8)环(脯氨酸-丙氨酸)和(9)环(络氨酸-甘氨酸)。活性评价显示化合物3、7和9对大肠埃希菌(Escherichia coli)具有较强抑制作用,最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)分别为8.0、4.0和16.0μg/mL。[结论]从大黄鱼共生菌*** LL1103的发酵液中分离得到3个对大肠埃希菌(***)具有较好抑制活性的化合物。

关键词：大黄鱼抑菌活性环二肽凝结芽孢杆菌

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非模式真菌雷斯青霉遗传操作系统的建立

菌物学报 2024年第6期43卷 86-95页

作者：张姝陈登辉陈国参徐新然尹文兵山东第一医科大学生物医学科学学院山东济南250117 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 河南省科学院生物研究所有限责任公司河南郑州450008

雷斯青霉Penicillium raistrickii能够产生丰富的次级代谢产物,然而,对其生物合成途径和沉默基因簇的产物研究鲜有报道,这是由于高效遗传操作系统的缺乏严重阻碍了其分子生物学机制研究和天然产物的开发利用。本研究建立了未作为特定对... 详细信息

雷斯青霉Penicillium raistrickii能够产生丰富的次级代谢产物,然而,对其生物合成途径和沉默基因簇的产物研究鲜有报道,这是由于高效遗传操作系统的缺乏严重阻碍了其分子生物学机制研究和天然产物的开发利用。本研究建立了未作为特定对象广泛研究的非模式真菌雷斯青霉CGMCC 3.1066的遗传操作系统。我们逐步确定了孢子萌发培养条件、抗生素筛选浓度、原生质体制备条件和转化DNA片段浓度,利用PEG介导的原生质体转化技术,成功敲除了5个长度分布在1-10kb的基因,平均敲除阳性率为17.5%。此外,我们敲除了雷斯青霉中黑色素前体1,8-dihydroxynaphthalene(DHN)-melanin的合成基因。结果表明,该基因的缺失会导致雷斯青霉孢子颜色变为白色,但不影响正常生长,这使得该位点可作为以雷斯青霉为宿主的异源表达整合位点,可快速可视化辨别整合外源基因的转化子。雷斯青霉遗传操作系统的建立,将为其基因功能鉴定、化合物生物合成途径解析等研究奠定基础,同时为其他非模式丝状真菌转化体系的建立提供重要参考。

关键词：雷斯青霉遗传操作系统基因敲除潮霉素B 原生质体

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基于微生物互作的新天然产物发掘研究进展

药学进展 2023年第4期47卷 260-272页

作者：冉火苗尹文兵中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101

在自然界中,微生物以群落状态生存,通过物种内或物种间的相互作用,不断重塑生态关系来实现共同进化。这种相互作用促使微生物合成大量复杂的次级代谢产物作为通讯工具或者化学武器,来适应环境变化,这些小分子则是药物发现的重要源泉。... 详细信息

在自然界中,微生物以群落状态生存,通过物种内或物种间的相互作用,不断重塑生态关系来实现共同进化。这种相互作用促使微生物合成大量复杂的次级代谢产物作为通讯工具或者化学武器,来适应环境变化,这些小分子则是药物发现的重要源泉。微生物共培养技术通过模拟自然生态关系,激活沉默基因簇来促进新型天然产物的发现。综述基于不同共培养体系的微生物天然产物挖掘最新进展,重点介绍微生物之间的相互作用机制以及沉默基因簇激活的分子机制,为微生物天然产物的化学多样性挖掘提供参考。

关键词：天然产物共培养微生物互作沉默基因簇基因调控机制

炭团木霉中非核糖体多肽基因NRPS1的功能研究

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微生物学报 2020年第10期60卷 2350-2361页

作者：蒲语涵刘欢陈国参郭莉霞尹文兵重庆工商大学天然药物研究重庆高校市级重点实验室重庆400067 中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 河南省科学院生物研究所河南省微生物工程重点实验室河南郑州450008

【目的】木霉属真菌是应用最为广泛和潜力最大的生防真菌,其产生的典型化合物哌珀霉素(peptaibols)类抗生素在生物防治中发挥重要作用。本研究采用基因组挖掘技术(genome mining)发现炭团木霉(Trichoderma hypoxylon)的潜在哌珀霉素生... 详细信息

【目的】木霉属真菌是应用最为广泛和潜力最大的生防真菌,其产生的典型化合物哌珀霉素(peptaibols)类抗生素在生物防治中发挥重要作用。本研究采用基因组挖掘技术(genome mining)发现炭团木霉(Trichoderma hypoxylon)的潜在哌珀霉素生物合成基因簇及对病原菌的防治作用。【方法】生物信息学分析预测合成哌珀霉素的基因簇,利用Quick-change技术构建基因骨架敲除盒,通过PEG介导的原生质体转化方法获得敲除突变株,通过平板对峙法和菌丝生长毒力实验验证该基因簇对炭团木霉生物活性的影响。【结果】基因挖掘鉴定一个非核糖体多肽合成酶(nonribosomal peptide synthetases,NRPS)可能合成哌珀霉素类抗生素,命名为NRPS1,对该基因进行部分敲除,成功获得3株NRPS1缺失突变株。对峙实验表明,突变株对寄生曲霉(Aspergillus parasiticus)、尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)、黑白轮枝菌(Verticillium alboatrum)等9株植物病原真菌的抑制作用与野生株相比显著下降,且突变株的粗提物的抑菌活性明显弱于野生型。【结论】NRPS1是一个潜在的哌珀霉素合成基因,该基因在宿主与病原真菌对抗过程中起关键作用,该研究为炭团木霉哌珀霉素结构解析及生物防治机理研究奠定了基础。

关键词：炭团木霉次级代谢产物哌珀霉素生物防治

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基于声纹嵌入的语音增强算法

计算机应用研究 2022年第3期39卷 688-692页

作者：高戈曾邦王霄尹文兵陈怡武汉大学国家多媒体软件工程技术研究中心武汉430072 华中师范大学计算机学院武汉430077

频域语音增强算法在高信噪比的条件下有明显的降噪效果,而在低信噪比条件下频域语音增强算法的性能会大幅下降。针对这个问题,将基于声纹的掩码应用到频域语音增强网络,利用声纹的先验信息,提升网络对说话人和噪声的区分度。另外,为了... 详细信息

频域语音增强算法在高信噪比的条件下有明显的降噪效果,而在低信噪比条件下频域语音增强算法的性能会大幅下降。针对这个问题,将基于声纹的掩码应用到频域语音增强网络,利用声纹的先验信息,提升网络对说话人和噪声的区分度。另外,为了进一步改善频域语音算法在低信噪比条件下的性能,提出基于映射的声纹嵌入语音增强算法,避免了可能因采用掩模方案造成的语音失真问题。实验结果表明,在引入相同声纹信息时,基于映射的声纹嵌入语音增强网络在低信噪比条件下的增强性能表现更好,特别是在改善语音失真方面优势明显。相较于基于掩模的声纹掩码网络,基于映射的声纹嵌入网络在PESQ、STOI和SSNR这三项指标上分别实现了6.40%、1.46%和24.84%的相对提升。

关键词：语音增强低信噪比声纹嵌入掩码映射

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基于时频联合损失函数的语音增强算法

计算机应用 2022年第S1期42卷 316-320页

作者：高戈王霄曾邦尹文兵陈怡国家多媒体软件工程技术研究中心(武汉大学) 武汉430072 华中师范大学计算机学院武汉430079

在频域语音增强算法中,由于估计幅度谱与带噪相位谱的不匹配,其性能难以突破固有上限。在时域语音增强框架中,模型将时域波形作为输入,由网络直接学习时域波形之间的映射关系,有效地避免了无效短时傅里叶变换(STFT)问题。然而,常见的采... 详细信息

在频域语音增强算法中,由于估计幅度谱与带噪相位谱的不匹配,其性能难以突破固有上限。在时域语音增强框架中,模型将时域波形作为输入,由网络直接学习时域波形之间的映射关系,有效地避免了无效短时傅里叶变换(STFT)问题。然而,常见的采用波形最小均方误差的时域语音增强算法对语音频域特征的建模并未达到最优。针对这个问题,提出一种基于时频联合损失函数的语音增强算法。首先将时频联合损失函数应用到Wave-U-Net时域语音增强网络,同时设计并分析了一阶范数形式和二阶范数形式的时频联合损失函数对增强网络的影响,最后得到了面向语音通信任务和语音识别任务的相对最佳损失函数选择方案。实验结果表明,相较于采用时域损失的增强网络,采用面向语音通信时最佳联合损失函数的增强网络在语音质量的感知评估(PESQ)和短时目标清晰度(STOI)分别实现了3.6%和2.30%的相对提升,采用面向语音识别时最佳联合损失函数的增强网络在字符错误率(CER)上实现了1.82%的相对降低。相较于Wave-U-Net时域语音增强网络,该算法有更好的噪声抑制效果,在后端语音识别任务中表现更为优秀。

关键词：时域语音增强联合损失函数语音通信语音识别深度学习