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Changes in bacterial community and abundance of functional genes in paddy soil with cry1Ab transgenic rice

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Journal of Integrative Agriculture 2021年第6期20卷 1674-1686页

作者： SONG Ya-na CHEN Zai-jie wu ming-ji LI Gang WANG Feng Institute of Biotechnology Fujian Academy of Agricultural Sciences/Fujian Provincial Key Laboratory of Genetic Engineering for AgricultureFuzhou 350003P.R.China

A field experiment involving cry1Ab transgenic rice(GM) and its parental non-cry1Ab rice(M) has been on-going since 2014. The diversity of the bacterial communities and the abundance of the microbial functional genes which drive the conversion of nitrogen in paddy soil were analyzed during the growth period of rice in the fifth year of the experiment, using 16 S rRNAbased Illumina Mi Seq and real-time PCR on the amoA, nirS and nirK genes. The results showed no differences in the alpha diversity indexes of the bacterial communities, including Chao1, Shannon and Simpson, between the fields cultivated with line GM and cultivar M at any of the growth stages of rice. However, the bacterial communities in the paddy soil with line GM were separated from those of paddy soil with cultivar M at each of the growth stages of rice, based on the unweighted Uni Frac NMDS or PCoA. In addition, the analyses of ADONIS and ANOSIM, based on the unweighted Uni Frac distance, indicated that the above separations between line GM and cultivar M were statistically significant(P<0.05) during the growth season of rice. The increases in the relative abundances of Acidobacteria or Bacteroidetes, in the paddy soils with line GM or cultivar M, respectively, led to the differences in the bacterial communities between them. At the same time, functional gene prediction based on Illumina Mi Seq data suggested that the abundance of many functional genes increased in the paddy soil with line GM at the maturity stage of rice, such as genes related to the metabolism of starch, amino acids and nitrogen. Otherwise, the copies of bacterial amo A gene, archaeal amo A gene and denitrifying bacterial nir K gene significantly increased(P<0.05 or 0.01) in the paddy soil with line GM. In summary, the release of cry1Ab transgenic rice had effects on either the composition of bacterial communities or the abundance of microbial functional genes in the paddy soil.

关键词： cry1Ab transgenic rice bacterial community microbial functional gene Illumina MiSeq Platform real-time PCR

求解具有长条型内边界的外问题的一种重叠型区域分解算法

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工程数学学报 2001年第2期18卷 123-126页

作者：邬吉明北京应用物理与计算数学研究所计算物理实验室北京100088

以二维调和方程外问题为例 ,提出一种带椭圆型人工边界的重叠型区域分解算法。理论分析及数值实验表明 ,用该方法求解带长条型内边界的外问题是十分有效的。

关键词：椭圆型人工边界区域分解算法调和外问题 Schwarz交替算法 Poisson积分公式重叠型调和方程

Energy transfer of n-hexane-tributyl phosphate(TBP)binary system:Using TBP as a probe for the detection of excited states of n-hexane

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化学学报(英文版) 1985年第1期3卷 14-20页

作者： YUAN Rong-Yao PAN Xian-ming wu ji-Lan Technical Physics Department,Peking University,Beijing Technical Physics Department Peking University Beijing

In this paper TBP labeled with 32p was used as a probe for detecting the excited speciesof *** γ irradiation of n-hexane-TBP binary system,it was found that TBP was sen-sitized by excited n-hexane molecules and a G value of 1.05 was found for the excited state of *** energy transfer mechanism was proposed,and kinetic equation of sensitization was *** calculation is in agreement with experimental results.

关键词： hexane excited ketone irradiation detecting benzene labeled sensitized transferred solute

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二维三温流体力学计算中时间步长的自动控制

计算物理 2005年第6期22卷 515-519页

作者：符尚武戴自换邬吉明北京应用物理与计算数学研究所计算物理实验室北京100088

研究了二维三温流体力学计算中时间步长的控制问题,提出了控制时间步长的多种约束条件:既考虑了显式流体力学离散方程的CFL(Courant-Friedrichs-Lewy)条件,又考虑了隐式三温能量方程温度的相对变化,还考虑了Lagrange网格密度(或体积)的... 详细信息

研究了二维三温流体力学计算中时间步长的控制问题,提出了控制时间步长的多种约束条件:既考虑了显式流体力学离散方程的CFL(Courant-Friedrichs-Lewy)条件,又考虑了隐式三温能量方程温度的相对变化,还考虑了Lagrange网格密度(或体积)的相对变化以及三温能量方程的迭代次数等.在计算过程中这些约束条件可以随时自动地改变时间步长,以最经济和合理的时间步长完成计算.最后给出了数值实验结果.

关键词：二维三温流体力学计算时间步长控制

二维Lagrange网格的积分守恒重映方法

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计算物理 2005年第2期22卷 184-188页

作者：符尚武戴自换邬吉明北京应用物理与计算数学研究所计算物理实验室北京100088

　研究了解决二维Lagrange网格大变形的一种有效的网格重分方法———积分守恒重映方法.详细地介绍了算法,并给出了数值实验结果.

关键词： Lagrange 守恒重映积分二维网格重分数值实验大变形

Regulation and function of endoplasmic reticulum autophagy in neurodegenerative diseases

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Neural Regeneration Research 2025年第1期20卷 6-20页

作者： Xiu-Yun Zhao De-En Xu ming-Lei wu ji-Chuan Liu Zi-Ling Shi Quan-Hong Ma Department of Neurology and Clinical Research Center of Neurological Disease the Second Affiliated Hospital of Soochow UniversitySuzhouJiangsu ProvinceChina Institute of Neuroscience&jiangsu Key Laboratory of Translational Research and Therapy for Neuro-Psycho-Diseases Soochow UniversitySuzhouJiangsu ProvinceChina Department of Neurology Jiangnan University Medical CenterWuxiJiangsu ProvinceChina

The endoplasmic reticulum,a key cellular organelle,regulates a wide variety of cellular *** reticulum autophagy,one of the quality control systems of the endoplasmic reticulum,plays a pivotal role in maintaining endoplasmic reticulum homeostasis by controlling endoplasmic reticulum turnover,remodeling,and *** this review,we briefly describe the endoplasmic reticulum quality control system,and subsequently focus on the role of endoplasmic reticulum autophagy,emphasizing the spatial and temporal mechanisms underlying the regulation of endoplasmic reticulum autophagy according to cellular *** also summarize the evidence relating to how defective or abnormal endoplasmic reticulum autophagy contributes to the pathogenesis of neurodegenerative *** summary,this review highlights the mechanisms associated with the regulation of endoplasmic reticulum autophagy and how they influence the pathophysiology of degenerative nerve *** review would help researchers to understand the roles and regulatory mechanisms of endoplasmic reticulum-phagy in neurodegenerative disorders.

关键词： autophagy endoplasmic reticulum endoplasmic reticulum autophagy endoplasmic reticulum quality control system endoplasmic reticulum receptors endoplasmic reticulum-associated degradation neurodegeneration neurodegenerative disease selective autophagy unfolded protein response

各向异性扩散问题的一个单元中心型有限体积格式

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工程数学学报 2015年第3期32卷 359-368页

作者：骆龙山高志明邬吉明中国工程物理研究院研究生部北京100088 北京应用物理与计算数学研究所北京100088

在辐射流体力学的数值模拟中,扩散算子的高效高精度离散是一个十分重要的问题.本文研究各向异性扩散方程在任意多边形网格上的数值求解问题,我们利用调和平均点和线性精确方法,构造了一个单元中心型有限体积格式.该格式只含有单元中心... 详细信息

在辐射流体力学的数值模拟中,扩散算子的高效高精度离散是一个十分重要的问题.本文研究各向异性扩散方程在任意多边形网格上的数值求解问题,我们利用调和平均点和线性精确方法,构造了一个单元中心型有限体积格式.该格式只含有单元中心未知量,满足局部守恒条件,有紧凑的计算模板,在结构四边形网格上退化为一个九点格式.由于调和平均点插值算法是一个具有两点模板的二阶保正算法,因此,采用单元边上的调和平均点为插值节点,使得离散格式十分简洁,容易实施.此外,我们在格式构造中仅采用了二、三维网格的共有拓扑关系,使格式容易向三维问题推广,大部分程序代码可实现二、三维公用.我们采用典型的大变形扭曲网格及典型的扩散算例(包括连续和间断的扩散张量)对所提出的新格式进行了测试,数值算例表明,新格式在许多扭曲的多边形网格上具有二阶精度.

关键词：扩散方程任意多边形网格单元中心型有限体积格式线性精确调和平均点

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数值模拟并行程序的跟踪与可视化

计算机工程与科学 2009年第A01期31卷 210-213页

作者：曹轶姚彦忠邬吉明北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心北京100088 北京应用物理与计算数学研究所计算物理实验室北京100088

采用并行计算的手段,数值模拟程序可以在高性能计算环境下获得数值求解加速,但在短时间内输出的大量、多块的计算结果,也为研究者的数据分析造成了困难。为此,本文介绍了一个针对并行计算程序的远程跟踪可视化系统,它适合运行于并行分... 详细信息

采用并行计算的手段,数值模拟程序可以在高性能计算环境下获得数值求解加速,但在短时间内输出的大量、多块的计算结果,也为研究者的数据分析造成了困难。为此,本文介绍了一个针对并行计算程序的远程跟踪可视化系统,它适合运行于并行分布式计算环境,用户只需简单改造数值程序,即可通过远程终端对运行期的程序进行自动计算跟踪和交互可视化,而跟踪系统的优化设计则使数值程序的远程交互延迟得到有效控制。

关键词：科学计算可视化跟踪计算远程可视化

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基于物联网技术的机器人智能物流系统研究

长春工程学院学报（自然科学版） 2020年第1期21卷 101-104页

作者：吴吉明福建船政交通职业学院福州350007

首先研究了物联网技术,其集中式解决方案的任务是保持通信网络结构的完整性,在各个站点之间进行物资运输,促进机器人在各个装载站点之间的公平分配。然后分析了一种基于地图和空间技术的SLAM技术,有效满足了智能物流的发展需求。最后使... 详细信息

首先研究了物联网技术,其集中式解决方案的任务是保持通信网络结构的完整性,在各个站点之间进行物资运输,促进机器人在各个装载站点之间的公平分配。然后分析了一种基于地图和空间技术的SLAM技术,有效满足了智能物流的发展需求。最后使用分布式异构哈希表的自适应来分发任务和进行本地化通信,并提出了一种利用分布式算法来规划机器人执行物流任务的方法。实验结果表明该方法能较好地实现智能物流系统的实际应用。

关键词：物联网机器人智能物流系统多机器人SLAM