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Transcription Factor Bound Regions Prediction: Word2Vec Technique with Convolutional Neural Network

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Journal of Intelligent Learning Systems and Applications 2020年第1期12卷 1-13页

作者： Rixin Chen Ruoxi Dai mingye wang University of Electronic Science and Technology of China Chengdu China Northeastern University Shenyang China Sun Yat-sen University Guangzhou China

Genome-wide epigenomic datasets allow us to validate the biological function of motifs and understand the regulatory mechanisms more comprehensively. How different motifs determine whether transcription factors (TFs) can bind to DNA at a specific position is a critical research question. In this project, we apply computational techniques that were used in Natural Language Processing (NLP) to predict the Transcription Factor Bound Regions (TFBRs) given motif instances. Most existing motif prediction methods using deep neural network apply base sequences with one-hot encoding as an input feature to realize TFBRs identification, contributing to low-resolution and indirect binding mechanisms. However, how the collective effect of motifs on binding sites is complicated to figure out. In our pipeline, we apply Word2Vec algorithm, with names of motifs as an input to predict TFBRs utilizing Convolutional Neural Network (CNN) to realize binary classification, based on the ENCODE dataset. In this regard, we consider different types of motifs as separate “words”, and their corresponding TFBR as the meanings of “sentences”. One “sentence” itself is merely the combination of these motifs, and all “sentences” compose of the whole “passage”. For each binding site, we do the binary classification within different cell types to show the performance of our model in different binding sites and cell types. Each “word” has a corresponding vector in high dimensions, and the distances between each vector can be figured out, so we can extract the similarity between each motif, and the explicit binding mechanism from our model. We apply Convolutional Neural Network (CNN) to extract features in the process of mapping and pooling from motif vectors extracted by Word2Vec Algorithm and gain the result of 87% accuracy at the peak.

关键词： Motifs Bound Regions Word2Vec CNN

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吉尔吉斯斯坦:“中间地带”的困境

新疆社会科学 2011年第1期 57-62,141页

作者：王鸣野中国石油大学(北京)人文社会科学学院

在国际关系和地缘政治中,"中间地带"是指那些或在地理上,或在政治上,或者二者兼而有之地处在大国夹缝之中的国家或地区。由于大国的影响,中间地带国家的内外政策自主性程度普遍比较低,这导致这些国家的内部秩序处在一种很难摆脱的紊乱... 详细信息

在国际关系和地缘政治中,"中间地带"是指那些或在地理上,或在政治上,或者二者兼而有之地处在大国夹缝之中的国家或地区。由于大国的影响,中间地带国家的内外政策自主性程度普遍比较低,这导致这些国家的内部秩序处在一种很难摆脱的紊乱状态。吉尔吉斯斯坦就是一个典型的中间地带国家,该国的内政受到外部大国的深刻影响,无法构建有效的内部治理机制。

关键词：中间地带吉尔吉斯斯坦西方影响内部秩序

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费用补偿方式对医疗服务需求和利用的影响

中国医院管理 2005年第9期25卷 48-49页

作者：王明叶杭州市基本医疗保险管理服务中心浙江杭州310002

文章采用按服务项目付费和按人头付费2种补偿方式,比较2种方式样本人群的门诊医疗服务需求和利用的情况,探讨不同费用补偿方式对医疗服务需求和利用的影响程度。结果显示2种费用补偿方式在服务需求利用及医疗费用方面存在显著差异(P<0.... 详细信息

文章采用按服务项目付费和按人头付费2种补偿方式,比较2种方式样本人群的门诊医疗服务需求和利用的情况,探讨不同费用补偿方式对医疗服务需求和利用的影响程度。结果显示2种费用补偿方式在服务需求利用及医疗费用方面存在显著差异(P<0.01)。在医疗服务的费用补偿中引入供方风险分担机制,这是控制医疗费用快速增长的一个重要举措;同时应积极探索多种费用补偿方式的联合使用,相对客观地反映医疗服务的真实成本,对协调医疗费用和服务质量的平衡意义重大。

关键词：费用补偿方式医疗服务需求利用影响

METHOD OF HIGH-LEVEL TECHNOLOGY MAPPING BASED ON KNOWLEDGE(RULE)

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Journal of Electronics(China) 2001年第1期18卷 24-31页

作者： Ma Cong wang Zuojian Liu mingye (ASIC research Center of Beijing Institute of Technology, Beijing 100081) ASIC research Center of Beijing Institute of Technology Beijing

This paper studies the linkage problem between the result of high-level synthesis and back-end technology, presents a method of high-level technology mapping based on knowl edge, and studies deeply all of its important links such as knowledge representation, knowledge utility and knowledge acquisition. It includes: (1) present a kind of expanded production about knowledge of circuit structure; (2) present a VHDL-based method to acquire knowledge of tech nology mapping; (3) provide solution control strategy and algorithm of knowledge utility; (4)present a half-automatic maintenance method, which can find redundance and contradiction of knowledge base; (5) present a practical method to embed the algorithm into knowledge system to decrease complexity of knowledge base. A system has been developed and linked with three kinds of technologies, so verified the work of this paper.

关键词： High-level synthesis Technology mapping VHDL High-level technology map ping Knowledge base Knowledge representation

铝粉粒径对温压炸药爆炸性能及热安定性的影响

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高压物理学报 2018年第3期32卷 107-114页

作者：王明烨韩志伟李席王伯良南京理工大学化工学院江苏南京210094

为了研究铝粉粒径对温压炸药在有限空间内爆炸能量输出的影响,在温压炸药中分别添加了粒径为40nm、3μm和35μm的3种铝粉。利用爆炸容器进行内爆炸实验,获得了冲击波压力时程曲线,经计算分析得到1.0、1.2和1.5m处的超压和冲量数值,并采... 详细信息

为了研究铝粉粒径对温压炸药在有限空间内爆炸能量输出的影响,在温压炸药中分别添加了粒径为40nm、3μm和35μm的3种铝粉。利用爆炸容器进行内爆炸实验,获得了冲击波压力时程曲线,经计算分析得到1.0、1.2和1.5m处的超压和冲量数值,并采用差示扫描量热仪(DSC)研究这3种粒径铝粉对温压炸药热安定性的影响。实验研究结果表明:铝粉粒径对温压炸药在有限空间的爆炸能量有较大影响,含粒径为3μm的样品2在各距离处的超压较样品1提升了6.0%以上,较样品3提升了10%以上;3组样品的热安定性均随着铝粉粒径的减小而降低,活化能最大降幅达31.1%,升温速率接近零时的峰值温度(Tp0)最大降低了11.7℃。

关键词：铝粉粒径温压炸药爆炸能量热安定性

具有温敏性的Diatomite@PNIPAm稳定Pickering乳液的制备及表征

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复合材料学报 2024年第12期41卷 6589-6598页

作者：王传浩王铭野刘莹王永泉宋雨桐周超长春工业大学化学工程学院

针对由表面活性剂所稳定的乳液具有毒性且不环保的缺点，对硅藻土颗粒(Diatomite,DE)进行改性，并对其所制备的具有温度响应性的Pickering乳液进行了研究。由于硅藻土颗粒具有生物相容性好的优势，在化妆品和制药领域具有应用潜力。先... 详细信息

针对由表面活性剂所稳定的乳液具有毒性且不环保的缺点，对硅藻土颗粒(Diatomite,DE)进行改性，并对其所制备的具有温度响应性的Pickering乳液进行了研究。由于硅藻土颗粒具有生物相容性好的优势，在化妆品和制药领域具有应用潜力。先通过硅烷偶联剂(MPS)疏水改性DE得到Diatomite@MPS，再接枝温敏型聚合物聚N-异丙基丙烯酰胺(PNIPAm)，成功合成了具有温度响应性的改性硅藻土颗粒(Diatomite@PNIPAm)。由TGA结果表明制备Diatomite@PNIPAm的最佳MPS与NIPAm摩尔比为1∶1。随后，将Diatomite@PNIPAm作为乳化剂分别在不同浓度的条件下制备了水包油(O/W)型Pickering乳液，确定了3.0wt%为最佳浓度。此外，确定Diatomite@PNIPAm浓度后，分别从1∶9到9∶1的不同油水体积比制备乳液，结果表明油水体积比为7∶3时最佳。通过差示扫描量热仪(DSC)测定所制备的Pickering乳液的低临界溶解温度(LCST)为40℃，且乳液至少可以进行6次破乳-再乳化循环，具备良好的破乳-再乳化循环性能。

关键词：温度响应性 Pickering乳液硅藻土低临界溶解温度破乳-再乳化循环性能

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外掩体与物镜间距对日冕仪渐晕的影响

光学学报 2014年第11期34卷 176-181页

作者：全薇张正正张红鑫孙明哲卜和阳王明晔沈阳理工大学辽宁沈阳110168 中国科学院长春光学精密机械与物理研究所吉林长春130033 中国科学院大学北京100049 空军大连通信士官学校辽宁大连116100

以一款外掩式白光日冕仪[其视场为2．5-15R（太阳半径），分辨率为14sec／pixel，口径为30mm，焦距为200mm]为基础，对日冕仪外掩体以及外掩体支撑杆带来的渐晕问题进行了分析计算，得到日冕仪渐晕表达式。以此式为基础，计算模拟了不... 详细信息

以一款外掩式白光日冕仪[其视场为2．5-15R（太阳半径），分辨率为14sec／pixel，口径为30mm，焦距为200mm]为基础，对日冕仪外掩体以及外掩体支撑杆带来的渐晕问题进行了分析计算，得到日冕仪渐晕表达式。以此式为基础，计算模拟了不同外掩体和物镜间距下的渐晕图。模拟结果显示，外掩体与物镜的距离越远，外掩体以及支撑杆所带来的渐晕越小。用日冕仪原理演示样机实验，验证了理论分析和模拟结果，并在此基础上对目标图像进行了渐晕补偿，成像效果得到明显改善。

关键词：成像系统渐晕渐晕补偿外掩式日冕仪距离外掩体支撑杆

益肾养心安神片对应激模型大鼠学习记忆的改善作用研究

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药物评价研究 2024年第2期47卷 331-338页

作者：王晓晴王明烨崔雯雯张秋艳王宏涛赵韶华承德医学院中药研究所河北承德067000 河北中医药大学中西医结合学院河北石家庄050200 河北以岭医药研究院有限公司国家中医药管理局重点研究室(心脑血管络病)河北石家庄050035 石家庄以岭药业股份有限公司络病理论创新转化全国重点实验室河北石家庄050035 河北以岭医院国家中医药管理局河北石家庄050035 石家庄以岭药业股份有限公司河北石家庄050035

目的探究益肾养心安神片(YYA)通过对应激大鼠下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)轴调控进而改善学习记忆能力的作用。方法SPF级SD大鼠随机分别为对照组、模型组、艾司唑仑片(ES,阳性对照,0.6 mg·kg^(-1))、安神补脑液(AS,阳性对照,2 mL·kg^(-1))... 详细信息

目的探究益肾养心安神片(YYA)通过对应激大鼠下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)轴调控进而改善学习记忆能力的作用。方法SPF级SD大鼠随机分别为对照组、模型组、艾司唑仑片(ES,阳性对照,0.6 mg·kg^(-1))、安神补脑液(AS,阳性对照,2 mL·kg^(-1))和YYA高、中、低剂量(7.2、3.6、1.8 g·kg^(-1))组,采用咖啡因和环磷酰胺ip同时联合水环境法制作大鼠应激模型,造模成功后ig给药,每天1次,连续给药28 d。实验结束后采用Morris水迷宫分析学习记忆能力的变化;HE染色观察海马区病理形态学改变;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法和免疫组化法检测海马区血管活性肠肽(VIP)和神经生长因子(NGF)的表达;ELISA法检测脑组织超氧化物歧化酶(SOD)活力的变化、血清促肾上腺皮质激素(ACTH)、肾上腺皮质激素释放激素(CRH)和肾上腺皮质激素(ACH)以及脑组织中5-羟色胺(5-HT)含量。结果与模型组比较,各给药组大鼠穿越平台和在目标象限探索的时间明显增加,其中ES组和YYA中、高剂量组尤为显著(P<0.05);海马区神经元病变程度明显改善;海马区神经元细胞胞浆内NGF和VIP染色明显增强,NGF和VIP mRNA表达水平显著升高(P<0.05、0.01);ES组、YYA中、高剂量组SOD水平显著升高(P<0.01);各给药组血清中ACTH和CRH水平均显著降低(P<0.05、0.01),AS组、YYA高剂量组ACH水平显著降低(P<0.05);AS组、ES组、YYA高剂量组5-HT水平显著升高(P<0.05、0.01)。结论YYA可以通过抑制HPA通路,降低脑组织氧化应激水平,从而改善海马组织损伤,营养保护神经,进而增强应激大鼠的学习记忆能力。

关键词：益肾养心安神片慢性应激下丘脑-垂体-肾上腺轴海马学习记忆

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行波激励下多跨连续梁桥地震反应分析

结构工程师 2007年第4期23卷 49-54页

作者：王明晔叶爱君胡世德同济大学建筑设计研究院上海200092 同济大学桥梁工程系上海200092

多跨连续梁桥纵向延伸长度比较长,进行地震反应分析时应考虑地震波有限波速传播所引起的行波效应。以某长江大桥南引桥为例,推导了行波输入时结构的运动方程,并对其进行行波激励下地震反应的数值模拟,将结果与一致激励的结果比较,分析... 详细信息

多跨连续梁桥纵向延伸长度比较长,进行地震反应分析时应考虑地震波有限波速传播所引起的行波效应。以某长江大桥南引桥为例,推导了行波输入时结构的运动方程,并对其进行行波激励下地震反应的数值模拟,将结果与一致激励的结果比较,分析行波效应对于此类桥梁影响的规律性以及影响行波效应的因素。

关键词：多跨连续梁桥运动方程行波效应地震反应分析