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Construction of AFLP-based genetic linkage maps for the chinese shrimp Fenneropaeneus chinensis

chinese science Bulletin 2008年第8期53卷 1205-1216页

作者： tian yi1,2,3,4. kong jie1↑ & wang weiji1 1 yellow sea fisheries research institute, chinese academy of fishery science, qingdao 266071,{4. 2 College of Life science and Technology, Dalian fisheries University, Dalian 116023,{4. 3 institute of Oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071,{4. 4.Graduate University of chinese academy of sciences, Beijing 10004.,{4. yellow sea fisheries research {4. Chinese Academy of Fishery Science Qingdao China College of Life science and Technology Dalian Fisheries University Dalian China institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao China Graduate University of chinese academy of sciences Beijing China

Fenneropaeneus chinensis is an important species in marine fishery resources and aquaculture in china. A genetic linkage map is essential for improving the efficiency of its breeding by marker-as- sisted selection and identifying commercially important genes. Linkage maps of F. chinensis were constructed with an F2 mapping population (110 progenies) using amplified fragment length polymor- phic (AFLP) marker in this study. Fifty-five AFLP primer combinations produced 532 AFLP markers fitting for map strategy in mapping family. The markers with 3:1 segregating ratios were analyzed using F2 intercross model for the common linkage map, while the markers with 1:1 ratio were analyzed using the pseudo-testcross strategy. The maps of male, female and common were constructed. The female map included 103 markers that formed 28 linkage groups, covering a total length of 1090 cM. All mark- ers were linked with the linkage groups. Segregation distortion was observed for 6 of 103 markers in the female map. The average distance between markers was 14.53 cM and ranged from 4.4.to 24.8 cM. The male map included 14. markers that formed 35 linkage groups. Ten markers remained unlinked in male map. Segregation distortion was observed for 7 of 14. markers in the male map. The total dis- tance of male map covered 1617 cM. The average distance between markers was 16.36 cM. The male map was 32.6% longer than the female map, which may reflect sex-specific recombination rates in chinese shrimp. The common map was composed of 216 markers, including in 4. linkage groups covering a total distance of 1772.1 cM. Two markers remained unlinked. No distorted markers of 216 markers were shown in the common map. The distance between markers was 10.4. cM. An average estimated genome size for the chinese shrimp was 24.0 cM, which was consistent with the relative size of the Penaeid genome. The distribution of AFLP markers was relatively even in chromosomes of Chi- nese shrimp maps. The linkage analysis

关键词： AFLP 海洋渔业虾中国

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Estimation of genetic parameters and breeding values in shrimp F enneropenaeus chinensis using the REML/BLUP procedure

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Acta Oceanologica Sinica 2011年第1期30卷 78-86页

作者： ZHANG tianshi kong jie LUAN Sheng wang Qing{4.n LUO Kun tian {4.a College of Life sciences and Technology Ocean University of China Qingdao 266003 China Key Laboratory for Sustainable Utilization of Marine fisheries Resources Ministry ofAgriculture Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery SciencesQingdao 266071 China institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao 266071 China

An analysis of a selection experiment was used to assess the impact of various animal model struc- tures on REML estimates of variance components. The analyses were carried out based on 162 d body mass （BM） of 1 287 animals from 21 paternal half-sib groups of Fenneropenaeus chinensis. Estimated breeding values （EBV） of BM of all individuals were estimated using eight statistical models （A, AB, ABC, ABDC, ABMFC, ABMDC, ABFDC and ABMFDC） and BLUP （best linear unbiased prediction）. These models were designed involving factors such as sex, spawn date as fixed effects, maternal genetic effects, full-sib family effects as random effects, mean BM of families at tagging and age at recording （covariate）. The results demonstrate the importance of correct interpretation of effects in the data set, particularly those that can influence resemblance between relatives. The data structure and the particular model that was applied markedly influenced the magnitude of variance component estimates. Models based on few effects obtained upward biased estimates of additive genetic variance. The accuracy of genetic parameters and breeding value es- timated by ABFDC model was higher than other models. The results imply that additive genetic direct value, full-sib family effects, and covariance effects besides sex and spawn date as fixed effects were very important for estimating genetic parameters and breeding value of body mass. This model had a heritability estimate of 162 d BM of 0.4.. The comparison of the efficiency of selection based on breeding values or phenotypic value revealed great difference： average breeding value of the best 24.families selected by the 162 d BM breeding value and phenotype were 0.577 g and 0.366 g, respectively, representing a 36.57% higher efficiency in the former. In conclusion, selection based on breeding value was more effective than selection based on phenotypic value. Our results indicate that effects influencing the magnitude of estimates should be tak

关键词： Fenneropenaeus chinensis animal model BLUP breeding value

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中国对虾杂交优势对自然感染白斑综合征病毒的抗病力分析

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水产学报 2007年第1期31卷 68-75页

作者：李素红张天时孟宪红孔杰中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071 上海水产大学生命科学与技术学院上海200090

一个包括4.个全同胞家系的中国对虾选育群体,荧光标记后每个家系各取4.尾健康个体混养,自然发病并确认感染白斑综合征病毒(white spot-syndrome virus,W SSV)。发病1周后将所有个体取出,统计各家系的存活率,并对活体利用巢式聚合酶链式... 详细信息

一个包括4.个全同胞家系的中国对虾选育群体,荧光标记后每个家系各取4.尾健康个体混养,自然发病并确认感染白斑综合征病毒(white spot-syndrome virus,W SSV)。发病1周后将所有个体取出,统计各家系的存活率,并对活体利用巢式聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)进行W SSV检测。对存活率进行分析,结果显示:4.家系的存活率在60%以上,7个家系的存活率在20%以下;存活率与第一次扩增阳性率、第二次扩增阳性率呈不显著负相关。第一次扩增阳性率与第二次扩增阳性率呈极显著正相关。结合两次扩增的阳性率分析得出:青岛野生群体内自交产生的一个家系和韩国群体养殖家系与乳山野生群体杂交产生的一个家系在抗病力上显著优于其它家系;经独立样本t检验表明,群体间交配组合的存活率差异不显著,因此家系选育可能是进行抗W SSV品种选育的重要途径。多重比较结果发现:韩国群体养殖家系(♂)与乳山野生群体(♀)杂交后代的存活率(56.20%±8.75%)显著高于韩国群体养殖家系自交后代(22.50%±2.50%)(P26.95)与其反交后代(3.85)差异显著。

关键词：中国对虾巢式PCR 白斑综合征病毒

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用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究

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水产学报 2005年第1期29卷 6-12页

作者：张天时刘萍李健孔杰王清印中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛　266071中国海洋大学海洋生命学院山东青岛　266003 山东青岛　266071

利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74.等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多... 详细信息

利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74.等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0.5567～0.8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0.64.0(CP1)、0.6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1.6830、1.7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1.774.。从遗传多样性所占的比例来看,96.4.5%的遗传变异是来自群体内,只有3.585%的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0.9187,彼此间的遗传距离仅为0.084.,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。

关键词：中国对虾微卫星遗传变异杂合度

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用AFLP方法分析中国对虾抗病选育群体的遗传变异

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水产学报 2005年第1期29卷 13-19页

作者：岳志芹王伟继孔杰戴继勋中国水产科学院黄海水产研究所中国海洋大学海洋生命学院山东青岛　266071中国海洋大学海洋生命学院山东青岛　266003 山东青岛　266071

利用AFLP技术对连续4.选育的中国对虾抗白斑病毒群体进行了遗传分析,并比较了不同的数据处理方法对遗传学参数的影响。7个EcoRⅠ/MseⅠ引物组合共产生350个位点,其中202个为多态位点。4.群体的多态位点比例分别为:39.4.86%,4..4.86%,3... 详细信息

利用AFLP技术对连续4.选育的中国对虾抗白斑病毒群体进行了遗传分析,并比较了不同的数据处理方法对遗传学参数的影响。7个EcoRⅠ/MseⅠ引物组合共产生350个位点,其中202个为多态位点。4.群体的多态位点比例分别为:39.4.86%,4..4.86%,33.4.86%,39.14.9%,Nei基因多样性指数分别为:0.1197,0.1259,0.1133,0.124.;4.群体的Shannon多样性指数分别为0.1831,0.1917,0.1702,0.1896。遗传多样性水平除了第3代群体标本明显较低外,其它3代甚为接近,维持在一个恒定的水平。比较了Nei分析、Shannon信息指数分析、AMOVA分析得出的遗传学参数,建议AMOVA分析作为应用AFLP进行群体遗传学分析时首选的统计方法。在AFLP指纹图谱中发现共显性基因座,对其中1个基因座的两个AFLP片段进行了回收、克隆及测序。序列分析表明,多态性是由引物扩增区域内4.核苷酸的插入/缺失导致的,证明了AFLP标记并不完全是显性标记。实验表明AFLP技术灵敏度高,信息量大,适用于分析亲缘关系较近的个体或品系,在中国对虾分子标记辅助育种方面有应用潜力。

关键词：中国对虾 AFLP 遗传变异抗病群体

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黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

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水产学报 2006年第5期30卷 640-646页

作者：韩志强高天翔王志勇庄志猛苏天凤中国海洋大学教育部海水养殖重点实验室集美大学水产学院中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院水产种质资源与养殖技术重点开放实验室山东青岛266003 山东青岛266071 福建厦门361021 广东广州510300

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体4.个个体中,共扩增出4.1个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.... 详细信息

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体4.个个体中,共扩增出4.1个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.0996,0.164.、0.1622;两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数Gst、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明,黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异,群体间有明显的基因交流。

关键词：黄姑鱼 AFLP 遗传多样性

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对虾抗病性状遗传标记的RAPD分析

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水产学报 2002年第3期26卷 270-274页

作者：刘萍孟宪红孔杰李健王伟继中国水产科学研究院黄海水产研究所中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071

对人工选育的第 3代中国对虾和选育的第 1代凡纳对虾进行个体人工感染WSSV后 ,选取感染WSSV十余天但仍健康的对虾为实验材料 ,用 2 2 0个随机引物进行RAPD分析 ,得到抗病性状相关的特异性遗传标记 99个。其中中国对虾抗病组特异性片段... 详细信息

对人工选育的第 3代中国对虾和选育的第 1代凡纳对虾进行个体人工感染WSSV后 ,选取感染WSSV十余天但仍健康的对虾为实验材料 ,用 2 2 0个随机引物进行RAPD分析 ,得到抗病性状相关的特异性遗传标记 99个。其中中国对虾抗病组特异性片段出现了 18个 ,片段大小在 4. 0～ 2 30 5bp之间 ;凡纳对虾抗病组特异性片段产生 81个 ,片段大小在 4.5～ 2 2 87bp。 77个引物在两种对虾的抗病组扩增出特异性遗传标记 ,其中有 4.引物各获得了三个特异性片段 ,有 13个引物各获得了两个特异性片段 ,其余 6 1个引物各获得了 1个特异性片段。

关键词：对虾抗病性状遗传标记随机扩增多态DNA

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Using SSR Marker to Trace chinese Shrimp Fenneropenaeus chinensis Released in Natural sea-A Feasible Strategy for Assessment of Release Effect in Natural Resources Recovery Program

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渔业科学进展 2018年第1期39卷 21-26页

作者： wang weiji wang Mosang XIAO Guangxia HU Yulong SONG Wenping kong {4. JIN Xianshi Key Laboratory of Sustainable Development of Marine fisheries Ministry of AgricultureYellow Sea Fisheries Research InstituteChinese Academy of Fishery SciencesQingdao 266071 College of fisheries and Life science Shanghai Ocean UniversityShanghai Bohai fisheries research institute of tianjin Tianjin 300457

Enhancement release has been proven effective in natural resources recovery of chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis in the last several decades in china, however, to assess the effectiveness of enhancement release, we still need to develop a high-efficient and easy-operational method to replace those physical-tagging release method with labor intensive, size-and number-limited. In the present study, single(with maternal known) parentage identification using eight simple sequence repeat(SSR) markers genotype fingerprint was used to trace chinese shrimp released in Bohai Bay in 2013. A total of 884.shrimp spawners were collected from two hatcheries in tianjin City respectively after enhancement release of shrimp larvae in May 2013. A total of 84. shrimp samples were recaptured around the release location approximately 4.months after the shrimp larvae were released into the natural {4.. Genotype data of 8 SSR loci of the 1,726 samples were used for maternal-offspring parentage identification using CEervus 3.0 software. The allele number in each locus ranged from 8 to 68 with an average value of 33.25, which produced the cumulative exclusion probability with one parent known of all these sight loci up to 99%. Among the 84. recaptured shrimp samples, 4.8(♂:♀=212:232, gender information was lost for 4.samples) were successfully traced to their 337 maternal parents using a logarithm of odds(LOD) > 3.0 threshold. Among these 337 maternal parents, 253 had a single offspring, 62 had two offspring, 18 had three offspring, 3 had four offspring, and 1 had five offspring. For the first time, a large number of released shrimp were identified from recapture samples, and this study showed that it is possible to trace all released chinese shrimp without using any type of physical tag in enhancement release activities. This not only means more precise recapture ratio assessment than ever expected, but also this method demonstrates an effective method for large-scale hatchery releas

关键词： Fenneropenaeus chinensis Parentage identification SSR Enhancement release

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水产养殖环境中农兽药物的污染暴露水平及其风险影响评价

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环境科学 2024年第1期45卷 151-158页

作者：张楷文张海燕孔聪顾润润田良良杨光昕王媛陈冈沈晓盛中国水产科学研究院东海水产研究所上海200090 上海海洋大学食品学院上海201306 上海市金山区水产技术推广站上海201599

为探究水产养殖环境中农兽药物污染暴露水平及其对生态环境的风险影响,以上海地区水产养殖环境为例,于2022年7~9月采集4.家主要水产养殖场中水体、底泥以及投入品,采用超高压液相色谱-静电场轨道离子阱质谱法分析其农兽药物的含量及种类... 详细信息

为探究水产养殖环境中农兽药物污染暴露水平及其对生态环境的风险影响,以上海地区水产养殖环境为例,于2022年7~9月采集4.家主要水产养殖场中水体、底泥以及投入品,采用超高压液相色谱-静电场轨道离子阱质谱法分析其农兽药物的含量及种类,并通过风险商值(RQ)法对底泥和水体中的农兽药物污染进行生态风险评估.结果表明,204.样品(水样72份、泥样72份和投入品60份)中共筛出13种药物,分别是扑草净、多菌灵、西草净、扑灭津、氟苯尼考、西玛津、金刚烷胺、地西泮、甲氧苄啶、环丙沙星、氧氟沙星、甲苯咪唑和恩诺沙星,其中水样中12种,浓度在0.016~2.084.g·L^(-1)之间.泥样中7种,含量在0.018~23.101μg·kg^(-1)之间.投入品中4.,含量在1.979~101.94.μg·kg^(-1)之间.水体与底泥同时发现的药物有7种.风险商值评价结果显示,农兽药残留在水产养殖场底泥和水体中均存在高中风险,其中生态风险最高的药物为多菌灵,RQ值分别为3.84.和1.580,表现为高风险.建议加强养殖环境中农兽药物外源进入的控制与管理,以保护水产养殖环境的生态系统健康.

关键词：养殖环境农兽药暴露水平风险评估上海地区

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凡纳对虾不同品系生长和急性肝胰腺坏死病抗性遗传参数估计

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渔业科学进展 2024年第6期45卷 133-143页

作者：黄桂仙李旭鹏田吉腾栾生孔杰曹宝祥刘宁罗坤谭建曹家旺代平陈宝龙强光峰刘绵宇刘杨王宏杰刘学会隋娟孟宪红上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 中国水产科学研究院黄海水产研究所海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室山东青岛266071 青岛海洋科技中心海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266237 邦普种业科技有限公司山东潍坊261312 会达水产养殖有限公司河北唐山063299

为开展凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease, AHPND)抗性复合选育,本研究以自主选育的凡纳对虾高抗和快大品系为研究对象进行生长和AHPND抗性测试。实验家系共计70个(高抗家系4.... 详细信息

为开展凡纳对虾(Penaeus vannamei)生长和急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease, AHPND)抗性复合选育,本研究以自主选育的凡纳对虾高抗和快大品系为研究对象进行生长和AHPND抗性测试。实验家系共计70个(高抗家系4.个,快大家系30个),实验个体共计1 760尾(高抗个体800尾,快大个体960尾)。2个品系分2批次进行VpAHPND定量口饲感染。批次内实验个体达半数死亡后停止投喂毒饵。利用个体动物模型和父母本阈值模型评估2个品系3个性状(体重、感染VpAHPND后个体存活时间、家系半致死存活率)的遗传力;利用两性状动物模型评估3个性状两两之间的遗传相关。结果显示,高抗系体重遗传力估计值为0.599±0.120,为高遗传力水平;个体存活时间遗传力估计值为0.24.±0.072,为中等遗传力水平;家系半致死存活率遗传力估计值为0.173±0.051,为低等遗传力水平。快大系体重、个体存活时间和家系半致死存活率的遗传力估计值分别为0.266±0.082、0.374.0.096、0.257±0.04.,均为中等遗传力水平。经Z-score检验,2个品系各性状遗传力估计值与0差异均达到极显著水平(P2个品系内的体重与AHPND抗性性状(个体存活时间、家系半致死存活率)遗传相关均表现为低度正相关(0.061~0.235),且与0差异不显著(P>0.05);2个品系内的个体存活时间与家系半致死存活率遗传相关分别为0.997±0.129、0.967±0.04.,为高度正相关。结果表明,在实际选育过程中,可将生长和AHPND抗性作为选育指标纳入综合选择指数进行选种制种;为简化抗性测试过程,可将家系半致死存活率作为选育群体的AHPND抗性指标。本研究为开展凡纳对虾生长和AHPND抗性优良品种的选育提供了参考。

关键词：凡纳对虾生长 AHPND抗性遗传力遗传相关

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