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Bin-based model construction and analytical strategies for dissecting complex traits with chromosome segment substitution lines

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Chinese Science Bulletin 2012年第21期57卷 2666-2674页

作者： tang zaixiang XIAO Jing HU WenMing YU Bo XU ChenWu School of Public Health Medical College of Soochow UniversitySuzhou 215123China Jiangsu Provincial Key Laboratory of Crop Genetics and Physiology Key Laboratory of Plant Functional Genomics of Ministry of EducationYangzhou UniversityYangzhou 225009China Department of Epidemiology and Biostatistics School of Public HealthNantong UniversityNantong 226019China

Chromosome segment substitution lines have been created in several experimental models,including many plant and animal species,and are useful tools for the genetic analysis and mapping of complex *** traditional t-test is usually applied to identify a quantitative trait locus (QTL) that is contained within a chromosome segment to estimate the QTL's ***,current methods cannot uncover the entire genetic structure of complex *** example,current methods cannot distinguish between main effects and epistatic *** this paper,a linear epistatic model was constructed to dissect complex ***,all the long substituted segments were divided into overlapping small bins,and each small bin was considered a unique independent *** genetic model for complex traits was then *** considering all the possible main effects and epistatic effects,the dimensions of the linear model can become extremely ***,variable selection via stepwise regression (Bin-REG) was proposed for the epistatic QTL analysis in the present ***,we tested the feasibility of using the LASSO (least absolute shrinkage and selection operator) algorithm to estimate epistatic effects,examined the fully Bayesian SSVS (stochastic search variable selection) approach,tested the empirical Bayes (E-BAYES) method,and evaluated the penalized likelihood (PENAL) method for mapping epistatic *** studies suggested that all of the above methods,excluding the LASSO and PENAL approaches,performed *** Bin-REG method appears to outperform all other methods in terms of estimating positions and effects.

关键词：染色体片段置换系数量性状位点基于模型解剖上位性效应 QTL分析线性模型变量选择

基于美国FAERS数据库抗抑郁药物与胎儿及新生儿的不良事件信号分析

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中国药物警戒 2024年第6期21卷 687-692页

作者：时贯宏王淇孙昊陈雁杰储紫雁蒋傲汤在祥刘静芳苏州大学附属第一医院妇产科江苏苏州215006 苏州大学苏州医学院公共卫生学院江苏苏州215123 苏州大学苏州医学院第一临床医院妇产科江苏苏州215123 宁波大学医学部公共卫生学院浙江宁波315201

目的基于美国食品药品监督管理局不良事件报告系统(FAERS)挖掘抗抑郁药物的使用与胎儿及新生儿不良事件的风险信号,为临床安全合理用药提供参考。方法筛选FAERS数据库2004年1月1日至2022年12月31日中怀疑抗抑郁药的不良事件报告,并通过... 详细信息

目的基于美国食品药品监督管理局不良事件报告系统(FAERS)挖掘抗抑郁药物的使用与胎儿及新生儿不良事件的风险信号,为临床安全合理用药提供参考。方法筛选FAERS数据库2004年1月1日至2022年12月31日中怀疑抗抑郁药的不良事件报告,并通过报告比值比(ROR)法和比例报告比值比(PRR)法挖掘抗抑郁药与胎儿及新生儿之间的不良事件信号。结果共有14492例儿胎儿及新生儿异常的病例纳入研究,其中胎儿组5546例,新生儿组病例8946例。药物方面,分别有68.97%、56.35%的胎儿不良事件信号和新生儿不良事件信号为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)类抗抑郁药产生。不良事件方面,51.72%胎儿不良事件信号与羊水相关,20.99%的新生儿不良事件信号与呼吸系统异常相关。对产生的不良事件信号进行二次筛选后,西酞普兰和文拉法辛信号突出,且存在说明书未载明信号。结论抗抑郁药物的整体信号特征与现有的安全性资料基本一致,但通过分组分析仍然发现了如胎儿羊水异常、新生儿心脏方面等说明书未载明不良事件,临床使用时应重点关注。

关键词：抗抑郁药物选择性5-羟色胺再摄取抑制剂胎儿及新生儿美国食品药品监督管理局不良事件报告系统报告比值比法比例报告比值比法药物安全不良事件信号

微课建设结合翻转课堂设计助力本科生学习能力提升

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连云港职业技术学院学报 2018年第4期31卷 77-81页

作者：汤在祥苏州大学医学部公共卫生学院江苏苏州215123

本研究采用整群比较的方法,在医学统计学课程上,对比了基于微课的翻转课堂设计与传统教学方法在本科生学习能力提升方面的作用。在儿科临床班采用翻转课堂设计,在普通临床班采用常规教学设计,通过问卷调查了解学生各方面能力提升情况和... 详细信息

本研究采用整群比较的方法,在医学统计学课程上,对比了基于微课的翻转课堂设计与传统教学方法在本科生学习能力提升方面的作用。在儿科临床班采用翻转课堂设计,在普通临床班采用常规教学设计,通过问卷调查了解学生各方面能力提升情况和知识掌握情况。结果表明:基于微课的翻转课堂设计的班级本科生在学习能力的各个指标方面都显著优于常规教学设计班级,在知识掌握方面也相对优于常规教学设计班级。

关键词：微课翻转课堂教学设计高等院校

基于生存分析模型挖掘HSPB1基因表达与放疗敏感性关系研究

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安徽医科大学学报 2019年第2期54卷 261-266页

作者：江庆华王亚民汤在祥无锡工艺职业技术学院宜兴214206 常州工程职业技术学院常州213164 苏州大学医学部公共卫生学院苏州215123

目的探讨热休克蛋白(HSPB1)与胃癌的放疗敏感性关系。方法采用TCGA公开的胃癌数据库,随机将胃癌数据等分为2份,一份为测试组数据,一份为验证组数据。结果分析结果表明,HSPB1的表达与胃癌患者的总生存率无显著关联;无论是测试组还是验证... 详细信息

目的探讨热休克蛋白(HSPB1)与胃癌的放疗敏感性关系。方法采用TCGA公开的胃癌数据库,随机将胃癌数据等分为2份,一份为测试组数据,一份为验证组数据。结果分析结果表明,HSPB1的表达与胃癌患者的总生存率无显著关联;无论是测试组还是验证组数据,高表达HSPB1的胃癌患者在放疗与非放疗组间总生存差异无统计学意义,多因素调整后也无统计学意义,测试组数据和验证组数据调整后风险比(HR)分别为1. 08(0. 38～3. 09)和1. 38(0. 53～3. 64),P值分别为0. 89和0. 51;而低表达HSPB1胃癌患者经过放疗,效果显著,测试组数据和验证组数据调整后HR为0. 22(0. 06～0. 81)和0. 03(0. 003～0. 220),P值分别为0. 02和0. 001。结论 HSPB1低表达与胃癌的放疗敏感性存在明显关联,HSPB1低表达的患者,放疗后生存率大幅上升,提示HSPB1可作为胃癌精准放疗的潜在有效的分子标志物。

关键词：热休克蛋白胃癌放疗敏感性生存分析 TCGA

较低级别胶质瘤TOX基因表达水平与放疗敏感性的关联研究

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中华放射肿瘤学杂志 2023年第9期32卷 836-842页

作者：马胤光孙铭刘畅白璐李慧君汤在祥苏州大学苏州医学院苏州215123 苏州大学苏州医学院公共卫生学院医学统计系苏州215123

目的探讨胸腺细胞选择相关高迁移率族蛋白(TOX)基因表达与较低级别胶质瘤(LGG)患者放疗敏感性的关系。方法采用生物信息学研究方法,选取肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的474例LGG患者作为试验集(TCGA-474集),中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA... 详细信息

目的探讨胸腺细胞选择相关高迁移率族蛋白(TOX)基因表达与较低级别胶质瘤(LGG)患者放疗敏感性的关系。方法采用生物信息学研究方法,选取肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的474例LGG患者作为试验集(TCGA-474集),中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中的两个不同的遗传数据集(分别包括412例和171例患者)作为验证集(CGGA-412集和CGGA-171集)。根据是否接受放疗将患者分层,根据TOX基因在LGG中的表达水平分为TOX高表达组和低表达组,绘制患者生存曲线,采用log-rank检验对比分析TOX高表达组和低表达组患者的总生存(OS)和无进展生存(PFS)。结果TCGA-474集患者OS多因素分析显示TOX高表达是OS的保护因素(HR=0.061,95%CI为0.005~0.791,P=0.044)。按放疗与否分层并调整混杂因素后,TOX高表达组患者在TCGA-474集、CGGA-412集、CGGA-171集的HR(95%CI)分别为0.405(0.261~0.629)、0.581(0.418~0.806)和0.464(0.269~0.800),P值分别为<0.001、0.001、0.008。TCGA-474集的放疗患者中,TOX高表达组患者的OS(P<0.001)和PFS(P<0.001)均较低表达组延长,差异有统计学意义。TOX高表达组患者的OS获益在CGGA-412集(P<0.001)和CGGA-171集(P<0.001)均较低表达组延长,差异有统计学意义。结论TOX的高表达可能与LGG的放疗敏感性有关,可能是LGG放疗敏感性的一个基因标记。

关键词：神经胶质瘤,较低级别放射敏感性胸腺细胞选择相关高迁移率族蛋白

基于FAERS数据库的苯二氮[艹卓]类药物的不良反应分析

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中国药物警戒 2022年第11期19卷 1223-1227页

作者：黄丽婷汤在祥白璐时贯宏江翊国苏州大学医学部公共卫生学院江苏苏州215123 苏州大学医学部江苏省老年病预防与转化医学重点实验室江苏苏州215123 南京医科大学附属苏州科技城医院药学部江苏苏州215153

目的利用美国食品药品监督管理局(FDA)不良事件报告系统(FDA adverse event reporting system, FAERS)数据库2004年3月1日至2020年9月30日的数据,挖掘与使用苯二氮[艹卓]类药物相关的潜在信号,并对劳拉西泮进行二次筛选分析,从而更好... 详细信息

目的利用美国食品药品监督管理局(FDA)不良事件报告系统(FDA adverse event reporting system, FAERS)数据库2004年3月1日至2020年9月30日的数据,挖掘与使用苯二氮[艹卓]类药物相关的潜在信号,并对劳拉西泮进行二次筛选分析,从而更好地指导该类药物的科学合理使用。方法利用频数法,通过计算校正的卡方值(χ^(2)_(Yates))、PRR和ROR的95%置信区间的下限(ROR_(025))挖掘与苯二氮[艹卓]类药物相关的信号。结果与阿普唑仑、氯巴占、氯硝西泮、二钾氯氮、地西泮、艾司唑仑、氟西泮、劳拉西泮、奥沙西泮、夸西泮、替马西泮、三唑仑相关的信号数分别为1 345、582、1 532、430、1430、216、312、1 699、618、98、1 027、330个,其中劳拉西泮经二次筛选分析得到的信号数为58个。结论通过该研究,发现与各苯二氮[艹卓]类药物相关的信号位居前10位的事件大多已在药品说明书中载明,然而经二次筛选的劳拉西泮的相关信号较多尚未在药品说明书中载明,提示在劳拉西泮的用药中应对此类信号予以格外关注。

关键词：苯二氮[艹卓]类药物劳拉西泮 FAERS数据库药物安全

CIITA基因表达水平与胶质瘤放疗敏感性关联研究

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2021年第6期42卷 74-80页

作者：黄逸李慧君白璐汤在祥刘松柏苏州卫生职业技术学院苏州市检验医学生物技术重点实验室江苏苏州215009 苏州大学公共卫生学院江苏苏州215123

为探讨CIITA(MHCII类反式激活蛋白)基因表达水平与脑胶质瘤放疗敏感性关系,采用Cox比例风险回归模型,对TCGA、CGGA693、CGGA3253个独立公共数据集数据进行整理分析,研究CIITA高、低表达水平与脑胶质瘤放疗敏感性关系。结果表明:在不放... 详细信息

为探讨CIITA(MHCII类反式激活蛋白)基因表达水平与脑胶质瘤放疗敏感性关系,采用Cox比例风险回归模型,对TCGA、CGGA693、CGGA3253个独立公共数据集数据进行整理分析,研究CIITA高、低表达水平与脑胶质瘤放疗敏感性关系。结果表明:在不放疗情况下,CIITA高、低表达水平与生存率无显著相关,校正HR(CIITA高表达/CIITA低表达)值分别为1.208(0.403~3.621)、1.501(0.743~3.035)和1.281(0.451~3.637),P值分别为0.736、0.250和0.641;而在放疗情况下,CIITA高、低表达水平与生存率显著相关,校正HR(CIITA高表达/CIITA低表达)值分别为1.821(1.086~3.053)、2.052(1.409~2.988)和2.664(1.531~4.634),P值分别为0.023、<0.0001和0.001,结合Kaplan-Meier曲线及log-rank统计检验,结果发现相对于CIITA高表达患者,低表达患者在接受放射治疗后,生存状态更好。这一研究提示,CIITA基因可能与脑胶质瘤患者放射敏感性存在一定的关联。

关键词： CIITA基因放疗敏感性脑胶质瘤

MCM7基因在子宫内膜癌中表达及其与放疗敏感性的相关研究

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2020年第4期41卷 46-53页

作者：刘静芳杜紫璇汤在祥陈友国苏州大学附属第一医院妇产科江苏苏州225123 苏州大学公共卫生学院江苏苏州225123

采用TCGA公开的子宫内膜癌数据,分析微小染色体维持蛋白7基因(MCM7)在患者中的表达分布情况;采用交叉验证方法,将数据分为训练组和验证组,分析MCM7基因表达水平与放疗敏感性的关系。结果表明:MCM7基因表达在不同组织学和病理学分级上存... 详细信息

采用TCGA公开的子宫内膜癌数据,分析微小染色体维持蛋白7基因(MCM7)在患者中的表达分布情况;采用交叉验证方法,将数据分为训练组和验证组,分析MCM7基因表达水平与放疗敏感性的关系。结果表明:MCM7基因表达在不同组织学和病理学分级上存在显著差异;MCM7基因高表达与患者放疗敏感性相关。在训练数据和验证数据中,MCM7基因高表达患者,在放疗和非放疗组生存差异有统计学意义,放疗患者的生存率显著提高,多因素校正后放疗的HR分别为0.337 (0.134~0.847)和0.312 (0.106~0.918),相应P值分别为0.021和0.034。合并训练组和验证组数据后,分析结果与上述一致。在全部放疗患者中,高表达患者生存率亦显著高于低表达患者,P值为0.024。不同组织学和病理学分级的亚组分析也与上述研究结果一致。这一研究提示MCM7基因高表达与放疗敏感性相关,MCM7基因可能是子宫内膜癌患者放疗敏感性潜在有效的生物标记物。

关键词： MCM7基因放疗敏感性子宫内膜癌生存分析 TCGA数据库

不同种族乳腺癌放疗敏感性比较及潜在生物标记的挖掘研究

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2019年第4期40卷 65-69页

作者：江庆华王学枫汤在祥王亚民无锡工艺职业技术学院江苏宜兴214206 美国墨菲特癌症中心生物统计学与生物信息学系美国佛罗里达州33601 苏州大学公共卫生学院江苏苏州215123 常州工程职业技术学院江苏常州213164

以TCGA乳腺癌数据为研究对象,采用生存分析模型比较不同种族乳腺癌患者总生存差异,以及不同种族乳腺癌患者接受放疗和未接受放疗的生存差异,并进一步采用单基因交互作用模型初步筛选放疗敏感性基因标记物。结果表明:高加索白人乳腺癌患... 详细信息

以TCGA乳腺癌数据为研究对象,采用生存分析模型比较不同种族乳腺癌患者总生存差异,以及不同种族乳腺癌患者接受放疗和未接受放疗的生存差异,并进一步采用单基因交互作用模型初步筛选放疗敏感性基因标记物。结果表明:高加索白人乳腺癌患者较非洲裔美国人乳腺癌患者生存率高,存在显著的种族差异;高加索白人乳腺癌患者对放疗不敏感,而非洲裔美国人乳腺癌患者在接受放疗和未接受放疗2组间存在显著生存差异,提示非洲裔美国人乳腺癌患者对放疗敏感;针对高加索白人乳腺癌患者,采用单基因交互作用模型初步筛选出部分放疗敏感性基因标记物。

关键词：乳腺癌种族放射敏感性生物标记物