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Pindel-TD:A Tandem Duplication Detector Based on A Pattern Growth.Approach

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第1期22卷 99-104页

作者： Xiaofei Yang Gaoyang Zh.ng Peng Jia songbo Wang Kai Ye Sch.ol of Computer Science and Tech.ology Faculty of Electronic and Information EngineeringXi’an Jiaotong UniversityXi’an 710049China Center for Math.matical Medical the First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong UniversityXi’an 710061China Genome Institute the First Affiliated Hospital of Xi’an Jiaotong UniversityXi’an 710061China MOE Key Lab for Intelligent Networks&Networks Security Faculty of Electronic and Information EngineeringXi’an Jiaotong UniversityXi’an 710049China Sch.ol of Automation Science and Engineering Faculty of Electronic and Information EngineeringXi’an Jiaotong UniversityXi’an 710049China Sch.ol of Life Science and Tech.ology Xi’an Jiaotong UniversityXi’an 710049China Faculty of Science Leiden UniversityLeiden 2311 EZNetherland

Tandem duplication(TD)is a major type of structural variations(SVs)th.t plays an important role in novel gene formation and h.man ***,TDs are often missed or incorrectly classified as insertions by most modern SV detection meth.ds due to th. lack of specialized operation on TD-related mutational ***,we developed a TD detection module for th. Pindel tool,referred to as Pindel-TD,based on a TD-specific pattern growth.***-TD is capable of detecting TDs with.a wide size range at single nucleotide *** simulated and real read data from h.002,we demonstrated th.t Pindel-TD outperforms oth.r leading meth.ds in terms of precision,recall,F1-score,and ***,by applying Pindel-TD to data generated from th. K562 cancer cell line,we identified a TD located at th. seventh.exon of SAGE1,providing an explanation for its h.gh.***-TD is available for non-commercial use at h.tps://***/xjtu-omics/pindel.

关键词： Tandem duplication Pattern growth Sh.rt-read sequencing Structural variation SAGE1

An engineered DNA aptamer-based PROTAC for precise th.rapy of p53-R175h.h.tspot mutant-driven cancer

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Science Bulletin 2024年第13期69卷 2122-2135页

作者： Lingping Kong Fanlu Meng Ping Zh.u Ruixin Ge Xiaosh.n Geng Zh.h.o Yang Guo Li Linlin Zh.ng Jing Wang Jinfeng Ma Ch.ng Dong Jun Zh.u Sijin Wu Diansh.ng Zh.ng songbo Xie Department of Medical Oncology Tianjin Medical University General HospitalTianjin 300052China Center for Cell Structure and Function Collaborative Innovation Center of Cell Biology in Universities of ShandongCollege of Life SciencesShandong Normal UniversityJinan 250014China Th. Province and Ministry Co-sponsored Collaborative Innovation Center for Medical Epigenetics Key Laboratory of Immune Microenvironment and Disease(Ministry of Education)School of Basic Medical SciencesTianjin Medical UniversityTianjin 300070China Tianjin Key Laboratory of Lung Cancer Metastasis and Tumor Microenvironment Lung Cancer InstituteTianjin Medical University General HospitalTianjin 300052China h.ih. Laboratory of Cell Ecosystem State Key Laboratory of Medicinal Chemical BiologyCollege of Life SciencesNankai UniversityTianjin 300071China Wisdom Lake Academy of Ph.rmacy Xi’an Jiaotong-Liverpool UniversitySuzhou 215028China Department of Oph.h.lmology Tianjin Medical University General HospitalLaboratory of Molecular OphthalmologyTianjin Key Laboratory of Ocular TraumaTianjin Medical UniversityTianjin 300052China

Targeting oncogenic mutant p53 represents an attractive strategy for cancer treatment due to th. h.gh.frequency of gain-of-function mutations and ectopic expression in various cancer *** extensive efforts,th. absence of a druggable active site for small molecules h.s rendered th.se mutants th.rapeutically *** we develop a selective and effective proteolysis-targeting ch.mera(PROTAC)for p53-R175h.a common h.tspot mutant with.dominant-negative and oncogenic *** a novel iterative molecular docking-guided post-SELEX(systematic evolution of ligands by exponential enrich.ent)approach.we rationally engineer a h.gh.performance DNA aptamer with.improved affinity and specificity for *** th.s resulting aptamer as a binder for PROTACs,we successfully developed a selective p53-R175h.degrader,named ***53m induces th. ubiquitin–protea some-dependent degradation of p53-R175h.wh.le sparing wildtype ***,dp53m demonstrates significant antitumor efficacy in p53-R175h.driven cancer cells both.in vitro and in vivo,with.ut ***,dp53m significantly and synergistically improves th. sensitivity of th.se cells to cisplatin,a commonly used ch.moth.rapy *** findings provide evidence of th. potential th.rapeutic value of dp53m in p53-R175h.driven cancers.

关键词： P53 Aptamer PROTAC Cancer Drug resistance

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一种雷达搜跟转换近似时间最优控制方法

兵工自动化 2024年第9期43卷 21-23页

作者：柳江陈松波零八一电子集团研究院成都611700

为解决时间最优控制(time optimal control,TOC)存在的颤抖和鲁棒性下降问题,提出一种雷达搜跟转换近似时间最优控制(proximateTOC,PTOC)方法。以搜跟雷达方位伺服作为研究对象,在电机角速度和角加速度受约束的条件下,设计近似时间最优... 详细信息

为解决时间最优控制(time optimal control,TOC)存在的颤抖和鲁棒性下降问题,提出一种雷达搜跟转换近似时间最优控制(proximateTOC,PTOC)方法。以搜跟雷达方位伺服作为研究对象,在电机角速度和角加速度受约束的条件下,设计近似时间最优控制器,建立控制数学模型,并基于Matlab进行仿真论证及实物验证。验证结果表明:该算法切实可行,能达到系统技术指标要求,可广泛应用于搜跟一体雷达伺服系统中。

关键词：搜跟雷达雷达截获时间近似时间最优伺服系统

以天然气为燃料的无阀自激脉动燃烧器运行特性研究

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热能动力工程 2024年第7期39卷 72-79页

作者：刘嵩勃徐艳英沈阳航空航天大学安全工程学院辽宁沈阳110136

设计了一种无阀自激脉动燃烧器,取消传统的机械阀门,尾管采用蛇形结构,以天然气为燃料,通过连续供空气和天然气的方式,实现自主激励脉动燃烧。采用实验方法研究了脉动燃烧器的运行特性,分析了热负荷和过量空气系数对压力振荡和运行频率... 详细信息

设计了一种无阀自激脉动燃烧器,取消传统的机械阀门,尾管采用蛇形结构,以天然气为燃料,通过连续供空气和天然气的方式,实现自主激励脉动燃烧。采用实验方法研究了脉动燃烧器的运行特性,分析了热负荷和过量空气系数对压力振荡和运行频率的影响。结果表明:过量空气系数在0.9~1.4范围内,燃烧器能产生稳定的脉动燃烧,压力振幅和运行频率均随热负荷的增大而增大,压力幅值随过量空气系数的增大而增大,运行频率随着过量空气系数的增大而降低,燃烧器在稳定运行时降低热负荷出现了频率跳变现象。

关键词：脉动燃烧运行特性天然气尾管压力振幅

基于改进YOLOv8n的煤矿井下钻杆计数方法

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工矿自动化 2024年第8期50卷 112-119页

作者：姜媛媛刘宋波安徽理工大学电气与信息工程学院安徽淮南232001 安徽理工大学环境友好材料与职业健康研究院(芜湖) 安徽芜湖241003

为提高煤矿井下钻杆计数的效率和精度,提出了一种基于改进YOLOv8n模型的煤矿井下钻杆计数方法。建立了YOLOv8n−TBiD模型,该模型可准确检测矿井钻机工作视频中的钻杆并进行有效分割:为有效捕获钻杆的边界信息,提高模型对钻杆形状识别的精... 详细信息

为提高煤矿井下钻杆计数的效率和精度,提出了一种基于改进YOLOv8n模型的煤矿井下钻杆计数方法。建立了YOLOv8n−TBiD模型,该模型可准确检测矿井钻机工作视频中的钻杆并进行有效分割:为有效捕获钻杆的边界信息,提高模型对钻杆形状识别的精度,使用加权双向特征金字塔网络(BiFPN)替换路径聚合网络(PANet);针对钻杆易与昏暗的矿井环境混淆的问题,在Backbone网络的SPPF模块后添加三分支注意力(Triplet Attention),以增强模型抑制背景干扰的能力;针对钻杆在图像中占比小、背景信息繁杂的问题,采用Dice损失函数替换CIoU损失函数来优化模型对目标钻杆的分割处理。利用YOLOv8n−TBiD模型分割出的钻杆及其掩码信息,根据打钻过程中钻杆掩码面积变小而装新钻杆时钻杆掩码面积突然增大的规律,设计了一种钻杆计数算法。选取综采工作面实际采集的钻机工作视频对基于YOLOv8n−TBiD模型的钻杆计数方法进行了实验验证,结果表明:①YOLOv8n−TBiD模型检测钻杆的平均精度均值达94.9%,与对比模型GCI−YOLOv4,ECO−h.,P−MobileNetV2,YOLOv5,YOLOX相比,检测准确率分别提升了4.3%,7.5%,2.1%,6.3%,5.8%,检测速度较原始YOLOv8n模型提升了17.8%。②所提钻杆计数算法在不同煤矿井下环境的视频数据集上实现了99.3%的钻杆计数精度。

关键词：矿井钻机钻杆计数 YOLOv8n−TBiD BiFPN Triplet Attention Dice损失函数钻杆掩码图像分割

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密闭空间内盾构机主机非常规吊装施工技术分析

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建筑科技 2024年第2期8卷 83-88页

作者：靳松波上海市基础工程集团有限公司上海200433

特殊工况下密闭空间内进行盾构机主机的非常规吊装施工作业是盾构施工的一个难题。结合上海市轨道交通14号线工程的密闭空间内盾构机盾体非常规吊装施工工程实例,简要阐述特殊工况下密闭空间内非常规吊装设备辅助下盾构机刀盘、驱动、... 详细信息

特殊工况下密闭空间内进行盾构机主机的非常规吊装施工作业是盾构施工的一个难题。结合上海市轨道交通14号线工程的密闭空间内盾构机盾体非常规吊装施工工程实例,简要阐述特殊工况下密闭空间内非常规吊装设备辅助下盾构机刀盘、驱动、盾体拆解吊装的施工分析研究,以期为后续类似工况下密闭操作空间内的盾构机盾体拆分提供参考。

关键词：盾构密闭空间拆分非常规吊装设备

两种不同固定化方法对木聚糖酶Xyn11A酶学性质的影响及在低聚木糖制备中的应用

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食品与发酵工业 2024年第10期50卷 17-23页

作者：李婵娟汪松波吴高兵武汉设计工程学院食品与生物科技学院湖北武汉430205 华中农业大学生命科学技术学院湖北武汉430070 华中农业大学植物科学技术学院湖北武汉430070

为了提高木聚糖酶Xyn11A的稳定性及在低聚木糖生产中的应用潜力,该研究利用有机-无机杂化纳米花技术和以氨基乙基-琼脂糖为载体共价结合法固定Xyn11A,制备了固定化酶Xyn11A-Cu_(3)(PO_(4))_(2)和Xyn11A-Agarose,并比较研究了2种固定化... 详细信息

为了提高木聚糖酶Xyn11A的稳定性及在低聚木糖生产中的应用潜力,该研究利用有机-无机杂化纳米花技术和以氨基乙基-琼脂糖为载体共价结合法固定Xyn11A,制备了固定化酶Xyn11A-Cu_(3)(PO_(4))_(2)和Xyn11A-Agarose,并比较研究了2种固定化酶的酶学性质,发现2种固定化酶的ph.定性和热稳定性均有所提高,Xyn11A-Agarose稳定性更佳,在ph.4.0~4.5处理24 h.仍有40%~65%的残余活性,50℃处理3 h.仍有60%的残余活性。以榉木木聚糖为底物,与游离酶相比,Xyn11A-Cu_(3)(PO_(4))_(2)和Xyn11A-Agarose对底物的亲和力和催化效率有所降低,但有较好的重复使用次数。特别是Xyn11A-Agarose循环使用12轮后,仍有90%的残余活性。Xyn11A-Cu_(3)(PO_(4))_(2)水解甘蔗渣和玉米芯粉生成的低聚木糖中木二糖和木三糖含量最高,木四糖含量最低;而Xyn11A-Agarose催化生成的不同低聚木糖含量相当。2种固定化方法均能显著提高Xyn11A的稳定性,但Xyn11A-Agarose的稳定性和重复性优于Xyn11A-Cu_(3)(PO_(4))_(2),表明Xyn11A-Agarose在生产低聚木糖中具有更大应用潜力。

关键词：木聚糖酶固定化酶学性质低聚木糖

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消能抗震锚杆的研究进展与思考

地球科学 2024年第2期49卷 522-537页

作者：石振明谢可禄俞松波杜长城赵飞同济大学土木工程学院地下建筑与工程系上海200092 同济大学岩土及地下工程教育部重点实验室上海200092

消能锚杆在加固边坡工程、基坑工程和巷道工程中具有良好的支护和容错能力,已经被广泛地研究和应用.系统地介绍了传统消能抗震锚杆的研发现状.根据消能抗震锚杆在外荷载消失后是否可自行恢复,进一步将其分为变形不可自复位型锚杆和变形... 详细信息

消能锚杆在加固边坡工程、基坑工程和巷道工程中具有良好的支护和容错能力,已经被广泛地研究和应用.系统地介绍了传统消能抗震锚杆的研发现状.根据消能抗震锚杆在外荷载消失后是否可自行恢复,进一步将其分为变形不可自复位型锚杆和变形可自复位型锚杆,并就几种典型消能抗震锚杆的工作机理及优缺点做了分析.在此基础上,进一步总结了现有抗震锚杆技术存在的主要问题:现在消能锚杆结构存在设计缺陷、不同荷载力学作用机制导致锚杆力学响应存在显著差异、现有消能锚杆无法适应岩土体的动力变形.最后,基于抗震结构自复位性的特点,提出了一种具有自复位结构的新型多级消能抗震锚杆,该锚杆具有多级缓冲消能的特点,且能实现在外部荷载减小或消失时其消能部件变形可恢复的效果,有望为强震区、爆破区及高地应力区的边坡、隧道、矿井巷道等工程持续提供有效的支护力.

关键词：消能抗震锚杆边坡工程强震作用自复位结构工作原理工程地质

低温作用下改性骨料-钢纤维再生混凝土弯曲性能试验

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复合材料学报 2024年第2期41卷 884-897页

作者：苏骏黄福王淞波许子扬杨海鑫李扬湖北工业大学土木建筑与环境学院武汉430068

为探究低温作用对改性骨料-钢纤维再生混凝土弯曲性能的影响,将再生骨料通过水泥净浆改性处理后,分别设置30wt%、60wt%再生骨料取代率,掺入适量钢纤维制成净浆改性再生混凝土(CRAC),以我国北方寒区温度为背景设置20℃、0℃、-20℃、-40... 详细信息

为探究低温作用对改性骨料-钢纤维再生混凝土弯曲性能的影响,将再生骨料通过水泥净浆改性处理后,分别设置30wt%、60wt%再生骨料取代率,掺入适量钢纤维制成净浆改性再生混凝土(CRAC),以我国北方寒区温度为背景设置20℃、0℃、-20℃、-40℃、-60℃的温度梯度,将CRAC经低温作用进行抗压强度及四点弯曲性能试验,对其进行等效弯曲强度及弯曲韧性分析,同时结合SEM从微观结构角度揭示其宏观性能改变机制,在此基础上给出了低温作用下再生混凝土的纤维增强效应表达式。结果表明:经低温作用CRAC弯拉强度显著提升,较常温最大可提升约168%;随温度的进一步降低,受冰晶生长作用及改性骨料特性影响,再生骨料取代率为60wt%的CRAC耗能能力较30wt%表现更优;同时低温作用下钢纤维体积掺量为1.5vol%的CRAC强度及韧性性能提升效果最佳,研究结论为低温作用下再生混凝土的性能优化设计及推广应用提供参考。

关键词：改性骨料再生混凝土低温作用弯曲韧性纤维掺量微观结构