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The History and Advances of Reversible Terminators Used in New Generations of Sequencing Technology

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2013年第1期11卷 34-40页

作者： Fei Chen Mengxing Dong Meng Ge lingxiang zhu Lufeng Ren Guocheng Liu Rong Mu CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences

DNA sequencing using reversible terminators, as one sequencing by synthesis strategy, has garnered a great deal of interest due to its popular application in the second-generation high-throughput DNA sequencing technology. In this review, we provided its history of develop- ment, classification, and working mechanism of this technology. We also outlined the screening strategies for DNA polymerases to accommodate the reversible terminators as substrates during polymerization; particularly, we introduced the ＂REAP＂ method developed by us. At the end of this review, we discussed current limitations of this approach and provided potential solutions to extend its application.

关键词： DNA polymerases Sequencing technology Modified nucleotide Primer extension Reversible terminator Sequencing by synthesis

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散粮出仓组合式输送设备研制

现代食品 2024年第10期30卷 8-11页

作者：张志伟万小进朱凌翔李首文郝嘉震汤凯凯江宏明杭州市粮食收储有限公司仁和分公司浙江杭州311107

散粮出仓组合式输送设备利用输送机的输出动力,在工作时通过前侧输送辊将动力传递给装抛装置的旋转轮盘。旋转轮盘与抛粮斗连在一起,在旋转轮盘惯性的作用下将物料抛向循环运行的输送机的后端,再由输送机将颗粒物输送到出仓设备上进行... 详细信息

散粮出仓组合式输送设备利用输送机的输出动力,在工作时通过前侧输送辊将动力传递给装抛装置的旋转轮盘。旋转轮盘与抛粮斗连在一起,在旋转轮盘惯性的作用下将物料抛向循环运行的输送机的后端,再由输送机将颗粒物输送到出仓设备上进行出仓作业。这种设计减少了设备的搭接,起到了节约能耗和降低成本的作用。

关键词：散粮输送装置装抛装置电控系统

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基于融合技术的道路交通状态判别模型

清华大学学报（自然科学版） 2007年第z2期47卷 1822-1825页

作者：邹亮徐建闽朱玲湘深圳大学土木工程学院交通工程系深圳518060 华南理工大学交通学院广州510640 华南农业大学理学院应用数学系广州510642

为了提高道路交通状态判别精度,提出基于浮动车检测与感应线圈融合技术的道路交通状态判别模型。该模型包括3部分:1)浮动车模块:利用安装在出租车上的GPS定位设备得到道路3部分的行程时间;2)感应线圈模块:利用安装在道路上的感应线圈以... 详细信息

为了提高道路交通状态判别精度,提出基于浮动车检测与感应线圈融合技术的道路交通状态判别模型。该模型包括3部分:1)浮动车模块:利用安装在出租车上的GPS定位设备得到道路3部分的行程时间;2)感应线圈模块:利用安装在道路上的感应线圈以及交通信号参数得到道路的行程时间;3)数据融合模块。利用神经网络将以上两模块的结果作为输入从而提高道路交通状态判别的精度。该文利用7 000多辆装有GPS模块的出租车、100个安装在广州市主要道路口上的固定检测器以及广州市电子地图,对提出的模型进行了试验,试验结果表明该模型是有效的,50个数据的均方误差为0.1 s。

关键词：交通状态判别浮动车数据融合神经网络

基于双正态假设的最大加权Youden指数SROC模型

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中国科学：数学 2020年第5期50卷 759-774页

作者：朱玲湘段重阳方宏彬华南农业大学数学与信息学院(软件学院)数学系广州510640 南方医科大学公共卫生学院生物统计学系广州510515 Department of Biostatistics Bioinformatics and BiomathematicsGeorgetown University Medical CenterWashingtonDC 20007USA

现存的诊断试验meta分析方法均基于各研究报告的灵敏度和特异度信息进行分析汇总,而忽略了研究者报告的病例及对照人群的分布信息.在研究数较少的meta分析领域,若能利用更多的信息进行分析势必会增加结果的可信度.本研究在双正态分布假... 详细信息

现存的诊断试验meta分析方法均基于各研究报告的灵敏度和特异度信息进行分析汇总,而忽略了研究者报告的病例及对照人群的分布信息.在研究数较少的meta分析领域,若能利用更多的信息进行分析势必会增加结果的可信度.本研究在双正态分布假设下,利用各研究报告的灵敏度和特异度以及分布参数信息,基于最大加权Youden指数最佳诊断界值相关理论,构建新的综合受试者工作特征(summary receiver operating characteristic, SROC)模型,用于计算出不同诊断界值下灵敏度与特异度的合并值.

关键词：灵敏度特异度 SROC 加权Youden指数

Identification of cell surface markers for acute myeloid leukemia prognosis based on multi-model analysis

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Journal of Biomedical Research 2024年第4期38卷 397-412页

作者： Jiaqi Tang Lin Luo Bakwatanisa Bosco Ning Li Bin Huang Rongrong Wu Zihan Lin Ming Hong Wenjie Liu lingxiang Wu Wei Wu Mengyan zhu Quanzhong Liu Peng Xia Miao Yu Diru Yao Sali Lv Ruohan Zhang Wentao Liu Qianghu Wang Kening Li Department of Bioinformatics School of Biomedical Engineering and InformaticsNanjing Medical UniversityNanjingJiangsu 211166China Department of Hematology of the Affiliated Huai'an No.1 People's Hospital of Nanjing Medical University Northern Jiangsu Institute of Clinical MedicineHuai'anJiangsu 223300China Collaborative Innovation Center for Personalized Cancer Medicine Jiangsu Key Lab of Cancer BiomarkersPrevention and TreatmentNanjing Medical UniversityNanjingJiangsu 211166China Department of Hematology the First Affiliated Hospital of Nanjing Medical UniversityJiangsu Province HospitalNanjingJiangsu 210029China Key Laboratory of Hematology of Nanjing Medical University NanjingJiangsu 210029China Department of Pharmacology School of Basic Medical SciencesNanjing Medical UniversityNanjingJiangsu 211166China The Affiliated Cancer Hospital of Nanjing Medical University Jiangsu Cancer HospitalJiangsu Institute of Cancer ResearchNanjingJiangsu 210002China

Given the extremely high inter-patient heterogeneity of acute myeloid leukemia(AML),the identification of biomarkers for prognostic assessment and therapeutic guidance is *** surface markers(CSMs)have been shown to play an important role in AML leukemogenesis and *** the current study,we evaluated the prognostic potential of all human CSMs in 130 AML patients from The Cancer Genome Atlas(TCGA)based on differential gene expression analysis and univariable Cox proportional hazards regression *** using multi-model analysis,including Adaptive LASSO regression,LASSO regression,and Elastic Net,we constructed a 9-CSMs prognostic model for risk stratification of the AML *** predictive value of the 9-CSMs risk score was further validated at the transcriptome and proteome *** Cox regression analysis showed that the risk score was an independent prognostic factor for the AML *** AML patients with high 9-CSMs risk scores had a shorter overall and event-free survival time than those with low ***,single-cell RNA-sequencing analysis indicated that patients with high 9-CSMs risk scores exhibited chemotherapy ***,PI3K inhibitors were identified as potential treatments for these high-risk *** conclusion,we constructed a 9-CSMs prognostic model that served as an independent prognostic factor for the survival of AML patients and held the potential for guiding drug therapy.

关键词： acute myeloid leukemia cell surface markers prognosis drug sensitivity multi-model analysis

基于移动智能终端的道路交通参数人工调查系统设计

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实验室研究与探索 2017年第4期36卷 49-51,55页

作者：邹亮赖众燿庞钰驹朱玲湘深圳大学土木工程学院广东深圳518060 华南农业大学数学与信息学院广州510405

提出一种基于移动智能终端的道路交通参数人工调查系统。借助移动智能终端,该系统能够实现交通量、交通密度和行车延误3种交通参数精细精确数据的人工调查,并且在调查完成后自动生成Excel格式的调查数据,同时利用互联网实现了各调查人... 详细信息

提出一种基于移动智能终端的道路交通参数人工调查系统。借助移动智能终端,该系统能够实现交通量、交通密度和行车延误3种交通参数精细精确数据的人工调查,并且在调查完成后自动生成Excel格式的调查数据,同时利用互联网实现了各调查人员所采集数据的自动上传、汇总、整理与分析;另一方面通过移动终端中的GPS模块能够获取调查人员的定位信息,实现了对调查人员的自动监管。由于该调查系统可以利用调查人员自有智能移动终端,因此大部分情况下无需购置新设备。

关键词：道路交通调查移动智能终端交通参数

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基于手机定位的公交OD获取方法研究

交通信息与安全 2011年第5期29卷 122-126页

作者：邹亮张孜朱玲湘深圳大学土木工程学院广东深圳518060 广州市交通委员会广州510620 广州交通信息化建设投资营运有限公司广州510620 华南农业大学理学院应用数学系广州510642

提出利用移动定位技术获取公交OD方法的思路,阐述了基于手机定位技术的公交OD数据的获取方法及其步骤。在假设条件成立情况下,解决了获取公交OD数据主要面对的问题,并对此提供了可靠依据,进一步证实方法的可行性。通过逐一问题的解决,... 详细信息

提出利用移动定位技术获取公交OD方法的思路,阐述了基于手机定位技术的公交OD数据的获取方法及其步骤。在假设条件成立情况下,解决了获取公交OD数据主要面对的问题,并对此提供了可靠依据,进一步证实方法的可行性。通过逐一问题的解决,排除非公交OD数据,从而获得该手机用户在1d当中的公交OD数据。

关键词：公交OD 手机定位运动状态判别

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抗疏力固化剂改性黄土物理力学性质试验研究

铁道工程学报 2024年第1期41卷 1-6,12页

作者：王莉平郭文涛刘奉银韩领相朱英豪西安理工大学西安710048 中国电建新能源集团有限公司宁夏分公司银川750002 中冶集团武汉勘察研究院有限公司成渝工程公司成都610000 中煤科工生态环境科技有限公司北京100020

研究目的:使用改性材料(固化剂)是黄土地基加固处理的常见方法,但传统改性材料存在一定问题,如石灰改性土的强度相对较低,且耐水性较差;水泥改性黄土的收缩性大,容易开裂,且会对环境造成一定的影响。因此,寻求环境友好、性能优良的土壤... 详细信息

研究目的:使用改性材料(固化剂)是黄土地基加固处理的常见方法,但传统改性材料存在一定问题,如石灰改性土的强度相对较低,且耐水性较差;水泥改性黄土的收缩性大,容易开裂,且会对环境造成一定的影响。因此,寻求环境友好、性能优良的土壤固化剂来解决传统改性材料存在的不足,对改性黄土具有重要意义。本文对抗疏力固化剂改性黄土进行试验研究,同时与水泥和石灰改性黄土进行对比分析,通过无侧限抗压强度、崩解及SEM等试验研究固化剂掺量和养护龄期对黄土强度、水稳性及微观结构的影响。研究结论:(1)抗疏力固化剂改性黄土的强度随着固化剂掺量和养护龄期的增加而增大,当养护龄期为28 d时,随着固化剂掺量的增加(1%~5%),抗疏力改性黄土的强度由55 kPa增长至95 kPa,其中5%抗疏力改性黄土的强度介于水泥改性黄土(370 kPa)和石灰改性黄土之间(71 kPa);(2)改性黄土的水稳系数和抗崩解性随着固化剂掺量的增加而不断提升,随着固化剂掺量的增加(1%~5%),抗疏力改性黄土的水稳系数由0.13提升至0.36,5%抗疏力改性黄土的水稳性介于石灰改性黄土(0)和水泥改性黄土(0.75)之间;(3)抗疏力固化剂显著提升了土体的斥水性;(4)随着固化剂掺量的增加(1%~5%),抗疏力改性黄土的渗透系数由0.63×10^(-6)cm/s降低至0.36×10^(-6)cm/s, 5%抗疏力改性黄土的渗透性介于石灰改性黄土(0.88×10^(-6)cm/s)和水泥改性黄土(0.32×10^(-6)cm/s)之间;(5)SEM图像显示,随着抗疏力固化剂掺量的提高,土体内部的大孔隙明显减少,土颗粒之间的连接更加紧密,分布更为均匀;(6)本研究成果可为黄土地区地基加固处理提供参考。

关键词：抗疏力固化剂改性黄土无侧限抗压强度水稳性微观机理

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基于公交IC卡的公交换乘数据获取方法研究

交通信息与安全 2011年第6期29卷 21-24页

作者：张孜邹亮朱玲湘广州市交通委员会广州510620 广州交通信息化建设投资营运有限公司广州510620 深圳大学土木工程学院广东深圳518060 华南农业大学理学院应用数学系广州510642

城市公共交通系统能否正常和高效地运营不仅取决于道路和车辆等设施条件,更有赖于运营管理手段和技术手段的先进性。传统的人工调查方法耗费巨大的人力物力,而调查结果却很难达到理想效果,所得数据不能动态反映城市公交出行的长期变化... 详细信息

城市公共交通系统能否正常和高效地运营不仅取决于道路和车辆等设施条件,更有赖于运营管理手段和技术手段的先进性。传统的人工调查方法耗费巨大的人力物力,而调查结果却很难达到理想效果,所得数据不能动态反映城市公交出行的长期变化趋势。文中以公交IC卡为切入点,通过对乘客2次刷卡间的时间分析以及利用公交GPS时间点的数据进一步分析乘客换乘所用的时间,判断出乘客2次乘车是换乘行为还是2次出行。

关键词：城市公交 IC卡公交换乘