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Comparative analysis of DNA extraction protocols for ancient soft tissue museum samples

Zoological Research 2021年第3期42卷 280-286页

作者： Ming Zhang Peng Cao Qing-Yan Dai Yong-Qiang Wang Xiao-Tian Feng Hong-Ru Wang Hong Wu Albert Min-Shan Ko Xiao-Wei Mao Yi-Chen liu Li Yu Christian Roos Tilo Nadler Wen Xiao E.Andrew Bennett Qiao-Mei Fu Key Laboratory of vertebrate Evolution and Human Origins Institute of Vertebrate Paleontology and PaleoanthropologyChinese Academy of SciencesBeijing 100044China CAS Center for Excellence in Life and Paleoenvironment Beijing 100044China University of chinese academy of sciences Beijing 100049China Institute of Cultural Relics and Archaeology in Xinjiang UrumqiXinjiang 830011China State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Bioresource in Yunnan Yunnan UniversityKunmingYunnan 650091China Gene Bank of Primates and Primate Genetics Laboratory German Primate CenterLeibniz Institute for Primate ResearchGottingen 37077Germany Wildlife Consultant Cuc Phuong CommuneNho QuanNinh Binh 430000Vietnam Institute of Eastern-Himalaya Biodiversity Research Dali UniversityDaliYunnan 671003China

DNA studies of endangered or extinct species often rely on ancient or degraded *** majority of ancient DNA(aDNA)extraction protocols focus on skeletal elements,with skin and hair samples rarely *** to that found in bones and teeth,DNA extracted from historical or ancient skin and fur samples is also extremely fragmented with low endogenous content due to natural degradation ***,the development of effective DNA extraction methods is required for these ***,we compared the performance of two DNA extraction protocols(commercial and custom laboratory aDNA methods)on hair and skin samples from decades-old museum specimens to Iron Age archaeological *** found that apart from the impact sample-specific taphonomic and handling history has on the quantity and quality of DNA preservation,skin yielded more endogenous DNA than hair of the samples and protocols *** both methods recovered DNA from ancient soft tissue,the laboratory method performed better overall in terms of DNA yield and quality,which was primarily due to the poorer performance of the commercial binding buffer in recovering aDNA.

关键词： endogenous ancient primarily

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榆社盆地晚新生代骆驼化石的修订及中国化石骆驼评述

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第四纪研究 2023年第3期43卷 712-751页

作者：刘文晖侯素宽张晓晓中国国家博物馆北京100006 中国科学院大学北京100049 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 中国科学院生物演化与环境卓越创新中心北京100044 中国科学院大学地球与行星科学学院北京100049 天津自然博物馆天津300201

本文是对榆社盆地(3.°49′~3.°26′N,112°42′~113.07′E)乃至中国骆驼化石的首次系统修订。20世纪3.年代,德日进(Teilhard de Chardin)等报道了榆社盆地12个地点的17件骆驼化石,是渑池仰韶村不完整骨架之外中国最经典的骆驼材料。... 详细信息

本文是对榆社盆地(3.°49′~3.°26′N,112°42′~113.07′E)乃至中国骆驼化石的首次系统修订。20世纪3.年代,德日进(Teilhard de Chardin)等报道了榆社盆地12个地点的17件骆驼化石,是渑池仰韶村不完整骨架之外中国最经典的骆驼材料。这些材料过去被错误归在榆社Ⅲ带(维拉方期真马层),误作为“巨副驼Paracamelus gigas”广为引用。本文根据榆社盆地的地层学研究成果,系统比较东半球其他地点性质比较明确的骆驼化石,对这批材料进行了重新研究,厘定了其分类位置,探讨了其产出层位。这批材料应分属邱氏副驼新种Paracamelus qiui ***.、邱氏副驼(相似种)Paracamelus ***、阿氏副驼***、巨副驼***以及诺氏驼Camelus knoblochi等5种。邱氏副驼Paracamelus qiui是本次研究描述的新种,产于榆社马会组和高庄组桃阳段,属晚中新世,距今约6.1~5.2 Ma,相当于MN13.邱氏副驼***是非常原始的高大型骆驼,下颌长且低矮,下颌联合部长,p3.退化,前臼齿列发达,牙齿低冠或弱中冠,胫骨与距骨宽大扁薄,跖骨愈合程度低,显著有别于早更新世的***。黑海和亚速海沿岸早蓬蒂期的骆驼材料也被我们归入邱氏副驼***。除性质和时代不明的“赫尔松副驼***”外,邱氏副驼***是目前所见旧大陆最原始的骆驼。邱氏副驼(相似种)Paracamelus ***发现于榆社高庄组南庄沟段,距今4.9~4.2 Ma,其形态与邱氏副驼***相似,但前齿列已有所退化,可能代表一新种,但目前材料过少,有待将来更多材料证实。阿氏副驼***发现于榆社麻则沟组,距今3.6~3.0 Ma。阿氏副驼***是中等体型的副驼,体型较邱氏副驼***和巨副驼***小,但大于现生双峰驼Camelus bactrianus;其与邱氏副驼Paracamelus qiui和邱氏副驼(相似种)Paracamelus ***关系较近,下颌瘦长低矮,但p3.进一步退化,前臼齿列更加缩短,头后骨骼纤细瘦长,面貌与乌克兰敖德萨地穴的阿氏副驼***相同。真正的***在榆社盆地主要见于海眼组,少量标本或属麻则沟组顶部,时代为3.2.6~2.15 Ma。巨副驼***与晚中新世的大型骆驼,如邱氏副驼***和阿吉雷副驼***之间,存在着长时间缺环。诺氏驼Camelus knoblochi应产于盆地内上覆的马兰黄土中,时代为晚更新世0.12~0.01 Ma。此外,我们还深入探讨了旧大陆化石骆驼的其他命名和分类学问题,提出了若干新认识,有助于深入推进骆驼族的起源演化研究。

关键词：晚中新世巨副驼邱氏副驼阿氏副驼诺氏驼榆社盆地骆驼化石

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更新世中期中国古人类演化区域连续性与多样性的化石证据

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人类学学报 2019年第4期38卷 473-490页

作者：刘武吴秀杰邢松中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室中国科学院古脊椎动物与古人类研究所北京100044 中国科学院生物演化与环境卓越创新中心北京100044

以往,在东亚大陆发现的更新世中期人类化石被分别归入直立人和古老型智人。这种分类的主要依据是化石形态特征以及年代。魏敦瑞对周口店第一地点人类化石研究描述的一些头骨、下颌骨和牙齿特征通常被作为判定直立人的标准。根据这些化... 详细信息

以往,在东亚大陆发现的更新世中期人类化石被分别归入直立人和古老型智人。这种分类的主要依据是化石形态特征以及年代。魏敦瑞对周口店第一地点人类化石研究描述的一些头骨、下颌骨和牙齿特征通常被作为判定直立人的标准。根据这些化石的年代分布,一般将3.万年前的中更新世晚期作为划分直立人与古老型智人的大致年代界限。近20年来,在非洲、欧洲和东亚新发现了一些更新世中期人类化石,目前古人类学界对中国更新世中期人类化石特征及演化有了与以往不同的认识。最近对大荔、许家窑、盘县大洞、许昌、华龙洞等人类化石的研究显示,近3.万年以来东亚大陆人类演化呈现复杂的多样性,将这一时期人类全部归入古老型智人难以准确反映更新世中期中国古人类演化模式及规律。本文结合近年中国更新世中期人类演化研究进展,选择部分具有演化及分类价值的形态特征,分析这些特征在更新世中期中国古人类化石的表现特点。在此基础上,对更新世中期中国古人类演化模式做了尝试性探讨。本研究发现,周口店、和县、沂源、南京等中更新世早期人类化石呈现有较多的区域性特征,形态特征表现相对稳定;而大荔、金牛山、许家窑、许昌、华龙洞、马坝、盘县大洞等中更新世晚期人类在化石形态特征表现复杂多样,变异范围大。此外,在这一时期人类化石上发现较多与生存活动、健康、环境适应有关的证据。根据这些发现,作者认为中国中更新世早期组人类演化以形态连续性为主;进入中更新世晚期,中国古人类演化区域性特征减弱,演化模式以多样性为主。一系列新的化石发现和研究证据提示中更新世晚期东亚大陆可能生存有不同的古人类成员。根据目前掌握的化石形态和年代证据,大约3.万年前是中国更新世中期演化变化关键时间节点。

关键词：更新世中期直立人古老型智人区域连续性多样性中国

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基于质谱的动物考古学研究现状与展望

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文物保护与考古科学 2023年第3期35卷 153-162页

作者：刘理饶慧芸杨益民中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室中国科学院古脊椎动物与古人类研究所北京100044 中国科学院大学人文学院考古学与人类学系北京100049

动物考古学对于重建古代居民活动范围附近的生态环境以及古人类动物资源利用方面的行为信息至关重要,然而传统的动物考古学方法难以鉴别缺乏明确形态学鉴定特征的动物考古材料和动物制品。基于质谱的动物考古学(zooarchaeology by mass ... 详细信息

动物考古学对于重建古代居民活动范围附近的生态环境以及古人类动物资源利用方面的行为信息至关重要,然而传统的动物考古学方法难以鉴别缺乏明确形态学鉴定特征的动物考古材料和动物制品。基于质谱的动物考古学(zooarchaeology by mass spectrometry,ZooMS)利用蛋白质酶切后肽段的一级质谱分析对动物遗存进行种属鉴定,是古蛋白质组学的重要研究方法。本文介绍ZooMS的原理、方法以及研究进展,希望促进ZooMS技术在国内考古学界的应用。同时,该技术在现代食品、药品、保健品、皮草和海关缉私等相关行业也有着广泛的应用前景。

关键词： ZooMS 动物考古学古蛋白质组学 MALDI-TOF-MS

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Magnetostratigraphic dating of the Xiashagou Fauna and implication for sequencing the mammalian faunas in the Nihewan Basin,North china

Magnetostratigraphic dating of the Xiashagou Fauna and impli...

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中国科学院地质与地球物理研究所2012年度（第12届）学术年会

作者： Ping liu Chenglong Deng Shihu Li Shuhui Cai Hongjiang Cheng Yuan Baoyin Qi Wei Rixiang Zhu State Key Laboratory of Lithospheric Evolution Institute of Geology and GeophysicsChinese Academy of Sciences Key Laboratory of Computational Geodynamics Chinese Academy of Sciences Institute of vertebrate paleontology and paleoanthropology Chinese Academy of Sciences

The Nihewan Basin sedimentary sequences in northern china are rich in mammalian fossil and Paleolithic sites,thus providing insights into our understanding of Quaternary land mammal biochronology and early human settlements in East *** we present high-resolution magnetostratigraphic results that place stringent age controls on the Xiashagou(XSG) Fauna(that is,the well-known Nihewan Fauna sensu stricto) in Lhe Nihewan Basin,northern china,ResulLs show LhaL Lhe XSG sequence recorded Lhe Brunhes normal chron,the Matuyama reverse chron and the late Gauss normal *** XSG Fauna resides in the Matuyama reverse chron(between the pre-ReuniOn Matuyama chron and the post-Olduvai Matuyama chron),yielding an estimated age of ca.2,2-1.7 *** Pliocene-Pleistocene boundary(Gauss/Matuyama boundary) is locaLed in Lhe lower parL of Lhe XSG *** combination of our sLudy and previously published magnetostratigraphic data suggest that the mammalian fossil Sites in the eastern Nihewan Basin can be placed between the Gauss-Matuyama geomagnetic reversal and the Matuyama-Brunhes geomagnetic reversal(2.58-0.78 Ma),leading to a time range of ca.2.6-0.8 Ma for the Nihewan mammalian faunas.

关键词： Magnetostratigraphy Geochronology Nihewan Basin Nihewan Fauna Xiashagou Fauna Nihewan Formation

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中国境内部分更新世哺乳动物群的支序系统学分析及生物年代学推断

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古脊椎动物学报 2020年第1期58卷 67-81页

作者：董为刘文晖白炜鹏中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室中国科学院古脊椎动物与古人类研究所北京100044 中国科学院生物演化与环境卓越创新中心北京100044 中国科学院大学北京100049

在中国境内有很多地点产出更新世哺乳动物群,为哺乳动物演化、生物年代学、古生态学、古环境学、古动物地理学等的研究提供了很好的材料。在生物年代学方面,动物群组合面貌和绝灭率曾经是用来推断动物群年龄的方法。在此基础上又发展出... 详细信息

在中国境内有很多地点产出更新世哺乳动物群,为哺乳动物演化、生物年代学、古生态学、古环境学、古动物地理学等的研究提供了很好的材料。在生物年代学方面,动物群组合面貌和绝灭率曾经是用来推断动物群年龄的方法。在此基础上又发展出根据Brainerd-Robinson法则对动物群的二元相似性系数进行排序,通过二元相似性系数确定动物群的古老系数判断动物群的年代顺序等方法。而二元相似性系数的确定取决于一个种类在一个动物群中的存在与否,类似于支序系统学中性状矩阵的建立是根据一个特征在一个种类中存在与否那样。因此本文尝试使用支序系统学方法来研究动物群之间的演化关系,选择了一些经过二元相似性系数排序的动物群进行支序系统学分析,将这些结果与使用其他生物年代学方法得出的结果进行比较,结合一些动物群绝对年龄的测年成果,对那些尚未进行绝对年龄测年的动物群进行年龄推断,得出的绝对年龄如下:辽宁大连的古龙山动物群为16~20 ka;辽宁本溪的山城子动物群为20~3. ka;安徽东至人遗址的华龙洞动物群为150~400 ka;河南南召人遗址的杏花山动物群为150~400 ka;陕西洛南人遗址的东河动物群为500~700 ka;湖北郧西人遗址的白龙洞动物群为500~850 ka;湖北郧县的梅铺动物群为500~850 ka;广西田东人遗址的么会洞动物群为1.2~1.8 Ma;广西柳城巨猿洞动物群为1.2~1.5 Ma;内蒙古赤峰初头朗动物群为1.6~1.9 Ma;安徽繁昌人字洞动物群为1.9~2.4 Ma。

关键词：中国更新世哺乳动物群支序系统学生物年代学

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郧西人遗址洞穴发育与埋藏环境初步观察

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第四纪研究 2007年第3期27卷 444-452页

作者：武仙竹裴树文吴秀杰刘武湖北省文物考古研究所武汉430077 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所北京100044

湖北省黄龙洞“郧西人”遗址是2004年新发现的一处重要的更新世晚期古人类遗址。3.来已经进行过3.发掘,出土了距今约10万年的晚期智人牙齿化石及文化遗物,是在东亚地区发现时代最早的现代人遗址。黄龙洞处于秦岭东段南麓的两郧断裂带... 详细信息

湖北省黄龙洞“郧西人”遗址是2004年新发现的一处重要的更新世晚期古人类遗址。3.来已经进行过3.发掘,出土了距今约10万年的晚期智人牙齿化石及文化遗物,是在东亚地区发现时代最早的现代人遗址。黄龙洞处于秦岭东段南麓的两郧断裂带,发育于上震旦系陡山沱组细晶灰岩和泥灰岩地层中,周围紧闭褶皱和次级断裂发育,为岩溶的发育提供了先决条件。黄龙洞的形成表现为前期以岩溶裂隙水溶蚀为主,后期则转变为大型管道状溶洞。古人类进入洞穴的出入口可能从洞顶“天窗”型开口入洞。古人类遗物属原地埋藏环境,活动期气候以温暖、干燥为主。

关键词：更新世晚期黄龙洞郧西人岩溶发育埋藏环境

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中国北方一晚三叠世四足动物化石新地点

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古脊椎动物学报（中英文） 2023年第1期61卷 17-25页

作者：石雨泰陈建业刘俊中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 中国科学院大学地球与行星科学学院北京100049

中国北方还没有发现过确凿无疑的晚三叠世的四足动物化石。报道了河南省济源市的一个四足动物化石新地点(柿沟)。化石产自晚三叠世谭庄组。目前采集到的标本大部分可以归入离片椎类,并显示出与乳齿鲵(Mastodonsaurus)的高度相似性。之前... 详细信息

中国北方还没有发现过确凿无疑的晚三叠世的四足动物化石。报道了河南省济源市的一个四足动物化石新地点(柿沟)。化石产自晚三叠世谭庄组。目前采集到的标本大部分可以归入离片椎类,并显示出与乳齿鲵(Mastodonsaurus)的高度相似性。之前,乳齿鲵只在欧洲有记录。因此这一发现表明乳齿鲵这一支系在晚三叠世曾广泛分布于欧洲与东亚地区。一块疑似腰带化石指示还有另一类四足动物共存。这一发现填补了我国晚三叠世四足动物实体化石记录的一个空白。

关键词：河南济源晚三叠世谭庄组四足动物离片椎类乳齿鲵

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Magnetochronological sequence of the Early Pleistocene Gigantopithecus faunas in Chongzuo, Guangxi, southern china

Magnetochronological sequence of the Early Pleistocene Gigan...

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中国科学院地质与地球物理研究所2014年度（第14届）学术年会

作者： Lu Sun Yuan Wang Caicai liu Tianwen Zuo Junyi Ge Min Zhu Changzhu Jin Chenglong Deng Rixiang Zhu State Key Laboratory of Lithospheric Evolution Institute of Geology and GeophysicsChinese Academy of Sciences University of chinese academy of sciences Key Laboratory of vertebrate Evolution and Human Origin of chinese academy of{3. Institute of Vertebrate Paleontology and PaleoanthropologyChinese Academy of Sciences State Key Laboratory of Earthquake Dynamics Institute of GeologyChina Earthquake Administration

The Gigantopithecus fauna, the most important mammalian fauna during the Early Pleistocene in southern china, was usually excavated from cave or fissure deposits without precise age constraints. Here we present new magnetostratigraphy results for four cave sedimentary sequences in Chongzuo, Guangxi Zhuang Autonomous Region of southern china, from the highest and oldest to the lowest and youngest including Baikong Cave, Juyuan Cave, Sanhe Cave and Queque Cave. Magnetite was identi fied as the major carrier of characteristic remnant magnetizations in the cave deposits. Correlation to the geomagnetic polarity time scale was achieved by combining magnetostratigraphic and biochronologic data. Our correlation suggests that the cave sedimentary sequences span from the pre-Olduvai Matuyama chron to the Jaramillo subchron. The combined magneto-biochronology leads to the establishment of a chronological framework for the Early Pleistocene Gigantopithecus faunas in Chongzuo *** Gigantopithecus faunal succession of Early Pleistocene were assigned to estimated ages of w2.0 Ma(Baikong Cave), w1.8 Ma(Juyuan Cave), w1.2 Ma(Sanhe Cave) and w1.0 Ma(Queque Cave), *** river incision rate in Chongzuo area during this time span was estimated to be w14 mm/ky.

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抚仙湖沉积物重金属累积特征与风险评价

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中国环境科学 2023年第7期43卷 3625-3633页

作者：白广一赵克良刘恩峰张恩楼中国科学院古脊椎动物与古人类研究所中国科学院脊椎动物演化与人类起源重点实验室北京100044 山东师范大学地理与环境学院山东济南250358 中国科学院大学北京100049 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室江苏南京210008

通过对抚仙湖不同湖区9根沉积短岩芯中重金属含量、粒度以及磁化率的分析,结合典型岩芯(FX12)^(210)Pb和^(13.)Cs定年结果,研究了重金属含量、污染和生态风险的时空变化特征.结果表明,抚仙湖沉积物粒度组成以黏土(<4μm)及细粉砂(4~16... 详细信息

通过对抚仙湖不同湖区9根沉积短岩芯中重金属含量、粒度以及磁化率的分析,结合典型岩芯(FX12)^(210)Pb和^(13.)Cs定年结果,研究了重金属含量、污染和生态风险的时空变化特征.结果表明,抚仙湖沉积物粒度组成以黏土(<4μm)及细粉砂(4~16μm)为主.重金属元素含量具有一定的空间差异性,Zn、Pb和Cd含量在北部和南部湖区较高,Hg、Cu和As含量在南部湖区呈现高值,其中FX4岩芯中元素含量总体较高,与其较高的黏土含量和人为污染有关.不同湖区沉积岩芯中金属元素含量垂向变化规律相似,1950年之前,沉积岩芯中金属元素含量较为稳定;1950年以来,Al、Cr、Ni和Cu含量逐渐降低,而As、Hg、Zn、Pb和Cd含量呈不同程度的升高趋势.根据富集系数结果,沉积物中主要污染元素为As、Cd、Pb和Zn,污染开始于1980年左右并逐渐加重,其中近表层沉积物中Cd达较强污染水平.沉积岩芯中As、Cd、Hg、Pb和Zn的人为污染累积量存在一定的空间差异,其中As污染累积量在中部和南部湖区相对较高.由于人为污染输入,沉积物中重金属由低生态风险上升为中等生态风险;近表层沉积物中Hg和Cd具有中高生态风险,其余元素为低生态风险.

关键词：沉积物重金属时空变化污染与生态风险抚仙湖

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