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Inferring the Effects of Protein Variants on Protein-Protein Interactions with Interpretable Transformer Representations

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Research 2024年第2期2023卷 473-489页

作者： Zhe Liu Wei Qian Wenxiang Cai Weichen Song Weidi Wang Dhruba Tara Maharjan Wenhong Cheng Jue Chen Han Wang Dong Xu Guan ning lin Shanghai Mental Health Center Shanghai Jiao Tong University School of MedicineSchool of Biomedical EngineeringShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina Shanghai Key Laboratory of Psychotic Disorders ShanghaiChina School of Information Science and Technology Institute of Computational BiologyNortheast Normal UniversityChangchunChina Department of Electrical Engineering and Computer Science University of MissouriColumbiaMO 65211USA Christopher S.Bond Life Sciences Center University of MissouriColumbiaMO 65211USA

Identifying pathogenetic variants and inferring their impact on protein-protein interactions sheds light on their functional consequences on *** by the availability of experimental data on the consequences of protein interaction,most existing methods focus on building models to predict changes in protein binding ***,we introduced MIPPI,an end-to-end,interpretable transformer-based deep learning model that learns features directly from sequences by leveraging the interaction data from *** was specifically trained to determine the types of variant impact(increasing,decreasing,disrupting,and no effect)on protein-protein *** demonstrate the accuracy of MIPPI and provide interpretation through the analysis of learned attention weights,which exhibit correlations with the amino acids interacting with the ***,we showed the practicality of MIPPI in prioritizing de novo mutations associated with complex neurodevelopmental disorders and the potential to determine the pathogenic and driving ***,we experimentally validated the functional impact of several variants identified in patients with such ***,MIPPI emerges as a versatile,robust,and interpretable model,capable of effectively predicting mutation impacts on protein-protein interactions and facilitating the discovery of clinically actionable variants.

关键词： consequences weights versatile

以人民为中心的绿色发展理念对中国优秀传统文化的创造性转化

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系统科学学报 2024年第3期32卷 54-59页

作者：宁琳琳包庆德内蒙古大学马克思主义学院内蒙古呼和浩特010020 内蒙古工业大学马克思主义学院内蒙古呼和浩特010051 内蒙古大学哲学学院内蒙古呼和浩特010020

坚持把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合、同中华优秀传统文化相结合是实现中国特色社会主义理论创新的内在要求。中华优秀传统文化民本思想将民为邦本为政治主张、敬民爱民治国观念和施政之道构成政治文化智慧,转化为惠民利民... 详细信息

坚持把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合、同中华优秀传统文化相结合是实现中国特色社会主义理论创新的内在要求。中华优秀传统文化民本思想将民为邦本为政治主张、敬民爱民治国观念和施政之道构成政治文化智慧,转化为惠民利民施政举措和济世安民实践行动。而传统生态智慧崇尚万物一体、道法自然和天人合一的生存方式、价值向度和发展理念,遵循顺应自然、保护生态和改善环境的虞衡制度、机构设置和治理体系,追求取之以时、取之有度、用之有节的发展之道,二者均具重要时代价值。遵循系统观念原则以系统思维对传统民本思想与生态智慧进行生态惠民、生态利民和生态为民的创造性转化,审度并矫正西方工业化以来掠夺资源、转嫁污染和破坏生态的思维方式和行为模式,促进现代性发展范式转换生成以人民为中心的绿色发展价值取向及其实践,彰显推进中华文化时代新建构的使命担当。

关键词：以人民为中心绿色发展系统思维民本思想生态智慧创造性转化创新性发展

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试析岩土工程中的深基坑支护问题和解决措施

城市地下综合管廊不均匀沉降裂缝渗漏治理研究

建筑与装饰 2024年第7期 170-172页

作者：林宁广西壮族自治区建筑工程质量检测中心有限公司广西南宁 530005

深基坑施工将破坏岩层的形式和结构,影响岩体的稳定性.因此,在进行深基坑施工之前,必须做好相应的勘察工作,制定并实施科学合理的支护方案.深基坑的支护不仅可以保护岩层,还可以增强对周围环境的保护.在本文中,笔者主要分析了岩土工程... 详细信息

深基坑施工将破坏岩层的形式和结构,影响岩体的稳定性.因此,在进行深基坑施工之前,必须做好相应的勘察工作,制定并实施科学合理的支护方案.深基坑的支护不仅可以保护岩层,还可以增强对周围环境的保护.在本文中,笔者主要分析了岩土工程中的深基坑支护问题,并针对性地提出解决措施,以供参考.

关键词：岩土工程深基坑支护问题

来源：博看期刊评论

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福建建筑 2024年第3期309卷 101-104页

作者：林宁福州市地铁建设工程质量安全监督站福建福州350005

地下综合管廊作为城市的重要基础设施,其结构的安全可靠对城市的运行建设,具有重要意义。以福州东南快速通道综合管廊工程为案例,结合管廊施工参数与有限元软件,分析了不均匀沉降下综合管廊的变形和受力特征,阐述了管廊裂缝渗漏的形成原... 详细信息

地下综合管廊作为城市的重要基础设施,其结构的安全可靠对城市的运行建设,具有重要意义。以福州东南快速通道综合管廊工程为案例,结合管廊施工参数与有限元软件,分析了不均匀沉降下综合管廊的变形和受力特征,阐述了管廊裂缝渗漏的形成原因,并针对不均匀沉降裂缝的渗漏水问题,提出了对应治理措施。研究结果表明,土体承载力的流失与管廊重压,是管廊沉降的主要原因,差异性的承载力流失,导致了不均匀沉降,造成变形缝渗漏;结构顶部应力不足而产生拉裂缝,造成管廊裂缝渗漏。现场施工结果则表明,所采用的针对性治理措施效果良好,满足地下工程防水要求。

关键词：综合管廊不均匀沉降有限元分析渗漏治理

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改进AdaMixer的拥挤行人检测模型

计算机工程与设计 2024年第5期45卷 1525-1532页

作者：林宁左悦冯兴华南宁学院信息工程学院广西南宁530200 南宁学院土木与建筑工程学院广西南宁530200 西南科技大学信息工程学院四川绵阳621010

为应对拥挤场景中行人检测的挑战,提出一种改进型AdaMixer的行人检测模型。提出一种头交互位置感知多头自注意力机制(HIPA-MHSA),以加强对相互遮挡目标的辨别能力。采用深度卷积前馈网络(DCFFN),进一步提升模型的特征提取效能。通过在... 详细信息

为应对拥挤场景中行人检测的挑战,提出一种改进型AdaMixer的行人检测模型。提出一种头交互位置感知多头自注意力机制(HIPA-MHSA),以加强对相互遮挡目标的辨别能力。采用深度卷积前馈网络(DCFFN),进一步提升模型的特征提取效能。通过在公开数据集上进行验证,表明了所提出模型的有效性。填补了现有查询型目标检测器在语义和空间自适应方面的不足,提高了拥挤场景下行人检测的精度,表现优于其它对比模型。

关键词：拥挤行人检测深度卷积前馈网络头交互位置感知多头自注意力机制多尺度特征自适应融合城市行人

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基于联邦学习的个性化推荐系统研究

科技创新与生产力 2024年第4期45卷 27-30页

作者：林宁张亮泰州机电高等职业技术学校江苏泰州225300 南京师范大学泰州学院江苏泰州225300

为了通过联邦学习算法解决用户隐私数据泄露的问题、降低数据泄露的可能性,本文概述了推荐系统、联邦学习及联邦推荐系统,探讨了联邦个性化推荐系统的类别、流程、应用现状以及未来面对的挑战等,为用户提供了安全、便捷、高效的个性化... 详细信息

为了通过联邦学习算法解决用户隐私数据泄露的问题、降低数据泄露的可能性,本文概述了推荐系统、联邦学习及联邦推荐系统,探讨了联邦个性化推荐系统的类别、流程、应用现状以及未来面对的挑战等,为用户提供了安全、便捷、高效的个性化推荐系统。

关键词：联邦学习联邦推荐推荐系统隐私保护数据安全数据泄露

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甘露糖赤藓糖醇脂对冷冻熟面品质的影响

食品科学 2024年第14期45卷 37-42页

作者：杨岩晓牛永武牛奔林宁娄海伟赵仁勇河南工业大学粮油食品学院河南郑州450001 河南工业大学小麦和玉米深加工国家工程研究中心河南郑州450001 中原食品实验室河南漯河462000

为改善冷冻熟面在冻藏过程中易产生冰晶、品质劣变的现象,本研究以蔗糖酯(sucrose ester,SE)为对照添加剂,探究甘露糖赤藓糖醇脂(mannosylerythritol lipids,MELs)对冷冻熟面中可冻结水含量、水分分布、成品品质特性以及小麦粉糊化特性... 详细信息

为改善冷冻熟面在冻藏过程中易产生冰晶、品质劣变的现象,本研究以蔗糖酯(sucrose ester,SE)为对照添加剂,探究甘露糖赤藓糖醇脂(mannosylerythritol lipids,MELs)对冷冻熟面中可冻结水含量、水分分布、成品品质特性以及小麦粉糊化特性、蛋白二级结构的影响。结果表明,添加0.30%~1.10%MELs能够促进冷冻熟面中的自由水向结合水转化,降低可冻结水的含量,使水与蛋白、淀粉等大分子结合更牢固。与空白组和添加SE组样品相比,添加0.70%MELs制作的冷冻熟面品质较好,此时的硬度为(4335.317±48.047)g,比空白组增加25.36%;拉断力和拉断距离分别达到(11.22±0.15)g和(69.09±1.34)mm;吸水率显著增大,蒸煮损失率最小,优于SE的改善效果。同时,MELs可以有效延缓小麦粉淀粉老化速度,提升蛋白质二级结构中的β-折叠和α-螺旋含量,强化面筋网状结构。

关键词：甘露糖赤藓糖醇脂冷冻熟面水分质构糊化特性蛋白二级结构

Surface properties of encapsulating hydrophobic nanoparticles regulate the main phase transition temperature of lipid bilayers： A simulation study

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Nano Research 2014年第8期7卷 1195-1204页

作者： Xubo lin ning Gu State Key Laboratory of Bioelectronics and Jiangsu Key Laboratory for Biomaterials and Devices School of Biological Science & MedicalEngineering Southeast University Nanjing 210096 China

The main phase transition temperature of a lipid membrane, which is vital for its biomedical applications such as controllable drug release, can be regulated by encapsulating hydrophobic nanoparticles into the membrane. However, the exact relationship between surface properties of the encapsulating nanoparticles and the main phase transition temperature of a lipid membrane is far from clear. In the present work we performed coarse-grained molecular dynamics simulations to meet this end. The results show the surface roughness of nanoparticles and the density of surface-modifying molecules on the nanoparticles are responsible for the regulation. Increasing the surface roughness of the nanoparticles increases the main phase transition temperature of the lipid membrane, whereas it can be decreased in a nonlinear way via increasing the density of surface-modifying molecules on the nanoparticles. The results may provide insights for understanding recent experimental studies and promote the applications of nanoparticles in controllable drug release by regulating the main phase transition temperature of lipid vesicles.

关键词： lipid bilayer phase transition nanoparticle surface roughness density surface molecules

Influence of CaCO_3 Whisker Content on Mechanical and Tribological Properties of Polyetheretherketone Composites

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Journal of Materials Science & Technology 2006年第5期22卷 584-588页

作者： Youxi lin Chenghui GAO ning LI College of Mechanical Engineering ＆ Automation Fuzhou University Fuzhou 350002 China

The mechanical and tribological properties of polyetheretherketone （PEEK） composites filled with CaCO3 whisker in various content of 0～45% （wt pct） were investigated. The composite specimens were prepared by compression molding. Tribological testing of composites in dry wear mode against carbon steel ring was carried out on a MM200 block-on-ring apparatus. Data on neat PEEK were also included for comparison. It was observed that inclusion of CaCO3 whisker affected the most mechanical properties and the friction and wear in a beneficial way. With an increase in CaCO3 whisker content, friction coefficient continuously decreased but the trends in wear performance varied. The specific wear rate showed minima as 1.28×10^-6 mm^3/Nm for 25% CaCO3 whisker inclusion followed by a slow increase for further CaCO3 whisker addition. In terms of friction applications, when the tribological and mechanical properties are combined, the optimal content of CaCO3 whisker in the filled PEEK should be recommended as 15% to 20%. Fairly good correlations are observed in friction coefficient vs bending modulus and wear rate vs bending strength, confirming that the bending properties prove to be the most important tribology controlling parameters in the present work.

关键词： CaCO3 whisker Polyetheretherketone (PEEK) Mechanical properties Tribological behaviour