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基于片段组装的蛋白质结构预测方法综述

数据采集与处理 2021年第4期36卷 629-638页

作者：张贵军刘俊赵凯龙浙江工业大学信息工程学院杭州310012

蛋白质三维结构决定了其特殊的生物功能,蛋白质三维结构对蛋白质功能研究、疾病的诊断与治疗、创新药物研发都有着重要的科学意义。利用计算机技术从氨基酸序列预测蛋白质三维结构是获取蛋白质三维结构的有效方法。片段组装是一种广泛... 详细信息

蛋白质三维结构决定了其特殊的生物功能,蛋白质三维结构对蛋白质功能研究、疾病的诊断与治疗、创新药物研发都有着重要的科学意义。利用计算机技术从氨基酸序列预测蛋白质三维结构是获取蛋白质三维结构的有效方法。片段组装是一种广泛采用的蛋白质结构预测技术,它将连续的构象空间优化问题转换成离散的实验片段组合优化问题,从而有效地减小了构象搜索空间。首先介绍了片段组装技术;其次总结了基于片段组装的蛋白质结构预测的发展历程,并对部分具有代表性的方法进行了简要阐述;然后介绍了蛋白质结构预测研究中常用的数据库和评价指标,并比较了不同预测方法的性能;最后分析并指出了当前基于片段组装的蛋白质结构预测方法所存在的挑战性问题,并对该领域未来的研究方向进行了展望。

关键词：蛋白质结构预测片段组装进化算法

模糊控制理论在风电机组变桨控制系统中的应用

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现代电子技术 2019年第23期42卷 130-134页

作者：任建华赵凯龙刘欣宜河北工程大学机械与装备工程学院

以2 MW直驱式风力发电机组为研究对象,对风电机组变桨控制系统进行硬件选择及控制程序设计。通过应用模糊控制理论,在Matlab中的模糊(Fuzzy)工具箱中建立模糊控制算法,提出一种实现变桨距系统的模糊控制方法,并使用Matlab/Simulink对系... 详细信息

以2 MW直驱式风力发电机组为研究对象,对风电机组变桨控制系统进行硬件选择及控制程序设计。通过应用模糊控制理论,在Matlab中的模糊(Fuzzy)工具箱中建立模糊控制算法,提出一种实现变桨距系统的模糊控制方法,并使用Matlab/Simulink对系统模糊控制的数学模型进行仿真分析,表明该模型能较好地模拟风电机组在不同自然条件下的工作情况,且所设计的变桨控制模型正确,具有实时性。

关键词：风电机组模糊控制理论 PLC 控制系统数学模型仿真分析

远程模板检测算法及其在蛋白质结构预测中的应用

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计算机科学 2024年第S1期51卷 167-173页

作者：梁方徐旭瑶赵凯龙赵炫锋张贵军浙江工业大学信息工程学院杭州310023

在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应... 详细信息

在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应特征向量提取的远程同源模板检测算法ASEalign。首先,采用多特征信息融合的深度学习技术预测蛋白质接触图;然后,设计了融合接触图、二级结构、序列谱谱比对和溶剂可及性等多维度特征打分函数,并通过自适应地提取接触图矩阵中的特征值和特征向量进行模板比对;最后,将检测出的高质量模板输入AlphaFold2中进行结构建模。在135个蛋白质的测试集上的结果表明,ASEalign相于主流的模板检测算法HHsearch精度提升了11.5%;同时,结构建模的精度优于AlphaFold2。

关键词：模板检测模板建模接触图预测深度学习二级结构

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特别说明

混凝土 2017年第11期 5-9页

作者：赵凯龙金贤玉金南国付传清浙江大学建筑工程学院浙江杭州310058 浙江工业大学建筑工程学院浙江杭州310014

1.为加快稿件处理周期,稿件请使用电子信箱发往本刊编辑部（hntbjb@***）,邮件主题请以文章题目命名并注明为新投稿或修改稿。2.我刊会在您按要求投稿后1个月内将审稿结果发送至您的电子信箱,在此期间请勿一稿多投,逾期可通过电话或电... 详细信息

1.为加快稿件处理周期,稿件请使用电子信箱发往本刊编辑部（hntbjb@***）,邮件主题请以文章题目命名并注明为新投稿或修改稿。2.我刊会在您按要求投稿后1个月内将审稿结果发送至您的电子信箱,在此期间请勿一稿多投,逾期可通过电话或电子信箱查询。3.稿件不论刊登与否一律不退,

关键词：电子信箱审稿结果邮件主题处理周期剑桥科学文摘美国化学文摘数字化期刊书面许可中国学术期刊月内

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基于多结构深度学习的蛋白质模型细化方法

小型微型计算机系统 2024年第7期45卷 1577-1584页

作者：张金龙赵凯龙刘栋张贵军浙江工业大学信息工程学院杭州310023

为了进一步改善AlphaFold2蛋白质结构模型的质量,本文提出了一种基于深度学习捕捉多结构之间互补信息的蛋白质模型细化方法MSDRefine.首先,MSDRefine从初始结构出发,搜索多序列比对信息并提取位置特异性打分矩阵和协方差矩阵;同时从多... 详细信息

为了进一步改善AlphaFold2蛋白质结构模型的质量,本文提出了一种基于深度学习捕捉多结构之间互补信息的蛋白质模型细化方法MSDRefine.首先,MSDRefine从初始结构出发,搜索多序列比对信息并提取位置特异性打分矩阵和协方差矩阵;同时从多个结构中提取残基的LDDT、USR、结构谱等特征.其次,设计了一个深度残差神经网络,学习多个结构间的互补信息来预测蛋白质残基间的距离分布.最后,将距离分布转化为势能函数用于能量极小化的模型细化.在150个测试蛋白上,MSDRefine在不依赖于多结构信息的条件下,细化模型的TM-score相比于DeepRefiner和GNNRefine分别提升了8.8%和5.7%.在47个CAMEO蛋白上,MSDRefine融合了AlphaFold2和RoseTTAFold的结构信息,大幅度提升了初始结构的精度,并优于AlphaFold2模型.

关键词：蛋白质模型细化深度学习多结构信息结构谱

Retrospective cohort study on the postoperative survival rate enhancement of patients with colorectal cancer using three traditional Chinese medicine formulations:evidence from 1,361 cases

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Acupuncture and Herbal Medicine 2024年第3期4卷 399-404页

作者： kailong zhao Xiaomin Su Wenwen Pang Yijia Wang Hongzhou Li Yi Zhang Leixin Jin Jun Xue Weizheng Liang Zhiqiang Feng Qiurong Han Yao Yao Tianyi Chen Qinghuai Zhang Xipeng Zhang Wenke Zheng Chunze Zhang School of Medicine Nankai UniversityTianjinChina Department of Colorectal Surgery Tianjin Union Medical CenterTianjinChina Department of Immunology Nankai University School of MedicineNankai UniversityTianjinChina Department of Clinical Laboratory Tianjin Union Medical CenterTianjinChina Laboratory of Oncologic Molecular Medicine Tianjin Union Medical CenterTianjinChina Department of Gastroenterology Tianjin Union Medical CenterTianjinChina Tianjin Institute of Coloproctology TianjinChina School of Integrative Medicine Tianjin University of Traditional Chinese MedicineTianjinChina Department of General Surgery The First Affiliated Hospital of Hebei North UniversityZhangjiakouChina The Institute of Translational Medicine Tianjin Union Medical CenterTianjinChina Evidence-based Medicine Center of the Institute of Traditional Chinese Medicine at Tianjin University of Traditional Chinese Medicine TianjinChina

Background:Prior studies have affirmed the safety and effectiveness of traditional Chinese medicine in treating colorectal cancer ***,definitive evidence regarding whether traditional Chinese medicine can significantly enhance the survival of colorectal cancer patients remains *** study seeks to provide conclusive insights by examining the postoperative administration of Xihuang capsules,Pingxiao capsules,and Zilongjin tablets and its impact on the 5-year overall survival(OS)and disease-free survival(DFS)rates among colorectal cancer ***:A retrospective study was conducted,involving 1,361 patients selected from the medical *** retrospective study was carried out at a medical center in Tianjin,*** assessed differences in postoperative OS and DFS between the control group and the medication group using Kaplan–Meier survival analysis and Cox proportional hazards ***,propensity score matching was used to mitigate imbalances in baseline characteristics among ***:Before propensity score matching,Xihuang capsules could prolong the 5-year OS(79.9%vs.81.4%,P=0.0480)and 5-year DFS(74.9%vs.79.5%,P=0.0046)of patients after *** conclusions were obtained after propensity score matching:OS(74.8%vs.78.3%,P=0.0084),DFS(72.7%vs.78.9%,P=0.008).Patients taking Pingxiao capsules showed improved 5-year OS(77.2%vs.84.0%,P=0.0383)and 5-year DFS(69.9%vs.80.0%,P=0.0157)after propensity score *** taking Zilongjin tablets showed improvement in the 2-year OS(84.2%vs.93.1%,P=0.0390)and 1-year DFS(88.2%vs.92.0%,P=0.0320)after propensity score ***:Xihuang capsules and Pingxiao capsules significantly improved the 5-year OS and DFS of patients with colorectal cancer after *** tablets showed improvement in the 2-year OS and 1-year DFS after surgery for patients.

关键词： Colorectal cancer Disease-free survival Traditional Chinese medicine Overall survival

基于三维约束NewWave理论的自升式钻井平台动力响应分析

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海洋工程 2020年第2期38卷 1-7页

作者：王维刚陶京周国强宁印斌赵开龙东北石油大学机械科学与工程学院黑龙江大庆163318 中海石油(中国)有限公司深圳分公司广东深圳518000 中国石油集团工程技术研究院有限公司天津300451

以某122 m自升式钻井平台为分析对象,建立其有限元模型,包括材料非线性、几何非线性以及桩土非线性相互作用,在风浪流作用下,基于三维约束NewWave理论对自升式钻井平台的动态响应进行分析,研究海洋波浪方向传播特性和随机特性对平台动... 详细信息

以某122 m自升式钻井平台为分析对象,建立其有限元模型,包括材料非线性、几何非线性以及桩土非线性相互作用,在风浪流作用下,基于三维约束NewWave理论对自升式钻井平台的动态响应进行分析,研究海洋波浪方向传播特性和随机特性对平台动力响应的影响。在建立模型中实现风暴工况下水面高程和水粒子运动的描述,响应结果按甲板位移进行对比。结果表明,相比其它波浪理论,三维约束NewWave理论在平台动力响应分析中体现了一定的优越性,不仅能较准确地反映波浪的真实特性,而且能确保结构性能评估的安全性和合理性。

关键词：自升式钻井平台三维约束NewWave理论动力分析动力放大因子

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多域蛋白质残基间距离深度学习预测方法

小型微型计算机系统 2024年第8期45卷 1793-1799页

作者：李章维张福金赵凯龙张贵军浙江工业大学信息工程学院杭州310023

自然界生物中,大约有超过三分之二的真核蛋白质含有多个结构域.虽然AlphaFold2已经实现了端到端的蛋白质结构预测的重大突破,对于单域的静态蛋白质结构的预测精度几乎达到了实验测定的水平,但是对于多域蛋白质结构的预测精度仍然有待提... 详细信息

自然界生物中,大约有超过三分之二的真核蛋白质含有多个结构域.虽然AlphaFold2已经实现了端到端的蛋白质结构预测的重大突破,对于单域的静态蛋白质结构的预测精度几乎达到了实验测定的水平,但是对于多域蛋白质结构的预测精度仍然有待提高.本文提出了一种名为MDDpre的多域蛋白质残基距离预测方法.首先从多序列比对和模板中提取了序列谱、位置熵、互信息、去除背景噪声的互信息、平均接触势能、MSA特征矩阵、行注意力矩阵以及模板域间距离特征,然后设计了一个集合了三角形更新、轴向注意力机制和卷积残差块的网络来预测多域蛋白质的域间和域内距离.在62个多域蛋白质的实验结果表明,MDDpre优于现有的方法,能够有效提升多域蛋白质的残基距离预测精度.

关键词：多域蛋白质域间距离预测注意力机制深度学习

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默蒂亚里±660kV换流站噪声控制方案优化研究

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电力科技与环保 2019年第3期35卷 4-7页

作者：关林坤赵凯龙高湛权白露中南电力设计院有限公司湖北武汉430071 中国电力技术装备有限公司北京100052

结合已建直流换流站工程噪声分析研究的相关成果和过往工程实践经验以及默蒂亚里换流站的具体特点,根据本工程噪声控制标准用噪声预测软件SoundPLAN对默蒂亚里±660kV换流站进行噪声预测,提出了适合本工程的降噪方案,有效减小了默蒂亚... 详细信息

结合已建直流换流站工程噪声分析研究的相关成果和过往工程实践经验以及默蒂亚里换流站的具体特点,根据本工程噪声控制标准用噪声预测软件SoundPLAN对默蒂亚里±660kV换流站进行噪声预测,提出了适合本工程的降噪方案,有效减小了默蒂亚里换流站噪声对站内运行人员和周围环境的影响。

关键词：换流站噪声治理噪声标准讨论降噪方案分析