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Sequence Information on Simple Sequence Repeats and Single Nucleotide Polymorphisms through Transcriptome Analysis of Mungbean

引用

Journal of Integrative Plant Biology 2011年第1期53卷 63-73页

作者： Kyaw Thu Moe Jong-Wook Chung Young-Il Cho Jung-Kyung Moon Ja-Hwan Ku Jin-Kyo Jung jungran lee Yong-Jin Park Department of Plant Resources College of Industrial SciencesKongju National University The Rural Development Administration(RDA) Legume Bio-Resource Center of Green Manure(LBRCGM) Kongju National University

Mungbean （Vigna radiata （L.） Wilczek） is a unique species in its ability to fix atmospheric nitrogen, with early maturity, and relatively good drought resistance. We used 454 sequencing technology for transcriptome sequencing. A total of 150 159 and 142 993 reads produced 5 254 and 6 374 large contigs （〉_500 bp） with an average length of 833 and 853 for Sunhwa and Jangan, respectively. Functional annotation to known sequences yielded 41.34% and 41.74% unigenes for Jangan and Sunhwa. A higher number of simple sequence repeat （SSR） motifs was identified in Jangan （1 630） compared with that of Sunhwa （1 334）. A similar SSR distribution pattern was observed in both varieties. A total of 8 249 single nucleotide polymorphisms （SNPs） and indels with 2 098 high-confidence candidates were identified in the two mungbean varieties. The average distance between individual SNPs was -860 bp. Our report demonstrates the utility of transcriptomic data for implementing a functional annotation and development of genetic markers. We also provide large resource sequence data for mungbean improvement programs.

关键词： Sequence Information on Simple Sequence Repeats and Single Nucleotide Polymorphisms through Transcriptome Analysis of Mungbean SNPs

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