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DNA features beyond the transcription factor binding site specify target recognition by plant MYC2-related bHLH proteins

引用

Plant Communications 2021年第6期2卷 27-43页

作者： Irene Lopez-Vidriero Marta Godoy joaquin grau Maria Penuelas Roberto Solano Jose M.Franco-Zorrilla Genomics Unit Centro Nacional de BiotecnologiaCSICC/Darwin 328049 MadridSpain Department of Plant Molecular Genetics Centro Nacional de BiotecnologiaCSICC/Darwin 328049 MadridSpain

Transcription factors(TFs)regulate gene expression by binding to cis-regulatory sequences in the promoters of target *** research is helping to decipher in part the cis-regulatory code in eukaryotes,including plants,but it is not yet fully understood how paralogous TFs select their *** we addressed this question by studying several proteins of the basic helix-loop-helix(bHLH)family of plant TFs,all of which recognize the same DNA *** focused on the MYC-related group of bHLHs,that redundantly regulate the jasmonate(JA)signaling pathway,and we observed a high correspondence between DNA-binding profiles in vitro and MYC function in *** demonstrated that A/T-rich modules flanking the MYC-binding motif,conserved from bryophytes to higher plants,are essential for TF recogni*** observed particular DNA-shape features associated with A/T modules,indicating that the DNA shape may contribute to MYC DNA *** extended this analysis to 20 additional bHLHs and observed correspondence between in vitro binding and protein function,but it could not be attributed to A/T modules as in *** conclude that different bHLHs may have their own codes for DNA binding and specific selection of targets that,at least in the case of MYCs,depend on the TF-DNA interplay.

关键词： transcription factor bHLH target specificity plants

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