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Mechanism studies of the activation of DNA methyltransferase DNMT1 triggered by histone H3 ubiquitination,revealed by multi-scale molecular dynamics simulations

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Science China(Life Sciences) 2023年第2期66卷 313-323页

作者： Jixue sun Fei Liu Longxiao Yuan Ning-Ning Pang Bing Zhu Na Yang State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology College of Pharmacy and Key Laboratory of Medical Data Analysis and Statistical Research of TianjinNankai UniversityTianjin 300353China National Laboratory of Biomacromolecules CAS Center for Excellence in BiomacromoleculesInstitute of BiophysicsChinese Academy of SciencesBeijing 100101China

DNMT1 is a DNA methyltransferase that catalyzes and maintains methylation in CpG dinucleotides.It blocks the entrance of DNA into the catalytic pocket via the replication foci targeting sequence(RFTS)domain.Recent studies have shown that an H3-tail-conjugated two-mono-ubiquitin mark(H3Ub2)activates DNMT1 by binding to the RFTS domain.However,the activation mechanism of DNMT1 remains unclear.In this work,we combine various sampling methods of extensive simulations,including conventional molecular dynamics,Gaussian-accelerated molecular dynamics,and coarse-grained molecular dynamics,to elucidate the activation mechanism of DNMT1.Geometric and energy analyses show that binding of H3Ub2 to the RFTS domain of DNMT1 results in the bending of theα4-helix in the RFTS domain at approximately 30°–35°,and the RFTS domain rotates~20°anti-clockwise and moves~3?away from the target recognition domain(TRD).The hydrogen-bonding network at the RFTSTRD interface is significantly disrupted,implying that the RFTS domain is dissociated from the catalytic core,which contributes to activating the auto-inhibited conformation of DNMT1.These results provide structural and dynamic evidence for the role of H3Ub2 in regulating the catalytic activity of DNMT1.

关键词： DNA methyltransferase conformational change molecular dynamics simulation activation molecular mechanism

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Diffusion growth of Φ ternary intermetallic compound in the Mg-Al-Zn alloy system:In-situ observation and modeling

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Journal of Materials Science & Technology 2021年第1期60卷 222-229页

作者： Kaiming Cheng Jiaxing sun Huixia Xu Jin Wang Chengwei Zhan Reza Ghomashchi jixue Zhou Shouqiu Tang Lijun Zhang Yong Du Shandong Provincial Key Laboratory of High Strength Lightweight Metallic Materials Advanced Materials InstituteQilu University of Technology(Shandong Academy of Sciences)Jinan 250014China Engineering Research Center of Failure Analysis and Safety Assessment Shandong Analysis and Test CenterQilu University of Technology(Shandong Academy of Sciences)Jinan 250014China School of Mechanical Engineering The University of AdelaideAdelaide SA 5005Australia State Key Laboratory of Powder Metallurgy Central South UniversityChangsha 410083China

Study on the diffusion growth of ternary intermetallic compounds in Mg-Al-Zn based light-weight alloys is important due to its close interrelation with alloy property.However,there is a very lack of existing data due to difficulties in both experimental and computational aspects.The current work aims at presenting the experimental observation on the diffusion growth behavior of Φ phase at 360℃ as well as calculating its composition-dependent interdiffu sion coefficients.We designed and succes s fully fabricated four Mg-τ ternary diffusion couples annealed at 360℃ for different times,where the diffusion path goes across the Φ phase region and the diffusion growth of ternary intermetallic compound can be solely detected.In-situ observation of the time-dependent growth of Φ phase was performed to accurately determine the parabolic growth constant.The experimental data were then subjected to a numerical inverse method to generate a set of self-consistent interdiffusivities of the ternary intermetallic compounds,which can reproduce the presently observed diffusion growth behavior of Φ ternary intermetallic compound in Mg-τ diffusion couples.

关键词： Diffusion Intermetallic compounds Interface migration Numerical inverse methods High-temperature laser-scanning confocal microscopy(HTLSCM)

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网络智能可视自动化运维

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数据通信 2022年第6期 8-11,27页

作者：赵继学孙浩文中国联合网络通信有限公司吉林省分公司吉林长春130000 中国联通国际有限公司中国香港999077

智能可视自动化运维通过集成数据整合、能力整合、业务应用、自动巡检、自动愈合、数据可视等,实现网络设备的管理,达到网络设备管理的自动化和精细化管理。本文从实际出发,探讨了智能可视运维的管理模式,通过“自动巡检、集中监控、数... 详细信息

智能可视自动化运维通过集成数据整合、能力整合、业务应用、自动巡检、自动愈合、数据可视等,实现网络设备的管理,达到网络设备管理的自动化和精细化管理。本文从实际出发,探讨了智能可视运维的管理模式,通过“自动巡检、集中监控、数据可视”等方面的实践与模式创新,有效提高网络设备的数字化运营支撑能力,具有推广价值。

关键词：智能化可视化自动化运维

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盘羊杂交羊SP-A基因克隆与真核表达

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石河子大学学报（自然科学版） 2018年第3期36卷 309-314页

作者：王继雪孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832003

目的为了对盘羊杂交羊肺表面活性物质相关蛋白A(Pulmonary surfactant-associated protein A,SP-A)基因进行克隆和真核表达。方法采集盘羊杂交羊肺组织,提取总RNA,采用RT-PCR的方法克隆SP-A基因的ORF序列,测序正确后将其亚克隆到pPIC9K... 详细信息

目的为了对盘羊杂交羊肺表面活性物质相关蛋白A(Pulmonary surfactant-associated protein A,SP-A)基因进行克隆和真核表达。方法采集盘羊杂交羊肺组织,提取总RNA,采用RT-PCR的方法克隆SP-A基因的ORF序列,测序正确后将其亚克隆到pPIC9K载体中构建pPIC9K-SP-A真核表达质粒,再将该质粒电转入毕赤酵母GS115中并用甲醇诱导进行真核表达,最后用SDS-PAGE和western blot检测鉴定目的蛋白。结果扩增出的基因片段经测序比对后与SP-A基因的ORF序列一致,构建的真核表达质粒pPIC9K-SP-A经双酶切和测序鉴定成功,真核表达产物用SDS-PAGE分析,可见大小为27.33 k D的目的条带,western blot鉴定也可见1条27.33 kD的目的蛋白条带。结论本研究成功克隆了盘羊杂交羊SP-A基因的ORF序列并对其进行了真核表达,为后续研究SP-A蛋白的结构和功能奠定了基础。

关键词：盘羊杂交羊肺表面活性物质相关蛋白A 克隆真核表达

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Research and Practice on Graduation Examination Mode for the Food Specialty in Higher Vocational College

Research and Practice on Graduation Examination Mode for the...

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2011 International Conference on Frontiers in Computer Education(ICFCE 2011)

作者： jixue Sui Yiming Zhang Xiangyang sun Xiuzhen Hao Jianchun Wei Department of Food Engineering Zhengzhou College of Animal Husbandry Engineering

Nowadays, a time sees the great development of higher vocational education, how to implement graduation examination of the students has become an important issue considered by many educators of higher vocational collegesStart from the food specialty of 2006, our college has comprehensively implemented the education mode of "2+1", and within one month before the graduation, the college arranged professional teachers penetrate deeply in the front line of enterprises, and together with enterprise trainers, they conducted job examination for the studentsIn this way, we have not only examined the students’ mastering level in vocational skills but also understood the actual demand status of enterprises for qualified personnel, which has provided direct basis for teachers in our college to timely adjust specialty education program and cultivate better talents for industry and enterprises in the future teaching process.

关键词： Higher vocational college Graduation examination Mode Research practice

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土豆条冷冻干燥实验研究

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冷藏技术 2023年第3期46卷 13-19页

作者：于素蕴孙昊隋继学河南牧业经济学院郑州450011

本文研究了不同干燥条件下,微波干燥、热泵干燥、热风干燥、真空冷冻干燥等对土豆条品质的影响规律,分别从含水量、复水比、色差、淀粉含量和感官评价等五个方面进行对比分析。结果表明,真空冷冻干燥的土豆条复水性最好(6.21倍)、淀粉... 详细信息

本文研究了不同干燥条件下,微波干燥、热泵干燥、热风干燥、真空冷冻干燥等对土豆条品质的影响规律,分别从含水量、复水比、色差、淀粉含量和感官评价等五个方面进行对比分析。结果表明,真空冷冻干燥的土豆条复水性最好(6.21倍)、淀粉含量最高(13.46%)、感官评价最优(27.5分,满分30分)、色差变化最小(△E=19.80);热泵干燥(60℃、湿度10%)次之。

关键词：真空冷冻干燥含水量复水比色差分析感官评价

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高氮磷有机食品废水处理工程实例分析

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工业水处理 2022年第1期42卷 171-174页

作者：孙理密翟纪学张德清孙翔宇朱丽山东建筑大学热能工程学院山东济南250101 山东建大教育置业有限公司山东济南250101 山东水发鲁润水务科技有限公司山东济南250014 山东建筑大学市政与环境工程学院山东济南250101

介绍了山东某食品公司高氮磷有机食品废水处理工程实例以及工艺特色,根据废水特点采用“絮凝初沉池+UASB+缺氧池+射流曝气池+絮凝终沉池”作为主处理工艺,主要处理构筑物均采用较长的水力停留时间(HRT)和较低的容积负荷,UASB的HRT为108 ... 详细信息

介绍了山东某食品公司高氮磷有机食品废水处理工程实例以及工艺特色,根据废水特点采用“絮凝初沉池+UASB+缺氧池+射流曝气池+絮凝终沉池”作为主处理工艺,主要处理构筑物均采用较长的水力停留时间(HRT)和较低的容积负荷,UASB的HRT为108 h、COD容积负荷为2.05 kg/(m^(3)·d),A/O系统总HRT为62.4 h,初沉池和二沉池均采用较低的表面负荷,分别为0.43 m^(3)/(m^(2)·h)和0.525 m^(3)(/m^(2)·h),引入200 m^(3)/h的原废水作为缺氧池反硝化脱氮的外加补充碳源。工程运行实践表明系统处理效果较好,对COD、BOD_(5)、SS、NH_(3)−N、TN、TP的总去除率分别为99.5%、99.5%、98.0%、99.4%、93.1%、99.2%,处理出水水质COD、BOD_(5)、SS、NH_(3)−N、TN、TP分别为48、15、61、1.0、18、0.8 mg/L,满足《山东省南水北调沿线水污染排放标准》(DB 37/599-2006)一般保护区及修改单的要求,处理成本为2.88元/m^(3)。

关键词：食品废水 UASB A/O系统

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巴什拜羊SPLUNC1基因的克隆与真核表达

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中国畜牧兽医 2018年第3期45卷 628-634页

作者：王继雪沈文孙延鸣石河子大学动物科技学院石河子832003

为了克隆巴什拜羊SPLUNC1基因并表达该蛋白,本试验从巴什拜羊肺脏组织中提取总RNA,利用RTPCR方法扩增出SPLUNC1基因开放阅读框序列,将该基因片段插入到真核表达质粒pPIC9K中构建pPIC9K-SPLUNC1重组质粒,然后将pPIC9K-SPLUNC1重组质粒线... 详细信息

为了克隆巴什拜羊SPLUNC1基因并表达该蛋白,本试验从巴什拜羊肺脏组织中提取总RNA,利用RTPCR方法扩增出SPLUNC1基因开放阅读框序列,将该基因片段插入到真核表达质粒pPIC9K中构建pPIC9K-SPLUNC1重组质粒,然后将pPIC9K-SPLUNC1重组质粒线性化并电击转化入毕赤酵母GS115中,经甲醇诱导蛋白表达后用SDS-PAGE和Western blotting分析鉴定目的蛋白。结果表明,经RT-PCR扩增成功获得大小为748bp的SPLUNC1基因;构建的pPIC9K-SPLUNC1重组质粒经PCR、酶切及测序鉴定与预期结果一致;SDS-PAGE及Western blotting检测鉴定结果表明获得大小为25.53ku的SPLUNC1蛋白。本试验结果为进一步研究巴什拜羊SPLUNC1蛋白的生物学活性奠定基础。

关键词：巴什拜羊 SPLUNC1基因克隆真核表达

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Direct observation of Pt nanocrystal coalescence induced by electron-excitation-enhanced van der Waals interactions

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Nano Research 2014年第3期7卷 308-314页

作者： Ying Jiang Yong Wang Yu Yang Zhang Zhengfei Zhang Wentao Yuan Chenghua sun Xiao Wei Casey N. Brodsky Chia-Kuang Tsung jixue Li Xiaofeng Zhang Scott X. Mao Shengbai Zhang Ze Zhang Center of Electron Microscopy and State Key Laboratory of Silicon Materials Department of Materials Science and Engineering Zhejiang University Hangzhou 310027 China Department of Physics Applied Physics and Astronomy Rensselaer Polytechnic Institute Troy New York 12180 USA Centre for Computational Molecular Science Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology University of Queensland St Lucia QLD 4072 Australia Department of Chemistry Boston College Chestnut Hill MA 02467 USA Hitachi High Technologies America Pleasanton CA 94588 USA Department of Mechanical Engineering and Materials Science University of Pittsburgh Pittsburgh PA 15261 USA

Nanocrystal coalescence has attracted paramount attention in nanostructure fabrication in the past decades. Tremendous endeavor and progress have been made in understanding its mechanisms, benefiting from the development of transmission electron microscopy. However, many mechanisms still remain unclear, especially for nanocrystals that lack a permanent dipole moment standing on a solid substrate. Here, we report an in situ coalescence of Pt nanocrystals on an amorphous carbon substrate induced by electron-excitationenhanced van der Waals interactions studied by transmission electron microscopy and first principles calculations. It is found that the electron-beam-induced excitation can significantly enhance the van der Waals interaction between Pt nanocrystals and reduce the binding energy between Pt nanocrystals and the carbon substrate, both of which promote the coalescence. This work extends our understanding of the nanocrystal coalescence observed in a transmission electron microscope and sheds light on a potential pathway toward practical electronbeam-controlled nanofabrication.

关键词：纳米晶体电子束诱导相互作用电子激发聚结透射电子显微镜第一原理计算无定形碳

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粉末冶金镁合金中第二相的扩散行为

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中南大学学报（自然科学版） 2020年第11期51卷 3101-3109页

作者：孙佳星程开明李培亮刘聪李冠宇周吉学齐鲁工业大学(山东省科学院) 山东省科学院新材料研究所山东省轻质高强金属材料重点实验室山东济南250014

对传统粉末冶金和激光增材制造镁合金研究进展进行综述,并整理文献报道镁合金化合物扩散系数实验数据,从第二相金属间化合物扩散生长行为角度,研究所涉及的重要化合物动力学信息。针对镁金属间化合物扩散生长和扩散系数实验数据缺乏的现... 详细信息

对传统粉末冶金和激光增材制造镁合金研究进展进行综述,并整理文献报道镁合金化合物扩散系数实验数据,从第二相金属间化合物扩散生长行为角度,研究所涉及的重要化合物动力学信息。针对镁金属间化合物扩散生长和扩散系数实验数据缺乏的现状,提出一种高通量获取化合物扩散系数的计算方法。研究结果表明:金属间化合物的“界面扩散动力学”行为不仅影响粉末烧结时的冶金结合和致密化,而且会影响其在材料中的形貌和分布。将“多元金属间化合物”及有益的“亚稳相或亚稳结构”引入粉末冶金材料是进一步提高粉末冶金镁合金性能的有效手段。

关键词：粉末冶金镁合金金属间化合物扩散系数

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