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利用PacBio三代单分子测序技术精准解析结核分枝杆菌复合群甲基化谱（英文）

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RiceWiki:a wiki-based database for community curation of rice genes

中华医学会结核病学分会2016年全国结核病学术大会

作者：祝令香钟君贾鑫淼刘冠董梦醒张秀丽李倩岳利亚李翠丹付靖陈素婷吕翎娜黄海荣陈非 Yu Kang jingfa xiao Jiangwei Yan Bing Zhang Meng Lei Baoli Zhu 中国科学院北京基因组研究所中国科学院基因组学与信息重点实验室中国科学院大学首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室 CAS Key Laboratory of Genome Sciences & Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences Core Genomic Facility Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology & Immunology Institute Of MicrobiologyChinese Academy of Sciences

目的针对来自结核复合群(Mycobacteriumtuberculosis complex,MTBC)不同谱系的12株菌株(包括牛分枝杆菌、卡介苗、田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌、6株临床结核分枝杆菌,以及结核分枝杆菌标准株H37Rv、H37Ra各1株),在全基因组的水平上揭示M... 详细信息

目的针对来自结核复合群(Mycobacteriumtuberculosis complex,MTBC)不同谱系的12株菌株(包括牛分枝杆菌、卡介苗、田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌、6株临床结核分枝杆菌,以及结核分枝杆菌标准株H37Rv、H37Ra各1株),在全基因组的水平上揭示MTBC DNA精准甲基化修饰图谱,深入解析MTBC菌株间的表观遗传修饰差异及其产生机制,为研究结核病病原菌的表观表型特征提供别样的解析视角。方法应用PacBio三代单分子实时(single-molecule real-time,SMRT)测序技术对12株MTBC菌株的基因组DNA进行全基因组测序,针对测序数据利用SMRT Portal等相关软件,分析上述菌株的基因组和甲基化组信息;并采用比较基因组学的方法 ,深度挖掘MTBC菌株间甲基化修饰状态的差异(包括修饰位点差异及单位点修饰水平的差异)。结果 (1)绘制了12株来自不同谱系的MTBC菌株的完整基因组和精准甲基化图谱;(2)鉴定了MTBC中特有的3种m6A甲基化基序及相对应的甲基转移酶基因——mamA、hsdM和mamB,并通过实验验证了三种甲基转移酶的活力;(3)在部分MTBC菌株中,存在某种m6A甲基化基序未被修饰的情况,且该基序所对应的甲基转移酶的基因序列存在基因突变或缺失;(4)分别计算了12株MTBC菌株中3种m6A甲基化基序的甲基化比例和单基序位点的甲基化比例,发现在甲基转移酶基因序列完整的MTBC菌株中,基因组上仍然存在大量的"部分甲基化"及"未甲基化"位点;(5)分析了上述未完全甲基化位点的全基因组分布情况,大部分未甲基化位点与转录因子结合区域重合。结论来自不同谱系的12株MTBC菌株的基因组序列相似性达到99.70%,而它们的甲基化组却存在较大差异;一些MTBC菌株中甲基转移酶基因序列上的基因突变或缺失可能会影响该酶的甲基转移酶活性;MTBC基因组中的甲基化修饰异质性现象,可能是由于转录因子结合在基因组DNA的甲基化基序位点上,保护这些区域免于被甲基转移酶作用,暗示MTBC可能具有复杂的DNA甲基化调控机制。

关键词：结核复合群单分子实时测序 PacBio DNA甲基化组 DNA甲基转移酶

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RiceWiki:a wiki-based database for community curation of ric...

计算预知未来——基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区

中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会

作者： Zhang Zhang Jian Sang Lina Ma Gang Wu Hao Wu Dawei Huang Dong Zou Siqi Liu Ang Li Lili Hao Ming Tian Chao Xu Xumin Wang Jiayan Wu jingfa xiao Lin Dai Ling-Ling Chen Songnian Hu Jun Yu CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences Research Institute of Subtropical Forestry Chinese Academy of Forestry School of Computer Science and Technology Beijing Institute of Technology College of Life Science and Technology Huazhong Agricultural University

Rice is the most important staple food for a large part of the world’s human population and also a key model organism for biological studies of crops as well as other related plants. However,most rice-related biological databases are based on expert curation;with the exponentially exploding volume of rice knowledge and other relevant data,expert curation becomes increasingly laborious and time-consuming to keep knowledge up-to-date,accurate and comprehensive,struggling with the flood of data and inevitably requiring a large number of people getting involved in rice knowledge curation. Here we present RiceWiki(http://***),a wiki-based,publicly editable,and open-content platform for community curation of rice *** extant relevant databases, RiceWiki features(1) harnessing collective intelligence in community curation of rice genes,(2) quantifying users’ contributions in each curated gene,and(3) providing explicit authorship for each contributor in any given gene,with the aim to exploit the full potential of the scientific community for rice knowledge curation.A live demo for illustrating these features is the rice semidwarfing gene,which was curated collaboratively by multiple users(http://***/***/ Os01g0883800). Due to significant importance of rice,RiceWiki serves as a critical community-curated knowledgebase for the rice research *** the growing volume of rice-related data and contrastingly the small number of expert curators working on rice,RiceWiki bears the potential to make it possible to build a rice encyclopedia by and for the scientific community, which harnesses collective intelligence for collaborative knowledge curation,covers all aspects of biological knowledge,and keeps evolving with novel knowledge.

关键词：

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科研信息化技术与应用 2016年第4期7卷 89-92页

作者：金钟刘倩肖景发于坤千中国科学院计算机网络信息中心北京100190 中国科学院北京基因组研究所北京100101 中国科学院上海药物研究所上海201203

基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区得到了国家十三五重点研发专项的继续支持,通过项目实施将进一步推进高性能计算在生物信息和药物研发领域的应用服务。项目将从生物医药应用服务社区、精准医疗和个性化药物应用示范两个... 详细信息

基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区得到了国家十三五重点研发专项的继续支持,通过项目实施将进一步推进高性能计算在生物信息和药物研发领域的应用服务。项目将从生物医药应用服务社区、精准医疗和个性化药物应用示范两个课题开展社区建设和应用服务推广的研究,为患者量身设计出最佳治疗方案,以期达到疗效最大化和副作用最小化;为医院临床研究提供可能的更精准更个性化的医疗解决方案,产生经济和社会效益。

关键词：高性能计算环境应用服务精准医疗

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基因组科学数据的安全管理与应用

大数据 2022年第1期8卷 37-45页

作者：李茹姣张欣宋述慧王彦青邹东肖景发赵文明章张鲍一明中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心北京100101 中国科学院大学北京100049

基因组科学数据是人口健康和国家安全的重要战略资源,存好、管好和用好基因组科学数据具有重要意义。面对我国生物数据大量产出但因存储零散、缺乏系统监管而丢失和流失,以及严重依赖国际生物组学数据库的局面,亟须从国家层面建设我国... 详细信息

基因组科学数据是人口健康和国家安全的重要战略资源,存好、管好和用好基因组科学数据具有重要意义。面对我国生物数据大量产出但因存储零散、缺乏系统监管而丢失和流失,以及严重依赖国际生物组学数据库的局面,亟须从国家层面建设我国自己的生物大数据管理体系。以国家基因组科学数据中心为例,阐述了基因组科学数据汇交共享体系和标准规范、数据安全管理机制,给出了数据挖掘与应用的典型案例,并从政策机制、基础设施、软件研发、学科建设、人才培养和国际合作等方面提出对策建议。

关键词：科学数据基因组学汇交共享数据安全管理数据应用

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委婉语对和谐师生关系构建效应的研究

科教导刊 2012年第32期 11-12页

作者：张景发肖珊珊赣南医学院外语系江西赣州341000

委婉语对于促进人与人之间的和谐关系具有非常重要的作用,本文就委婉语对和谐师生关系构建的作用做进一步的探讨。

关键词：委婉语和谐师生关系

Microscopic hyperspectral imaging studies of normal and diabetic retina of rats

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Science China(Life Sciences) 2008年第9期51卷 789-794页

作者： LI QingLi XUE YongQi ZHANG jingfa xiao GongHai School of Information Science East China Normal UniversityShanghai 200241China Shanghai Institute of Technical Physics Chinese Academy of SciencesShanghai 200081China School of Medicine Shanghai JiaoTong UniversityShanghai 200025China

A microscopic hyperspectral imager was developed based on the microscopic technology and the spectral imaging technology. Some microscopic hyperspectral images of retina sections of the normal, the diabetic, and the treated rats were collected by the new imager. Single-band images and pseudo-color images of each group were obtained and the typical transmittance spectrums were ex-tracted. The results showed that the transmittance of outer nuclear layer cells of the diabetic group was generally higher than that of the normal. A small absorption peak appeared near the 180th band in the spectrum of the diabetic group and this peak weakened or disappeared in the spectrum of the treated group. Our findings indicate that the microscopic hyperspectral images include wealthy information of retina sections which is helpful for the ophthalmologist to reveal the pathogenesis of diabetic reti-nopathy and explore the therapeutic effect of drugs.

关键词： diabetic retinopathy retina microscopic hyperspectral imager spectrum

Study on microscope hyperspectral medical imaging method for biomedical quantitative analysis

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Chinese Science Bulletin 2008年第9期53卷 1431-1434页

作者： LI QingLi XUE YongQi xiao GongHai ZHANG jingfa Key Laboratory of Polor Materials and Devices School of Information Science East China Normal University Shanghai 200241 China Shanghai Institute of Technical Physics Chinese Academy of Sciences Shanghai 200081 China aboratory of Development and Diseases Institute of Health Sciences Shanghai Institutes for Biological Sciences Chinese Academy of Sciences Shanghai 200030 China School of Medicine Shanghai Jiao Tong University Shanghai 200025 China

A microscopic pushbroom hyperspectral imaging system was developed based on the microscopic technology and spectral imaging technology according to the principle of spectral imager in remote sensing. The basic principle and key technologies of this system were presented and the system per- formance was also analyzed. Some methods and algorithms were proposed to preprocess and nor- malize the microscopic hyperspectral data and retrieve the transmittance spectrum of samples. As a case study, the microscopic hyperspectral imaging system was used to image the retina sections of different rats and get some significant results. Experiment results show that the system can be used for the quantitative assessment and evaluating the effect of medication in biomedical research.

关键词：显微镜数量分析糖尿病性视网膜病变医学成像技术

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面向国际的生命组学大数据管理体系建设

大数据 2016年第6期2卷 43-52页

作者：赵文明张思思唐碧霞陈婷婷郝丽丽桑健李茹姣肖景发章张中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心北京100101

组学数据是生命科学研究中的一类极其重要的大数据,特别是二代测序技术的发展推动了组学大数据的爆炸式增长。通过借鉴国际数据中心建设的成功经验,分析国内组学产出数据及数据库建设、数据管理现状及应用需求,构建了面向国际的生命组... 详细信息

组学数据是生命科学研究中的一类极其重要的大数据,特别是二代测序技术的发展推动了组学大数据的爆炸式增长。通过借鉴国际数据中心建设的成功经验,分析国内组学产出数据及数据库建设、数据管理现状及应用需求,构建了面向国际的生命组学大数据管理体系,涵盖组学原始序列归档库、基因组序列数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、DNA甲基化数据库系统等,初步形成中国组学数据资源的存储、共享与应用体系。

关键词：组学数据大数据数据共享生物信息学基因组

GSA-Human:人类遗传资源数据管理的公共系统

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遗传 2021年第10期43卷 988-993页

作者：张思思陈旭陈婷婷朱军伟唐碧霞王安可董丽莉张哲文孙艳玲俞彩霞翟爽孙玉彬陈焕新杜政霖肖景发章张鲍一明王彦青赵文明国家生物信息中心北京100101 中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心北京100101 中国科学院大学北京100049

GSA-Human是人类遗传资源数据汇交、存储、管理与共享的数据库系统,可提供人类遗传资源数据的上传、下载、浏览、检索等公共服务,并有效支撑了国家重点研发计划科技项目数据的汇交与管理工作。系统具有符合《中华人民共和国人类遗传资... 详细信息

GSA-Human是人类遗传资源数据汇交、存储、管理与共享的数据库系统,可提供人类遗传资源数据的上传、下载、浏览、检索等公共服务,并有效支撑了国家重点研发计划科技项目数据的汇交与管理工作。系统具有符合《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》数据安全管理策略,提供公开访问和受控访问相结合的数据使用模式。公开访问数据允许用户自由下载与获取;受控访问数据采用申请-审核的模式,即需要通过数据管理委员会(Data Access Committee,DAC)的授权方可获得下载和使用权限。系统自上线以来,截至2021年7月,汇集数据总量已超5.27 PB。

关键词：人类遗传资源数据管理系统组学数据数据汇交数据共享