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Limited gene flow and partial isolation phylogeography of Himalayan snowcock Tetraogallus himalayensis based on part mitochondrial D-loop sequences

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Current Zoology 2011年第6期57卷 758-767页

作者： Xiaoli WANG jiangyong qu Naifa LIU Xinkang BAO Sen SONG Institute of Zoology School of Life Sciences Lanzhou University Lanzhou 730000 China Hainan Key Laboratory for Herpetological Research Department of Life Sciences Qiongzhou University Wuzhishan 572200 Hainan China

Himalayan snowcock Tetraogallus himalayensis are distributed in alpine and subalpine areas in China. We used mi- tochondrial DNA control-region data to investigate the origin and past demographic change in sixty-seven Himalayan snowcock T. himalayensis. The fragments of 1155 nucleotides from the control region of mitochondrial DNA were sequenced, and 57 poly- morphic positions defined 37 haplotypes. A high level of genetic diversity was detected in all populations sampled and may be associated isolation of the mountains and habitat fragmentation and deterioration from quaternary glaciations. In the phylogenetic tree, all haplotypes grouped into four groups： clade A （Kunlun Mountains clade）, clade B （Northern Qinghai-Tibetan Plateau clade）, clade C （Tianshan Mountains clade） and clade D （Kalakunlun Mountains clade）. We found a low level of gene flow and significant genetic differentiation among all populations. Based on divergence time we suggest that the divergence of Himalayan snowcock occurred in the middle Pleistocene inter-glaciation, and expansion occurred in the glaciation. Analysis of mtDNA D-loop sequences confirmed demographic population expansion, as did our non-significant mismatch distribution analysis. In conclusion, limited gene flow and a pattern of partial isolation phylogeographic was found in geographic populations of T. hima- layansis based on the analysis on mtDNA D-loop sequences [Current Zoology 57 （6）： 758-767, 2011].

关键词： Tetraogallus himalayensis Mitochondrial DNA control-region Phylogeography

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Genetic Variation of Grey-rumped Pheasant (Torquatus group) Populations in China

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Agricultural Biotechnology 2013年第3期2卷 50-55,67页

作者： jiangyong qu Hainan Key Laboratory for Herpetological Research/Department of Life Sciences and Technology Qiongzhou University Department of Zoology and Entomology Rhodes University

The polymerase chain reaction combined with direct sequencing was employed to deduce the variety of the grey-rumped pheasant populations in China. Totally 1079 basepair sequences of mitochondrial DNA （mtDNA） control-region gene were analyzed from 121 grey-rumpod pheasants obtained from 13 Chinese lo- calities, 76 variable sites resulted in 91 haplotypes. These populations possessed a high level of genetic diversity, indicating that during their evolution effective population size and polymorphism were not reduced by climatic fluctuations in the Pleistocene ice ages. Phylogenetie analysis indicates that all populations were clustered into two groups, western and eastern. The degree of population differentiation presumably results from a low gene flow （ N, = 0. 33, F,, = 0. 60, P 〈 0. 001 ） between the two groups, and the divergence occurred in the years （2.1 ×10^5 - 2.2 × 105 ）. The genetic structure of grey-rumped pheasants in China ap- pears to be the result of the uplift of Qinghai-Tibet Plateau, the existence of Qinling Mountains and Liupan Mountains and cyclical climatic oscillations during the late Pleistocene.

关键词： Genetic variation Grey-rumped Pheasants Mitochondrial DNA Population differentiation

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Mitochondrial genomes of Tapes dorsatus and Cardita variegata:insights into Heteroconchia phylogeny

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Journal of Oceanology and Limnology 2024年第3期42卷 943-959页

作者： Xumin WANG Hua ZHANG Xindong TENG Wenhui SUN Zhikai XING Shuang WANG Xiumei LIU jiangyong qu Lijun WANG College of Life Science Yantai UniversityYantai 264005China Qingdao International Travel Healthcare Center Qingdao 266071China

Heteroconchia,a widespread and abundant aquatic invertebrate,is an important clade of bivalve *** relationship between the three branches of Heteroconchia,Palaeoheterodonta,Archiheterodonta,and Euheterodonta has become a main controversy in molecular studies of the relationships between *** the present study,we assembled the complete mitochondrial genomes of Tapes dorsatus(Veneridae)and Cardita variegata(Carditidae)using high-throughput *** is the first mitochondrial genome belonging to the family Carditidae to be *** used 12 protein coding genes(excluding atp8)from the complete mitochondrial genomes of 146 species to recover the internal relationships of *** results support the traditional view of early branching of Palaeoheterodonta and the recovery of the monophyly of Palaeoheterodonta,Anomalodesmata,*** analysis show that gene arrangement within Venerida was highly ***-calibrated phylogenetic studies based on a relaxed molecular clock model suggested that Veneridae originated approximately 337.62 million years ago(Ma)and split into two major clades,whereas Carditidae originated approximately 510.09 *** results provide evidence of the internal relationships of Heteroconchia.

关键词： Tapes dorsatus Cardita variegata mitochondrial genome phylogeny

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Gene characterization and phylogenetic analysis of four mitochondrial genomes in Caenogastropoda

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Acta Oceanologica Sinica 2024年第2期43卷 137-150页

作者： jiangyong qu Wanqi Yang Xindong Teng Li Xu Dachuan Zhang Zhikai Xing Shuang Wang Xiumei Liu Lijun Wang Xumin Wang College of Life Science Yantai UniversityYantai 264005China Qingdao International Travel Healthcare Center Qingdao 266071China Qingdao Dagang Customs Qingdao 266071China

Caenogastropoda is a highly diverse group,containing~60%of all existing *** in this subclass predominantly inhabit marine environments and have a high ecological and economic *** to the increase in relevant phylogenetic studies,our understanding of between species relatedness in Caenogastropoda has ***,the biodiversity,taxonomic status,and phylogenetic relationships of this group remain *** the present study,we performed next-generation sequencing of four complete mitochondrial genomes from three families(Buccinidae,Columbellidae,and Cypraeidae)and the four mitogenomes were classical circular structures,with a length of 16177 bp in Volutharpa ampullacea,16244 bp in Mitrella albuginosa,16926bp in Mauritia arabica asiatica and 15422 bp in Erronea *** composition analysis indicated that whole sequences were biased toward A and *** compared them with 171 complete mitochondrial genomes of *** phylogenetic relationship of Caenogastropoda derived from Maximum Likelihood(ML)and Bayesian Inference(BI)trees constructed based on CDS sequences was consistent with the results of traditional morphological analysis,with all three families showing close *** study supported Caenogastropoda at the molecular level as a separate clade of *** to our divergence time estimations,Caenogastropoda was formed during the middle Triassic period(~247.2–237 Ma).Our novel mitochondrial genomes provide evidence for the speciation of Caenogastropoda in addition to elucidating the mitochondrial genomic evolution of this subclass.

关键词： mitochondrial genome phylogenetic analysis Caenogastropoda

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一株可利用二甲基巯基丙酸内盐生长的北极海洋细菌的分类鉴定及表型特征分析

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极地研究 2021年第2期33卷 231-240页

作者：张义和曾胤新曲江勇烟台大学生命科学学院烟台264003 中国极地研究中心上海200136

二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)是一种主要由海洋浮游植物生成的含硫化合物,在海洋中含量丰富,同时也是海洋细菌的重要营养物之一。采用生长选择性培养基从北极王湾海水中分离到一株细菌DMSP-1。基于16S rRNA基因序列及基因组平均核苷酸一致... 详细信息

二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)是一种主要由海洋浮游植物生成的含硫化合物,在海洋中含量丰富,同时也是海洋细菌的重要营养物之一。采用生长选择性培养基从北极王湾海水中分离到一株细菌DMSP-1。基于16S rRNA基因序列及基因组平均核苷酸一致性(Average Nucleotide Identity,ANI)分析,将该菌鉴定为乳酸假单胞菌。该菌细胞呈杆状,有极生鞭毛;具有耐冷(可在5℃较快生长,适宜生长温度范围为22~29℃,最高生长温度为38℃)、耐盐(适宜生长盐度范围为0~4%NaCl、最高生长盐度为8%NaCl)等特性,表明该菌能较好地适应其所处的北极近岸环境。碳源生长实验证实该菌能以DMSP为唯一碳源进行生长。该菌具有乳酸假单胞菌的许多生理生化特征,但也存在差异,如色氨酸脱氨酶与脲酶为阳性、不能利用鼠李糖产酸等。对假单胞菌DMSP-1开展进一步的研究,将推动人们对于海洋细菌降解DMSP的代谢机制及其在北极海洋环境中生态功能的深入认识。

关键词：北极王湾假单胞菌 DMSP 降解

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基于宏基因组技术分析全球不同温度带土壤微生物多样性

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微生物学通报 2023年第5期50卷 1853-1871页

作者：曲颖孙晓玥滕新栋徐丽金黎明王丽君刘秀梅曲江勇王绪敏邢志凯烟台大学山东烟台264005 青岛国际旅游卫生保健中心山东青岛266071 山东青岛大港海关山东青岛266071 大连民族大学生物技术与生物资源利用重点实验室辽宁大连116600

【背景】温度在塑造大尺度的土壤微生物群落方面发挥了重要作用,但目前针对全球不同温度带大尺度土壤微生物多样性方面的研究十分缺乏。【目的】明确不同温度带大尺度土壤微生物组成和功能的差异变化。【方法】从宏观的角度运用宏基因... 详细信息

【背景】温度在塑造大尺度的土壤微生物群落方面发挥了重要作用,但目前针对全球不同温度带大尺度土壤微生物多样性方面的研究十分缺乏。【目的】明确不同温度带大尺度土壤微生物组成和功能的差异变化。【方法】从宏观的角度运用宏基因组技术对不同温度带土壤微生物群落的组成和功能进行分析。【结果】细菌的物种多样性随着温度带纬度的升高而增多,真菌的物种多样性在温带最多,在寒带最小且假丝酵母属(Candida)占绝对优势。3个温度带间除物种多样性存在差异外,微生物群落中物种丰度差异也较大,优势属和特殊属各有不同。其中值得注意的是,假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)的丰度在不同温度带间存在显著差异,且随着温度带纬度的升高而增多,而链霉菌属(Streptomyces)、地嗜皮菌属(Geodermatophilus)、红色杆菌属(Rubrobacter)和小单孢菌属(Micromonospora)的丰度随温度带纬度的升高而降低。在功能方面,发现与翻译后修饰、蛋白质周转、伴侣(posttranslational modification,protein turnover,chaperones),细胞内运输、分泌和囊泡运输(intracellular trafficking,secretion,and vesicular transport)以及细胞运动(cell motility)相关的基因功能可能在微生物耐冷方面具有重要作用。【结论】土壤微生物在物种多样性、群落组成和功能上随温度带变化明显不同,找出受温度带变化显著影响的细菌、真菌及功能,有助于大尺度研究土壤微生物多样性地理格局及其形成机制。

关键词：宏基因组分析技术温度带土壤微生物微生物多样性

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生物工程研究生教学案例的建设及应用

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山东化工 2020年第15期49卷 191-192页

作者：姜爱莉单守水鞠宝邢荣莲曲江勇烟台大学生命科学学院山东烟台264005

为提升工科研究生的培养水平,建设了生物工程研究生系列案例,并以微藻生物技术系列案例为例,介绍了案例的设计、教学使用情况及评价体系和教学效果,为案例教学的推广应用提供了参考。

关键词：案例生物工程微藻生物技术

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基于线粒体16S rRNA探讨渤海海区矮拟帽贝的种群生态遗传

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四川动物 2017年第4期36卷 386-391页

作者：史博洋李媛媛王儒晓曲江勇郭承华刘传林侯建海房辉刘楚童烟台大学生命科学学院山东烟台264005 海南热带海洋学院海南两栖爬行动物研究重点实验室海南三亚572000

采用聚合酶链式反应和直接测序的方法研究了渤海海区15个矮拟帽贝Patelloida pygmaea种群遗传多样性与环境因子的关系。180个个体的16S rRNA部分序列(615 bp)共发现264个多态性位点,153个转换,114个颠换,界定32个单倍型。所有个体碱基... 详细信息

采用聚合酶链式反应和直接测序的方法研究了渤海海区15个矮拟帽贝Patelloida pygmaea种群遗传多样性与环境因子的关系。180个个体的16S rRNA部分序列(615 bp)共发现264个多态性位点,153个转换,114个颠换,界定32个单倍型。所有个体碱基含量依次为C(18.12%)、T(27.74%)、A(33.07%)、G(21.07%);单倍型多样性为0.835 1±0.019 1,核苷酸多样性为0.449±0.214。矮拟帽贝大陆沿岸种群核苷酸多样性(0.191 8±0.091 7)高于岛屿种群(0.107 3±0.081 6)。种群历史动态结果显示,矮拟帽贝经历了种群近期扩张。与环境因子相关性研究发现,遗传距离、序列变异、核苷酸多样性与日照时数、日照百分率分别呈显著正相关(P<0.05);形态相关分析结果表明,变异主成分(壳长、壳宽)与年均降水量呈显著负相关(P<0.05);年均降水量、日照时数、日照百分率是影响矮拟帽贝形态变异、遗传多样性的主导因子,环境越稳定地区种群的遗传多样性越高。

关键词：矮拟帽贝 16S rRNA 生态遗传遗传多样性

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环渤海红条毛肤石鳖种群遗传多样性研究

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四川动物 2019年第1期38卷 20-27页

作者：王儒晓李媛媛刘传林杜文晓侯建海姚文君张俊凯张运发王宇曲江勇烟台大学生命科学学院山东烟台264005

以线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)为遗传标记分析了环渤海红条毛肤石鳖Acanthochiton rubrolineatus 9个种群的遗传多样性及遗传结构。126只个体经PCR扩增测序获得654 bp的COⅠ基因序列,41个多态位点产生29种单倍型,单倍型多样性为0... 详细信息

以线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)为遗传标记分析了环渤海红条毛肤石鳖Acanthochiton rubrolineatus 9个种群的遗传多样性及遗传结构。126只个体经PCR扩增测序获得654 bp的COⅠ基因序列,41个多态位点产生29种单倍型,单倍型多样性为0. 899±0. 013,核苷酸多样性为0. 013 3±0. 006 8。种群遗传多样性与纬度(r=-0. 808,P <0. 05)及年平均温度变异系数(r=-0. 795,P <0. 05)呈显著负相关,表明红条毛肤石鳖适应低纬度及温度稳定的海洋环境。分子方差分析表明,遗传变异主要发生在种群内(83. 26%,P <0. 001)。系统发生树与单倍型网络图没有呈现明显的谱系地理结构。种群历史动态结果显示,红条毛肤石鳖在早更新世晚期(第二温暖期)间冰期经历了种群扩张。

关键词：红条毛肤石鳖生态遗传遗传结构细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ

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基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异

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烟台大学学报（自然科学与工程版） 2024年第2期37卷 163-171页

作者：倪妍滕新栋徐丽王绪敏曲江勇王丽君金黎明邢志凯刘秀梅烟台大学生命科学学院山东烟台264005 青岛国际旅行卫生保健中心山东青岛266071 青岛大港海关山东青岛266071 大连民族大学生物技术与生物资源利用重点实验室辽宁大连116600

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicute... 详细信息

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。

关键词：肠道菌群 T1DM T2DM 16S rRNA测序

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