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Transfer learning enhanced graph neural network for aldehyde oxidase metabolism prediction and its experimental application

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Acta Pharmaceutica Sinica B 2024年第2期14卷 623-634页

作者： jiacheng xiong Rongrong Cui Zhaojun Li Wei Zhang Runze Zhang Zunyun Fu Xiaohong Liu Zhenghao Li Kaixian Chen Mingyue Zheng Drug Discovery and Design Center State Key Laboratory of Drug ResearchShanghai Institute of Materia MedicaChinese Academy of SciencesShanghai 201203China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China College of Computer and Information Engineering Dezhou UniversityDezhou 253023China AI Department Suzhou Alphama Biotechnology Co.Ltd.Suzhou 215000China Shanghai Institute for Advanced Immunochemical Studies and School of Life Science and TechnologyShanghaiTech UniversityShanghai 200031China State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology Nanjing UniversityNanjing 210023China

Aldehyde oxidase(AOX)is a molybdoenzyme that is primarily expressed in the liver and is involved in the metabolism of drugs and other ***-mediated metabolism can result in unexpected outcomes,such as the production of toxic metabolites and high metabolic clearance,which can lead to the clinical failure of novel therapeutic *** models can assist medicinal chemists in rapidly evaluating the AOX metabolic risk of compounds during the early phases of drug discovery and provide valuable clues for manipulating AOX-mediated metabolism *** this study,we developed a novel graph neural network called AOMP for predicting AOX-mediated *** integrated the tasks of metabolic substrate/non-substrate classification and metabolic site prediction,while utilizing transfer learning from 13C nuclear magnetic resonance data to enhance its performance on both *** significantly outperformed the benchmark methods in both cross-validation and external *** AOMP,we systematically assessed the AOX-mediated metabolism of common fragments in kinase inhibitors and successfully identified four new scaffolds with AOX metabolism liability,which were validated through in vitro ***,for the convenience of the community,we established the first online service for AOX metabolism prediction based on AOMP,which is freely available at https://***.

关键词： Drugmetabolism Aldehyde oxidase Transferlearning Graph neural network Kinase inhibitor

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αExtractor: a system for automatic extraction of chemical information from biomedical literature

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Science China(Life Sciences) 2024年第3期67卷 618-621页

作者： jiacheng xiong Xiaohong Liu Zhaojun Li Hongzhong Xiao Guangchao Wang Zhenjiang Niu Chaoyuan Fei Feisheng Zhong Gang Wang Wei Zhang Zunyun Fu Zhiguo Liu Kaixian Chen Hualiang Jiang Mingyue Zheng Drug Discovery and Design Center State Key Laboratory of Drug ResearchShanghai Institute of Materia MedicaChinese Academy of SciencesShanghai 201203China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China AI Department Suzhou Alphama Biotechnology Co.Ltd.Suzhou 215125China College of Computer and Information Engineering Dezhou UniversityDezhou 253023China

Dear Editor,Great progress has been made using artificial intelligence(AI) techniques in learning knowledge from biomedical databases in recent years, revolutionizing the study of many fields, such as protein structure prediction and protein design(Madani et al., 2023). However, there is massive biomedical knowledge not curated in the form of structured data but hidden in primary scientific literature.

关键词： has such knowledge

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喷施外源物质复配剂对烤烟生长和烟叶质量的影响

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江苏农业科学 2024年第3期52卷 84-90页

作者：熊佳诚沈子奇高旭许金亮罗维王洪春杨杰胡东华李强湖南农业大学农学院湖南长沙410128 四川中烟工业有限责任公司四川成都610017

为促进烤烟大田生长发育及提高烤后烟叶产质量,以云烟87为试验材料,利用6-BA、DA-6、LaCl3、DCPTA等4种外源物质共设置11个复配剂处理(含清水对照),分别测定烤烟植株现蕾期至圆顶期的农艺性状、冠层特征、光合参数和烤后烟叶的化学成分... 详细信息

为促进烤烟大田生长发育及提高烤后烟叶产质量,以云烟87为试验材料,利用6-BA、DA-6、LaCl3、DCPTA等4种外源物质共设置11个复配剂处理(含清水对照),分别测定烤烟植株现蕾期至圆顶期的农艺性状、冠层特征、光合参数和烤后烟叶的化学成分、经济指标。结果表明:(1)除T1处理外,不同外源物质复配剂对烤烟现蕾期至圆顶期的株高、最大叶宽、最大叶面积均有较大提升,其中T3、T8、T10处理对烤烟整体农艺性状均有促进效果,T3处理最为明显;(2)中层光能截获率在T2、T7、T8处理下增长效果最显著,群体光能截获率在T7、T9处理下略有提升,不同外源物质配施都延缓了烟叶成熟过程中光合参数下降的幅度,增强了烟叶的耐熟性;(3)不同外源物质配施方式下烟叶产量和产值均有所提升,其中产量增长率在1.9%~18.5%之间,产值增长率在3.3%~16.6%之间,T3、T8、T10处理与CK相比,均价、上等烟比例、中上等烟比例均有不同程度的提升,其中T8处理对于烤烟的经济性状提升最为明显;(4)不同外源物质复配剂均能提高烤后烟叶的化学成分协调性,烤后烟叶化学成分协调性在T1、T5、T6、T8、T9、T10处理中表现最好,其中化学成分协调性的综合得分提高1.6~7.6分。综上所述,现蕾期喷施6-BA、DA-6、LaCl_(3)、DCPTA等外源物质的复配剂,能促进烤烟的大田生长发育、增强烟叶光合作用、优化化学成分协调性、提高烤后烟叶产质量;其中T8处理的促进效果最好,其次为T3处理。

关键词：云烟87 外源物质复配光合参数化学成分协调性

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菊花茶中重金属和微量元素溶出特性研究

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中国无机分析化学 2024年第7期14卷 995-1005页

作者：唐宁杨永贵熊嘉成高娜胡静赵首萍叶雪珠浙江省农业科学院农产品质量安全与营养研究所杭州310000

为了探究菊花茶和茶汤中重金属及微量元素含量,指导菊花茶的饮用,对浙江主要菊花茶品种皇菊和金丝皇菊的重金属和微量元素含量及其溶出特性进行了分析。通过电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合等离子体发射光谱(ICP-OES)测定Cd... 详细信息

为了探究菊花茶和茶汤中重金属及微量元素含量,指导菊花茶的饮用,对浙江主要菊花茶品种皇菊和金丝皇菊的重金属和微量元素含量及其溶出特性进行了分析。通过电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)和电感耦合等离子体发射光谱(ICP-OES)测定Cd、Cr、Cu、Pb、Zn、Ni、As等7种重金属和K、Na、Ca、Mg、Se、Fe和Mn等7种微量元素的含量,并参照传统泡茶方式对不同浸泡时间及不同浸泡次数条件下的皇菊和金丝皇菊中重金属和微量元素的溶出特性进行研究。结果发现,两种菊花中Cd含量均超标,但茶汤中的Cd与其他重金属符合生活饮用水标准,随着浸泡时间延长,菊花中重金属和微量元素的溶出率逐渐增加,Cd的总溶出率仅9.9%~11.8%,Cr、Pb的总溶出率也在10%以下,但Cu、Zn、Ni、As溶出率较高,在45.0%~71.6%,微量元素的溶出率在1.7%~84.0%,其中K、Na、Se元素的溶出率较高,最高分别达到了84.0%、72.9%、78.0%;随着浸泡次数增加,菊花中重金属和微量元素的溶出率逐渐降低,在第一次浸泡后,菊花中Cd、Cr、Pb的溶出率较低,分别在0.3%~8.0%,Cd、Cr、Pb的初次溶出量占溶出总量50%~100%,Cu、Zn、Ni、As在第一次浸泡后,溶出量占总量的28%~63%,第一次浸泡后,菊花中的K和Se的溶出率较高,达到30.6%~65.8%,Na、Ca、Mg、Mn的溶出率在5.8%~29.4%。微量元素第一次浸泡溶出量占溶出总量的41%~100%。两种菊花中,金丝皇菊第一次浸泡溶出的重金属和微量元素比例均较高。通过延长浸泡时间可增加茶汤中重金属和微量元素的溶出,弃去初泡水的方式,虽然去除了过半含量的重金属,但同时也损失了大量微量元素,建议泡茶时延长浸泡时间。

关键词：皇菊金丝皇菊重金属微量元素溶出特性

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An Edge-assisted, Object-oriented Random Forest Approach for Refined Extraction of Tea Plantations Using Multi-temporal Sentinel-2 and High-resolution Gaofen-2 Imagery

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Journal of Geodesy and Geoinformation Science 2023年第1期6卷 31-46页

作者： Juanjuan YU Xiufeng HE Jia XU Zhuang GAO Peng YANG Yuanyuan CHEN jiacheng xiong School of Earth Sciences and Engineering Hohai UniversityNanjing 211100China College of Givil Engineering Nanjing Forestry UniversityNanjing 210037China GFZ German Research Gentre for Geosciences Potsdam 14473Germany

As a consumed and influential natural plant beverage,tea is widely planted in subtropical and tropical areas all over the *** by(sub)tropical climate characteristics,the underlying surface of the tea distribution area is extremely complex,with a variety of vegetation *** addition,tea distribution is scattered and fragmentized in most of ***,it is difficult to obtain accurate tea information based on coarse resolution remote sensing data and existing feature extraction *** study proposed a boundary-enhanced,object-oriented random forest method on the basis of high-resolution GF-2 and multi-temporal Sentinel-2 *** method uses multispectral indexes,textures,vegetable indices,and variation characteristics of time-series NDVI from the multi-temporal Sentinel-2 imageries to obtain abundant features related to the growth of tea *** reduce feature redundancy and computation time,the feature elimination algorithm based on Mean Decrease Accuracy(MDA)was used to generate the optimal feature *** the serious boundary inconsistency problem caused by the complex and fragmented land cover types,high resolution GF-2 image was segmented based on the MultiResolution Segmentation(MRS)algorithm to assist the segmentation of Sentinel-2,which contributes to delineating meaningful objects and enhancing the reliability of the boundary for tea ***,the object-oriented random forest method was utilized to extract the tea information based on the optimal feature combination in the Jingmai Mountain,Yunnan *** resulting tea plantation map had high accuracy,with a 95.38%overall accuracy and 0.91 kappa *** conclude that the proposed method is effective for mapping tea plantations in high heterogeneity mountainous areas and has the potential for mapping tea plantations in large areas.

关键词： tea plantation mapping multi-temporal edge-assisted object-oriented random forest Sentinel-2 Gaofen-2

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Metabolic and proteostatic differences in quiescent and active neural stem cells

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Neural Regeneration Research 2024年第1期19卷 43-48页

作者： jiacheng Yu Gang Chen Hua Zhu Yi Zhong Zhenxing Yang Zhihong Jian Xiaoxing xiong Department of Neurosurgery Renmin Hospital of Wuhan UniversityWuhanHubei ProvinceChina

Adult neural stem cells are neurogenesis progenitor cells that play an important role in ***,neural regeneration may be a promising target for treatment of many neurological *** regenerative capacity of adult neural stem cells can be chara cterized by two states:quiescent and *** adult neural stem cells are more stable and guarantee the quantity and quality of the adult neural stem cell *** adult neural stem cells are chara cterized by rapid proliferation and differentiation into neurons which allow for integration into neural *** review focuses on diffe rences between quiescent and active adult neural stem cells in nutrition metabolism and protein ***,we discuss the physiological significance and underlying advantages of these diffe *** to the limited number of adult neural stem cells studies,we refe rred to studies of embryonic adult neural stem cells or non-mammalian adult neural stem cells to evaluate specific mechanisms.

关键词： adult neurogenesis cell metabolic pathway cellular proliferation neural stem cell niches neural stem cells neuronal differentiation nutrient sensing pathway proteostasis

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Dual neovascular targets of vascular endothelial growth factor receptors and platelet-derived growth factor receptor ameliorate thioacetamide induced liver fibrosis in rats

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Portal Hypertension & Cirrhosis 2024年第1期3卷 1-13页

作者： Bin xiong Yaowei Bai jiacheng Liu Tongqiang Li Yingliang Wang Chen Zhou Department of Interventional Radiology The First Affiliated Hospital of Guangzhou Medical UniversityGuangzhouGuangdongChina Department of Radiology Union HospitalTongji Medical CollegeHuazhong University of Science and TechnologyWuhanHubeiChina Hubei Province Key Laboratory of Molecular Imaging WuhanHubeiChina

Aims:Neovascularization plays a crucial role in liver fibrosis(LF),and blocking vascular endothelial growth factor receptors(VEGFR)has been shown to improve *** aim of our study was to investigate the role of dual neovascularization targets,VEGFR,and platelet-derived growth factor receptor(PDGFR),in ameliorating ***:In vitro,we observed the effects of apatinib(APA)(a VEGFR inhibitor)and donafenib(DON)(a VEGFR and PDGFR inhibitor)on the activation,proliferation,and apoptosis of hepatic stellate cells(HSCs)from rats and *** vivo,we established a thioacetamide(TAA)-induced liver fibrosis rat model to explore the antifibrosis effect of APA and *** used the method of random table to randomly divide the rats into 4 *** detected the expression of angiogenesis-related proteins using Western blot and ***:APA and DON inhibited the proliferation and activation of HSCs,promoted apoptosis of HSCs,and arrested the S phase of the cell cycle in *** also found that DON had a stronger inhibitory effect on *** vivo,APA and DON ameliorated liver fibrosis,reduced collagen deposition andα-SMA expression in rats,and DON had a stronger improvement *** and DON downregulated the expression of VEGFR2 while inhibiting the phosphorylation of Akt and ERK1/*** can act through both VEGF and PDGF pathways,whereas APA can only act through the VEGF ***:Antiangiogenesis is a promising approach for the treatment of *** with a single-target drug(APA),the dual-target drug(DON)can achieve better therapeutic effects.

关键词： antiangiogenesis apatinib donafenib fibrosis

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基于Work-Conserving的CICQ结构中单组播分组调度算法

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北京航空航天大学学报 2017年第1期43卷 144-150页

作者：梁佳诚熊庆旭闫付龙萧翰张元昊北京航空航天大学电子信息工程学院北京100083

基于联合输入交叉队列(CICQ)结构提出了一种新的均衡交叉节点缓存单组播混合调度算法,即单组播交叉缓存均衡(MUCB)算法,该算法不同于现有的基于业务状态如队长和/或等待时间的调度算法,而是尽力使交换机最大程度地工作于工作保持(Work-C... 详细信息

基于联合输入交叉队列(CICQ)结构提出了一种新的均衡交叉节点缓存单组播混合调度算法,即单组播交叉缓存均衡(MUCB)算法,该算法不同于现有的基于业务状态如队长和/或等待时间的调度算法,而是尽力使交换机最大程度地工作于工作保持(Work-Conserving)状态,其方法是尽量均衡CICQ交叉节点的缓存占用。同时,算法充分考虑单组播业务差异性及CICQ结构下输入输出调度间的影响关系。仿真结果显示,在不同组播业务比例条件下,与现有CICQ结构中主流的单组播混合调度算法相比,MUCB算法显著提高了单组播业务总体的通过率及分组平均时延性能。

关键词：分组交换调度算法组播单播联合输入交叉队列(CICQ) 工作保持

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利用双极化Sentinel-1数据监测城市地面沉降——以上海市为例

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测绘通报 2019年第11期 98-102,129页

作者：熊佳诚聂运菊罗跃李永飞东华理工大学测绘工程学院

在遥感卫星成像中,极化是非常重要的概念。不同极化数据包含的地面信息不同,其应用价值也不同。针对VV、VH极化数据在城市地面沉降监测中的应用,本文利用双极化Sentinel-1数据监测上海市城区地面沉降,分析两种监测结果产生差异的原因,... 详细信息

在遥感卫星成像中,极化是非常重要的概念。不同极化数据包含的地面信息不同,其应用价值也不同。针对VV、VH极化数据在城市地面沉降监测中的应用,本文利用双极化Sentinel-1数据监测上海市城区地面沉降,分析两种监测结果产生差异的原因,并与水准数据进行对比验证。结果表明,VV极化数据对研究区的监测整体性优于VH极化数据;干涉对相干性质量与有效像素数数量均高于VH极化数据;监测结果与水准数据的偏差小于VH极化数据。

关键词：短基线集双极化城市地面沉降干涉

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结合PS特征点的SBAS地表形变监测

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测绘通报 2020年第4期 91-95页

作者：聂运菊熊佳诚程朋根罗跃东华理工大学测绘工程学院江西南昌330013

针对SARscape SBAS技术存在人工选取地面控制点影响监测结果的问题,本文提出了一种结合PS特征点的SBAS地表形变监测方法。通过设置PS技术中的振幅离差指数与相干性阈值,提取PS监测结果中的特征点作为地面控制点进行轨道精炼与形变反演。... 详细信息

针对SARscape SBAS技术存在人工选取地面控制点影响监测结果的问题,本文提出了一种结合PS特征点的SBAS地表形变监测方法。通过设置PS技术中的振幅离差指数与相干性阈值,提取PS监测结果中的特征点作为地面控制点进行轨道精炼与形变反演。以2017年3月至2018年12月覆盖南昌地区的Sentinel-1影像为数据源,进行了地表形变监测与验证。结果表明:①该方法与PS方法监测结果均显示南昌市城区在监测时段内整体呈小幅度上升趋势,年平均沉降速率相关性达到了0.959,具有高度一致性。②将该方法、PS方法、人工选取地面控制点的SBAS方法的监测结果与水准数据进行对比,该方法与水准数据的误差不超过3.5 mm,说明了该方法的有效性。

关键词：永久散射体技术短基线集技术特征点轨道精炼形变监测

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