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Roles of flanking sequences in the binding between unimolecular parallel-stranded G-quadruplexes and ligands

Science Bulletin 2013年第7期58卷 731-744页

作者： GAI Wei YANG QianFan XIANG JunFeng SUN HongXia SHANG Qian LI Qian JIANG Wei guan aijiao ZHANG Hong TANG YaLin XU guangZhi Beijing National Laboratory for Molecular Sciences Center for Molecular SciencesState Key Laboratory for Structural Chemistry for Unstable and Stable SpeciesInstitute of ChemistryChinese Academy of Sciences Graduate University of Chinese Academy of Sciences

G-quadruplexes attract more and more attention in recent *** small molecules which can induce or stabilize the formation of G-quadruplexes have been investigated on the purpose of anticancer drug *** a motif existed in physiological condition,flanking sequences are an important part of G-quadruplexes but the study on the impact of flanking sequences on (G-quadruplex)-ligand binding is rarely *** this paper,the effects of flanking sequences on binding affinity between a series of unimolecular parallel-stranded G-quadruplex sequences derived from c-myc oncogene promoter (termed as c-myc G-quadruplexes) and their ligands are discussed in *** results showed that the flanking sequences on c-myc G-quadruplexes play key roles in (G-quadruplex)-ligand *** a c-myc G-quadruplex is bound to its ligands,the flanking sequences might form a binding cavity above the terminal G-quartet,which could provide a suitable site for ligands to dock ***,the bases on flanking sequences could interact with ligand through π-π stacking,and finally form a sandwich-stacking mode (terminal G-quartet,ligand and bases on the flanking sequence).This mode could stabilize the (G-quadruplex)-ligand complex effectively and enhance the binding affinity ***,flanking sequences are also found to exhibit steric hindrance effect which could impede the (G-quadruplex)-ligand binding.

关键词： G-quadruplex flanking sequences interaction mechanism c-myc cyanine dye

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Roles of flanking sequences in the binding between unimolecular parallel-stranded G-quadruplexes and ligands

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Science China(Technological Sciences) 2013年第3期56卷 731-740页

关键词： G-quadruplex flanking sequences interaction mechanism c-myc cyanine dye

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HTG-四链体对甲基氮杂杯[6]吡啶的构象调控

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化学通报 2018年第9期81卷 828-833页

作者：李敬晨管爱娇向俊锋张恩选李骞齐伟孙红霞唐亚林曲阜师范大学化学与化工学院曲阜273100 中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049 凯莱英医药集团天津市药物绿色合成技术企业重点实验室天津300457

甲基氮杂杯[n]吡啶(MACPn)是一类柔性、多构象的新型杂杯杂芳烃化合物,溶液状态中对其构象的调控与分离一直是此类化合物研究的难点之一。我们将DNA G-四链体作为功能分子,调控甲基氮杂杯[6]吡啶(MACP6)在溶液态的构象,结果表明,HT序列... 详细信息

甲基氮杂杯[n]吡啶(MACPn)是一类柔性、多构象的新型杂杯杂芳烃化合物,溶液状态中对其构象的调控与分离一直是此类化合物研究的难点之一。我们将DNA G-四链体作为功能分子,调控甲基氮杂杯[6]吡啶(MACP6)在溶液态的构象,结果表明,HT序列在K^+条件下所形成的混合结构的G-四链体可以诱导MACP6的手性构象,而在Na^+条件下所形成的反平行结构不具备此功能。一维核磁共振氢谱、分子对接与碱基突变进一步揭示了HT G-四链体与MACP6以边沿loop为位点的构型匹配作用模式,loop区增长,有利于HT G-四链体对MACP6的调控作用。本研究再次拓展了G-四链体作为氮杂杯吡啶构象调控功能分子的应用。

关键词：甲基氮杂杯[n]吡啶 G-四链体手性诱导构象调控

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