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Phylogenomic Insights into Deep Phylogeny of Angiosperms Based on Broad Nuclear Gene Sampling

Plant Communications 2020年第2期1卷 77-87页

作者： Lingxiao Yang danyan su Xin Chang Charles SPFoster Linhua sun Chien-Hsun Huang Xiaofan Zhou Liping Zeng Hong Ma Bojian Zhong College of Life Sciences Nanjing Normal UniversityNanjingChina School of Life and Environmental Sciences University of SydneySydneyAustralia Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesPeking UniversityBeijingChina State Key Laboratory of Genetic Engineering and Collaborative Innovation Center for Genetics and Development Ministry of Education Key Laboratory of Biodiversity Sciences and Ecological EngineeringSchool of Life SciencesFudan UniversityShanghaiChina Guangdong Province Key Laboratory of Microbial Signals and Disease Control Integrative Microbiology Research CentreSouth China Agricultural UniversityGuangzhouChina Institute for Integrative Genome Biology and Department of Botany and Plant Sciences University of CaliforniaRiversideCAUSA Department of Biology Huck Institutes of the Life SciencesPennsylvania State UniversityUniversity ParkPAUSA

Angiosperms(flowering plants)are the most diverse and species-rich group of *** vast majority(99.95%)of angiosperms form a clade called Mesangiospermae,which is subdivided into five major groups:eudicots,monocots,magnoliids,Chloranthales,and *** relationships among these Mesangiospermae groups have been the subject of long *** this study,we assembled a phylogenomic dataset of 1594 genes from 151 angiosperm taxa,including representatives of all five lineages,to investigate the phylogeny of major angiosperm lineages under both coalescent-and concatenationbased *** dissected the phylogenetic signal and found that more than half of the genes lack phylogenetic information for the backbone of angiosperm *** further removed the genes with weak phylogenetic signal and showed that eudicots,Ceratophyllales,and Chloranthales form a clade,with magnoliids and monocots being the next successive sister *** frequencies of gene tree conflict are suggestive of incomplete lineage sorting along the backbone of the angiosperm *** analyses suggest that a fully bifurcating species tree may not be the best way to represent the early radiation of ***,we inferred that the crown-group angiosperms originated approximately between 255.1 and 222.2 million years ago,and Mesangiospermae diversified into the five extant groups in a short time span(27 million years)at the Early to Late Jurassic.

关键词： Mesangiospermae gene tree conflict phylogenomics phylogenetic signal divergence times

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Extracardiovascular injury complications in Kawasaki disease

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Pediatric Investigation 2022年第4期6卷 241-249页

作者： Jie Liu Yuqin Huang suyuan Qin danyan su Bingbing Ye Yusheng Pang Department of Pediatrics First Affiliated HospitalGuangxi Medical UniversityNanningChina

Importance:Patients with Kawasaki disease(KD)experience various extracardiovascular injury complications,which may affect their ***:To investigate the incidence and clinical characteristics of extracardiovascular complications in children with ***:The clinical data of patients diagnosed with KD in the First Affiliated Hospital of Guangxi Medical University from January 2003 to January 2021 were *** clinical characteristics and extracardiovascular complications were compared among patients stratified by age,intravenous immunoglobulin(IVIG)therapy responsiveness,and coronary ***:A total of 511 patients with KD were included,357(69.9%)were aged 1–5 *** aged5 years,29.5%),whereas the involvement of the joints gradually increased with age(5 years,20.5%).Nervous system involvement was more common in IVIG non-responders(15.7%[13/83]vs.5.4%[23/428],P=0.001).However,there were no significant differences in extracardiovascular injury complications between patients with or without ***:KD can involve multiple organ injuries as well as cardiovascular complications,and nervous systerm involvement may be more common in patients unresponsive to IVIG.

关键词： Complication Coronary artery aneurysm Extracardiovascular Intravenous immunoglobulin Kawasaki disease

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Angiosperm phylogeny and timetree inferred by extensive gene and taxon sampling

Angiosperm phylogeny and timetree inferred by extensive gene...

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中国植物学会第十六次全国会员代表大会暨85周年学术年会

作者： Lingxiao Yang danyan su Xin Chang Linhua sun Chienhsun Huang Liping Zeng Hong Ma Bojian Zhong College of Life Sciences Nanjing Normal University Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesPeking University State Key Laboratory of Genetic Engineering and Collaborative Innovation Center for Genetics and Development Ministry of Education Key Laboratory of Biodiversity Sciences and Ecological EngineeringSchool of Life SciencesFudan University Department of Biology The Pennsylvania State University

Angiosperms（flowering plants） are the most diverse and species-rich groups of plants,yet the relationships of the five divergent groups of the Mesangiospermae（～99.95% of extant angiosperms） and its evolutionary timeline have been a subject of long *** we infer the angiosperm phylogeny and divergence times of major lineages by analyzing 3577 nuclear genes in 142 species,covering all or most orders of eudicots,monocots,magnoliids,Chloranthaceae and *** phylogeny corroborates some earlier inferences and provides novel insights,in particular within *** find sisterhood of Chloranthaceae and a clade containing eudicots and Ceratophyllaceae,and these three lineages form sister group to magnoliids + *** timescale of angiosperm evolution reveal that the crown-angiosperms originated approximately 222.92 million years ago（Ma） ±25 million years,and Mesangiospermae diversified into five groups in a short time span（～9 Ma） at the Late *** 80% of angiosperm orders appear in the Cretaceous accompanying the long-lasting humid temperate environment,which provided new external conditions for further expansive diversification within Mesangiospermae.

关键词： angiosperm phylogenomics phylogenetic signals divergence times fossil record

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钙激活性氯离子通道对高肺血流性肺动脉高压大鼠肺血管结构重构的调控作用

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中华儿科杂志 2016年第9期54卷 692-697页

作者：王凯庞玉生苏丹艳叶冰冰覃素元刘冬立韩玉兰广西医科大学第一附属医院儿科南宁530021

目的探索在高肺血流性肺动脉高压发生过程中钙激活性氯离子通道（CaCC）对肺血管结构重构的调控作用.方法通过下腔静脉-腹主动脉分流法建立高肺血流性肺动脉高压大鼠模型,将75只SD大鼠根据随机数字表法分为正常组、假手术组、分流组... 详细信息

目的探索在高肺血流性肺动脉高压发生过程中钙激活性氯离子通道（CaCC）对肺血管结构重构的调控作用.方法通过下腔静脉-腹主动脉分流法建立高肺血流性肺动脉高压大鼠模型,将75只SD大鼠根据随机数字表法分为正常组、假手术组、分流组、尼氟灭酸（NFA）1组[0.2 mg/（kg·d）]和NFA 2组[0.4 mg/（kg· d）],每组各15只,测定肺动脉压力及血管重构变化,采用血管张力分析系统比较各组肺小动脉环收缩率,利用膜片钳技术记录肺动脉平滑肌细胞（PASMC）电生理学特征及变化.进行多组数据之间的方差分析及组间两两q检验.结果分流组大鼠术后11周肺动脉平均压[（27.4 ±2.4）mmHg（1 mmHg=0.133 kPa）]较正常组[（14.4±1.3）mmHg]与假手术组[（13.5 ±2.3） mmHg]显著升高（P＜0.05）,NFA 1组[（21.2±2.0）mmHg]和NFA 2组[（22.3±2.0） mmHg]肺动脉平均压较分流组显著下降（P＜0.05）.分流组出现肺动脉狭窄等结构重构变化.分流组大鼠肺小动脉环对10-5 mol/L苯肾上腺素的收缩率[（132.6±1.4）％]较正常组[（114.3±1.2）％]和假手术组[（115.5±1.1）％]增强（P＜0.05）,NFA 1组和NFA 2组血管重构得到改善,肺小动脉环收缩率显著下降[分别为（126.4±1.3）％、（124.6±1.0）％,P ＜0.05].膜片技术记录到典型CaCC电流,分流组PASMC电流密度[（51.3±2.7） pA/pF]较正常组[（32.3±2.3） pA/pF]和假手术组[（35.3 ±1.2） pA/pF]显著增高（P＜0.05）,NFA 1组[（40.2±1.5）pA/pF]和NFA 2组[（42.7 ±2.2）pA/pF]电流密度较分流组显著下降（P＜0.05）.结论 CaCC通过调控膜电位参与高肺血流性肺动脉高压的发生;NFA通过降低PASMC膜CaCC电流密度而改善肺血管结构重构、降低肺动脉压力.

关键词：高血压,肺性心脏缺损,先天性离子通道血流动力学

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BLZF1在肿瘤中的研究进展

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中国医学创新 2022年第18期19卷 185-188页

作者：周晨苏丹燕黄云超昆明医科大学第三附属医院云南省肿瘤医院云南昆明650118

碱性亮氨酸拉链核因子1(basic leucine zipper nuclear factor 1,BLZF1)属于b-ZIP核因子家族,编码一个3 kb的mRNA,可被翻译成45 kDa的蛋白质。BLZF1由1个亮氨酸重复序列和几个特定的磷酸化位点组成,其结构中包含亮氨酸拉链和核定位信号... 详细信息

碱性亮氨酸拉链核因子1(basic leucine zipper nuclear factor 1,BLZF1)属于b-ZIP核因子家族,编码一个3 kb的mRNA,可被翻译成45 kDa的蛋白质。BLZF1由1个亮氨酸重复序列和几个特定的磷酸化位点组成,其结构中包含亮氨酸拉链和核定位信号。BLZF1在人体正常细胞和肿瘤细胞中是普遍存在的;其在细胞核和细胞质中均有表达,但不在核仁中表达;但在类维生素A(retinoic acid,RA)治疗急性早幼粒细胞白血病(acute promyelocytic leukaemia,APL)引起细胞增殖时,其表达上调。BLZF1可与GRASP55结合,形成的结合体是一种新的高尔基体中池堆叠模型,在维持高尔基体正常结构和转运蛋白质中发挥重要作用。但其在多种疾病和肿瘤中的研究还未明确。本研究从BLZF1的结构、表达及功能方面,探讨其在一些疾病和肿瘤中的作用,为BLZF1在肿瘤中的研究提供理论基础。

关键词：碱性亮氨酸拉链核因子1 高尔基体肿瘤

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儿童呼吸系统疾病相关肺高血压的诊治进展

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内科 2022年第6期17卷 638-644页

作者：黄丽莲叶冰冰苏丹艳庞玉生广西医科大学第一附属医院儿科南宁市530021 广西壮族自治区妇幼保健院厢竹院区儿童呼吸内科南宁市530023

儿童肺高血压(PH)是以肺循环升高为特点的临床综合征,可引起右心衰竭甚至死亡。近年来,儿童PH的病因、发病机制、诊断和治疗等方面的研究均取得了重要进展,患儿的生活质量和生存率明显改善。阻塞性肺疾病、肺间质疾病、睡眠呼吸障碍、... 详细信息

儿童肺高血压(PH)是以肺循环升高为特点的临床综合征,可引起右心衰竭甚至死亡。近年来,儿童PH的病因、发病机制、诊断和治疗等方面的研究均取得了重要进展,患儿的生活质量和生存率明显改善。阻塞性肺疾病、肺间质疾病、睡眠呼吸障碍、肺发育异常等呼吸系统疾病均可导致儿童发生PH。为提高临床医生对儿童呼吸系统疾病相关PH的认知,本文就儿童呼吸系统疾病相关PH的概况、发病机制、诊断、治疗进行综述。

关键词：肺高血压儿童呼吸系统疾病并发症发病机制诊断治疗肺血管扩张剂综述

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尼氟灭酸抑制跨膜蛋白16A参与高肺血流量诱导的肺动脉高压的机制研究

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广西医科大学学报 2024年第6期41卷 819-825页

作者：陈若霞潘宣任苏丹艳庞玉生广西医科大学第一附属医院儿科南宁530021

目的:探讨钙激活的氯离子通道(CaCCs)抑制剂尼氟灭酸(NFA)和跨膜蛋白16A(TMEM16A)在高肺血流量诱导的肺动脉高压(PAH)中的作用及机制。方法:将40只SD大鼠随机分为normal组、sham组、model组及model+NFA组,sham组使用血管夹夹闭腹主动脉1... 详细信息

目的:探讨钙激活的氯离子通道(CaCCs)抑制剂尼氟灭酸(NFA)和跨膜蛋白16A(TMEM16A)在高肺血流量诱导的肺动脉高压(PAH)中的作用及机制。方法:将40只SD大鼠随机分为normal组、sham组、model组及model+NFA组,sham组使用血管夹夹闭腹主动脉15 min,model组采用腹主动脉—下腔静脉造瘘术建立左向右分流型PAH模型,model+NFA组在造瘘术后予NFA进行每日灌胃;饲养12周后,检测大鼠平均肺动脉压、肺动脉血管张力,并采用实时荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹法(western blotting)检测各组肺动脉平滑肌细胞(PASMCs)TMEM16A的表达。结果:model组和model+NFA组大鼠肺动脉环收缩率及TMEM16A m RNA和蛋白表达水平显著高于normal组(P<0.05)。与model组比较,model+NFA组大鼠TMEM16A mRNA和蛋白表达水平降低,肺动脉环收缩率下降(P<0.05)。结论:高肺血流量诱导的PAH与TMEM16A高表达有关,NFA可以降低肺动脉血管张力,抑制TMEM16A的过表达。

关键词：肺动脉高压钙激活的氯离子通道肺动脉血管张力跨膜蛋白16A 尼氟灭酸

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肺动脉高压相关线粒体自噬生物标志物及其作用的分析与验证

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广西医科大学学报 2024年第3期41卷 419-429页

作者：李菲菲黄钰钦陈若霞叶冰冰苏丹艳庞玉生广西医科大学第一附属医院儿科南宁530021

目的:通过生物信息学方法筛选肺动脉高压(PAH)相关线粒体自噬差异表达基因,为进一步研究线粒体自噬提供新依据。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)下载PAH相关数据集,分为测试集和验证集,从分子签名数据库(MSigDB)和通路统一数据库下载... 详细信息

目的:通过生物信息学方法筛选肺动脉高压(PAH)相关线粒体自噬差异表达基因,为进一步研究线粒体自噬提供新依据。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)下载PAH相关数据集,分为测试集和验证集,从分子签名数据库(MSigDB)和通路统一数据库下载线粒体自噬相关基因,筛选线粒体自噬相关的PAH差异表达基因并进行基因本体论(GO)注释分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、蛋白质—蛋白质互作分析等。通过验证集验证生物标记物,将具有显著性差异且差异趋势一致的关键基因进行ROC验证,并收集先天性心脏病(CHD)相关PAH(PAH-CHD)及CHD共32例患儿外周血进行关键基因实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)表达验证。结果:收集到数据集GSE113439、GSE15197、GSE117261作为测试集,GSE38267作为验证集,共得到11个PAH相关线粒体自噬差异表达基因,这些基因主要富集在线粒体自噬—动物、神经退行性疾病—多种疾病通路、自噬—动物、志贺氏菌病、粘附连接、胞吞、帕金森病等通路中,其中5个关键基因(GABARAPL2,OPTN,RNF41,SRC,UBB)在合并数据集和验证集PAH组和正常组(Normal组)存在显著性差异且差异趋势一致。GABARAPL2,OPTN,UBB mRNA在PAH-CHD外周血的表达与预测趋势一致,而GABARAPL2 mRNA在PAH-CHD组外周血中表达显著升高(P<0.05)。结论:GABARAPL2可能在PAH相关线粒体自噬中起调控作用,具体的机制仍需要进一步的体内和体外验证。

关键词： GABARAPL2 线粒体自噬肺动脉高压差异基因生物信息学

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环状RNA hsa_circ_0001801在先天性心脏病相关肺动脉高压患儿全血中的表达及其临床意义

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广西医科大学学报 2023年第4期40卷 663-669页

作者：黄钰钦叶冰冰苏丹艳黄滟云李菲菲陈若霞庞玉生广西医科大学第一附属医院儿科南宁530021

目的:探讨环状RNA hsa_circ_0001801在先天性心脏病(CHD)相关肺动脉高压(PAH)患儿中的表达及其临床意义。方法:收集30例CHD和30例PAH-CHD患儿全血样本,并收集14例健康儿童全血样本作为对照组,采用RT-qPCR检测hsa_circ_0001801在不同分... 详细信息

目的:探讨环状RNA hsa_circ_0001801在先天性心脏病(CHD)相关肺动脉高压(PAH)患儿中的表达及其临床意义。方法:收集30例CHD和30例PAH-CHD患儿全血样本,并收集14例健康儿童全血样本作为对照组,采用RT-qPCR检测hsa_circ_0001801在不同分组中的表达量,并与临床资料进行相关性分析,通过Logistic回归分析确定PAH-CHD的影响因素。结果:PAH-CHD组hsa_circ_0001801相对表达量低于对照组和CHD组(P<0.05),而CHD组与对照组无明显差异。Spearman相关分析显示,hsa_circ_0001801表达与肌酸激酶同工酶呈正相关关系(r=0.393,P=0.002)。多因素Logistic回归分析显示,hsa_circ_0001801为PAH-CHD的保护因素(OR=0.465,95%CI:0.257~0.844,P=0.012)。结论:hsa_circ_0001801在PAH-CHD患儿全血中异常表达,具有作为PAH-CHD生物标志物的潜力。

关键词：环状RNA hsa_circ_0001801 先天性心脏病肺动脉高压

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吲哚在生物材料表面大肠杆菌生物膜中的研究进展

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昆明医科大学学报 2023年第12期44卷 184-190页

作者：苏丹燕唐文甜杨谨旭刘华李邦胜赵应鼎黄云超昆明医科大学第三附属医院/云南省肿瘤医院胸外一科云南昆明650118

大肠杆菌是一种适应性很强的条件致病菌,可以在植入物表面形成生物膜并产生持久细胞,导致危及生命的感染,抗生素难以治疗。因此,急需1种有效的大肠杆菌生物膜抑制剂来应对公共健康威胁。吲哚是近年发现的大肠杆菌新型群体感应信号分子,... 详细信息

大肠杆菌是一种适应性很强的条件致病菌,可以在植入物表面形成生物膜并产生持久细胞,导致危及生命的感染,抗生素难以治疗。因此,急需1种有效的大肠杆菌生物膜抑制剂来应对公共健康威胁。吲哚是近年发现的大肠杆菌新型群体感应信号分子,在调控细菌生长及生物膜形成方面具有重要意义,是未来研究新型抗生物膜制剂的潜在靶标。综述大肠杆菌生物膜的形成、吲哚的微生物代谢及其调控大肠杆菌生物膜形成研究进展,以期为临床治疗及药物研发提供帮助。

关键词：大肠杆菌吲哚细菌生物膜生物材料植入感染

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