检索结果-南通市图书馆

基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物化学与生物物理进展 2008年第9期35卷 1070-1076页

作者：齐立省苏计国陈慰祖王存新北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124

详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对... 详细信息

详细考察了基于HNP(H:hydrophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.

关键词：蛋白质设计相对熵结构类型氨基酸简化模型

经后纵裂-胼胝体入路治疗丘脑后部肿瘤的MRI解剖学研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国临床解剖学杂志 2016年第3期34卷 273-277页

作者：徐敏王存祖朱勋陈品昆山市中医医院神经外科江苏昆山215300 江苏省苏北人民医院神经外科江苏扬州215001

目的利于MRI测量经后纵裂-胼胝体入路处理丘脑后部肿瘤解剖学数据,以助于规范和优化该手术入路。方法选取120例无颅内异常的头颅MRI正中矢状位头颅核磁共振T2加权序列(少儿组25例,成人组95例),以人字点为参考点,分别设手术方案一和方案... 详细信息

目的利于MRI测量经后纵裂-胼胝体入路处理丘脑后部肿瘤解剖学数据,以助于规范和优化该手术入路。方法选取120例无颅内异常的头颅MRI正中矢状位头颅核磁共振T2加权序列(少儿组25例,成人组95例),以人字点为参考点,分别设手术方案一和方案二,并在正中矢状位头颅MRI上模拟经后纵裂-胼胝体入路到达丘脑后部的两种手术路径,测量与该入路相关的解剖结构。结果 (1)方案一与方案二所得的骨窗位置分别为(少儿组人字点前≤29.89±4.36 mm,人字点后≤37.04±3.22 mm;成人组为人字点前≤(31.20±7.36)mm,人字点后≤43.05±10.36 mm),(少儿组人字点后37.04±3.22 mm;成人组人字点后43.05±10.36 mm)。(2)测量人字点至丘脑后部长度的平均值少儿组为(82.71±3.92)mm,成人组为(87.42±9.24)mm。(3)方案一与方案二所得手术视角分别为(少儿组≤44.56°±4.15°,成人组≤55.02°±7.42°),(少儿组为24.28°±3.25°,成人组为31.33°±8.25°)。结论充分的MRI评估有助于更好的掌握该入路,利于选择及优化该手术入路,提高手术效果。

关键词：核磁共振成像丘脑后部经后纵裂-胼胝体入路手术入路

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展

生物化学与生物物理进展 2006年第7期33卷 616-621页

作者：李春华马晓慧陈慰祖王存新北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022

蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结... 详细信息

蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象.结合国内外研究蛋白质-蛋白质分子对接方法进展和本研究小组的工作,对以上四个环节做了详细的综述.另外,还分析了目前存在的主要问题,并提出对未来工作的展望.

关键词：蛋白质-蛋白质分子对接过滤打分函数分子柔性

用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

物理化学学报 2005年第11期21卷 1229-1234页

作者：刘春莉李春华陈慰祖王存新北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022

用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活... 详细信息

用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了一类咖啡酰基和没食子酰基类HIV-1整合酶抑制剂与整合酶之间的相互作用模式,结果表明该类抑制剂分子上的两个侧链基团(咖啡酰基或没食子酰基)与整合酶的DDE基序之间的相互作用对抑制整合酶活性起到关键作用.当侧链基团为没食子酰基时,可以提高该类抑制剂与整合酶的结合能力.采用线性相互作用能方法(LIE)计算了该类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,预测值与实验值相吻合,均方根偏差RMSD为1.39kJ·mol-1,以上结果可为基于结构的HIV-1整合酶抑制剂设计提供有用的信息.

关键词： HIV-1整合酶抑制剂整合酶分子动力学模拟咖啡酰基没食子酰基

用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

高等学校化学学报 2008年第7期29卷 1432-1437页

作者：胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新北京工业大学生命科学与生物工程学院

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的... 详细信息

用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.

关键词： HIV-1整合酶病毒DNA 分子对接结合模式药物分子设计

造血干细胞移植对肝癌术后复发转移的影响及其与外周血AFP mRNA和VEGF-C mRNA关系的初步研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

四川大学学报（医学版） 2010年第2期41卷 256-260页

作者：邓志刚李波祖存厦门大学附属中山医院肝胆外科厦门361000 四川大学华西医院肝脏及血管外科成都610041 四川省军区国防医院普通外科成都610041

目的探讨异基因造血干细胞移植对SCID鼠肝癌切除术后复发转移的影响,以及SCID鼠外周血甲胎蛋白(AFP)mRNA和血管内皮生长因子(VEGF-C)mRNA水平与肝癌复发转移的关系。方法SCID小鼠随机分为程序移植(A)组、单次移植(B)组及对照(C)组,行人... 详细信息

目的探讨异基因造血干细胞移植对SCID鼠肝癌切除术后复发转移的影响,以及SCID鼠外周血甲胎蛋白(AFP)mRNA和血管内皮生长因子(VEGF-C)mRNA水平与肝癌复发转移的关系。方法SCID小鼠随机分为程序移植(A)组、单次移植(B)组及对照(C)组,行人脐带血造血干细胞移植后6周,将肝癌细胞株(HCCLM6)肿瘤组织块原位接种于受鼠肝脏,10 d后切除荷瘤肝叶,4周后处死小鼠,摘眼球取血,实时荧光定量PCR检测各组外周血AFPmRNA和VEGF-CmRNA的表达,观察肝内复发和肝外转移的情况。结果移植瘤切除后A、B、C各组肝内复发率均为100%,但复发瘤体积大小〔(367.18±31.86)mm3、(648.26±155.22)mm3、(811.38±127.36)mm3,P<0.01〕、肺转移率(14.3%、66.7%、100%,P<0.01)差异有统计学意义,A、B两组的抑瘤率分别为54.7%和20.1%。AFPmRNA(1.95±0.92、5.23±1.96、6.36±3.38,P=0.02)及VEGF-CmRNA(2.48±2.25、3.45±2.81、6.60±5.81,P=0.27)在各组的相对表达量亦不相同,提示外周血AFPmRNA和VEGF-CmRNA的水平与术后复发转移有相关关系。结论造血干细胞移植对肝癌根治性切除术后的复发和转移显示出一定的抑制作用,并且随着人源细胞嵌合率的增加,抗肿瘤效应也相应得到提高。

关键词：造血干细胞移植癌,肝细胞甲胎蛋白血管内皮生长因子C 肿瘤复发肿瘤转移

茎顶端分生组织在植物发育过程中的保持、转变和逆转(英文)

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

细胞生物学杂志 2008年第2期30卷 147-152页

作者：姜妍祖伟吴存祥东北农业大学农学院中国农业科学院作物科学研究所北京100081 中国农业科学院作物科学研究所

顶端分生组织(shoot apical meristems,SAM)为产生新的器官和组织而不断提供新的细胞,它的活性依赖于平衡分生组织细胞的增殖和器官发生之间关系的调控基因。来自不具备光合能力的顶端分生组织的细胞可形成具有光合能力的营养器官。在... 详细信息

顶端分生组织(shoot apical meristems,SAM)为产生新的器官和组织而不断提供新的细胞,它的活性依赖于平衡分生组织细胞的增殖和器官发生之间关系的调控基因。来自不具备光合能力的顶端分生组织的细胞可形成具有光合能力的营养器官。在从营养生长到生殖发育的转变过程中,茎顶端分生组织,转变为花序分生组织,最终形成花分生组织。在进入开花决定状态以前,SAM的状态很大程度上受到环境信号和转录调控因子的影响。以模式植物拟南芥为主,对在顶端分生组织的保持和转变中复杂同时又有差异的基因调控网络进行讨论。在花和花序分生组织逆转过程中,SAM中的细胞也受到相关基因的调控,且表达方式存在明显的时空差异。因此,具有决定性的和未决定性双重特性的分生组织之间的转变和相互协调,对于器官发生和形态建成起到至关重要的作用。

关键词：顶端分生组织发育保持转变逆转

短杆菌肽A-DMPC通道内离子输运的分子动力学模拟

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物物理学报 2000年第3期16卷 569-576页

作者：陈慰祖汤宇舟王存新北京工业大学生物医学工程中心北京100022 中国科学技术大学天文与应用物理系安徽合肥230026

用最近提出的构建膜体系初始构象的有效方法 ,构建了在DMPC脂膜环境下短杆菌肽A通道模型 (GA -DMPC)。通过对Na +、Ca2 +、Cl-三种不同离子在GA -DMPC通道内不同位置的分子动力学模拟 ,研究离子在通道内输运过程中与通道及通道内水分子... 详细信息

用最近提出的构建膜体系初始构象的有效方法 ,构建了在DMPC脂膜环境下短杆菌肽A通道模型 (GA -DMPC)。通过对Na +、Ca2 +、Cl-三种不同离子在GA -DMPC通道内不同位置的分子动力学模拟 ,研究离子在通道内输运过程中与通道及通道内水分子的相互作用 ,从分子动力学的角度阐明离子在通道内的输运机制。主要计算结果表明 :(1)离子在通道内的输运使GA的构象发生变化 ,GA的柔性是离子在通道内通透的重要因素 ;(2)Cl- 离子可扩大通道半径 ,Na+ 离子和Ca2 +离子则减小通道半径。Cl-离子不能在GA通道内通透 ;(3)离子的出现使通道内水分子的偶极方向发生变化。上述结果均与实验相符。

关键词：短杆菌肽A-DMPC通道离子输运分子动力学模拟

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

剑麻纤维增强珊瑚混凝土力学性能试验研究

河南理工大学学报（自然科学版） 2014年第6期33卷 826-830页

作者：王磊刘存鹏熊祖菁桂林理工大学广西矿冶与环境科学实验中心广西桂林541004 桂林理工大学土木与建筑工程学院广西桂林541004 广西建筑新能源与节能重点实验室广西桂林541004

为研究不同剑麻纤维掺量下珊瑚混凝土力学性能的变化规律,通过对剑麻纤维增强珊瑚混凝土的立方体抗压强度、劈裂抗拉强度、抗折强度及其微观结构进行试验研究,确定剑麻纤维的最佳添加量,为进一步研究剑麻纤维增强珊瑚混凝土其它性能及... 详细信息

为研究不同剑麻纤维掺量下珊瑚混凝土力学性能的变化规律,通过对剑麻纤维增强珊瑚混凝土的立方体抗压强度、劈裂抗拉强度、抗折强度及其微观结构进行试验研究,确定剑麻纤维的最佳添加量,为进一步研究剑麻纤维增强珊瑚混凝土其它性能及应用提供参考.试验结果表明,剑麻纤维的掺入对珊瑚混凝土立方体抗压强度的影响很小,掺量3 ～ 4.5 kg/m3的剑麻纤维可以显著提高珊瑚混凝土的抗折强度及劈裂抗拉强度,剑麻纤维的掺入可以改善珊瑚混凝土的脆性,使其破坏时表现出良好的延性.

关键词：剑麻纤维珊瑚混凝土力学性能微观结构