基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究

作     者：苏计国 王宝翰 焦雄 陈慰祖 王存新 SU Ji-Guo;WANG Bao-Han;JIAO Xiong;CHEN Wei-Zu;WANG Cun-Xin

作者机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022 中国科学院生物物理研究所北京100101 

出 版 物：《生物化学与生物物理进展》 (Progress In Biochemistry and Biophysics)

年 卷 期：2006年第33卷第5期

页      面：479-484页

核心收录：

学科分类：071011[理学-生物物理学] 0710[理学-生物学] 07[理学] 

基　　金：国家自然科学基金(10574009) 国家教育部博士点基金(20040005013)资助项目.~~ 

主　　题：氨基酸简化模型 相对熵 蛋白质折叠 

摘      要：把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.