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Multi-environment BSA-seq using large F3 populations is able to achieve reliable QTL mapping with high power and resolution: An experimental demonstration in rice

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The Crop Journal 2024年第2期12卷 549-557页

作者： Yan Zheng ei ei Khine Khin Mar Thi ei ei Nyein Likun Huang Lihui Lin Xiaofang Xie Min Htay Wai Lin Khin Than Oo Myat Myat Moe San San Aye Weiren Wu College of Life Sciences Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Fujian Provincial Key Laboratory of Crop Breeding by Design Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Key Laboratory of Genetics Breeding and Multiple Utilization of CropsMinistry of EducationFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Department of Botany Mawlamyine UniversityMon StateMawlamyineMyanmar Department of Botany Dagon UniversityNorth DagonYangonMyanmar

Bulked-segregant analysis by deep sequencing(BSA-seq) is a widely used method for mapping QTL(quantitative trait loci) due to its simplicity, speed, cost-effectiveness, and efficiency. However, the ability of BSA-seq to detect QTL is often limited by inappropriate experimental designs, as evidenced by numerous practical studies. Most BSA-seq studies have utilized small to medium-sized populations, with F2populations being the most common choice. Nevertheless, theoretical studies have shown that using a large population with an appropriate pool size can significantly enhance the power and resolution of QTL detection in BSA-seq, with F_(3)populations offering notable advantages over F2populations. To provide an experimental demonstration, we tested the power of BSA-seq to identify QTL controlling days from sowing to heading(DTH) in a 7200-plant rice F_(3)population in two environments, with a pool size of approximately 500. Each experiment identified 34 QTL, an order of magnitude greater than reported in most BSA-seq experiments, of which 23 were detected in both experiments, with 17 of these located near41 previously reported QTL and.eight cloned genes known to control DTH in rice. These results indicate that QTL mapping by BSA-seq in large F_(3)populations and multi-environment experiments can achieve high power, resolution, and reliability.

关键词： BSA-seq QTL mapping Large F3 population Multi-environment experiment Cross-validation

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How Can Practitioners Support Citizen Volunteers in Disaster Risk Reduction? Insight from “Good and Ready” in Aotearoa New Zealand

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International Journal of Disaster Risk Science 2024年第3期15卷 374-387页

作者： Lo?c Le Dé Steve Ronoh ei Mon Thinn Kyu Brigitte Rive School of Public Health and Interdisciplinary Studies Auckland University of Technology Pacific Health Research Centre Auckland University of Technology New Zealand Red Cross

Global and national policy frameworks emphasize the importance of people's participation and volunteers' role in disaster risk reduction. While research has extensively focused on volunteers in disaster response and recovery, less attention has been paid on how organizations involved in disaster risk management can support volunteers in leading and coordinating communitybased disaster risk reduction. In 2019, the New Zealand Red Cross piloted the Good and Ready initiative in Auckland,Aotearoa New Zealand, with the objective to empower local people in resilience building with a focus on volunteers and community participation. This research examined the positive and negative outcomes of Good and Ready and investigated volunteers' experiences in the disaster resilience initiative. It involved the codesign of a questionnaire-based survey using participatory methods with Good and Ready volunteers, the dissemination of the survey to gather volunteers' viewpoints, and a focus group discussion with participatory activities with Red Cross volunteers. The findings highlight that a key challenge lies in finding a balance between a program that provides flexibility to address contextual issues and fosters communities' ownership, versus a prescriptive and standardized approach that leaves little room for creativity and self-initiative. It pinpoints that supporting volunteers with technical training is critical but that soft skills training such as coordinating, communicating,or facilitating activities at the local level are needed. It concludes that the sustainability of Good and Ready requires understanding and meeting volunteers' motivations and expectations and that enhancing partnerships with local emergency management agencies would strengthen the program.

关键词： Community-based approach Disaster risk reduction New Zealand Participation Volunteers

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Machine learning and bioinformatics to identify biomarkers in response to Burkholderia pseudomallei infection in mice

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BIOCELL 2024年第4期48卷 613-621页

作者： YAO FANG Fei XIA FeiFei TIAN L ei QU FANG YANG JUAN FANG ZHENHONG HU HAICHAO LIU Department of Respiratory and Critical Care Medicine General Hospital of Center Theater of PLAWuhan430070China School of Medicine Wuhan University of Science and TechnologyWuhan430065China School of Life Science and Engineering Southwest Jiaotong UniversityChengdu611756China

Objective:In the realm of Class I pathogens,Burkholderia pseudomallei(BP)stands out for its propensity to induce severe *** the intricate interactions between BP and host cells is imperative for comprehending the dynamics of BP infection and discerning biomarkers indicative of the host cell response ***:mRNA extraction from BP-infected mouse macrophages constituted the initial step of our *** gene expression arrays,the extracted RNA underwent conversion into digital *** percentile shift method facilitated data processing,with the identiﬁcation of genes manifesting signiﬁcant differences accomplished through the application of the ***,a comprehensive analysis involving Gene Ontology enrichment and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway was conducted on the differentially expressed genes(DEGs).Leveraging the ESTIMATE algorithm,gene signatures were utilized to compute risk scores for gene expression *** vector machine analysis and gene enrichment scores were instrumental in establishing correlations between biomarkers and macrophages,followed by an evaluation of the predictive power of the identiﬁed ***:The functional and pathway associations of the DEGs predominantly centered around G protein-coupled receptors.A noteworthy positive correlation emerged between the blue module,consisting of 416 genes,and the ***4,identiﬁed through support vector machine analysis among intersecting genes,indicated a robust interaction with macrophages,suggesting its potential as a robust ***4 exhibited commendable predictive efﬁcacy,with BP infection inducing its expression in both macrophages and mouse lung *** blotting in macrophages conﬁrmed a signiﬁcant upregulation of FZD4 expression from 0.5 to 24 h *** mouse lung tissue,FZD4 manifested higher expression in the cytoplasm of pulmonary epithelial cells in BP-infected lungs than in the

关键词： Burkholderia pseudomallei Microarray assay Machine learning Bioinformatics FZD4

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Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry traces the geographical source of Biomphalaria pfeifferi and Bulinus forskali,involved in schistosomiasis transmission

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Infectious Diseases of Poverty 2024年第1期13卷 98-99页

作者： Papa Mouhamadou Gaye ei Hadj Ibrahima Ndiaye Souleymane Doucoure Doudou Sow Mapenda Gaye Ndiaw Goumballa Carole Cassagne Coralie L'Ollivier Oleg Medianikov Cheikh Sokhna Stephane Ranque Aix-Marseille University IRD AP-HM SSA VITROME Marseille France VITROME International IRD-UCAD Campus Dakar Senegal Hospital-University Institut (IHU) Mediterranée Infection Marseille France Departement of Animal Biology Faculty of Sciences and Techniques UCAD Dakar Senegal Department of Parasitology-Mycology UFR Sciences de la Santé Université Gaston Berger Saint-Louis Senegal

Background Freshwater snails of the genera Bulinus spp.,Biomphalaria spp.,and Oncomelania *** the main intermediate hosts of human and animal *** of these snails has long been based on mor-phological and/or genomic criteria,which have their *** limitations include a lack of precision for the morphological tool and cost and time for the DNA-based ***,Matrix-Assisted Laser Desorp-tion/lonization Time-Of-Flight(MALDI-TOF)mass spectrometry,a new tool used which is routinely in clinical microbi-ology,has emerged in the field of malacology for the identification of freshwater *** study aimed to evaluate the ability of MALDI-TOF MS to identify Biomphalaria pfeifferi and Bulinus forskali snail populations according to their *** This study was conducted on 101 *** and 81 *** snails collected in three distinct geo-graphical areas of Senegal(the North-East,South-East and central part of the country),and supplemented with wild and laboratory *** which had previously been morphologically described were identified by MALDl-TOF MS[identification log score values(LSV)≥1.7],after an initial blind test using the pre-existing *** DNA-based identification,new reference spectra of ***(n=10)and ***(n=5)from the geographical areas were added to the MALDI-TOF spectral *** final blind test against this updated database was per-formed to assess identification at the geographic source *** MALDI-TOF MS correctly identified 92.1%of 101 *** snails and 98.8%of 81 *** *** the final blind test,88%of 166 specimens were correctly identified according to both their species and sampling site,with LSVs ranging from 1.74 to *** geographical source was adequately identified in 90.1%of 91 *** and 85.3%of 75 *** *** Our findings demonstrate that MALDI-TOF MS can identify and differe

关键词： Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry Snail Intermediate host Biomphalaria pfeifferi Bulinus forskali Schistosomiasis Senegal

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对比与融合巴塞罗那***光学精品店

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室内设计与装修 2024年第5期 82-85页

作者： ei Departamento ei Departamento 西班牙

El Departamento设计工作室以其独到的创意,为全渠道眼镜零售品牌***在巴塞罗那Born区的门店注入了新的生机。该空间以精致的单色内饰引人注目,通过巧妙的布局和色彩运用,营造出动态且富有吸引力的实体零售环境。这不仅仅是一个购物空间... 详细信息

El Departamento设计工作室以其独到的创意,为全渠道眼镜零售品牌***在巴塞罗那Born区的门店注入了新的生机。该空间以精致的单色内饰引人注目,通过巧妙的布局和色彩运用,营造出动态且富有吸引力的实体零售环境。这不仅仅是一个购物空间,更是一个让顾客能够亲身体验品牌精神和设计理念的场所。同时,该店铺以其独特的设计风格,成功地从众多参赛作品中脱颖而出。

关键词：设计工作室巴塞罗那购物空间品牌精神亲身体验全渠道色彩运用设计理念

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一株柠檬内生细菌Z10的分离鉴定及其抑菌活性的发酵条件优化

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微生物学通报 2024年第5期51卷 1641-1658页

作者：钱程叶景 Khadija ei Galai 张琴高梦蝶杨新宇喻艳玲唐松安徽工程大学生物与食品工程学院安徽芜湖241000

【背景】近年来,从植物内生菌的发酵产物中挖掘抑菌活性成分已成为寻找新型生物活性成分的重要途径。【目的】寻找新的具有高效抗菌活性的植物内生菌,并探究其产生抗菌活性物质的最优发酵条件和抑菌机制。【方法】利用组织分离法和划线... 详细信息

【背景】近年来,从植物内生菌的发酵产物中挖掘抑菌活性成分已成为寻找新型生物活性成分的重要途径。【目的】寻找新的具有高效抗菌活性的植物内生菌,并探究其产生抗菌活性物质的最优发酵条件和抑菌机制。【方法】利用组织分离法和划线法从柠檬皮和籽核中分离内生菌株,按照滤纸片和牛津杯法筛选对病原菌具有较强抑制作用的菌株,通过形态观察和16S rRNA基因序列分析确定活性菌株的分类地位,基于微孔板法检测活性菌株发酵液提取液(B02c)的抑菌效果,以单因素试验和响应面试验设计对发酵条件进行优化,并通过碘化丙啶/SYTO-9探针标记结合流式细胞术检测B02c对检定菌细胞膜的影响。【结果】从柠檬籽核中筛选出一株对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)具有显著抑制作用的菌株Z10,鉴定为芽孢杆菌(Bacillus sp.);菌株Z10的最佳发酵条件为柑橘皮渣添加量1.6 g/100 mL、pH 6.8、接种量10.0%、转速172 r/min、培养时间36 h,优化后B02c的抑菌率达到84.36%,较优化前提升16.36%;B02c对金黄色葡萄球菌的最低抑制浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)为3.125 mg/mL,其能够破坏金黄色葡萄球菌细胞膜的完整性。【结论】柠檬内生菌Z10在优化发酵条件后获得的B02c对金黄色葡萄球菌具有良好的抑菌效果,在新型、高效的天然抑菌活性物质筛选及其工业化生产中具有一定应用前景。

关键词：分离鉴定芽孢杆菌内生菌抑菌机制发酵优化

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腐蚀疲劳交替下2A12-T4航空铝合金的寿命分析研究

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机械设计与制造 2024年第1期395卷 107-112页

作者：谭娜孙世磊华磊中国民航大学航空工程学院天津300300

基于飞机服役期间经历“地面腐蚀与空中疲劳”的交替损伤模式,考虑载荷间的相互作用,研究了航空铝合金2A12-T4在预腐蚀与“腐蚀+疲劳”交替模式下疲劳寿命的退化与损伤累积规律。同级加载条件下提出利用腐蚀疲劳耦合损伤指数和迟滞载荷... 详细信息

基于飞机服役期间经历“地面腐蚀与空中疲劳”的交替损伤模式,考虑载荷间的相互作用,研究了航空铝合金2A12-T4在预腐蚀与“腐蚀+疲劳”交替模式下疲劳寿命的退化与损伤累积规律。同级加载条件下提出利用腐蚀疲劳耦合损伤指数和迟滞载荷用来描述考虑交替腐蚀疲劳损伤模式,用各级疲劳损伤间的相互影响及腐蚀损伤与疲劳损伤在服役工作期间的耦合作用来描述腐蚀、疲劳间的相互促进、加速劣化的现象。基于损伤力学和非线性累积理论,考虑载腐蚀疲劳耦合指数与迟滞载荷对传统的Miner线性累积损伤理论进行修正。建立了飞机结构材料的寿命计算模型,并将模型计算结果与试验结果进行对比验证。确定了腐蚀实验中的腐蚀耦合损伤,并利用低载锻炼效应理论得出均匀分布的迟滞载荷。计算结果表明,本文提出的寿命计算模型的结果与实验结果比较吻合。

关键词：腐蚀疲劳非线性累积腐蚀耦合损伤迟滞载荷寿命计算

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酸蚀对白云石可浮性的影响及其作用机理

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东北大学学报（自然科学版） 2024年第1期45卷 93-100页

作者：郭俊印万忠杨斌朱张磊东北大学资源与土木工程学院辽宁沈阳110819 中国矿业大学化工学院江苏徐州221116 西安科技大学化学与化工学院陕西西安710054

在油酸钠体系下,通过浮选试验、浮选动力学拟合、表面粗糙度表征、比表面积分析、XPS分析、吸附性能分析和润湿性分析,研究了酸蚀对白云石可浮性的影响及其作用机理.研究结果表明:酸蚀后,白云石表面粗糙度和比表面积增大,这暴露出更多... 详细信息

在油酸钠体系下,通过浮选试验、浮选动力学拟合、表面粗糙度表征、比表面积分析、XPS分析、吸附性能分析和润湿性分析,研究了酸蚀对白云石可浮性的影响及其作用机理.研究结果表明:酸蚀后,白云石表面粗糙度和比表面积增大,这暴露出更多的活性位点,强化了与油酸钠的吸附,增强了白云石的疏水性,进而改善了白云石的浮选性能.此外,在浮选动力学拟合中,经典一级动力学模型、一级矩阵分布模型、二级动力学模型的R2均高于95%.相比于其他模型,经典一级动力学拟合效果较好.其中在油酸钠质量浓度为60 mg/L时,酸蚀后白云石经典一级动力学k最大值为1.88 min^(-1),与此同时,酸蚀前白云石经典一级动力学k=1.15 min^(-1),表明酸蚀可以提高白云石浮选速率.本研究为白云石浮选提供了新的研究方向,具有一定的理论和现实意义.

关键词：白云石粗糙度酸蚀可浮性浮选动力学

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肢端黑色素瘤的认知和早期检测

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中国现代医学杂志 2024年第16期34卷 39-44页

作者： ei Thae Mon Win 粟娟鲁丽霞中南大学湘雅医院皮肤科湖南长沙410008

肢端黑色素瘤(AM)是黑色素瘤的一种亚型,病变分布于手掌、足底和甲床区域。不同人群AM的患病率存在差异,该亚型在白种人群中罕见,而在西班牙、非洲及亚洲人群中较为常见。研究表明,AM约占所有黑色素瘤患者的2%~3%。由于早期AM的临床诊... 详细信息

肢端黑色素瘤(AM)是黑色素瘤的一种亚型,病变分布于手掌、足底和甲床区域。不同人群AM的患病率存在差异,该亚型在白种人群中罕见,而在西班牙、非洲及亚洲人群中较为常见。研究表明,AM约占所有黑色素瘤患者的2%~3%。由于早期AM的临床诊断具有挑战性,且对早期AM缺乏认知这就导致AM患者在诊断时往往处于较晚期。因此,了解早期AM诊断的最新进展至关重要。AM与其他亚型皮肤黑色素瘤相比预后较差,对该疾病的早期认识也有助于制订治疗策略。该综述总结了AM的流行病学的特点、临床、皮肤镜和组织病理学特征,以期优化早期AM的检测策略提高患者的预后。

关键词：肢端黑色素瘤流行病学临床特征皮肤镜组织病理学

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纤维增强复合材料加固混凝土桥梁结构研究进展

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建筑科学与工程学报 2024年第1期41卷 31-51页

作者：梅葵花王凤轩孙胜江长安大学公路学院陕西西安710064 山东省交通规划设计院集团有限公司山东济南250101

为总结纤维增强复合材料(FRP)在混凝土桥梁加固中的研究成果,拓宽FRP加固桥梁的思路,推动其在桥梁加固领域的广泛应用,阐述了FRP加固方法的发展及其特点,系统梳理了FRP加固方法在混凝土桥梁的研究进展。根据加固机理的不同,从抗弯加固... 详细信息

为总结纤维增强复合材料(FRP)在混凝土桥梁加固中的研究成果,拓宽FRP加固桥梁的思路,推动其在桥梁加固领域的广泛应用,阐述了FRP加固方法的发展及其特点,系统梳理了FRP加固方法在混凝土桥梁的研究进展。根据加固机理的不同,从抗弯加固、抗剪加固、抗压加固三方面加以归纳总结,介绍了几种常见的FRP加固方式、影响因素、破坏模式及其设计理论;分析了当前研究的不足,由此提出了一些可以继续深入研究的问题。结果表明:目前研究较多的有外贴FRP法、预应力FRP技术、表层嵌入法、FRP网格加固技术,其在不同的设计参数和使用条件下呈现出不同的破坏模式;外贴FRP片材容易过早发生剥离破坏,可以通过一些锚固措施提升界面黏结性,其中HB-FRP加固技术的锚固效果最好;预应力FRP加固技术因具有较高的材料强度利用率而展现出良好的应用前景;后续应深入研究FRP加固设计理论,综合考虑各参数对加固结构性能的影响,建立统一可靠且实用的计算模型;应进一步研究既有混凝土加固结构在多因素耦合作用下的长期性能和耐久性能,完善FRP加固混凝土桥梁设计方法和规范体系。

关键词：桥梁工程 FRP加固混凝土结构加固方式设计理论综述

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