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绵羊清道夫受体A基因启动子克隆及序列分析

黑龙江畜牧兽医 2024年第4期 49-53页

作者：曹鑫艳魏立翔高之煜刘良波张辉闫卫疆肖非孙雪梅盛金良孙延鸣张彦兵石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆泰昆集团股份有限公司新疆昌吉831203

为了分析绵羊清道夫受体A(scavenger receptor A,SRA)基因的启动子序列特征,试验根据UCSC数据库和NCBI数据库预测的绵羊SRA基因启动子序列设计特异性引物,以绵羊肺组织基因组DNA为模板进行SRA基因启动子序列PCR扩增、测序,然后对序列进... 详细信息

为了分析绵羊清道夫受体A(scavenger receptor A,SRA)基因的启动子序列特征,试验根据UCSC数据库和NCBI数据库预测的绵羊SRA基因启动子序列设计特异性引物,以绵羊肺组织基因组DNA为模板进行SRA基因启动子序列PCR扩增、测序,然后对序列进行生物信息学分析,包括预测启动子活性区域、转录因子结合位点、TATA box及CpG岛。结果表明:利用根据UCSC数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物未扩增出目的片段,利用NCBI数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物扩增得到了绵羊SRA基因启动子序列,大小约为1200 bp,与NCBI预测序列的相似性为99%,其中第577位碱基发生了突变(G→A);含有1个潜在活性区域(aaaaatgagctcacattcattttttttttcttaactggc);存在干扰素调节因子(interferon regulatory factor,IRF)1、IRF2、c-Jun、CCAAT增强子结合蛋白(CCAAT enhancer binding protein,C/EBP)、活化蛋白1(activator protein 1,AP-1)、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)转录因子结合位点,其中IRF1和c-Jun的结合位点出现频率较高;不存在TATA box和CpG岛,只存在3个CpG位点。说明SRA基因的表达可能受IRF1和c-Jun等相关转录因子的调控,不受甲基化的影响。

关键词：清道夫受体A 启动子生物信息学分析启动子活性区域转录因子 CpG岛

绵羊TNF-α基因启动子克隆、活性分析及转录因子预测

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石河子大学学报（自然科学版） 2022年第2期40卷 188-192页

作者：张彦兵魏立翔解艺璇李增强李珂儿孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832003

绵羊肺炎支原体感染诱导绵羊TNF-α上调表达的机制不明;据报道,TNF-α上调表达与其启动子激活密切相关。然而,绵羊TNF-α启动子尚未克隆,以及其启动子活性水平也不清楚。因此,通过对绵羊TNF-α启动子预测分析,以绵羊肺组织DNA为模板克隆... 详细信息

绵羊肺炎支原体感染诱导绵羊TNF-α上调表达的机制不明;据报道,TNF-α上调表达与其启动子激活密切相关。然而,绵羊TNF-α启动子尚未克隆,以及其启动子活性水平也不清楚。因此,通过对绵羊TNF-α启动子预测分析,以绵羊肺组织DNA为模板克隆TNF-α启动子,构建荧光素酶报告载体;进一步,利用双荧光素酶报告系统检测TNF-α启动子活性;最后,利用AliBaba 2.1软件预测TNF-α启动子上潜在的转录因子结合区域。结果显示,克隆的绵羊TNF-α启动子区域含有TATA-box元件,启动子具有很强的活性;绵羊TNF-α启动子中预测到9个潜在的转录因子结合区域,分别是6个Sp1、2个C/EBPalp和1个c-Jun。通过克隆绵羊TNF-α启动子、预测潜在的转录因子结合区域等,为进一步研究病原菌诱导绵羊TNF-α高水平表达的机理奠定了基础。

关键词： TNF-α 炎性反应启动子活性转录因子

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绵羊肺炎支原体不同分离株的致病性比较

动物医学进展 2023年第10期44卷 7-11页

作者：魏立翔袁婷高之煜曹鑫艳张彦兵孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆泰昆集团股份有限公司新疆昌吉831203

为研究不同绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)的致病性差异,筛选出致病性强的Mo菌株。通过间接免疫荧光技术检测不同Mo分离株(XJ15、XJ13、XJ22、1412、XJN)、标准株(Y98)对山羊气管上皮细胞(goat tracheal epithelial cells,GTEC)的黏附力强弱,将不同Mo菌株以109 CCU/mL浓度,0.2 mL/只,接种到7日龄SPF鸡胚的卵黄囊中,设阴性对照组和空白对照组,检测并观察Mo感染鸡胚致死率以及死亡鸡胚病理变化,记录鸡胚死亡时间,取死亡鸡胚的尿囊液进行PCR鉴定,同时对各个感染组的卵黄囊液进行PCR检测。结果显示,6株Mo均能黏附GTEC细胞,其中XJ15黏附力最强,XJN黏附力最弱。在鸡胚感染试验中,6株Mo均能引起鸡胚死亡,且不同Mo感染组鸡胚死亡数差异显著(P<0.05)。其中,XJ15感染组致死率为90%,1412和XJN感染组致死率为20%。感染组死亡鸡胚表面有出血,充血症状,尿囊液PCR检测均为阳性。表明,筛选出XJ15为致病性较强的Mo分离株,为后期Mo人工感染模型的建立奠定基础。

关键词：绵羊肺炎支原体致病性间接免疫荧光黏附力致死率

绵羊干扰素调节因子1基因克隆、序列分析及真核表达

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动物医学进展 2022年第10期43卷 12-17页

作者：魏立翔解艺璇高之煜曹鑫艳张彦兵孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832003

绵羊干扰素调节因子1(interferon regulatory factor 1,IRF1)在病原微生物感染中发挥重要作用。为研究绵羊IRF1功能,以绵羊肺组织cDNA为模板,扩增IRF1基因ORF,并对其序列进行生物信息学分析,构建p3×Flag-CMV-14-IRF1重组质粒。将重组... 详细信息

绵羊干扰素调节因子1(interferon regulatory factor 1,IRF1)在病原微生物感染中发挥重要作用。为研究绵羊IRF1功能,以绵羊肺组织cDNA为模板,扩增IRF1基因ORF,并对其序列进行生物信息学分析,构建p3×Flag-CMV-14-IRF1重组质粒。将重组质粒转染HEK293T细胞,运用Western blot进行蛋白质鉴定。结果表明,绵羊IRF1 ORF大小为969 bp,编码325个氨基酸;绵羊IRF1氨基酸序列与山羊、猪、人、马相似性分别为100%、91.61%、87.73%和89.44%;进化树显示,绵羊IRF1与山羊、牛、猪、白鳍豚、马等哺乳动物聚类在一起;绵羊IRF1蛋白分子式为C_(1596)H_(2497)N_(435)O_(497)S_(17),理论等电点为5.58,具有1个潜在的N-糖基化位点和多个磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构域;该重组蛋白高效表达,分子质量约为50 ku。研究结果为绵羊的IRF1功能研究提供了基础材料。

关键词：绵羊干扰素调节因子1 生物信息学分析转录因子真核表达

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绵羊清道夫受体1克隆及其序列分析

中国畜牧杂志 2023年

作者：曹鑫艳魏立翔高之煜蒋松张辉闫卫疆肖非孙雪梅盛金良孙延鸣张彦兵新疆泰昆集团股份有限公司石河子大学动物科技学院

为了解绵羊巨噬细胞清道夫受体1(Macrophage Scavenger Receptor 1，MSR1)基因的生物学信息特征，本研究对绵羊MSR1进行了克隆鉴定，与其他物种的MSR1氨基酸序列进行比对、构建进化树，并进行生物信息分析，预测了MSR1的理化性质。结果... 详细信息

为了解绵羊巨噬细胞清道夫受体1(Macrophage Scavenger Receptor 1，MSR1)基因的生物学信息特征，本研究对绵羊MSR1进行了克隆鉴定，与其他物种的MSR1氨基酸序列进行比对、构建进化树，并进行生物信息分析，预测了MSR1的理化性质。结果显示：绵羊MSR1基因ORF区全长1 362 bp，编码453个氨基酸，分子量约为50 kDa，构建了MSR1真核表达载体；绵羊MSR1与山羊、羚羊、马鹿、水牛、白鲸、野猪、人、家兔、小鼠的同源性分别为98.90%、96.03%、93.16%、93.16%、81.28%、78.81%、74.17%、73.51%、63.77%，同属于牛科动物的序列同源性在90%以上，进化树上在同一分支；该蛋白分子式为C2188H3473N629O680S19，理论等电点为6.00，蛋白质性质为弱酸性，51～73号氨基酸为跨膜结构，有7个潜在的糖基化位点和多个磷酸化位点，存在2个棕榈酰化位点和5个乙酰化位点，169～180位氨基酸序列区域为优势抗原决定簇。这为以后研究绵羊MSR1的功能奠定了基础。

关键词：巨噬细胞清道夫受体1 吞噬基因克隆生物信息学分析

绵羊清道夫受体MARCO基因启动子克隆及生物信息学分析

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动物医学进展 2022年第12期43卷 56-60页

作者：陈佳阔曹鑫艳魏立翔高之煜孙延鸣张彦兵石河子大学动物科技学院新疆石河子832000

为了分析绵羊清道夫受体MARCO基因的启动子序列特点,初步研究其功能及转录调控机理,以绵羊肺组织DNA为模板,通过PCR扩增绵羊MARCO基因启动子序列,对其序列进行生物信息学分析,并构建双荧光素酶报告基因载体。结果显示,成功克隆绵羊MARC... 详细信息

为了分析绵羊清道夫受体MARCO基因的启动子序列特点,初步研究其功能及转录调控机理,以绵羊肺组织DNA为模板,通过PCR扩增绵羊MARCO基因启动子序列,对其序列进行生物信息学分析,并构建双荧光素酶报告基因载体。结果显示,成功克隆绵羊MARCO基因启动子,大小为1002 bp;预测了其核心活性区域,发现有1个潜在的活性区域位于5′端-790~-741,同时发现了1个TATA-box元件和多个转录因子结合位点,未发现CpG岛。结果表明,位于绵羊MARCO基因启动子区域的TATA-box元件和Sp1、NF-1、NF-κB、C/EBPalp、c-Jun等转录因子,可能影响绵羊MARCO基因启动子的激活,为后续研究MARCO基因的转录调控机理提供了参考依据。

关键词：清道夫受体胶原样结构巨噬细胞受体启动子克隆生物信息学分析

猪源microRNAs靶向非洲猪瘟病毒基因区域分析

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黑龙江畜牧兽医 2022年第17期 85-91页

作者：赵志国魏立翔刘良波张辉肖非闫卫疆高宏伟孙雪梅雷银凤孙延鸣张彦兵石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆泰昆集团股份有限公司新疆昌吉831100

为了探讨宿主microRNAs(miRNAs)是否靶向非洲猪瘟病毒(ASFV)基因,以及初步确定miRNAs靶向病毒基因的区域,试验以ASFV感染猪差异表达的miRNAs为研究对象,利用miRanda软件分析miRNAs靶向ASFV基因的具体区域和结合能力,再利用MEGA 7.0软件... 详细信息

为了探讨宿主microRNAs(miRNAs)是否靶向非洲猪瘟病毒(ASFV)基因,以及初步确定miRNAs靶向病毒基因的区域,试验以ASFV感染猪差异表达的miRNAs为研究对象,利用miRanda软件分析miRNAs靶向ASFV基因的具体区域和结合能力,再利用MEGA 7.0软件分析miRNAs所靶向的ASFV基因序列的保守性。结果表明:ssc-miR-122和ssc-miR-125b可同时靶向ASFV CP2475L基因,其中ssc-miR-122靶向该基因4个区域;ssc-miR-181a和ssc-miR-125b可同时靶向ASFV MGF_300-4L基因,其中ssc-miR-181a靶向该基因2个区域;此外,ssc-miR-181a可靶向ASFV NP1450L、E111R基因,ssc-miR-125b靶向ASFV P1192R基因,ssc-miR-145-5p靶向ASFV NP868R、C717R、MGF_505-1R等8个基因,ssc-miR-126-3p靶向ASFV G1211R、EP296R、MGF_110-5L-6L基因,ssc-miR-92a靶向ASFVI329L和EP424R基因;选择多个miRNAs所靶向的ASFV CP2475L和MGF_300-4L基因序列构建进化树,CP2475L和MGF_300-4L基因序列同源性均为100%。说明猪源miRNAs具有潜在的靶向抑制ASFV复制的能力,初步明确了ssc-miR-122、ssc-miR-181a、ssc-miR-125b等miRNAs靶向ASFV CP2475L、MGF_300-4L等基因的具体区域。

关键词： ASFV miRNAs 基因序列抗病毒保守性 miRanda

猪繁殖与呼吸综合征病毒感染对TRIF启动子甲基化的影响

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中国兽医学报 2023年第5期43卷 887-892页

作者：魏立翔高之煜曹鑫艳刘良波张辉闫卫疆肖非孙雪梅盛金良张彦兵孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆泰昆集团股份有限公司新疆昌吉831203

为研究猪感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)后肺组织TRIF基因的甲基化水平和mRNA表达水平,分别采集相同月龄健康仔猪肺组织和临床PRRSV感染仔猪肺组织,使用实时荧光定量PCR对采... 详细信息

为研究猪感染猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)后肺组织TRIF基因的甲基化水平和mRNA表达水平,分别采集相同月龄健康仔猪肺组织和临床PRRSV感染仔猪肺组织,使用实时荧光定量PCR对采集的样品进行PRRSV orf7和TRIF基因mRNA表达水平检测,并通过亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测TRIF基因启动子的甲基化模式。结果显示,PRRSV感染组肺组织中TRIF基因的mRNA表达水平显著高于对照组(P<0.05),PRRSV感染组肺组织中TRIF基因启动子甲基化率为90.5%,对照组为95.2%,其中在第7甲基化位点,PRRSV感染组甲基化水平显著低于对照组(P<0.05)。本研究为进一步探讨TRIF基因在PRRSV感染中的差异表达奠定了基础。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征 TRIF基因 DNA甲基化

SPLUNC1基因在2种绵羊不同组织器官中差异表达分析

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畜牧与兽医 2021年第7期53卷 89-94页

作者：李珂儿李劼李增强魏立翔孙延鸣石河子大学动物科技学院新疆石河子832000

SPLUNC1是抗病原微生物感染的关键蛋白。为研究SPLUNC1基因在2种绵羊不同组织器官中的差异表达情况,试验选取健康新疆阿勒泰羊5只,多胎萨福克羊5只,放血处死后分别采集气管、支气管、肺脏、胃、食管、结肠、心脏、脾脏、皮肤,提取RNA,... 详细信息

SPLUNC1是抗病原微生物感染的关键蛋白。为研究SPLUNC1基因在2种绵羊不同组织器官中的差异表达情况,试验选取健康新疆阿勒泰羊5只,多胎萨福克羊5只,放血处死后分别采集气管、支气管、肺脏、胃、食管、结肠、心脏、脾脏、皮肤,提取RNA,反转录合成cDNA。以cDNA为模板,扩增SPLUNC1基因748 bp特征片段,克隆至pMD19-T载体中,提取质粒。以梯度稀释的质粒为模板,建立SPLUNC1基因转录本拷贝数的绝对定量标准曲线,对2种绵羊各组织器官中SPLUNC1的mRNA初始拷贝数进行定量分析。结果表明:阿勒泰羊标准曲线扩增效率(E)为97%,回归系数(R^(2))为0.9990,SPLUNC1 mRNA初始拷贝数从高至低依次为气管、支气管、肺脏、脾脏、食管、心脏、胃、结肠、皮肤。萨福克羊标准曲线扩增效率(E)为99%,回归系数(R^(2))为0.9989,SPLUNC1 mRNA初始拷贝数从高至低依次为气管、支气管、肺脏、脾脏、心脏、食管、胃、结肠、皮肤。2种绵羊的气管SPLUNC1 mRNA表达量均显著高于其他各组织(P<0.05),皮肤表达量最低。新疆阿勒泰羊的9种组织器官该基因表达量均显著高于多胎萨福克羊(P<0.05)。上述结果说明绵羊的SPLUNC1基因的分布具有组织器官特异性,为揭示绵羊抗感染的分子调控机制提供一定参考。

关键词：多胎萨福克羊阿勒泰羊 SPLUNC1基因实时定量PCR,组织表达