绵羊清道夫受体A基因启动子克隆及序列分析

作     者：曹鑫艳 魏立翔 高之煜 刘良波 张辉 闫卫疆 肖非 孙雪梅 盛金良 孙延鸣 张彦兵 CAO Xinyan;WEI Lixiang;GAO Zhiyu;LIU Liangbo;ZHANG Hui;YAN Weijiang;XIAO Fei;SUN Xuemei;SHENG Jinliang;SUN Yanming;ZHANG Yanbing

作者机构：石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆泰昆集团股份有限公司新疆昌吉831203 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2024年第4期

页      面：49-53页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(32360901,32060133) 新疆维吾尔自治区青年科学基金项目(2022D01B197) 石河子大学青年创新培育人才项目(CXPY202211) 石河子大学高层次人才科研启动项目(RCZK202043) 

主　　题：清道夫受体A 启动子 生物信息学分析 启动子活性区域 转录因子 CpG岛 

摘      要：为了分析绵羊清道夫受体A(scavenger receptor A,SRA)基因的启动子序列特征,试验根据UCSC数据库和NCBI数据库预测的绵羊SRA基因启动子序列设计特异性引物,以绵羊肺组织基因组DNA为模板进行SRA基因启动子序列PCR扩增、测序,然后对序列进行生物信息学分析,包括预测启动子活性区域、转录因子结合位点、TATA box及CpG岛。结果表明:利用根据UCSC数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物未扩增出目的片段,利用NCBI数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物扩增得到了绵羊SRA基因启动子序列,大小约为1200 bp,与NCBI预测序列的相似性为99%,其中第577位碱基发生了突变(G→A);含有1个潜在活性区域(aaaaatgagctcacattcattttttttttcttaactggc);存在干扰素调节因子(interferon regulatory factor,IRF)1、IRF2、c-Jun、CCAAT增强子结合蛋白(CCAAT enhancer binding protein,C/EBP)、活化蛋白1(activator protein 1,AP-1)、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)转录因子结合位点,其中IRF1和c-Jun的结合位点出现频率较高;不存在TATA box和CpG岛,只存在3个CpG位点。说明SRA基因的表达可能受IRF1和c-Jun等相关转录因子的调控,不受甲基化的影响。