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提高种猪疾病防控效果的措施

中文科技期刊数据库（全文版）农业科学 2023年第2期 16-18页

作者：陈豪燕云南省剑川县甸南镇农业综合服务中心畜牧兽医组云南大理671301

为了降低种猪养殖风险,减少不必要的损失,必须加强种猪疾病防控,进一步提高种猪养殖水平。分析了种猪疾病防控存在的问题;介绍了消化系统疾病、呼吸系统疾病、链球菌疾病等常见种猪疾病的防控;提出了加强猪群检疫、做好科学饲养管理、... 详细信息

为了降低种猪养殖风险,减少不必要的损失,必须加强种猪疾病防控,进一步提高种猪养殖水平。分析了种猪疾病防控存在的问题;介绍了消化系统疾病、呼吸系统疾病、链球菌疾病等常见种猪疾病的防控;提出了加强猪群检疫、做好科学饲养管理、加强猪病监控和预防、选择适宜的养殖场、做好生产记录、合理淘汰母猪等提高种猪疾病防控效果的措施。

关键词：种猪疾病防控举措

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浅谈肉牛呼吸系统疾病的诊断与防治

中文科技期刊数据库（全文版）农业科学 2023年第3期 31-33页

作者：陈豪燕云南省剑川县甸南镇农业综合服务中心畜牧兽医组云南大理671301

当前在肉牛养殖过程中,呼吸系统疾病的发病率相对较高,并且发病原因较为复杂,所以必须要针对其呼吸系统疾病的发病原因进行深入分析。为此,论述了肉牛呼吸系统疾病的诊断方法,包括:结合临床症状确定患病轻重程度、对现代检查方式进行全... 详细信息

当前在肉牛养殖过程中,呼吸系统疾病的发病率相对较高,并且发病原因较为复杂,所以必须要针对其呼吸系统疾病的发病原因进行深入分析。为此,论述了肉牛呼吸系统疾病的诊断方法,包括:结合临床症状确定患病轻重程度、对现代检查方式进行全面分析,针对病原微生物进行实验室鉴定。并提出:对新引进的肉牛进行全面检测、接种相应的呼吸系统疫苗、采取预防性给药措施等预防性措施,介绍了抗生素药物、中草药等治疗方法。

关键词：肉牛呼吸系统疾病诊断防治

基于宏基因组学分析构建诊断大肠癌的肠道菌群标签

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上海交通大学学报（医学版） 2018年第9期38卷 1019-1026页

作者：张昕雨张璟朱小强曹颖颖陈豪燕上海交通大学医学院附属仁济医院消化科上海市消化疾病研究所上海200001 上海交通大学医学院附属仁济医院病案统计中心上海200001

目的·根据粪便样本宏基因组学数据建立肠道菌群标签,探索用于筛查与诊断大肠癌的非侵入性方法。方法·共纳入285例样本,根据随机森林分类算法筛选出与大肠癌发生密切相关的特征细菌;利用6种机器学习分类模型建立大肠癌的诊断模型,并进... 详细信息

目的·根据粪便样本宏基因组学数据建立肠道菌群标签,探索用于筛查与诊断大肠癌的非侵入性方法。方法·共纳入285例样本,根据随机森林分类算法筛选出与大肠癌发生密切相关的特征细菌;利用6种机器学习分类模型建立大肠癌的诊断模型,并进行内部和外部验证。结果·首先筛选出了9种与大肠癌发生密切相关的特征细菌,利用这9种细菌建立了6种诊断模型。其中随机森林模型准确率最高(达0.847 7),其在内部验证集和外部验证集中的准确率分别为0.815 8和0.734 4,在全集中受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)为0.894。结论·根据粪便样本的宏基因组学数据,利用随机森林算法建立了由9种细菌组成的诊断大肠癌的菌群标签,能够有效对健康者与大肠癌患者进行区分。

关键词：大肠癌诊断肠道菌群机器学习随机森林

lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达及其对细胞侵袭能力的影响

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上海交通大学学报(医学版) 2020年第9期40卷 1194-1201+1193页

作者：严宇青沈超琴陈豪燕洪洁王震华上海交通大学医学院附属仁济医院消化科上海市消化疾病研究所

目的·分析lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及可能的作用机制。方法·从SRA(Sequence ReadArchive)数据库提取PRJNA218851和PRJNA376161数据集的生物信息学资料,筛选与结直肠癌转移相关的lncRNA。... 详细信息

目的·分析lnc-MTBP-5在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及可能的作用机制。方法·从SRA(Sequence ReadArchive)数据库提取PRJNA218851和PRJNA376161数据集的生物信息学资料,筛选与结直肠癌转移相关的lncRNA。在癌症基因组图谱(TCGA)中分析lnc-MTBP-5在结直肠癌和正常组织中的表达差异,与患者预后的关系,及与转移相关因子的相关性。采用实时荧光定量PCR检测lnc-MTBP-5在正常肠上皮细胞和结直肠癌细胞、53例患者的结直肠癌组织及癌旁组织中的表达量。在结直肠癌细胞中下调lnc-MTBP-5后,行CCK-8实验、克隆形成实验和侵袭实验,观察lnc-MTBP-5对结直肠癌细胞增殖和侵袭功能的影响。结果·lnc-MTBP-5和结直肠癌转移相关,且lnc-MTBP-5在5种结直肠癌细胞和结直肠癌组织中均呈高表达。与低表达患者相比,高表达lnc-MTBP-5的结直肠癌患者年龄小、美国癌症联合委员会(AJCC)分期高,且易发生转移。lnc-MTBP-5与结肠癌转移相关因子1(metastasis associated in colon cancer 1,MACC1)、间质上皮转换因子(mesenchymal to epithelial transition factor,MET)、钙黏着蛋白关联蛋白呈正相关。下调lnc-MTBP-5后,结直肠癌细胞的侵袭能力减弱。结论·lnc-MTBP-5在结直肠癌细胞系及结直肠癌组织中表达显著增高,且与患者预后呈负相关。lnc-MTBP-5增强结直肠癌细胞的侵袭能力,该功能可能与MACC1-HGF(hepatocyte growth factor,肝细胞生长因子)/MET通路有关。

关键词： lnc-MTBP-5 结直肠癌细胞侵袭细胞增殖

结直肠癌组织T细胞受体组库多样性与患者临床特征和具核梭形杆菌丰度的关联分析

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上海交通大学学报（医学版） 2022年第8期42卷 1045-1052页

作者：胡慕妮季林华张昕雨沈超琴洪洁陈豪燕上海交通大学医学院附属仁济医院消化科上海200001 上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科上海200127

目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的... 详细信息

目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的CRC患者的肿瘤组织及匹配的癌周正常黏膜组织,运用Illumina HiSeq 4000测序平台对符合质量标准的53对组织样本进行深度RNA测序,测序方案为双末端测序(pair-end 150 bp,PE150)。对原始测序数据进行质量控制和基因组注释,并利用TRUST4算法从RNA测序结果中提取肿瘤组织及癌周正常黏膜组织的TCR组库信息。同时对该53对样本16S rDNA的特定序列进行高通量测序分析,通过对测序数据进行质量控制及聚类,获得操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)信息,并基于rdp_16s_***分类学数据库对OTU进行分类学注释以获取细菌的丰度信息,尤其是Fn的丰度信息。利用immunarch R包分析肿瘤组织及癌周正常黏膜组织TCR组库克隆型和多样性的特点。TCR组库多样性采用Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值曲线等指标评价。根据患者性别、年龄、肿瘤位置、TNM分期等临床特征和Fn丰度因素进行分组,使用Wilcoxon检验比较不同临床特征以及Fn丰度下TCR组库多样性的差异。结果·CRC患者肿瘤组织TCR克隆型的数目低于癌周正常黏膜组织(P=0.000),肿瘤组织Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值显著小于癌周正常黏膜组织(P=0.000)。不同性别、年龄(≥65岁vs0.05)。发生于直肠部肿瘤的TCR克隆型数目较非直肠部位肿瘤更高(P=0.040)。Fn高负荷的CRC患者TCR组库Chao1指数显著低于Fn低负荷患者(P=0.030)。结论·TCR组库多样性与CRC患者多项临床特征以及Fn的丰度有关,提示其在CRC的发生和发展中具有重要意义。

关键词：结直肠癌 T细胞受体 RNA测序 16S rDNA测序具核梭形杆菌

SPARC在结直肠癌中的表达及其对细胞侵袭能力影响的机制

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上海交通大学学报(医学版) 2016年第8期36卷 1127-1134页

作者：沈超琴严婷婷陈豪燕房静远洪洁上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科上海市消化疾病研究所

目的·分析富含半胱氨酸的酸性蛋白(SPARC)在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及机制。方法·从GEO数据库中提取GSE9348数据集的生物信息学资料,分析SPARC在结直肠癌和正常结直肠组织中的表达差异。在CEO数据库... 详细信息

目的·分析富含半胱氨酸的酸性蛋白(SPARC)在结直肠癌中的表达,并探讨其对结直肠癌细胞侵袭能力的影响及机制。方法·从GEO数据库中提取GSE9348数据集的生物信息学资料,分析SPARC在结直肠癌和正常结直肠组织中的表达差异。在CEO数据库中提取具有患者临床信息及预后资料的GSE12945数据集,分析SPARC表达水平与结直肠癌患者生存期的关系,并对影响患者预后的危险因素进行单因素Cox生存分析。运用GSEA分析探讨SPARC与结直肠癌进程中生物学通路的关系。运用侵袭实验观察在结直肠癌细胞HT29中下调SPARC后,细胞侵袭能力的改变。采用real-time PCR、Western blotting检测在HT29、HCT116细胞中下调SPARC后上皮间质转化(EMT)相关基因的表达水平。结果·SPARC在结直肠癌组织中的表达显著高于正常结直肠组织(P=0.000)。SPARC高表达患者生存期显著短于低表达患者(P=0.029)。淋巴结转移、远处转移、低分化程度、肿瘤复发以及SPARC高表达是结直肠癌患者生存期的危险因素。GSEA分析显示结直肠癌细胞迁移和创伤愈合通路相关基因在SPARC高表达患者中富集。结直肠癌细胞中下调SPARC能降低细胞侵袭能力并能抑制N-cadherin、TWIST1、SNAIL2等表达。结论·SPARC在结直肠癌中表达增高,且与患者预后呈负相关。SPARC能增强结直肠癌细胞的侵袭能力,可能与SPARC参与细胞间质化改变有关。

关键词：结直肠癌富含半胱氨酸的酸性蛋白细胞侵袭细胞迁移细胞间质化改变

Toll样受体通路基因的遗传变异与胃癌及食管鳞状细胞癌易感性的关系

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中华消化杂志 2015年第3期35卷 169-173页

作者：谭娟王震华余晨阳陈豪燕关建陈萦晅房静远上海交通大学医学院附属仁济医院消化科上海市消化疾病研究所 200001 上海交通大学医学院附属第六人民医院上海交通大学耳鼻咽喉研究所

目的探讨Toll样受体通路相关基因的遗传变异与胃癌及食管鳞状细胞癌易感性之间的关系。方法运用adaptiverank—truncatedproduct（ARTP）方法，从通路及基因水平分析中国胃癌及食管鳞状细胞癌高发人群的全基因组关联研究数据，运用非条... 详细信息

目的探讨Toll样受体通路相关基因的遗传变异与胃癌及食管鳞状细胞癌易感性之间的关系。方法运用adaptiverank—truncatedproduct（ARTP）方法，从通路及基因水平分析中国胃癌及食管鳞状细胞癌高发人群的全基因组关联研究数据，运用非条件Logistic回归分析的additive模型分析通路相关单核苷酸多态性（SNP）与胃癌及食管鳞状细胞癌的关系。运用PLINK1．07及SPSS19．0软件进行一般的统计学分析，运用R3．0．2软件中“ARTP”程序包进行基因及通路水平分析。结果在基因水平的分析中，发现8个基因与胃癌易感性相关（P〈O．05），6个基因与食管鳞状细胞癌相关（P〈0．05）。在单个SNP水平的分析中，21个SNP与胃癌患病危险性相关有统计学意义（P〈0．01），11个SNP与食管鳞状细胞癌患病危险性相关有统计学意义（P〈0．01）。结论某些TLR通路相关基因的遗传变异与胃癌或食管鳞状细胞癌患病危险性之间存在一定关联，需进一步研究其潜在分子耄兀．制。

关键词：胃肿瘤食管肿瘤癌鳞状细胞变异(遗传学) 全基因组关联研究多态性单核苷 Toll样受体通路

基于深度强化学习的含智能软开关配电网电压控制方法

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高电压技术 2024年第3期50卷 1214-1224,I0023页

作者：朱振山张新炳陈豪福州大学电气工程与自动化学院福州350108 智能配电网装备福建省高校工程研究中心福州350108

大量分布式新能源接入给配电网运行带来了电压越限和网损增加等一系列问题。提出了一种基于多智能体强化学习的无模型电压控制策略,通过协调光伏逆变器、分布式储能和智能软开关以降低网损、消除电压越限。针对传统电压控制策略对配电... 详细信息

大量分布式新能源接入给配电网运行带来了电压越限和网损增加等一系列问题。提出了一种基于多智能体强化学习的无模型电压控制策略,通过协调光伏逆变器、分布式储能和智能软开关以降低网损、消除电压越限。针对传统电压控制策略对配电网精确的模型参数依赖性强的问题,提出了基于高斯过程回归的潮流替代模型,通过多智能体与潮流替代模型交互实现无模型的离线训练和在线应用。同时提出了一种基于随机加权三重Q学习的多智能体深度强化学习算法,能够进一步降低柔性演员-评论家算法的高低估误差,提升算法探索能力和收敛结果。最后在IEEE33节点系统上的仿真结果,验证了所提方法在解决配电网分布式电压优化控制问题上的有效性。

关键词：深度强化学习电压控制智能软开关多智能体配电网高斯过程回归

基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证

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上海交通大学学报（医学版） 2021年第2期41卷 159-165页

作者：马燕如季林华童天颖严宇青沈超琴张昕雨曹颖颖洪洁陈豪燕上海交通大学医学院附属仁济医院消化科上海200001 上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科上海200001

目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候... 详细信息

目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型。通过决策曲线分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估预测模型在临床应用中的价值。结果·利用GEO数据库获取的scRNA-seq数据筛选出30个差异表达基因,进一步在TCGA数据库中利用LASSO回归得到9个关键基因,并以此对每例患者的关键基因表达进行评分。分别在训练集和验证集中对复发和未复发患者的评分进行比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。采用Logistic回归分析将肿瘤原发灶分级(T stage)和是否发生远处转移(M stage)2个独立的临床变量纳入评分-临床变量整合模型。对评分-临床变量整合模型的实际预测价值进行评估,ROC曲线在训练集和验证集的曲线下面积分别为0.775和0.705。结论·基于scRNA-seq结果,构建了较为稳定的结直肠癌预后预测模型,可供临床评估患者预后参考。

关键词：单细胞RNA测序结直肠癌预后生物信息学