基于非负矩阵分解模型构建胃癌分子分型及预后评估的案例分析

作     者：曹颖颖 朱小强 陈豪燕 CAO Ying-ying;ZHU Xiao-qiang;CHEN Hao-yan

作者机构：上海交通大学医学院附属仁济医院上海200001 

出 版 物：《上海交通大学学报（医学版）》 (Journal of Shanghai Jiao tong University:Medical Science)

年 卷 期：2017年第37卷第9期

页      面：1187-1194页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(31371273) 上海市教育委员会高校"青年东方学者"(QD2015003) 上海市教育委员会高峰高原学科建设计划(20161309) 

主　　题：胃癌 分子分型 预后 生物信息学 

摘      要：目的·探究基于非负矩阵分解(NMF)模型构建胃癌分子分型对预后评估的作用。方法·从GEO下载胃癌样本转录组芯片数据集分别作为探索集和验证集,挖掘lnc RNA数据集,利用Consensus Cluster Plus软件包构建NMF分子分型模型。评估各亚组与患者预后及各项临床指标的相关性。结果·基于NMF模型将所有样本分为高危、中危和低危3个亚组。结合临床病理信息,发现复发时间、淋巴结转移阳性率、Lauren分型、TNM分期、发病年龄在3个亚组间的分布差异具有统计学意义。在GSE62254和GSE15459中生存分析提示高危组复发时间更短,多因素Cox风险比例回归分析提示基于NMF模型的分子分型是胃癌预后的独立预测因子。基因集差异分析(GSVA)和基因集富集分析(GSEA)发现高危组富集多个与肿瘤发生相关的通路。结论·基于NMF模型构建的胃癌分子分型对胃癌患者预后评估具有一定的指导意义。