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基于toxR和rtxA基因水生动物2种病原弧菌的同步检测方法的建立

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海洋湖沼通报 2013年第3期 95-100页

作者：白雪松张晓君阎斌伦毕可然秦蕾中国矿业大学江苏徐州221116 淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室江苏连云港222005

本研究选择副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的toxR和霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的rtxA基因序列设计2对特异性引物,建立了在同一反应体系中同步检测2种病原菌的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为368bp和417bp。特异性试验结... 详细信息

本研究选择副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的toxR和霍乱弧菌(Vibrio cholerae)的rtxA基因序列设计2对特异性引物,建立了在同一反应体系中同步检测2种病原菌的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为368bp和417bp。特异性试验结果表明,在同一反应体系下,副溶血弧菌和霍乱弧菌扩增出目的条带,其他4种对照病原细菌无任何扩增条带;单一及双重PCR敏感性试验结果表明,稀释浓度在(109～102)CFU/mL,单一PCR与双重PCR均可扩增出目的条带,且单一PCR与双重PCR表现出了相同的灵敏度(102 CFU/mL),表明本实验优化的双重PCR反应条件良好;人工染菌样品均可扩增出两条目的条带,表明该方法可直接用于针对病原副溶血弧菌和霍乱弧菌感染的水生动物疾病的检测以及水产品的安全检测,在水产品致病菌的风险评估和大规模样本的分析检测领域具有较高的潜在应用价值。

关键词：副溶血弧菌霍乱弧菌 toxR基因 rtxA基因双重PCR

基于lolB和toxR基因的水产品中霍乱弧菌双重PCR检测方法

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食品科学 2011年第22期32卷 273-275页

作者：秦国民张晓君毕可然阎斌伦秦蕾淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室江苏连云港222005

选择lolB和toxR两种基因序列设计2对特异性引物,建立一种针对霍乱弧菌所有生物型菌株的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为519bp和779bp。结果表明:在同步扩增中,仅霍乱弧菌模板可同时扩增出2种基因片段,4株对照菌模板无任何扩增条... 详细信息

选择lolB和toxR两种基因序列设计2对特异性引物,建立一种针对霍乱弧菌所有生物型菌株的双重PCR检测方法,扩增目的片段大小分别为519bp和779bp。结果表明:在同步扩增中,仅霍乱弧菌模板可同时扩增出2种基因片段,4株对照菌模板无任何扩增条带;敏感性检测结果显示,该双重PCR最低能检测3.42×103CFU/mL菌落数的霍乱弧菌。所建立的基于lolB和toxR两种基因的双重PCR检测方法特异性强、敏感性高、方法简单、用时短,可用于霍乱弧菌检测。

关键词：霍乱弧菌 lolB基因 toxR基因双重PCR

鳗鲡目鱼类线粒体蛋白质编码基因易位及系统演化关系分析

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海洋学报 2014年第4期36卷 73-81页

作者：申欣田美孟学平程汉良阎斌伦淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点实验室江苏连云港222005 中国科学院北京生命科学研究院北京100101

鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因... 详细信息

鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因辅助的分子标记。鳗鲡科Anguillidae的20个种(亚种)聚在一起,强烈支持鳗鲡科为单系群(BPP=100)。鳗鲡科下属的3个类群(大洋洲类群、大西洋类群和印度洋-太平洋类群)也同时得到有力的验证(BPP均为100)。线鳗科Nemichthyidae和锯齿鳗科Serrivomeridae亲缘关系最近,二者聚类后,与鳗鲡科Anguillidae构成姊妹群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目Saccopharyngoidei中,宽咽鱼科Eurypharyngidae与囊鳃鳗科Saccopharyngidae聚类(BPP=100),同时,单颌鳗科Monognathidae与月尾鳗科Cyematidae聚类(BPP=100),4个科聚在一支,支持囊喉鱼亚目为单系群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目线粒体基因组中,3个物种(吞鳗Eurypharynx pelecanoides、拉文囊鳃鳗Saccopharynx lavenbergi和杰氏单颌鳗Monognathus jesperseni)存在主编码基因的重排。16种鳗鲡(细美体鳗Ariosoma shiroanago、短吻颈鳗Derichthys serpentinus、凯氏短尾康吉鳗Coloconger cadenati、鸭颈鳗Nessorhamphus ingolfianus、龟草鳗Thalassenchelys sp.、粗犁齿海鳗Cynoponticus ferox、百吉海鳗Muraenesox bagio、巨斑花蛇鳗Myrichthys maculosus、大吻沙蛇鳗Ophisurus macrorhynchos、几内亚副康吉鳗Paraconger notialis、哈氏异康吉鳗Heteroconger hassi、小头鸭嘴鳗Nettastoma parviceps、弱头鳗Leptocephalus sp.、斑点长犁齿鳗Hoplunnis punctata、尖吻小鸭嘴鳗Facciolella oxyrhyncha和星康吉鳗Conger myriaster),与鳗鲡目线粒体主编码基因的原始排列相比,共享nad6基因的易位。同时,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因构建的系统演化树,强烈支持这16个物种聚为一支(BPP=100)。然而,由此而带来的海鳗科Muraenesocidae、拟鯙科Chlopsidae和糯鳗科Congridae是否为单系群的问题,值得今后深入探究。

关键词：鳗鲡蛋白质编码基因基因易位系统演化关系

鳍足类线粒体基因的选择压力比较及进化关系探讨

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海洋学报 2014年第6期36卷 87-93页

作者：申欣田美孟学平程汉良阎斌伦淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点实验室江苏连云港222005 中国科学院北京生命科学研究院北京100101

鳍足类Pinnipeds是海洋哺乳动物的重要类群,现存种类包括海象科Odobenidae、海狮科Otariidae和海豹科Phocidae的所有物种。在海豹属Phoca中,atp8基因的Ka/Ks最高,仅为0.084 7(远小于1),因而海豹属所有线粒体蛋白质编码基因的选择压力均... 详细信息

鳍足类Pinnipeds是海洋哺乳动物的重要类群,现存种类包括海象科Odobenidae、海狮科Otariidae和海豹科Phocidae的所有物种。在海豹属Phoca中,atp8基因的Ka/Ks最高,仅为0.084 7(远小于1),因而海豹属所有线粒体蛋白质编码基因的选择压力均非常高。对于群海豹属Pusa,cox1、cox2和nad3基因的Ka/Ks均为0,表明在这3个基因中,所有的核苷酸的替换均为同义替换,没有出现氨基酸的改变。科内、属内基因变异位点的分析表明,nad5、nad4和nad2基因可以作为cox1和cob基因辅助的分子标记。线粒体基因组的系统发育结果,强烈支持食肉目所有12个科均为单系群,并且鳍足类(海狮科、海象科和海豹科)为食肉目Carnivora内部的一个单系群(BPM=100,BPP=100)。在鳍足类内部,海狮科与海象科亲缘关系最近,聚类为海狮总科Otarioidea,然后与海豹科聚类:(海狮科+海象科)+海豹科。在海豹科内部,线粒体基因组的证据支持将海豹科划分为2个亚科,即僧海豹亚科Monachinae和海豹亚科Phocinae。线粒体基因组的证据,强烈支持鼬科Mustelidae与浣熊科Procyonidae关系最近,臭鼬科Mephitidae与熊猫科Ailuridae近缘,同时,鳍足类与[(鼬科+浣熊科)+(臭鼬科+熊猫科)]为姊妹群,而与熊科Ursidae较远。犬科Canidae在犬型亚目Caniformia中分化较早,位于犬型亚目的基部。

关键词：海狮科海豹科海象科鳍足类系统发育线粒体基因组

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刺参养殖技术之二刺参虾池健康养殖技术

中国水产 2007年第3期376卷 48-49页

作者：叶建生王兴强阎斌伦马甡淮海工学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室 222005 中国海洋大学教育部海水养殖重点实验室 266003

虾池养参是刚刚兴起的养殖模式。由于对虾养殖的利润下滑以及病害问题严重，在我国北方山东、辽宁地区的很多对虾池塘改养刺参。但刺参在虾池养殖过程中仍然存在不少问题，若要达到高产高效，需要规范的技术环节很多。现将虾池养殖刺参... 详细信息

虾池养参是刚刚兴起的养殖模式。由于对虾养殖的利润下滑以及病害问题严重，在我国北方山东、辽宁地区的很多对虾池塘改养刺参。但刺参在虾池养殖过程中仍然存在不少问题，若要达到高产高效，需要规范的技术环节很多。现将虾池养殖刺参技术介绍如下：

关键词：健康养殖技术对虾池塘刺参虾池养殖养殖模式对虾养殖辽宁地区养殖过程

密度和投饵频率对凡纳滨对虾存活和生长的影响

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水利渔业 2006年第2期26卷 34-35页

作者：曹梅王兴强阎斌伦马生生淮海工学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室连云港222005 中国海洋大学生命科学与技术学部青岛266003

研究了密度(361、722和1 084尾/m2)和投饵频率(1、2和4次/d)对凡纳滨对虾存活和生长的影响,实验时间6周。结果表明:在3个密度水平,随投饵频率的升高,对虾摄食量、存活率、特定生长率、饲料系数和吸收效率均呈上升趋势;在3个投饵频率水平... 详细信息

研究了密度(361、722和1 084尾/m2)和投饵频率(1、2和4次/d)对凡纳滨对虾存活和生长的影响,实验时间6周。结果表明:在3个密度水平,随投饵频率的升高,对虾摄食量、存活率、特定生长率、饲料系数和吸收效率均呈上升趋势;在3个投饵频率水平,随密度的升高,对虾摄食量、存活率、特定生长率和饲料系数均呈下降趋势,而吸收效率呈上升趋势。

关键词：密度投饵频率凡纳滨对虾存活生长

病原迟钝爱德华菌毒力基因及双重PCR与LAMP检测方法的建立

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水产学报 2013年第7期37卷 1087-1094页

作者：张晓君白雪松毕可然阎斌伦秦蕾陈丽徐静淮海工学院海洋学院江苏省海洋生物技术重点实验室江苏省海洋资源开发研究院

为明确牙鲆及大菱鲆病原迟钝爱德华菌毒力基因的携带情况并建立分子检测方法,实验以迟钝爱德华菌fimA、fimB、gadB及citC为靶基因设计特异性引物,进行PCR扩增及环介导恒温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),并对其特... 详细信息

为明确牙鲆及大菱鲆病原迟钝爱德华菌毒力基因的携带情况并建立分子检测方法,实验以迟钝爱德华菌fimA、fimB、gadB及citC为靶基因设计特异性引物,进行PCR扩增及环介导恒温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),并对其特异性、灵敏性和实际应用进行了比较。结果显示,10株病原迟钝爱德华菌均扩增出fimA、fimB、gadB及citC 4种毒力基因,目的条带大小分别为240、217、171及119 bp,4株对照菌无任何扩增条带;以fimA和gadB设计的两对引物进行的双重PCR扩增,同一PCR反应体系中病原迟钝爱德华菌可扩增出240和171 bp两条目的条带,且灵敏度为3.0×103CFU/mL,4株对照菌无任何扩增条带;以fimA设计的4条特异引物进行的LAMP扩增,病原迟钝爱德华菌可扩增出阶梯状条带,反应产物加入荧光染料SYBR GreenⅠ后反应液呈现明显的绿色阳性反应,4株对照菌无阶梯状扩增条带且呈现橙色阴性反应,灵敏度为3.0×101CFU/mL,比双重PCR的检测限要低100倍。研究表明,操作简便、快速且特异性及灵敏性强的LAMP检测方法,对迟钝爱德华菌引起的水产动物疾病的快速诊断具有实践意义。

关键词：迟钝爱德华菌毒力基因双重PCR 环介导恒温扩增技术(LAMP)

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连续性干出对孔石莼生长和生化组成的影响

生态学杂志 2011年第12期30卷 2767-2769页

作者：郭赣林阎斌伦徐静赵艳景石艳徐婷淮海工学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室江苏连云港222005

以孔石莼(Ulva pertusa)为试验材料,研究了连续性干出对其生长和生化组成的影响。结果表明:与对照组(0h)相比,短时间的连续性干出促进孔石莼生长,表现在特定生长率(SGR)升高、叶绿素a含量上升;随着连续性干出时间延长,孔石莼SGR、叶绿素... 详细信息

以孔石莼(Ulva pertusa)为试验材料,研究了连续性干出对其生长和生化组成的影响。结果表明:与对照组(0h)相比,短时间的连续性干出促进孔石莼生长,表现在特定生长率(SGR)升高、叶绿素a含量上升;随着连续性干出时间延长,孔石莼SGR、叶绿素a、蛋白质含量下降,叶绿素b、可溶性糖含量上升;叶绿素a/b比值变化和可溶性糖含量变化有利于抵抗干出胁迫。

关键词：孔石莼连续性干出生长生化组成

苏北沿海滩涂养殖湿地磷化氢的释放及其影响因素

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生态学报 2014年第15期34卷 4167-4174页

作者：冯志华方涛李玉阎斌伦徐加涛淮海工学院海洋学院连云港222005 淮海工学院江苏省海洋生物技术重点建设实验室连云港222005

利用静态暗箱采样方法和气相色谱-氮磷检测器(GC-NPD)分析技术测定了苏北沿海滩涂养殖湿地区域磷化氢的释放通量,研究了其季节和空间变化特征,并探讨了其潜在的影响因素。结果表明,各季节磷化氢释放通量的高低排序为:8月份>5月份>11月... 详细信息

利用静态暗箱采样方法和气相色谱-氮磷检测器(GC-NPD)分析技术测定了苏北沿海滩涂养殖湿地区域磷化氢的释放通量,研究了其季节和空间变化特征,并探讨了其潜在的影响因素。结果表明,各季节磷化氢释放通量的高低排序为:8月份>5月份>11月份>2月份,其变化范围分别为16.5—168.9、8.3—105.9、8.2—64.5和-19.5—49.6 ng m-2h-1,平均值分别为65.0、36.5、25.9和16.4 ng m-2h-1;空间变化明显,各季节的平均值,b10站位最高,b3次之,b5和b8站位相对较低。磷化氢释放通量与沉积环境因子的相关性分析显示,释放通量与TP、IP、OP、OC、TN、SC和T有较好的线性正相关关系(相关系数R分别为0.807、0.579、0.828、0.825、0.467、0.605和0.551,P值<0.01),与Eh有较好的线性负相关关系(R为-0.774,P值<0.01),表明在研究调查区域,较高的磷、碳、氮、硫组分含量,较高的温度和较低的氧化还原电位更有利于磷化氢的释放过程。

关键词：磷化氢释放通量滩涂养殖湿地苏北沿海