检索结果-南通市图书馆

4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析

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热带海洋学报 2012年第4期31卷 112-116页

作者：刘丽赵洁郭昱嵩刘楚吾广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室广东湛江524025

以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷***、红鳍笛鲷***、千年笛鲷***为研究对象,采用EcoRⅠ/MselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragmentlength polymorphism,AFLP)标记的开发和筛选,并对其进... 详细信息

以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷***、红鳍笛鲷***、千年笛鲷***为研究对象,采用EcoRⅠ/MselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragmentlength polymorphism,AFLP)标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析。从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%;紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%;红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%;千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%。Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572。选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个。4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773。

关键词：笛鲷扩增片段长度多态性遗传多样性系统发育分析

笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析

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海洋与湖沼 2009年第5期40卷 563-571页

作者：刘楚吾徐田军刘丽郭昱嵩董秋芬广东海洋大学水产学院湛江524025

对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高... 详细信息

对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。

关键词：笛鲷属 16S rRNA 序列比较分子系统学

勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)线粒体DNA全序列的测定与分析

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自然科学进展 2008年第9期18卷 1064-1069页

作者：郭昱嵩王中铎刘楚吾刘筠广东海洋大学水产学院湛江524066 湖南师范大学生命科学院长沙410081

通过长距PCR法(long-PCR)测得勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)全长16505bp的mtDNA基因组全序列(GenBank序列号:EF514208).序列分析结果表明,南海海域勒氏笛鲷的mtDNA基因组全序列结构组成与其他硬骨鱼类的结果较为一致,由13个蛋白编码基因... 详细信息

通过长距PCR法(long-PCR)测得勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)全长16505bp的mtDNA基因组全序列(GenBank序列号:EF514208).序列分析结果表明,南海海域勒氏笛鲷的mtDNA基因组全序列结构组成与其他硬骨鱼类的结果较为一致,由13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和非编码区组成.序列比对显示,勒氏笛鲷和蓝点笛鲷(***)所属的笛鲷科(Lutjanidae)与黑带鳞鳍梅鲷(Pterocaesiotile)所属的梅鲷科(Caesionidae)的亲缘关系密切.勒氏笛鲷全序列虚拟酶切结果证明了以往纯化mtDNA的限制性酶切长度多态性分析(mtDNA-RFLP)所得结果的可靠性;所开发的长距PCR引物能快速获取足量的mtDNA大片段进行限制性酶切长度多态性分析,可应用于物种辨别和群体分析.

关键词：笛鲷属线粒体DNA 系统发生遗传多样性

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中国龙虾微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

遗传 2010年第7期32卷 737-743页

作者：刘楚吾黎锦明刘丽郭昱嵩广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室湛江524025

文章以M13通用引物和重复序列（CT）15、（AT）15引物，利用PCR法对中国龙虾（Panulirus stimpsoni Hoehuis）部分基因组DNA文库进行筛选。共获得78个微卫星序列，分别分布于55个阳性重组克隆中，其中完美型（perfect）共50个，占64％... 详细信息

文章以M13通用引物和重复序列（CT）15、（AT）15引物，利用PCR法对中国龙虾（Panulirus stimpsoni Hoehuis）部分基因组DNA文库进行筛选。共获得78个微卫星序列，分别分布于55个阳性重组克隆中，其中完美型（perfect）共50个，占64％；非完美型（imperfect）3个，占3．8％；混合完美型（compound perfect）6个，占7．7％；混合非完美型（compound imperfect）19个，占24．5％。根据微卫星序列，设计并筛选出15对微卫星多态性引物，对中国龙虾的群体进行了遗传多样性分析。获得3～12个等位基因，等位基因大小在78～425bp之间，基本符合引物设计的理论长度。期望杂合度范围为0．48～0．87，平均值为0．71，表明中国龙虾基因组微卫星具有较高的杂合度与遗传多样性。15个微卫星位点的P1C值从0．44到0．84，平均值为0．60，说明这些微卫星位点在中国龙虾基因组中包含丰富的遗传信息，合适用于中国龙虾的各种分子标记及遗传学分析和应用。

关键词：中国龙虾基因组文库微卫星标记遗传多样性引物筛选

稀杯盔形珊瑚铜锌超氧化物歧化酶基因全长cDNA序列的克隆与分析

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热带海洋学报 2015年第1期34卷 83-89页

作者：范程辉刘丽沈城郭昱嵩广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室广东湛江524088

利用反转录PCR和RACE法获得稀杯盔形珊瑚Galaxea astreata的铜锌超氧化物歧化酶(copper-zinc superoxide dismutase,Cu Zn SOD)基因c DNA全序列,大小为730 bp。5′非编译区(5′-UTR)为111 bp,3′-UTR为188 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为471bp,编码156个氨基酸。编码的目的氨基酸序列中含有两个Cu Zn SOD蛋白家族信号,Cu2+分别与His49、His51、His66和His123配位,Zn2+则与His66、His74、His83和Asp86配位,Cys60和Cys149之间形成唯一的链内二硫键。Signal P 3.0 Server预测并未发现信号肽,TMHMM Server v.2.0预测不存在跨膜结构,PSORT II Prediction预测位于细胞质的可能性为56.5%,推测可能是胞内Cu Zn SOD。本研究结果为进一步揭示造礁石珊瑚的抗氧化分子机制奠定了基础。

关键词：铜锌超氧化物歧化酶基因克隆序列分析稀杯盔形珊瑚Galaxeaastreata

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孟加拉笛鲷线粒体基因组序列结构及其进化

中国生物化学与分子生物学报 2009年第3期25卷 287-291页

作者：谭围王中铎郭昱嵩刘楚吾刘筠广东海洋大学水产学院湛江524025 湖南师范大学生命科学学院长沙410081

采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了孟加拉笛鲷线粒体基因组全序列.序列分析结果表明,孟加拉笛鲷线粒体基因组序列全长16511bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区.在编码蛋白质基因中,除COⅠ是以... 详细信息

采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了孟加拉笛鲷线粒体基因组全序列.序列分析结果表明,孟加拉笛鲷线粒体基因组序列全长16511bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区.在编码蛋白质基因中,除COⅠ是以GTG作为起始密码子外,其它均是以ATG起始,NDⅠ、COⅡ、ND3以TAG作为终止密码子,而ND4、Cytb则以不完全的T为终止密码子,其余8个蛋白质基因的终止密码子均为TAA.孟加拉笛鲷线粒体基因组各基因长度、位置与典型的脊椎动物相似,其编码蛋白质基因和rRNA基因与其它硬骨鱼类具有很高的同源性.基于14种笛鲷线粒体区段COⅠ、COⅡ和Cytb基因的全序列合并成的一个组合数据集构建系统进化树,显示孟加拉笛鲷与四带笛鲷关系最为密切.

关键词：孟加拉笛鲷线粒体基因组系统发生

9种石斑鱼遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

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遗传 2007年第7期29卷 837-843页

作者：董秋芬刘楚吾郭昱嵩刘丽吴勇广东海洋大学水产学院湛江524025

利用实验室克隆的13个青石斑鱼微卫星分子标记,对中国南海海域9种石斑鱼（青石斑鱼、蜂巢石斑鱼、鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、鞍带石斑鱼、赤点石斑鱼、七带石斑鱼、斜带石斑鱼和棕点石斑鱼）进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究... 详细信息

利用实验室克隆的13个青石斑鱼微卫星分子标记,对中国南海海域9种石斑鱼（青石斑鱼、蜂巢石斑鱼、鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、鞍带石斑鱼、赤点石斑鱼、七带石斑鱼、斜带石斑鱼和棕点石斑鱼）进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。研究结果显示,13个微卫星标记共检测到了84个等位基因,9种石斑鱼中的平均等位基因数、平均多态信息含量（PIC）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数（D）分别在2.69-5.38、0.1976-0.4267、0.4615-0.6239、0.3510-0.4754和0.1097-0.2836之间变动,说明9种石斑鱼的遗传多样性都处于中等水平。用NJ法进行聚类分析的结果将9种石斑鱼分为3个支系：斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼为第1支;青石斑鱼、赤点石斑鱼和七带石斑鱼为第2支系;蜂巢石斑鱼、黑边石斑鱼和鲑点石斑鱼为第3支系,该支系与第2支系的关系较近。本研究支持将宽额鲈（鞍带石斑鱼）归入石斑鱼属。

关键词：石斑鱼微卫星标记遗传多样性系统发生关系

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勒氏笛鲷微卫星位点的筛选及特征分析

遗传 2007年第3期29卷 355-359页

作者：郭昱嵩王中铎刘楚吾刘筠湖南师范大学生命科学院广东海洋大学水产学院广东海洋大学水产学院湛江524025

采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库,以获得(CA)n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+DraⅠ双酶切后,连接T-载体克隆,构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选... 详细信息

采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库,以获得(CA)n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+DraⅠ双酶切后,连接T-载体克隆,构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选,二次筛选后得到121个可能含有微卫星位点的阳性克隆。进行序列测定,共获得53个CA(n≥7)重复序列,重复次数主要分布于7～15(80.77%)。在所得微卫星序列中,重复单元除CA外,还观察到单碱基、三碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列设计48对引物,通过优化PCR反应条件,可获得清晰可重复的目的条带。研究旨在为勒氏笛鲷遗传多样性研究及遗传图谱的构建等奠定基础,为勒氏笛鲷资源的合理开发利用提供参考。

关键词：微卫星勒氏笛鲷 PCR

鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析

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安徽农业科学 2009年第16期37卷 7355-7358,7360页

作者：郭昱嵩王中铎焦阳刘楚吾广东海洋大学水产学院广东湛江524025

[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元... 详细信息

[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2;好的序列为ND5和ND4;ND4L、ND3和ATP8差;包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等;在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2;好的序列为ND2和cox1;ND6、ND3和ATP8差;包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。

关键词：鲈形目线粒体DNA 蛋白编码基因系统进化