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不依赖天然外显子的蛋白质内含子定向进化筛选系统

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中国生物工程杂志 2013年第1期33卷 79-83页

作者：邱沛然胡芳林瑛孟清东华大学生物科学与技术研究所上海201620

蛋白质剪接技术为在蛋白质水平上直接对蛋白质进行修饰和加工提供了一种全新的解决方案,因而在蛋白质工程及相关领域具有非常广阔的应用前景。现阶段,大部分天然的蛋白质内含子在异源蛋白质中剪接活性非常低,极大限制了蛋白质内含子的... 详细信息

蛋白质剪接技术为在蛋白质水平上直接对蛋白质进行修饰和加工提供了一种全新的解决方案,因而在蛋白质工程及相关领域具有非常广阔的应用前景。现阶段,大部分天然的蛋白质内含子在异源蛋白质中剪接活性非常低,极大限制了蛋白质内含子的开发和应用。为了开发一个可以同时对蛋白质内含子通用性和剪接活性进行筛选的系统,利用Bsa I限制性内切酶识别位点和切割不重合的特性,将Ter ThyX内含子(不含外显子序列)插入到卡那霉素抗性蛋白基因的多个位点。并且摒弃了以往需要结合天然外显子以实现剪接的方法,可以同时对蛋白质内含子的剪接活性和通用性进行筛选。Western blot结果和卡那霉素平板生长结果表明,通过卡那霉素筛选系统可以精确的将蛋白质内含子剪接反应与卡那霉素抗性结合起来,仅从卡那霉素平板上的菌落生长情况即可完成蛋白质内含子剪接活性阳性突变的筛选,是一个快速,稳定的定向进化筛选系统。

关键词：蛋白质内含子剪接卡那霉素筛选系统不依赖外显子

定向进化提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3剪接活性的研究

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中国生物工程杂志 2012年第5期32卷 79-84页

作者：荀启静林瑛邱沛然孟清东华大学生物科学与技术研究所上海201620

目前,蛋白质内含子在蛋白质工程领域中得到越来越广泛的应用。为提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3(Trichodesmium erythraeum)在异源宿主中的剪接活性,采用易错PCR技术,通过改变反应体系中dNTP、Mg2+、Mn2+的浓度等手段,借助依赖卡那霉... 详细信息

目前,蛋白质内含子在蛋白质工程领域中得到越来越广泛的应用。为提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3(Trichodesmium erythraeum)在异源宿主中的剪接活性,采用易错PCR技术,通过改变反应体系中dNTP、Mg2+、Mn2+的浓度等手段,借助依赖卡那霉素的蛋白质内含子筛选系统进行筛选。Western印迹结果表明:通过定向进化,其中5号突变体的剪接活性从原始的约20%提高至约85%;9号突变体能够避免发生剪接副反应,即N端断裂反应。氨基酸突变位点与剪接活性变化的相关性分析表明:参与α-helix形成的氨基酸的突变极有可能影响蛋白质内含子的断裂反应,参与β-sheet形成的氨基酸的突变则有可能影响蛋白质内含子结构的紧凑性。通过定向进化提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3在异源宿主中的剪接活性,进一步验证依赖卡那霉素抗性的筛选系统的可行性,为扩大蛋白质内含子的应用范围奠定基础。

关键词：蛋白质内含子卡那筛选系统定向进化蛋白质剪接

基于修正的伪氨基酸组成预测水解酶亚家族的研究

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计算机与应用化学 2009年第5期26卷 557-560页

作者：张光亚邱沛然葛慧华方柏山华侨大学生物工程与技术系福建厦门361021

从序列出发预测水解酶亚家族类型具有重要意义。本文利用不同标度的伪氨基酸组成提取序列特征值,采用k-近邻算法预测水解酶亚家族类型。选择参数后,三种方法各自在最优运行参数下预测水解酶亚家族的准确率分别为:85.15%,82.65%和80.14%... 详细信息

从序列出发预测水解酶亚家族类型具有重要意义。本文利用不同标度的伪氨基酸组成提取序列特征值,采用k-近邻算法预测水解酶亚家族类型。选择参数后,三种方法各自在最优运行参数下预测水解酶亚家族的准确率分别为:85.15%,82.65%和80.14%。其中以Z标度的伪氨基酸组成效果最佳,比氨基酸组成识别精度提高12.85%。本文研究结果说明从序列出发,预测水解酶亚家族是可行的,且修正的伪氨基酸组成可望成为一种新的有效提取蛋白质序列特征值的方法。

关键词：特征值提取水解酶修正的伪氨基酸组成 k-近邻

人工智能个性化价值对齐的法理逻辑与制度基础

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China Legal Science 2024年第4期12卷 109-132页

作者：王沛然 Fudan University Law School Fudan Artificial Intelligence Regulation Laboratory

*** The digitalization of society is evolving deeper,and the trend of interconnectedness is subtly reshaping the relationship between subjects and *** the rapid development of artificial intelligence(A),machine autonomy is rapidly increasing,and large language models that use natural language as a bridge for human-machine communication are blurring the traditional boundaries between the human body and technology.

关键词： technology. 人工智能 language

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儿童审美想象的生成及其培育

当代教育科学 2024年第7期 37-44页

作者：陈沛然荆楚理工学院师范学院湖北荆门448000

审美想象是儿童重要的认知工具,是儿童对美的感受和体验,也是儿童通过记忆力中的审美表象产生出创造美和表达美的过程及其能力。培养与提升儿童审美想象对其审美感知力、情感发展、创造力、语言表达能力具有重要意义。儿童审美想象可分... 详细信息

审美想象是儿童重要的认知工具,是儿童对美的感受和体验,也是儿童通过记忆力中的审美表象产生出创造美和表达美的过程及其能力。培养与提升儿童审美想象对其审美感知力、情感发展、创造力、语言表达能力具有重要意义。儿童审美想象可分为先天性的审美想象、经验性的审美想象以及创造性的审美想象。儿童审美想象的生成过程是以感知觉为基础,经过审美表象的积累,最后形成创造性审美想象。课程活动培养儿童的审美想象,应确立以儿童为中心的审美想象价值取向,增强儿童的审美感受性体验,构建儿童审美化的完整经验世界,在实践活动中释放儿童的审美想象,以促进儿童的全面发展。

关键词：想象力审美想象美育审美教学

基于扩散生成模型的低分辨率OCR识别系统设计与实现

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基于扩散生成模型的低分辨率OCR识别系统设计与实现

作者：郭沛然北京邮电大学

学位级别：硕士

起伏地表QR径向基函数有限差分及其在弹性波逆时偏移中的应用

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地球物理学报 2024年第3期67卷 1181-1207页

作者：段沛然谷丙洛李振春李青阳中国石油大学(华东)地球科学与技术学院青岛266580 深层油气重点实验室青岛266580 中国石油长庆油田分公司勘探开发研究院西安710018

弹性波逆时偏移不受倾角和偏移孔径的限制,能够实现任意复杂构造的高精度多波成像,是目前最精确的多分量资料偏移成像方法之一.逆时偏移算法的核心是波场延拓,传统波场延拓以水平基准面为边界条件,基于固定采样步长进行规则网格剖分,采... 详细信息

弹性波逆时偏移不受倾角和偏移孔径的限制,能够实现任意复杂构造的高精度多波成像,是目前最精确的多分量资料偏移成像方法之一.逆时偏移算法的核心是波场延拓,传统波场延拓以水平基准面为边界条件,基于固定采样步长进行规则网格剖分,采用阶梯近似法处理起伏地表和复杂构造界面时会产生台阶散射,严重影响起伏地表复杂构造的成像精度.基于无网格节点模型,定量分析了弹性波模拟中径向基函数有限差分法的频散关系和稳定性条件.基于此,提出一种基于QR径向基函数的高精度有限差分方法,并提出一种优化的起伏地表自适应节点剖分方法,推导了精确的无网格自由边界条件和弹性波无网格混合吸收边界条件,形成了新的基于无网格的起伏地表弹性波数值模拟方法.此外,本文将此无网格径向基函数有限差分方法应用于精确的纵横波场矢量分解公式,实现了起伏地表弹性波逆时偏移成像.通过对高斯山丘模型,起伏凹陷模型和起伏地表Marmousi-2模型进行数值试算,验证了本文方法的有效性和可行性.

关键词：起伏地表无网格径向基函数有限差分自由边界弹性波逆时偏移

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贡嘎山高寒钙华地貌古气候记录及意义

贡嘎山高寒钙华地貌古气候记录及意义

作者：柴沛然西南科技大学

学位级别：硕士

抗体偶联药物四肽连接子合成路线的优化及其应用

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抗体偶联药物四肽连接子合成路线的优化及其应用

作者：张沛然吉林大学

学位级别：硕士

抗体偶联药物（Antibody–drug conjugates,ADC）是由具有靶向作用的单克隆抗体、有效的小分子毒性载荷通过连接子偶联而成的一类生物大分子药物。由于显著的疗效和良好的安全性使其正式作为一类新型治疗手段并快速成为研究的热点领域... 详细信息

抗体偶联药物（Antibody–drug conjugates,ADC）是由具有靶向作用的单克隆抗体、有效的小分子毒性载荷通过连接子偶联而成的一类生物大分子药物。由于显著的疗效和良好的安全性使其正式作为一类新型治疗手段并快速成为研究的热点领域之一。目前,乳腺癌已经成为全球女性发病率最高的疾病,其中HER2+占乳腺癌患者总数的20%左右。人表皮生长因子受体-2（HER2）是由HER2基因控制生成的一类蛋白,它不仅是肿瘤靶向治疗药物选择的一个重要靶点,还决定了乳腺癌患者的治疗方法。2019年上市的ADC药物Trastuzumab deruxtecan（T-Dxd）中首次使用了可切割的四肽连接子（GLY-GLY-PHE-GLY）,该药独特的疗效也为HER2低表达患者带来新的曙光,所使用的连接子市场前景良好,拥有巨大发展空间。本文以四肽连接子为研究基础,通过试验与优化得到一条稳定、低价高效、过程安全、环境友好且适合工业化生产的工艺路线;选择单甲基澳瑞他汀E（Monomethyl auristatin E,MMAE）和曲妥珠单克隆抗体进行ADC的构建。首先,对连接子MC-GLY-GLY-PHE-GLY-OSu（MC-GGFG-OSu）的合成工艺进行研究和优化。选择以N-苄氧羰基-甘氨酰-甘氨酸（Cbz-Gly-Gly-OH）为起始原料,通过N-羟基琥珀酰亚胺活化,将末端的羧基转化为对应的活化酯,在碱性条件下与L-苯丙氨酸缩合得到三肽化合物;在N,N-二异丙基乙胺的催化下,与甘氨酸叔丁酯盐酸盐进行酰胺化反应;通过氢解催化脱去苄氧羰基（Benzyloxycarbonyl,Cbz）保护基后,与6-马来酰亚胺缩合连接马来酰亚胺基团;在三氟乙酸和二氯甲烷作用下,脱去叔丁基保护;最后,与1-（3-二甲氨基丙基）-3-乙基碳二亚胺盐酸盐进行酰胺化反应得到目标化合物。总路线共七步,通过单因素试验,对各步反应时间、后处理方式、投料量比、纯化方法以及打浆试剂的选择进行优化,并通过TLC、1H NMR、13C NMR、HPLC、HRMS对中间体及产物进行结构确认和含量检测,产品的产量及纯度较原研文献均有提高,小试实验中优化后工艺的总产率为25.6%,纯度98.2%。中试放大实验将原料的投料量提高至100 g进行三次平行实验,结果证明优化后各步的工艺和产率较稳定,最终反应总产率为24.4%,产物纯度为98.4%。其次,对连接子MC-GGFG-OSu后续应用进行探究,与MMAE偶联并通过HPLC、1H NMR和HRMS对偶联后的结构进行检测,确证其结构为预期化合物,纯度达到95.5%,产率为43.7%。之后将MC-GGFG-MMAE与曲妥珠单抗进行偶联,通过巯基浓度检测初步验证反应顺利进行,并用紫外光谱和SDS-PAGE进行表征,经计算偶联物DAR值为2.8,SDS-PAGE结果表明偶联后的分子量较单抗有提高,因此可知抗体与MC-GGFG-MMAE连接成功。本文详细描述了一条适合工业化生产的四肽连接子合成路线,并以此连接子构建了ADC,为此类药物的开发提供参考与研究基础。目前国内对于ADC仍处于初级阶段,还有待进一步研究与发展,使更多患者获益。

关键词：乳腺癌工艺优化 MC-GGFG-OSu MMAE 曲妥珠单抗