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昌都地区藏猪群体遗传结构及选择信号的研究

昌都地区藏猪群体遗传结构及选择信号的研究

作者：邱丙姗云南农业大学

学位级别：硕士

藏猪是世界珍稀的高原型猪种,具有抗逆性强、耐粗饲、耐低氧的特点;长期近交导致了一定程度的品种退化,致使藏猪的分布范围和数量正不断减少,同时增大了保种难度。本研究通过对昌都市左贡县扎玉镇(2♂2♀)、碧土乡(2♂2♀)、下林卡乡(2... 详细信息

藏猪是世界珍稀的高原型猪种,具有抗逆性强、耐粗饲、耐低氧的特点;长期近交导致了一定程度的品种退化,致使藏猪的分布范围和数量正不断减少,同时增大了保种难度。本研究通过对昌都市左贡县扎玉镇(2♂2♀)、碧土乡(2♂2♀)、下林卡乡(2♂)、中林卡乡(2♂)、芒康县莽岭乡(1♂2♀)5个乡镇的15头藏猪进行全基因组重测序,检测其基因组内的遗传变异,分析群体遗传结构及亲缘关系,对亲缘关系最远的两个组进行选择信号分析,鉴定受选择区域,对受选择区域内的基因进行GO、KEGG富集分析,筛选昌都地区藏猪种质特性相关基因。结果如下:(1)全基因组重测序结果:共获得695.96 G原始数据,过滤后获得690.07 G高质量测序数据,共检测到35 239 947个SNP位点,遗传变异多位于内含子区域和基因间区,外显子区域变异占比不足1%。(2)群体遗传结构分析结果:15头藏猪的进化树分为3支,A、B聚为一支,C、D、E聚为一支,B中2016-X-1个体单独为一支;群体结构表明5个乡镇的藏猪属于同一亚群,但5个群体之间存在基因交流,其中E组14-c、16-c两头藏猪未发现与其他群体有基因交流,祖先背景相对单一;PCA结果表明5个乡镇的藏猪群体聚类分布明显,A、B组之间遗传距离远,C、D、E组之间遗传距离较近,A、B组与C、D、E组之间的遗传距离较远;5个乡镇的藏猪群体间亲缘关系较远,E组14-c、16-c两头藏猪亲缘关系系数大于0.25,亲缘关系较近。(3)选择信号分析结果:连锁不平衡分析表明5个藏猪群体的有效连锁程度较高,连锁程度高低依次为D>C>E>A>B;联合Fst和πratio两种计算方法对亲缘关系最远的A、E组进行选择信号研究,试验组E共鉴定出379个受选择区域;通过GO、KEGG富集筛选到部分可能与昌都地区藏猪高抗病性(ATM、VCP、NPC1、CA9、PAX5等)、低温低氧适应(CLTA、CA9等)和生长性状(ACVR1、MCEE、TPM2等)相关的差异基因。本研究通过全基因组重测序技术获得了昌都地区5个乡镇藏猪群体的基因组数据及遗传变异信息,发现该地区藏猪群体间存在一定的基因交流,属于同一亚群,并筛选到部分与昌都地区藏猪性能相关的基因。本研究补充了藏猪遗传资源的基础数据,初步揭示了昌都地区藏猪高抗病性、低温低氧适应等种质特性的遗传基础,为该地区藏猪保种、选育工作提供了科学的理论依据,可促进昌都地区藏猪遗传资源的保护和开发利用。

关键词：藏猪全基因组重测序群体遗传结构选择信号

OLAP和数据挖掘技术在高校科技管理决策中的应用

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OLAP和数据挖掘技术在高校科技管理决策中的应用

作者：邱怀姗北京化工大学

学位级别：硕士

随着人们认识和管理水平的提高,对客观世界的描述越来越全面,存储的数据量也越来越大,然而,对数据库中数据的开发应用主要是检索查询,效率很低,简单的数据查询或统计虽然可以满足某些低层次的需要,但人们更为需要的是从大量数据资源中... 详细信息

随着人们认识和管理水平的提高,对客观世界的描述越来越全面,存储的数据量也越来越大,然而,对数据库中数据的开发应用主要是检索查询,效率很低,简单的数据查询或统计虽然可以满足某些低层次的需要,但人们更为需要的是从大量数据资源中挖掘出对各类决策有指导意义的一般知识.大量的数据未能充分利用这一现象常常被描述为"数据丰富,但信息贫乏".快速增长的数据如果没有强有力的工具来助,其得出的决策结果只能是基于决策者的直觉而不是数据库中丰富的信息.为此,决策者迫切需要从海量数据中提取有价值知识的工具,OLAP和数据挖掘技术基于此而产生.本文介绍了北京化工大学科技信息管理平台的设计与实现,着重阐述了它的网络结构和安全体系,在 OLTP 的基础上对 OLAP 和数据挖掘方面做了进一步研究探索。首先在历年科技数据基础上构建科技数据仓库,该数据仓库综合了ROLAP 组织数据以及 MOLAP 多维形式存储的优点,利用关系数据库存储细节数据,将基本事实数据和汇总数据以多维形式存储.其次利用 OLAP 引擎建立起关于教师的 OLAP 分析主题,包括:教师基本情况、项目、论文与教学任务等。系统提供了多种表格、图形分析 ii

关键词：数据仓库,OLAP,数据挖掘,MDX,关联规则, FP-Tree 算法

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警惕先试销再骗钱

农家顾问 2012年第8期 28-29页

作者：邱姗不详

陈先生在义乌市区化工路开了一家水暖店,前些日子被骗子骗去3.4万余元。义乌警方对陈先生的被骗经历作了一番剖析,并勾勒出骗子行骗的过程:求你推销→货物畅销→大笔订单→痛失巨款。办案民警提醒,其他地方也有类似案件发生,对这样的骗... 详细信息

陈先生在义乌市区化工路开了一家水暖店,前些日子被骗子骗去3.4万余元。义乌警方对陈先生的被骗经历作了一番剖析,并勾勒出骗子行骗的过程:求你推销→货物畅销→大笔订单→痛失巨款。办案民警提醒,其他地方也有类似案件发生,对这样的骗术,店主要注意防范。

关键词：光触媒先生许宏义乌部队王辉

基于RNA-Seq技术对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选

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黑龙江畜牧兽医 2020年第15期 71-74,170,171页

作者：李志勋杨圳超翁亚烦邱丙姗赵桂英云南农业大学动物科学技术学院昆明650201

为了筛选出高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的差异表达基因,为高黎贡山猪的分子选育提供科学依据,试验选用胎次相近、70日龄的高黎贡山猪和杜洛克猪各10头(5♂,5♀),在相同的饲养管理条件下饲养至260日龄,屠宰12头,其中高黎贡山猪6头(3♂,... 详细信息

为了筛选出高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的差异表达基因,为高黎贡山猪的分子选育提供科学依据,试验选用胎次相近、70日龄的高黎贡山猪和杜洛克猪各10头(5♂,5♀),在相同的饲养管理条件下饲养至260日龄,屠宰12头,其中高黎贡山猪6头(3♂,3♀)、杜洛克猪6头(3♂,3♀),利用RNA-Seq技术对两个品种猪背最长肌肌肉组织进行测序,先使用edgeR软件对高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌转录组数据进行差异分析,再将差异表达基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果表明:高黎贡山猪与杜洛克猪差异表达的基因、显著富集的通路大部分与脂肪的沉积、代谢和脂肪细胞分化相关。说明高黎贡山猪与杜洛克猪背最长肌的肌内脂肪含量受基因转录水平的调控。

关键词：高黎贡山猪杜洛克猪背最长肌转录组差异表达基因富集分析

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浅析我院对医学研究生的临床培养

江苏卫生事业管理 2013年第5期24卷 50-51页

作者：邱姗珊扬州大学临床医学院(苏北人民医院) 扬州市225001

临床医学专业的研究生临床实践阶段的管理是提高培养质量的关键因素。结合多年来对临床专业学位学术型研究生管理经验,注重过程管理和临床能力培养,规范考核工作,从而全面提升临床研究生的培养质量。

关键词：临床医学研究生临床实践能力培养

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临床医院教学档案的现状及管理方法

办公室业务 2019年第23期 135-136页

作者：邱姗珊江苏省苏北人民医院教育处

教学档案是临床教学活动中形成的重要教学资料,文章分析了医院临床教学档案的特点,并结合医院现状对推进临床教学档案更合理、更规范化的管理提出了几点方法。

关键词：教学档案现状分析方法探讨

LPL基因表达量与高黎贡山猪脂肪酸含量的关联分析

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中国畜牧杂志 2021年第S1期57卷 114-119页

作者：邱丙姗吴正明李再磊李志勋陈哲赵桂英云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

为了研究LPL基因表达量对高黎贡山猪肌肉脂肪酸含量的调控作用,本实验采用实时荧光定量PCR技术测定LPL基因在高黎贡山猪3个组织中的相对表达量,用气相色谱-质谱联用法对背最长肌脂肪酸含量进行测定,并将LPL基因相对表达量与肌肉脂肪酸... 详细信息

为了研究LPL基因表达量对高黎贡山猪肌肉脂肪酸含量的调控作用,本实验采用实时荧光定量PCR技术测定LPL基因在高黎贡山猪3个组织中的相对表达量,用气相色谱-质谱联用法对背最长肌脂肪酸含量进行测定,并将LPL基因相对表达量与肌肉脂肪酸含量进行关联分析。结果显示,LPL基因在高黎贡山猪3个组织中的相对表达趋势为:背脂>背最长肌>肝脏;LPL基因在肝脏组织中的相对表达量与肌内十六酸、亚油酸、二十二碳六烯酸、ω-3PUFA、ω-6PUFA含量呈显著负相关;在背最长肌组织中的相对表达量与ω-6/ω-3PUFA呈显著正相关;在背脂组织的相对表达量与肌肉脂肪酸含量无显著相关性。说明LPL基因对高黎贡山猪肌肉脂肪酸含量具有一定的调控作用,但能否作为影响高黎贡山猪脂肪酸沉积的主效基因还有待进一步验证。

关键词： LPL基因高黎贡山猪脂肪酸相对表达量

基于RNA-Seq技术鉴定撒坝猪与杜洛克猪肝脏组织差异表达基因

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中国畜牧杂志 2021年第11期57卷 119-125页

作者：吴正明邱丙姗李志勋程娜翁亚烦李再磊赵桂英云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

为了鉴定撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织的转录组差异表达基因,揭示撒坝猪肉质性状和生长性状的相关遗传机理,实验以260日龄撒坝猪和杜洛克猪肥猪(各4头)为研究对象,用RNA-seq技术并结合现代高通量测序技术对撒坝猪和杜洛克猪的肝脏组织样品... 详细信息

为了鉴定撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织的转录组差异表达基因,揭示撒坝猪肉质性状和生长性状的相关遗传机理,实验以260日龄撒坝猪和杜洛克猪肥猪(各4头)为研究对象,用RNA-seq技术并结合现代高通量测序技术对撒坝猪和杜洛克猪的肝脏组织样品进行测序,鉴定并挑选撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织中的差异表达基因,并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析与可变剪接分析。从撒坝猪和杜洛克猪肝脏组织中共鉴定出差异表达基因2326个,其中上调表达基因1049个,下调表达基因1277个;在GO数据库中共检测到521个差异表达基因,在KEGG数据库中共检测到651个差异表达基因;经过对差异表达基因进行显著富集通路的分析挑选出可能与撒坝猪肉质和生长性状相关的通路20条;进一步与标准参考基因组对比分析共发掘出27499个差异可变剪接。说明PPAR信号通路等20条信号通路在撒坝猪的肉质形成和生长发育过程中起重要作用。本研究结果为猪种遗传改良提供了理论参考依据。

关键词：肝脏转录组差异表达富集分析

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15项目获经费资助84万元 001