昌都地区藏猪群体遗传结构及选择信号的研究

作     者：邱丙姗 

作者单位：云南农业大学 

学位级别：硕士

导师姓名：赵桂英

授予年度：2022年

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

主      题：藏猪 全基因组重测序 群体遗传结构 选择信号 

摘      要：藏猪是世界珍稀的高原型猪种,具有抗逆性强、耐粗饲、耐低氧的特点;长期近交导致了一定程度的品种退化,致使藏猪的分布范围和数量正不断减少,同时增大了保种难度。本研究通过对昌都市左贡县扎玉镇(2♂2♀)、碧土乡(2♂2♀)、下林卡乡(2♂)、中林卡乡(2♂)、芒康县莽岭乡(1♂2♀)5个乡镇的15头藏猪进行全基因组重测序,检测其基因组内的遗传变异,分析群体遗传结构及亲缘关系,对亲缘关系最远的两个组进行选择信号分析,鉴定受选择区域,对受选择区域内的基因进行GO、KEGG富集分析,筛选昌都地区藏猪种质特性相关基因。结果如下:(1)全基因组重测序结果:共获得695.96 G原始数据,过滤后获得690.07 G高质量测序数据,共检测到35 239 947个SNP位点,遗传变异多位于内含子区域和基因间区,外显子区域变异占比不足1%。(2)群体遗传结构分析结果:15头藏猪的进化树分为3支,A、B聚为一支,C、D、E聚为一支,B中2016-X-1个体单独为一支;群体结构表明5个乡镇的藏猪属于同一亚群,但5个群体之间存在基因交流,其中E组14-c、16-c两头藏猪未发现与其他群体有基因交流,祖先背景相对单一;PCA结果表明5个乡镇的藏猪群体聚类分布明显,A、B组之间遗传距离远,C、D、E组之间遗传距离较近,A、B组与C、D、E组之间的遗传距离较远;5个乡镇的藏猪群体间亲缘关系较远,E组14-c、16-c两头藏猪亲缘关系系数大于0.25,亲缘关系较近。(3)选择信号分析结果:连锁不平衡分析表明5个藏猪群体的有效连锁程度较高,连锁程度高低依次为DCEAB;联合Fst和πratio两种计算方法对亲缘关系最远的A、E组进行选择信号研究,试验组E共鉴定出379个受选择区域;通过GO、KEGG富集筛选到部分可能与昌都地区藏猪高抗病性(ATM、VCP、NPC1、CA9、PAX5等)、低温低氧适应(CLTA、CA9等)和生长性状(ACVR1、MCEE、TPM2等)相关的差异基因。本研究通过全基因组重测序技术获得了昌都地区5个乡镇藏猪群体的基因组数据及遗传变异信息,发现该地区藏猪群体间存在一定的基因交流,属于同一亚群,并筛选到部分与昌都地区藏猪性能相关的基因。本研究补充了藏猪遗传资源的基础数据,初步揭示了昌都地区藏猪高抗病性、低温低氧适应等种质特性的遗传基础,为该地区藏猪保种、选育工作提供了科学的理论依据,可促进昌都地区藏猪遗传资源的保护和开发利用。