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微生物宏蛋白质组从样品处理、数据采集到数据分析

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色谱 2024年第7期42卷 658-668页

作者：吴恩慧乔亮复旦大学化学系上海200433

微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据... 详细信息

微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据采集与数据分析成为宏蛋白质组目前面临的三大挑战。在宏蛋白质组分析中往往需要针对不同类型的样品进行前处理优化,采取不同的微生物分离富集、提取和裂解方案。与单一物种蛋白质组相类似,宏蛋白质组学中的质谱数据采集模式有数据依赖性采集(data-dependent acquisition,DDA)模式和数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)模式。DIA数据采集模式可以完整地采集样品的肽段信息,具有很强的发展潜力。但是由于宏蛋白质组样品的复杂性,其DIA数据解析已成为阻碍宏蛋白质组深度覆盖的一大难题。在数据解析方面,最重要的步骤在于蛋白质序列数据库的构建。数据库的大小和完整性不仅对鉴定数量有很大影响,还会影响物种和功能水平上的分析。目前宏蛋白质组数据库构建的金标准是基于宏基因组的蛋白质序列数据库。同时,基于迭代搜库的公共数据库过滤方法也已被证明具有很强的实用价值。从具体的数据解析策略角度,以肽段为中心的DIA数据解析方法占据了绝对的主流。随着深度学习和人工智能的发展,其会极大地推动宏蛋白质组数据解析的准确度、覆盖度与分析速度。在下游生物信息学分析方面,近年来开发了一系列注释工具,可以在蛋白水平、肽段水平、基因水平上进行物种注释来获得微生物群落组成。与其他组学方法相比,微生物群落的功能分析是宏蛋白质组学的一个独特特征。宏蛋白质组已经成为微生物群落多组学分析中的重要组成部分,并且仍在覆盖深度、检测灵敏度、数据解析完整度等方面具有很大的发展潜力。

关键词：宏蛋白质组学样品前处理数据库数据分析策略

改革开放以来中国科技安全观的历史演进及其基本经验

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当代中国史研究 2024年第1期31卷 58-69,M0005页

作者：郎慧慧山东大学马克思主义学院 250100

科技及科技安全是维护国家经济社会发展和国家安全的重要保障。改革开放以来,面对某些西方国家对我国科技发展的打压遇制以及对我国科技安全的威胁,党和政府对科技安全的认识经历了从服务经济安全到保障其他领域安全,再到支撑总体国家... 详细信息

科技及科技安全是维护国家经济社会发展和国家安全的重要保障。改革开放以来,面对某些西方国家对我国科技发展的打压遇制以及对我国科技安全的威胁,党和政府对科技安全的认识经历了从服务经济安全到保障其他领域安全,再到支撑总体国家安全的战略转变。纵观这一历史演进,坚持党对科技事业的集中统一领导,坚持科技发展的独立自主、自力更生,坚持科技工作的改革创新,是中国塑造和维护科技安全的重要经验,为新时代科技安全与总体国家安全的塑造和维护提供了宝贵经验。

关键词：科技安全总体国家安全观自主创新党的领导

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基于序贯三支神经网络的个性化推荐

控制与决策 2024年第3期39卷 1012-1020页

作者：成淑慧武优西河北工业大学经济管理学院天津300401 河北工业大学人工智能与数据科学学院天津300401

虽然协同过滤可以实现用户的个性化推荐,但是大多数协同过滤及其改进模型未考虑用户和项目等特征,因而不能发掘样本间的非线性关系.与协同过滤相比,深度学习能挖掘丰富的用户兴趣模式,但网络拓扑结构是基于二支决策的方式,忽略了推荐样... 详细信息

虽然协同过滤可以实现用户的个性化推荐,但是大多数协同过滤及其改进模型未考虑用户和项目等特征,因而不能发掘样本间的非线性关系.与协同过滤相比,深度学习能挖掘丰富的用户兴趣模式,但网络拓扑结构是基于二支决策的方式,忽略了推荐样本的难易程度.为了增强模型的非线性表达,同时区分推荐样本的难易,受序贯三支决策的启发,提出序贯三支决策神经网络个性化推荐模型(personalized recommendation model based on sequential three-way decision with single feedforward neural network, STWD-SFNN-PR).首先,为了将高维稀疏特征向量映射为低维稠密的特征向量, STWD-SFNN-PR采用嵌入进行特征处理.其次,在增量式的网络结构中学习推荐样本,使用Adam优化网络参数,并返回难以推荐的样本.再次,利用序贯三支决策增加延迟决策的策略,并在不同的粒度层采用序贯的阈值,从而动态地实现难以推荐样本的划分.最后,为了验证模型的可行性和有效性,选择多种电影推荐数据集进行研究,并选择经典的神经网络推荐、经典的深度学习推荐和最新的三支协同过滤推荐进行对比.实验结果表明, STWD-SFNN-PR具有更优的推荐质量.

关键词：序贯三支决策神经网络网络拓扑结构推荐系统协同过滤个性化推荐

数字化背景下京津冀城市群区域创新生态系统评价研究

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中国软科学 2024年第S1期 191-202页

作者：栗志慧刘洁中铁二十二局集团第二工程有限公司北京联合大学商务学院

构建良好的区域创新生态系统对于提升区域创新能力，促进双循环新发展格局的形成具有重要的战略意义。从生态系统的视角分析了区域创新生态体系的主要构成要素，构建考虑数字化发展影响因素的区域创新生态系统评价体系，运用VIKOR方法... 详细信息

构建良好的区域创新生态系统对于提升区域创新能力，促进双循环新发展格局的形成具有重要的战略意义。从生态系统的视角分析了区域创新生态体系的主要构成要素，构建考虑数字化发展影响因素的区域创新生态系统评价体系，运用VIKOR方法，对京津冀城市群2010—2020年的区域创新能力进行评价。研究结果表明：京津冀三大城市群2010—2020年区域创新能力总体呈现逐年递增的趋势，创新主体、创新环境、创新资源和创新绩效对区域创新能力的提升发挥了重要作用。因此，要增强创新主体，加快建设智慧政府，布局数据化平台和人才体系建设，大力发展数字经济，以进一步促进京津冀城市群区域创新能力的提高。

关键词：区域创新生态系统数字化京津冀

基于变权重PSO-Elman神经网络的路面附着系数估计

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浙江大学学报（工学版） 2024年第3期58卷 622-634页

作者：王骏骋王法慧浙江理工大学机械工程学院浙江杭州310018

针对传统神经网络权值更新不稳定导致路面附着系数预估精度不高的问题,提出基于变权重粒子群优化(PSO)-Elman神经网络的路面附着系数估计方法.搭建基于7自由度汽车动力学模型的神经网络模型,在Elman神经网络模型中引入粒子群算法降低训... 详细信息

针对传统神经网络权值更新不稳定导致路面附着系数预估精度不高的问题,提出基于变权重粒子群优化(PSO)-Elman神经网络的路面附着系数估计方法.搭建基于7自由度汽车动力学模型的神经网络模型,在Elman神经网络模型中引入粒子群算法降低训练绝对误差,并使用线性权重递减策略对粒子群算法中的权重进行改变,平衡粒子全局和局部搜索能力,实现网络权值矩阵优化;采用傅里叶函数方法拟合出理想滑移率-路面附着系数相关曲线;通过理论分析和仿真验证,证明采用该方法能够提升路面附着系数预估精度.仿真结果表明:在定附和变附路面行驶工况下,相比于传统Elman神经网络,采用变权重PSO-Elman神经网络的路面附着系数估计方法获得的路面附着系数均方根误差分别平均降低了35.62%和19.20%,有效提升了防抱死控制效果.

关键词：车辆状态路面附着系数神经网络粒子群防抱死控制

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基于图神经网络的会话推荐方法综述

数据分析与知识发现 2024年第2期8卷 1-16页

作者：张雄涛祝娜郭玉慧北京科技大学经济管理学院北京100083 西南大学国家治理学院重庆400715 中国人民大学信息学院北京100872

【目的】聚焦图神经网络技术,对会话推荐方法进行述评。【文献范围】分别以“Session-Based Recommendation”“Graph Neural Network”“会话推荐”“图神经网络”为检索词,在Web of Science、中国知网等数据库中筛选出82篇国内外文献... 详细信息

【目的】聚焦图神经网络技术,对会话推荐方法进行述评。【文献范围】分别以“Session-Based Recommendation”“Graph Neural Network”“会话推荐”“图神经网络”为检索词,在Web of Science、中国知网等数据库中筛选出82篇国内外文献。【方法】从框架、评价和趋势三个视角,对基于图神经网络的会话推荐方法进行归纳与对比,总结现有评价资源,讨论未来研究趋势。【结果】图神经网络是当前实现会话推荐系统的主流技术,基于图神经网络的会话推荐方法主要围绕“会话图构建”、“会话图学习”和“会话兴趣表示”三个核心问题展开。【局限】本文仅评述主流研究,并未将所有研究逐一列出。未从可解释性、鲁棒性、多样性和公平性等方面深入研究。【结论】图神经网络是会话推荐系统的主流实现技术,未来可结合会话推荐的特定场景,通过发展图神经网络技术进一步改进现有研究不足。

关键词：图神经网络会话推荐序列推荐推荐系统深度学习

厌氧消化对餐厨垃圾中抗性基因消减作用研究进展

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环境科学 2024年第7期45卷 4352-4360页

作者：崔理慧王兴黄技伟费强马英群西安交通大学化学工程与技术学院西安维尔利环保科技有限公司维尔利环保科技集团股份有限公司西安市一碳化合物生物转化技术重点实验室

餐厨垃圾是抗生素抗性基因（ARGs）重要的储存库，其资源化利用存在潜在的环境风险.厌氧消化（AD）技术可同时实现资源回收和ARGs去除，是当前主要的餐厨垃圾资源化技术.但AD对ARGs的去除能力有限，沼渣农用的安全性仍受到质疑.如何提... 详细信息

餐厨垃圾是抗生素抗性基因（ARGs）重要的储存库，其资源化利用存在潜在的环境风险.厌氧消化（AD）技术可同时实现资源回收和ARGs去除，是当前主要的餐厨垃圾资源化技术.但AD对ARGs的去除能力有限，沼渣农用的安全性仍受到质疑.如何提高AD过程中ARGs的去除效果是实现餐厨垃圾高效安全生物转化的关键.总结了ARGs在餐厨垃圾中的传播途径与机制，讨论了AD过程不同工艺参数对餐厨垃圾中ARGs传播的影响，阐述了外源添加剂及原料预处理等策略强化ARGs去除的研究进展，分析了ARGs在餐厨垃圾AD过程中的迁移规律和去除机制，主要包括微生物群落结构演替、可移动遗传元件变化和环境因素变化.最后，在已有研究基础上对未来提升餐厨垃圾AD过程中甲烷产率和ARGs去除效果进行了展望并提出建议.

关键词：餐厨垃圾厌氧消化(AD) 抗生素抗性基因(ARGs) 可移动遗传元件(MGEs) 生物甲烷

对慢性HBV感染者全部治疗策略的卫生经济学考量

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中华肝脏病杂志 2024年第5期32卷 406-410页

作者：张思慧崔富强北京大学公共卫生学院北京100191

世界卫生组织于2016年发布《全球卫生部门战略》,明确提出在2030年实现降低90%的HBV新发感染率和降低65%的HBV相关死亡率。而目前全球的慢性HBV感染者仍有2.96亿,每年有近90万人死于HBV感染所致肝硬化及肝癌等。慢性HBV感染者抗病毒治... 详细信息

世界卫生组织于2016年发布《全球卫生部门战略》,明确提出在2030年实现降低90%的HBV新发感染率和降低65%的HBV相关死亡率。而目前全球的慢性HBV感染者仍有2.96亿,每年有近90万人死于HBV感染所致肝硬化及肝癌等。慢性HBV感染者抗病毒治疗可以有效抑制HBV复制,减轻肝脏炎症坏死、有效阻断和逆转肝纤维化甚至早期肝硬化,从而减少肝硬化相关并发症、降低肝癌和肝病相关死亡率。尽管国内外指南对于慢性乙型肝炎抗病毒治疗的适应证均已逐步放宽,但仍有相当数量的慢性乙型肝炎患者因不符合现有标准而未能接受抗病毒治疗,因而导致进展为更严重的疾病。通过对乙型肝炎流行病学、抗病毒药物治疗效果及国内外的指南治疗标准进行分析,判断指南中关键指标变化,综合考虑抗病毒治疗的覆盖率及治疗标准,探索提高覆盖率及治疗阈值降低后疾病负担变化和成本效果,以期尽早实现消除乙型肝炎作为公共卫生危害的全球战略目标。

关键词：慢性乙型肝炎乙型肝炎病毒感染丙氨酸转氨酶抗病毒治疗卫生经济学

在校园里播下可持续的种子——迅销集团全球执行董事、优衣库大中华区首席市场官吴品慧女士专访

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中国广告 2024年第5期 40-43页

作者：汪哲慧不详

3月28日,华东师范大学设计学院特邀迅销集团全球执行董事、优衣库大中华区首席市场官吴品慧女士为师生们带来了一场精彩的课程分享。正如华东师范大学设计学院院长魏劭农所言:“教育的真正意义和魅力在于教师与学生面对面的交流与讨论问... 详细信息

3月28日,华东师范大学设计学院特邀迅销集团全球执行董事、优衣库大中华区首席市场官吴品慧女士为师生们带来了一场精彩的课程分享。正如华东师范大学设计学院院长魏劭农所言:“教育的真正意义和魅力在于教师与学生面对面的交流与讨论问题,这是一种人与人之间智慧与情感的交流方式。”《中国广告》借此机会特别访问了吴品慧,深度解读从课堂到市场,这场春天约定背后的沉淀与勃发,在洞见优衣库可持续深层意蕴的同时,我们也可以看到更立体鲜活、以社会责任为己任的品牌态度。

关键词：深度解读大中华区《中国广告》优衣库品牌态度华东师范大学深层意蕴可持续的