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GenBank中裂腹鱼类CO I基因序列的分子标记有效性

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中国水产科学 2022年第7期29卷 1073-1090页

作者：袁晓倩迪丽娜·茹斯坦木张琪韩洁新疆大学生命科学与技术学院新疆乌鲁木齐830046 北京师范大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室北京100875

裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局,在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆。线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码,分析GenBank数据库中裂腹鱼类COI作为分子标记的有效性,可以加深理解和认... 详细信息

裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局,在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆。线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码,分析GenBank数据库中裂腹鱼类COI作为分子标记的有效性,可以加深理解和认识前人用这些数据所做的研究工作,也为今后更合理地使用这些数据提供参考依据。本研究对GenBank数据库中裂腹鱼类CO I基因的分子标记有效性进行分析评估,通过同源性比对、参考序列间遗传分歧的估算和系统发育关系重建等方法,判断GenBank数据库中裂腹鱼类CO I基因序列的同源性、序列所属鱼种鉴定的准确性,以及序列信息对系统发育关系的解析力。通过对下载的1431条序列进行多重比对发现,有3条序列与其他序列存在显著差异,同源性存疑,数据信息经BLAST相似性搜索和核查确认为,以CO I基因的互补链形式提交的序列,比对前应先进行互补链转换。全部序列的比对结果显示,GenBank数据库中裂腹鱼类的CO I基因片段序列均为该基因近5’端至中部的序列。权衡序列的数量和长度后,舍弃较短的35条序列,保留长度为527 bp的1396条序列进行分析,结果共定义了228个单倍型,在有多条序列的鱼种中,普遍存在种内共享单倍型,还有41个单倍型为种间共享。裂腹鱼类COI单倍型的平均p-距离为9.5%,与鱼类的属级水平相当,原始、特化和高度特化类群各自的平均p-距离值更低,体现近期辐射演化的特征,可能与它们随着青藏高原演化成种的历史较短有关。GenBank中一些裂腹鱼类CO I基因序列的鱼种鉴定存在错误,在使用时应先与参考序列对比,或从系统发育分析的角度做出判断。总体来看,COI基因序列能够有力解析裂腹鱼类各演化等级裂腹鱼类之间的亲缘关系,可用于分类和演化的初步分析。结合形态学、生态学、线粒体和核基因的多样性及系统发育关系等进行综合分析,将有助于更准确地界定裂腹鱼种类,同时也为深入探讨杂交和成种过程等问题奠定基础。

关键词：裂腹鱼类 CO I 分子标记有效性 GenBank

基于线粒体基因组数据的裂腹鱼类系统发育研究

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中国水产科学 2022年第6期29卷 781-791页

作者：迪丽娜·茹斯坦木袁晓倩张琪韩洁新疆大学生命科学与技术学院新疆乌鲁木齐830046 北京师范大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室北京100875

关于裂腹鱼类(Schizothoracids)的分类系统一直存在学术争议。本研究利用最大似然法和贝叶斯分析法,对Gen Bank数据库中的64种裂腹鱼类的线粒体基因组数据进行分析。建立了13个蛋白质编码基因(PCGs)和13个蛋白质编码基因加2个r RNA基因(... 详细信息

关于裂腹鱼类(Schizothoracids)的分类系统一直存在学术争议。本研究利用最大似然法和贝叶斯分析法,对Gen Bank数据库中的64种裂腹鱼类的线粒体基因组数据进行分析。建立了13个蛋白质编码基因(PCGs)和13个蛋白质编码基因加2个r RNA基因(13 PCGs&2 rDNAs)两个联合基因数据集,分别采用基于核苷酸替代模型的数据多分区和单分区分析策略重建系统发育关系。结果显示,裂腹鱼类“原始”、“特化”和“高度特化”3个等级各自的聚类明确;“原始”等级的裂腹鱼和鲃亚科(Barbinae)鲈鲤属(Percocypris)形成一个单系群,“特化”与“高度特化”等级的裂腹鱼类群形成另一演化支,“高度特化”类群与部分“特化”类群具有最近共同祖先。研究结果不支持裂腹鱼类为一独立亚科,笔者支持将“特化”和“高度特化”类群合并为Schizopygopsini族,将“原始”等级的裂腹鱼和鲈鲤属鱼归为Schizothoracini族。分析中,采用不同的数据集和不同的数据分区分析策略对解决裂腹鱼类的系统发育关系没有显著影响。以地质学证据和线粒体基因演化速率为先验,利用13 PCGs联合基因数据集,采用基于核苷酸替代模型的数据单分区分析策略和贝叶斯方法估算主要类群的最近共祖时间(t MRCA),结果显示裂腹鱼类与鲈鲤属的t MRCA在中新世中期大约13.16 Ma前,现生的“原始”等级裂腹鱼的t MRCA在上新世距今约4.94 Ma,“特化”和“高度特化”等级裂腹鱼的最近共同祖先则是在9.64 Ma前开始分化,“高度特化”等级裂腹鱼起源于约5.40 Ma。由分布区的地理历史推断,裂腹鱼类的起源可能与印度与欧亚板块后碰撞期晚期有关,其各个等级的分化和成种事件与青藏高原的阶段式演化和气候波动密不可分。

关键词：线粒体基因组系统发育裂腹鱼类最近共祖时间

抑制MCP-1改善高脂饮食条件下的骨质疏松及血管钙化

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石河子大学学报(自然科学版) 2025年第01期 1-7页

作者：郭桐桐周文新肖遥如斯坦木罗江淼赵涵陈源王维山石河子大学第一附属医院新疆生产建设兵团第十师北屯市总医院

目的通过构建高脂饮食模型,初步研究MCP-1在骨质疏松及血管钙化过程中的作用。方法将24只LDLR-/-小鼠分为3组,低脂饮食组（LFD组）、高脂饮食组（HFD组）、MCP-1抑制高脂饮食组（HFD+MI组）。造模24W,收集小鼠血液,主动脉,股骨。茜素红... 详细信息

目的通过构建高脂饮食模型,初步研究MCP-1在骨质疏松及血管钙化过程中的作用。方法将24只LDLR-/-小鼠分为3组,低脂饮食组（LFD组）、高脂饮食组（HFD组）、MCP-1抑制高脂饮食组（HFD+MI组）。造模24W,收集小鼠血液,主动脉,股骨。茜素红染色与钙盐染色检测主动脉钙化程度;免疫组化检测Osterix、Osteocalcin、MCP-1的表达量;实时荧光定量PCR检测主动脉Col1A,Ocn,Runx2m RNA的表达;ELISA检测血液中MCP-1的含量;MicroCT检测小鼠股骨的骨结构相关参数。结果与低脂饮食组（LFD组）相比,HFD组可观察到明显的主动脉钙化,主动脉钙盐沉积增加,Osterix、Osteocalcin、MCP-1表达量增加（P<0.05）,Col1A,Ocn,Runx2m RNA的表达量增加（P<0.05）,血液中MCP-1的含量显著增加（P<0.05）,同时股骨可观察到明显的骨质疏松,骨表面积、骨小梁数量等明显下降,骨小梁分离度等增高（P<0.05）;HFD+MI组相比HFD组,主动脉钙盐沉积减少,Osterix、Osteocalcin、MCP-1表达量减少（P<0.05）,Col1A,Ocn,Runx2m RNA的表达量减少（P<0.05）,血液中MCP-1的含量减少（P<0.05）,同时股骨可观察到骨量增加,骨表面积、骨小梁数量等明显增加,骨小梁分离度等降低（P<0.05）。结论在高脂饮食LDLR-/-小鼠模型中,主动脉钙化处MCP-1含量明显增加;抑制MCP-1可以改善骨质疏松及血管钙化。

关键词：骨质疏松血管钙化 MCP-1

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山茱萸总苷对CT诱导的鲤抗氧化及免疫功能的影响

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水产学报 2025年第03期 205-214页

作者：朱兆曾卢荣华陈梦迪徐歆歆张玉茹曹香林河南师范大学水产学院

【目的】研究山茱萸总苷(Cornus officinalis total glycosides,COTG)对四氯化碳(CT)诱导的鲤抗氧化性能、免疫功能及血清生化指标的影响。【方法】选取初始体重(22.15±1.15) g的鲤135尾，随机分为5组，其中实验组(T1组、T2组、T3组)... 详细信息

【目的】研究山茱萸总苷(Cornus officinalis total glycosides,COTG)对四氯化碳(CT)诱导的鲤抗氧化性能、免疫功能及血清生化指标的影响。【方法】选取初始体重(22.15±1.15) g的鲤135尾，随机分为5组，其中实验组(T1组、T2组、T3组)分别灌喂100、200和300 mg/kg的COTG,C组(对照)及CT组灌喂等体积生理盐水，连续灌喂7 d后CT组及实验组注射CT (5 mL/kg),24 h后取样。检测肝胰脏和肾脏组织的形态学、血清生化指标、抗氧化和免疫酶活性及相关基因表达变化。【结果】注射CT诱导了鲤肝胰脏和肾脏组织损伤，而灌喂COTG显著降低了血清谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)活性，并减轻了肝细胞的空泡化程度、细胞核损伤和肾小球肿胀。与CT组相比，T3组血清TG、TC及LDL-C含量均显著下调，改善了CT诱导的血脂紊乱。此外，T3组肝胰脏和肾脏的过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)活性、T2组肝胰脏酸性磷酸酶(ACP)及T3组肾脏碱性磷酸酶(AKP)和ACP的活性均显著上调，但T2和T3组肝胰脏及肾脏的丙二醛(MDA)含量显著降低。基因表达结果显示，COTG可提高鲤的肝胰脏和肾脏氧化酶相关基因(cat、sod、gst、gpx)表达，抑制促炎因子il-β和nf-κb p65的表达。【结论】灌喂200～300 mg/kg的COTG可通过增强抗氧化和免疫功能缓解CT诱导的鲤肝胰脏及肾脏组织损伤。

关键词：鲤山茱萸总苷四氯化碳抗氧化免疫功能

慢性心衰患者社会参与水平现状与影响因素分析

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临床医学进展 2025年第1期15卷 1822-1831页

作者：哈力丹木·图迪新疆医科大学第四附属医院心内科新疆乌鲁木齐

目的:调查慢性心力衰竭患者社会参与水平现状并分析其影响因素,为其制定相关护理计划提供数据支持。方法:采用便利抽样法选取乌鲁木齐市地区多家三级综合医院心内科317名心力衰竭患者,应用自行设计一般资料调查表、自主参与问卷进行调... 详细信息

目的:调查慢性心力衰竭患者社会参与水平现状并分析其影响因素,为其制定相关护理计划提供数据支持。方法:采用便利抽样法选取乌鲁木齐市地区多家三级综合医院心内科317名心力衰竭患者,应用自行设计一般资料调查表、自主参与问卷进行调查。采用Logistic回归分析慢性心衰患者社会参与水平相关影响因素。结果:慢性心衰患者社会参与水平总分为(27.623 ± 22.286)分。有序多分类logistic回归分析显示年龄、收入及是否参加社会活动是慢性心力衰竭患者社会参与水平的影响因素(均P Objective: To investigate the current status of social participation in patients with chronic heart failure and analyze its influencing factors, so as to provide data support for the formulation of relevant nursing plans Methods: A total of 317 patients with heart failure in the Department of Cardiology of Several Tertiary General Hospitals in Urumqi were selected by convenience sampling method, and the questionnaire was investigated using self-designed general information questionnaire and self-participation questionnaire. Logistic regression was used to analyze the influencing factors related to the level of social participation in patients with chronic heart failure. Results: The total score of social participation in patients with chronic heart failure was (27.623 ± 22.286). Ordinal multi-categorical logistic regression analysis showed that age, income and participation in social activities were the influencing factors of social participation in patients with chronic heart failure (all P < 0.05). Conclusion: Low level of social participation is common in patients with chronic heart failure, and most of them are at a moderate level, but the data show that there is a population gap, which may be related to the patient’s lifestyle and family composition.

关键词：心力衰竭社会参与水平影响因素

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经济学中拟和生产函数的几何分类

数学学报(中文版) 2025年第1期68卷 81-98页

作者：骆艳茹富宇东北财经大学经济学院东北财经大学数据科学与人工智能学院

生产函数是新古典经济学的核心概念之一,是经济学家进行经济分析的重要工具.本文从几何不变量的角度对拟和生产函数进行深入研究.通过探讨拟和生产函数对应曲面的常高斯曲率方程与常平均曲率方程,得到了一系列有意思的分类结果.本文的... 详细信息

生产函数是新古典经济学的核心概念之一,是经济学家进行经济分析的重要工具.本文从几何不变量的角度对拟和生产函数进行深入研究.通过探讨拟和生产函数对应曲面的常高斯曲率方程与常平均曲率方程,得到了一系列有意思的分类结果.本文的研究结果不仅对微分几何中曲面论的研究具有一定意义,而且为经济分析中的生产模型提供了更多可选择的类型,在一定程度上推动了生产函数理论的发展.

关键词：生产函数曲面高斯曲率平均曲率

高校地理课堂中区域问题案例教学的优化策略研究

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中文科技期刊数据库（全文版）教育科学 2025年第1期 165-168页

作者：古丽娜尔·沙依木新疆和田学院新疆和田848000

区域问题案例教学是高校地理课堂的重要教学方式,通过案例分析引导学生深入理解地理规律和区域特性。本文基于区域问题的定义与特征以及案例教学法的理论基础,分析了当前高校地理课堂中区域问题案例教学的局限性,包括案例选取范围有限... 详细信息

区域问题案例教学是高校地理课堂的重要教学方式,通过案例分析引导学生深入理解地理规律和区域特性。本文基于区域问题的定义与特征以及案例教学法的理论基础,分析了当前高校地理课堂中区域问题案例教学的局限性,包括案例选取范围有限、教学设计缺乏技术支持、课堂互动形式单一、教学评价内容单一等问题。在此基础上,提出了优化策略,如科学化和多样化的案例选取、系统化与创新性的教学设计、提升课堂互动与学生参与度,以及完善教学评价体系,以期提升教学效果和学生学习体验。

关键词：区域问题案例教学地理课堂

机器学习识别LRRC15和MICB为类风湿关节炎的免疫诊断标志物

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中国组织工程研究 2025年第11期29卷 2411-2420页

作者：田彦虎黄心岸郭桐桐如斯坦木·阿合坦木罗江淼肖遥王超王维山石河子大学医学院新疆维吾尔自治区石河子市832008 石河子大学第一附属医院骨科新疆维吾尔自治区石河子市832008

背景:类风湿关节炎是一种慢性的自身免疫性疾病,早期诊断对于预防疾病进展和治疗至关重要。因此探究类风湿关节炎的诊断特征和免疫细胞浸润具有重要意义。目的:基于Gene Expression Omnibus(GEO)数据库,通过机器学习算法,筛选类风湿关... 详细信息

背景:类风湿关节炎是一种慢性的自身免疫性疾病,早期诊断对于预防疾病进展和治疗至关重要。因此探究类风湿关节炎的诊断特征和免疫细胞浸润具有重要意义。目的:基于Gene Expression Omnibus(GEO)数据库,通过机器学习算法,筛选类风湿关节炎潜在重要的诊断标记物,并探讨类风湿关节炎的诊断特征与免疫细胞浸润的关系。方法:从GEO数据库获取类风湿关节炎相关的滑膜组织的基因表达数据集,采用批量效应去除法对数据集进行合并,采用R软件进行差异表达基因的鉴定和功能相关性分析,通过生物信息学分析和3种机器学习算法进行疾病特征基因的提取,筛选出类风湿关节炎相关的关键基因。此外,对所有差异表达基因进行免疫细胞浸润分析,分析类风湿关节炎的炎症状态,并对其诊断特征与浸润性免疫细胞的关系进行研究。结果与结论:(1)在类风湿关节炎和正常滑膜组织中,获得了179个差异表达基因,其中124个基因表达上调,55个基因表达下调;(2)富集分析显示类风湿关节炎和免疫反应之间存在良好的相关性;(3)通过3种机器学习算法分析发现,LRRC15和MICB可能是类风湿关节炎潜在的标记物;(4)LRRC15(曲线下面积=0.964,95%CI:0.924-0.992)和MICB(曲线下面积=0.961,95%CI:0.923-0.990)在验证数据集上有着较强的诊断能力;(5)13种免疫细胞浸润发生改变,以巨噬细胞为主;(6)在类风湿关节炎中,免疫细胞功能的多数促炎途径被激活;(7)免疫相关性分析发现LRRC15和MICB与M1型巨噬细胞的相关性最强;(8)结果发现LRRC15和MICB被确定为类风湿关节炎潜在的诊断标记物,具有较强的诊断性能并且与免疫细胞浸润具有显著的相关性;通过机器学习及生物信息学分析加深了对类风湿关节炎免疫浸润的理解,为类风湿关节炎的诊断和治疗提供新的思路。

关键词：类风湿关节炎机器学习免疫浸润诊断标记物差异表达基因

内、外踝韧带缺损对邻近核心肌腱生物力学影响的有限元分析

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中国组织工程研究 2025年第33期29卷 7223-7230页

作者：徐天宇陈默迪谢明茹叶兴华潘朝晖山东第二医科大学临床医学院山东省潍坊市261053 陆军第八十集团军医院骨科研究所山东省潍坊市261053

背景:高能量损伤导致的内、外踝韧带断裂、缺损是足踝外科常见难题之一,邻近肌腱常作为移植材料重建缺损,探究韧带缺损状态下邻近核心肌腱的力学特性对于选择肌腱供区具有重要意义。目的:探究踝关节活动过程中,内、外踝韧带不同程度缺损... 详细信息

背景:高能量损伤导致的内、外踝韧带断裂、缺损是足踝外科常见难题之一,邻近肌腱常作为移植材料重建缺损,探究韧带缺损状态下邻近核心肌腱的力学特性对于选择肌腱供区具有重要意义。目的:探究踝关节活动过程中,内、外踝韧带不同程度缺损时,其各自邻近核心肌腱间的相互作用及生物力学变化。方法:基于一名50岁健康男性左足的CT影像数据,通过MIMICS软件提取并构建表面立体模型,利用Geomagic Wrap进行拟合曲面,并在SOLIDWORKS中构建包含不同程度韧带缺损的骨-软骨-韧带-肌腱足踝复合体模型。采用Ansys Workbench进行有限元分析,通过前抽屉实验验证模型有效后,模拟踝关节内、外翻及内、外旋条件,观察腓骨短、长肌腱与胫前、后肌腱的Von-Mises应力最大值变化及分布特征。结果与结论:①前抽屉实验中距骨最大位移5.2085 mm,与文献报道的数据相似,验证模型有效;②4种工况下,踝关节单侧单束韧带缺损对邻近核心肌腱的应力最大值影响较小,单侧多束韧带缺损则显著增加肌腱应力最大值;除胫前肌腱各段应力载荷均偏高外,腓骨短、长肌腱及胫后肌腱的高应力区域均集中在肌腱远端;③外踝韧带一旦缺损,内翻、内旋时腓骨短肌腱的应力最大值及变化量均高于腓骨长肌腱;距腓前韧带缺损时内翻,腓骨短肌腱应力最大值较正常相比增加0.9512 MPa,腓骨长肌腱应力最大值降低0.0651 MPa;跟腓韧带缺损时内旋,腓骨短肌腱应力最大值增加2.3529 MPa,腓骨长肌腱应力最大值降低0.2692 MPa;④提示内踝韧带缺损时外翻、外旋,胫前、后肌腱的应力最大值变化复杂,取决于缺损韧带类型,尤其全层韧带缺损将显著增加二者应力最大值。

关键词：踝关节肌腱韧带缺损邻近核心肌腱有限元分析生物力学

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