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猪德尔塔冠状病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用

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中国兽医科学 2019年第7期49卷 834-840页

作者：辛佳亮汪伟杜倩韩知晓闭璟珊曹亮孙文超方志超郑敏广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心广西南宁530000 温州大学病毒学研究所浙江温州325035 军事科学院军事兽医研究所吉林长春130122 广西扬翔股份有限公司广西贵港537100

为建立猪德尔塔病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)快速灵敏的诊断方法,采用RT-PCR方法扩增猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)M基因,将M基因克隆到载体pEASY-Blunt Cloning Kit,以构建出的重组质粒作为标准阳性质粒,并以此为模板建立PDCoVM基... 详细信息

为建立猪德尔塔病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)快速灵敏的诊断方法,采用RT-PCR方法扩增猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)M基因,将M基因克隆到载体pEASY-Blunt Cloning Kit,以构建出的重组质粒作为标准阳性质粒,并以此为模板建立PDCoVM基因的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的Ct值与标准品模板在6.57×10^8~6.57×10^1copies/L范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-4.215;该方法特异性强,对PEDV和TGEV猪常见病原检测均无特异性扩增;可重复性良好,组内和组间变异系数均小于2%;灵敏度可达6.57×10^1copies/L;对临床样品的检测,本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的阳性检出率为5.0%。上述结果表明,本研究成功建立了检测PDCoV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,可实现对PDCoV的快速灵敏诊断。

关键词：猪德尔塔病毒 SYBRGreenⅠ 荧光定量PCR

猪德尔塔冠状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

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中国动物传染病学报 2021年第2期29卷 15-21页

作者：杜倩汪伟韩知晓孔子荣辛佳亮闭璟珊曹亮孙文超胡传活郑敏广西大学动物科学技术学院南宁530004 广西壮族自治区动物疫病控制中心南宁530000 军事科学院军事兽医研究所长春130122 温州大学病毒学研究所温州325035

为建立一种猪德尔塔病毒(PDCoV)的快速检测方法,本研究根据NCBI公布的PDCoV序列设计了1对特异性引物,利用RT-PCR方法扩增PDCoV的S基因,将其连接至pMD19-T载体上,以构建正确的重组质粒作为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方... 详细信息

为建立一种猪德尔塔病毒(PDCoV)的快速检测方法,本研究根据NCBI公布的PDCoV序列设计了1对特异性引物,利用RT-PCR方法扩增PDCoV的S基因,将其连接至pMD19-T载体上,以构建正确的重组质粒作为标准品,建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的敏感性、特异性及重复性进行了验证分析。结果显示:该检测方法在标准品浓度为6.26×10^(1)~6.26×10^(8)copies/μL范围内呈良好线性关系,其相关性为0.999,斜率为-4.312;灵敏度良好,检测下限可达6.26×10^(1)copies/μL;特异性良好,对PEDV和TGEV两种猪常见病原均无特异性扩增;重复性好,组内和组间变异系数均小于2.0%;利用该方法对43份临床样品进行检测,PDCoV阳性率为4.6%。结果表明,本研究成功建立了PDCoV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为PDCoV快速灵敏的诊断奠定了坚实基础。

关键词：猪德尔塔冠状病毒 S基因 SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR

麻鸭源禽痘病毒的形态观察、分离鉴定及动物试验

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中国兽医学报 2019年第8期39卷 1466-1471页

作者：张红云郑敏罗满林韦英益孙文超朱远致辛佳亮华南农业大学兽医学院广东广州510642 玉林市动物疫病预防控制中心广西玉林537000 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心广西南宁530001 广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 温州大学病毒学研究所浙江温州325035 军事医学科学院军事兽医研究所.吉林长春130122

旨在对麻鸭源禽痘病毒进行分离鉴定,并对其组织嗜性和易感动物进行初步探索。用荧光定量PCR方法检测广西邕宁发病麻鸭皮肤痘疹样本,结果显示,呈鸭源禽痘病毒阳性;电镜观察负染标本和超薄切片,病毒粒子符合典型的痘病毒形态特征;HE染色... 详细信息

旨在对麻鸭源禽痘病毒进行分离鉴定,并对其组织嗜性和易感动物进行初步探索。用荧光定量PCR方法检测广西邕宁发病麻鸭皮肤痘疹样本,结果显示,呈鸭源禽痘病毒阳性;电镜观察负染标本和超薄切片,病毒粒子符合典型的痘病毒形态特征;HE染色镜检组织切片,符合痘病毒感染的病理学特征;利用SPF鸭胚和鸭胚成纤维细胞进行病毒分离,经IFA和PCR方法检测证实成功分离到1株麻鸭源禽痘病毒;对麻鸭15种组织597份样本进行检测,发现痘疹中病毒含量最高,其次为食管、喉头、气管,而在肠道和法氏囊中未检测到病毒;同居感染试验发现麻鸭、阳江鹅和樱桃谷鸭均可感染该病毒,而鸡和番鸭未见感染。结果为鸭源禽痘病毒的生物学特性、组织嗜性和宿主范围研究,以及其诊断和防控提供理论依据。

关键词：麻鸭禽痘病毒分离鉴定组织嗜性宿主范围

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重庆地区犬圆环病毒检测及序列分析

中国畜牧兽医 2020年第10期47卷 3069-3077页

作者：闫修魁韩知晓杜倩汪伟朱远致辛佳亮易驰喆闭璟珊孙文超郑敏广西大学动物科学技术学院南宁530001 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心南宁530004 军事科学院军事兽医研究所长春130122 柳州市工人医院柳州545005 温州大学病毒学研究所温州325035

本试验旨在调查近年来新发的犬圆环病毒(canine circovirus,CCV)在重庆地区的流行情况,探索重庆流行毒株的特性。本研究利用PCR方法对2017年采集于重庆地区的100份犬血清样品进行CCV核酸检测,对所得CCV阳性样品进行全基因组扩增与测序,... 详细信息

本试验旨在调查近年来新发的犬圆环病毒(canine circovirus,CCV)在重庆地区的流行情况,探索重庆流行毒株的特性。本研究利用PCR方法对2017年采集于重庆地区的100份犬血清样品进行CCV核酸检测,对所得CCV阳性样品进行全基因组扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 6.0和RDP4等软件对分离到的重庆CCV毒株进行分析。结果显示,重庆地区100份犬血清中共有4份为CCV阳性,阳性率为4%,从4份阳性样品中共获得3株不同的CCV基因组(CQ76、CQ79和CQ82),全长基因组序列均为2062 nt,与此前报道长度为2063 nt的CCV基因组相比缺少了一个碱基,该碱基位于5′-基因间隔区内茎环结构的下游。3个毒株的两个ORF之间5′末端间隔区和3′末端间隔区长度分别为134(1929-2062 nt)和203 nt(913-1115 nt)。CQ76、CQ79和CQ82的同源性在99.8%~100%之间,其中CQ76与CQ82仅在第2019位点存在同义突变;所获得的3个重庆毒株与国内外报道的其他CCV基因组序列同源性为82.7%~97.1%,其中,ORF2的变异程度大于ORF1。基于病毒ORF2序列和全基因组分别构建NJ进化树中,CQ76、CQ79和CQ82均属于同一亚群,与属于基因Ⅱ型的中国毒株204株遗传距离较近,同源性为96.5%~96.7%。RDP4重组分析发现,CQ76、CQ79和CQ82毒株基因组均为广西毒株204株和388株的重组序列,重组区域坐落于ORF2。本研究为丰富CCV流行病学和遗传进化信息,以及进一步防控研究提供基础数据。

关键词：犬圆环病毒(CCV) 序列分析同源性分析

痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

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中国兽医科学 2020年第4期50卷 430-436页

作者：汪伟杜倩韩知晓辛佳亮孔子荣闭璟珊曹亮孙文超胡传活郑敏广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心广西南宁530000 军事科学院军事兽医研究所吉林长春130122 温州大学病毒学研究所浙江温州325035

为实现痘苗病毒的快速检测,根据痘苗病毒TA27L基因设计引物,经各项条件优化后,建立痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,同时将PCR扩增的TA27L基因克隆至pMD18-T载体,将测序正确的重组质粒作为标准品进行敏感性、特异性和重复性试... 详细信息

为实现痘苗病毒的快速检测,根据痘苗病毒TA27L基因设计引物,经各项条件优化后,建立痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,同时将PCR扩增的TA27L基因克隆至pMD18-T载体,将测序正确的重组质粒作为标准品进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,所建立方法的Ct值与标准品在7.58×10^9~7.58×10^2copies/μL范围内呈良好线性关系,R^2为0.997,斜率为-3.175,检测下限为75.8copies且具有良好的特异性。临床样本检测结果表明该方法较普通PCR方法的检出率更高。结果表明,建立的痘苗病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法为痘苗病毒及其相关基因重组毒株的生物学特性研究提供了必要的技术手段。

关键词：痘苗病毒 SYBR GreenⅠ 荧光定量PCR

广西部分地区猪链球菌血清型及其毒力因子流行性调查分析

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中国畜牧兽医 2019年第4期46卷 1116-1126页

作者：石大丽葛晨玲朱远致辛佳亮葛强袁敬知王晓晔李珣郑敏韦显凯广西大学动物科学技术学院南宁530000 广西动物疫病预防控制中心南宁530000

为探究广西部分地区猪链球菌(Streptococcus suis,SS)流行菌株主要血清型及毒力因子分布情况。本试验于2018年1月至2018年6月对从多个猪场采集到的116份疑似链球菌感染的组织病料(脑、肺脏、淋巴结等)进行病原菌检测,采用细菌分离鉴定... 详细信息

为探究广西部分地区猪链球菌(Streptococcus suis,SS)流行菌株主要血清型及毒力因子分布情况。本试验于2018年1月至2018年6月对从多个猪场采集到的116份疑似链球菌感染的组织病料(脑、肺脏、淋巴结等)进行病原菌检测,采用细菌分离鉴定、形态学观察及PCR扩增等方法对病原菌及其血清型和部分毒力因子进行鉴定。结果显示,116份样品共分离到链球菌32株,阳性率为27.59%(32/116),其血清型主要以SS2和SS9为主,分离率分别为40.63%(13/32)和43.75%(14/32),其他血清型为15.63%(5/32);毒力因子检测结果表明:SLY、MRP、EPF以及SBP2′因子的检出率分别为:81.25%(26/32)、59.38%(19/32)、50.00%(16/32)和71.88%(23/32)。32株链球菌中以SLY^+MRP^+EPF^+SBP2′^+(13株)、SLY^+MRP^-EPF^-SBP2′^-(5株)、SLY^+MRP^+EPF^-SBP2′^+(5株)为主要的毒力基因型,其中SS2均能检测出3个或3个以上的毒力因子。玉林、柳州市主要分布SS9型,南宁、百色市主要分布SS2型;广西不同地区毒力因子的分布情况存在差异且不同血清型或同一血清型的链球菌毒力因子的分布情况也各不相同,其中SS2携带的毒力因子检出率明显高于其他血清型。该研究可为今后猪链球菌疫苗及致病机理研究提供理论依据,为广西地区猪场链球菌血清型疫苗选择提供指导。

关键词：猪链球菌血清型毒力基因防控

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广西猪细小病毒6型分子流行病学调查

中国兽医学报 2020年第6期40卷 1096-1100页

作者：汪伟杜倩韩知晓辛佳亮孙文超曹亮田明尧鲁会军金宁一广西大学动物科学技术学院广西南宁530004 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心广西南宁530000 军事科学院军事医学研究院军事兽医研究所吉林长春130122 温州大学病毒学研究所浙江温州325035

为了解广西壮族自治区是否存在猪细小病毒6型(PPV6)毒株,分析其分子特征和遗传进化,本研究利用PCR技术对广西壮族自治区的猪血清临床样本进行检测。结果表明,广西壮族自治区猪群有PPV6的存在,感染率为18.5%(25/135),与PCV2的共感染率为2... 详细信息

为了解广西壮族自治区是否存在猪细小病毒6型(PPV6)毒株,分析其分子特征和遗传进化,本研究利用PCR技术对广西壮族自治区的猪血清临床样本进行检测。结果表明,广西壮族自治区猪群有PPV6的存在,感染率为18.5%(25/135),与PCV2的共感染率为24.0%(6/25)。与参考毒株的NS1核苷酸同源性为99.4%~99.6%;NS1遗传进化分析表明,GX44毒株和GX3-3毒株与中国参考毒株TJ株、韩国KSU1-AZ-2014株、波兰P15-1株同处一个亚群,而美国U18-9株属于另一个亚群。这一研究结果将为中国PPV6毒株的流行病学调查与分析提供最基础的研究资料。

关键词：猪细小病毒6型 PCV2 NS1 遗传进化

广西地区猪圆环病毒2型和猪圆环病毒3型基因型监测及遗传进化分析

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黑龙江畜牧兽医 2019年第5期 10-15,22页

作者：李金凤哈卓辛佳亮李卓昕张涵郭影成郑敏那少龙鲁会军金宁一军事科学院军事医学研究院军事兽医研究所长春130122 吉林大学动物医学学院长春130062 东北农业大学动物医学学院哈尔滨150030 广西大学动物科学技术学院南宁530004 延边大学农学院吉林延边133002 吉林市丰满区动物疫病预防控制中心吉林吉林132013 广西动物疫病预防控制中心南宁530001

为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PC... 详细信息

为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PCV-2和PCV-3的阳性样品进行ORF2基因的扩增和测序,同时利用生物信息学软件DNAStar和MEGA 6.06对PCV-2和PCV-3的ORF2基因进行同源性分析和构建遗传进化树。结果表明:2017年广西地区PCV-2和PCV-3的总感染率分别为43.8%(35/80)和33.8%(27/80),PCV-2和PCV-3的共感染率为16.3%(13/80)。试验获得的19个PCV-2 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为93.6%～99.9%,对应氨基酸同源性为93.1%～100%;19个PCV-2 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为82.8%～99.9%,对应氨基酸同源性为83.3%～99.6%。试验获得的2个PCV-3 ORF2基因序列之间的核苷酸同源性为99.8%,对应氨基酸同源性为100%;2个PCV-3 ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核苷酸同源性为97.7%～99.8%,对应氨基酸同源性为96.2%～100%。获得的19个PCV-2 ORF-2基因序列中,12个为PCV-2b亚型,7个为PCV-2d亚型;获得的2个PCV-3 ORF2基因序列为PCV-3a亚型,与丹麦和中国湖南分离得到的PCV-3亲缘关系较近。说明PCV-2和PCV-3在广西地区猪群中感染率很高,PCV-2感染主要以PCV-2b亚型为主,PCV-3之间高度保守,分布无地域性规律。

关键词：猪圆环病毒2型猪圆环病毒3型 ORF2基因遗传进化分析同源性分析分子流行病学

山羊关节炎脑炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立及应用

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中国兽医科学 2020年第3期50卷 294-299页

作者：汪伟杜倩韩知晓辛佳亮闫修魁梁莹莹朱远致曹亮孙文超胡传活郑敏广西大学动物科学技术学院广西南宁530001 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心广西南宁530004 军事科学院军事兽医研究所吉林长春130122 温州大学病毒学研究所浙江温州325035

为建立检测山羊关节炎脑炎病毒(caprine arthritis-encephalitis virus,CAEV)的快速诊断方法,本研究根据CAEV甘肃株Gag基因设计1对引物,并以含有CAEV甘肃株全基因组序列的质粒pUC57-CAEV为模板,建立CAEV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方... 详细信息

为建立检测山羊关节炎脑炎病毒(caprine arthritis-encephalitis virus,CAEV)的快速诊断方法,本研究根据CAEV甘肃株Gag基因设计1对引物,并以含有CAEV甘肃株全基因组序列的质粒pUC57-CAEV为模板,建立CAEV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,并验证其特异性、灵敏性和重复性。结果显示,本研究所建立的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的Ct值与标准品模板在1.19×109~1.19×10^1 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.997,斜率为-3.74,检测下限为1.19×10^1 copies/μL,且对痘苗病毒、山羊痘病毒均无扩增。重复性试验结果显示,批间与批内变异系数均小于1%,重复性好。本研究首次建立了CAEVGag基因的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法,为CAEV的快速检测和病毒感染预防提供了技术手段。

关键词：山羊关节炎脑炎病毒 SYBR GreenⅠ 荧光定量PCR Gag基因