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喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析

高等学校化学学报 2017年第10期38卷 1813-1821页

作者：周超石婷赵一雷王晓雷上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道... 详细信息

通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.

关键词：喹啉加氧酶氧气扩散随机加速分子动力学伞状抽样

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侘寂美学下“无人”酒店空间体验研究

侘寂美学下“无人”酒店空间体验研究

作者：赵一雷哈尔滨师范大学

学位级别：硕士

“智能化”在当今时代已并不陌生,随处都可见到科技“智能化”给人们带来的便利。纵观酒店业科技应用的历史,用户的使用习惯已通过技术研发到商业行为,从而进入到酒店空间场景中。从最初的线上预订到现在的人脸识别,层出不穷的新技术不... 详细信息

“智能化”在当今时代已并不陌生,随处都可见到科技“智能化”给人们带来的便利。纵观酒店业科技应用的历史,用户的使用习惯已通过技术研发到商业行为,从而进入到酒店空间场景中。从最初的线上预订到现在的人脸识别,层出不穷的新技术不断在改变着酒店空间的面貌与体验形式。2020年的新冠病毒肆虐,“无接触式”服务成为行业的新兴需求,使得酒店智能化进一步受到更多人的关注。但是,越是在科技快速发展的时代下,空间文化氛围营造就更加重要,用户更希望空间可以带来心灵和精神的高层次体验。本文将侘寂美学思想融入到空间中,以侘寂美学的哲学思想作为整个酒店的美学理念及文化支撑;“侘寂”将时间的痕迹作为美学的体现,智能化又是引领时代发展的象征,在方案中将两者结合,“智能化”技术解决用户实际使用需求,“侘寂”美学的精神和文化氛围营造满足用户的精神诉求。

关键词：侘寂美学智能化酒店设计

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蛋白质巯基亚硝基化分子机制及其疾病相关性

化学进展 2015年第5期27卷 594-600页

作者：石婷陈铭陈雄平汪汲涛万锕俊赵一雷上海交通大学生命科学技术学院上海200240 上海交通大学化学化工学院上海200240

蛋白质翻译后修饰对蛋白质生物学功能起着至关重要的作用。蛋白质巯基亚硝基化(Snitrosylation,SNO)是一种一氧化氮相关的氧化还原型可逆修饰。它广泛存在于动物、植物和微生物中。近年来的研究表明SNO与蛋白质修饰位点的精细化学结构... 详细信息

蛋白质翻译后修饰对蛋白质生物学功能起着至关重要的作用。蛋白质巯基亚硝基化(Snitrosylation,SNO)是一种一氧化氮相关的氧化还原型可逆修饰。它广泛存在于动物、植物和微生物中。近年来的研究表明SNO与蛋白质修饰位点的精细化学结构紧密关联,其中可能存在多种尚未证实的中间体。另一方面,研究发现SNO与肿瘤、炎症、衰老、阿尔茨海默症和帕金森综合症等许多重大疾病相关。为了进一步药物发现与疾病治疗研究的需要,本文对SNO的形成机理与研究现状进行了系统总结,并着重介绍了SNO与相关疾病的研究进展。

关键词：一氧化氮蛋白质巯基亚硝基化翻译后修饰氧化还原

含氮Ylide对C_(60)的1,3-偶极环加成反应法合成含吡咯环C_(60)衍生物

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高等学校化学学报 1997年第5期18卷 665-670页

作者：周德建赵一雷甘良兵骆初平黄春辉吕木坚潘景歧武轶北京大学稀土材料化学与应用国家重点实验室北京100871 北京大学化学与分子工程学院北京100871 北京微量化学研究所北京100091

利用肌氨酸与对位含不同取代基的苯甲醛、共轭烯烃醛类及酮类反应生成的含氮Ylide对C60的加成反应，合成并分离、纯化制得了一系列含不同取代基的C60吡咯环纯衍生物，并用1HNMR、13CNMR、FDMS、FT－IR、UV－Vis等光谱手段确定了它们的... 详细信息

利用肌氨酸与对位含不同取代基的苯甲醛、共轭烯烃醛类及酮类反应生成的含氮Ylide对C60的加成反应，合成并分离、纯化制得了一系列含不同取代基的C60吡咯环纯衍生物，并用1HNMR、13CNMR、FDMS、FT－IR、UV－Vis等光谱手段确定了它们的分子结构．

关键词：肌氨酸偶极环加成碳60衍生物吡咯环叶立德

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计算化学在一氧化氮化学和生物化学中的应用

计算化学在一氧化氮化学和生物化学中的应用

中国化学会第27届学术年会

作者：赵一雷上海交通大学生命科学技术学院

＜正＞一氧化氮自由基在环境科学和生命科学有许多重要作用。由于其独特的电子结构和化学性质,实验上并不容易观察和判定它们的分子机理。利用量子化学的方法,我们研究其中若干个问题,包

关键词：一氧化氮自由基 S-亚硝基硫醇 S-硫酰基自由基。

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DNA硫修饰的结构与功能

DNA硫修饰的结构与功能

中国化学会第30届学术年会-第二十八分会：化学生物学

作者：赵一雷上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室

DNA硫修饰是一种新型表观化学修饰,细菌基因组分析表明有5-8个基因形成一个硫修饰功能基因簇,把硫原子从半胱氨酸转移到DNA上替换非桥键氧。细菌生物学研究发现其有可能与细菌防御外来基因入侵有关,也有可能与抵抗氧化损失有关。我们通... 详细信息

DNA硫修饰是一种新型表观化学修饰,细菌基因组分析表明有5-8个基因形成一个硫修饰功能基因簇,把硫原子从半胱氨酸转移到DNA上替换非桥键氧。细菌生物学研究发现其有可能与细菌防御外来基因入侵有关,也有可能与抵抗氧化损失有关。我们通过结构生物信息学研究了硫修饰R立体手性对DNA的高级结构的影响、与周边碱基对发生物理化学互作。首先我们利用量子化学计算比较了修饰之前后的局部结构变化,并构建能量打分函数挖掘正常和硫修饰DNA的磷酸骨架二面角分布差异,进一步通过分子动力学模拟研究不同碱基序列的DNA磷酸骨架柔性变化,从而揭示碱基对、碱基阶梯的特征结构参数细微差异。理论计算发现了R型DNA硫修饰能够干扰DNA的B型双螺旋结构的稳定性,与S-DNA的熔点实验结果相吻合。硫修饰提高了DNA骨架的刚性,与正常DNA相比,骨架与碱基的相互作用变强而提高了碱基序列特异性,特别是与含鸟嘌呤碱基对阶梯互作,表明了DNA硫修饰结构与其分子识别和抗氧化性有直接关系。

关键词： DNA 硫修饰结构

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金表面二硫基自组装膜的理论研究

金表面二硫基自组装膜的理论研究

中国化学会第27届学术年会

作者：赵一雷上海交通大学生命科学技术学院计算化学与分子生物信息学实验室美国国家标准技术研究所（NIST）计算化学组

＜正＞金属表面自组装单分子膜在有机电导体领域一直被广泛地研究。特别是在OLED、OTFT和OPV装置的效率与表面电导性质直接相关。利用理论计算,我们研究了金[111]表面的二硫基单分子膜的

关键词：自组装膜 UPS 能带

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预反应态在工业酶与生物合成酶设计中的应用

预反应态在工业酶与生物合成酶设计中的应用

2019中国化学会第十五届全国计算（机）化学学术会议

作者：赵一雷上海交通大学微生物国家重点实验室/生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系

微生物生物合成中常用跨物种酶来重构特定代谢途径并采用定向进化策略以获得高效工业酶或工业菌株,在人工筛选中产生的海量突变体实验数据迫蛋白质分子设计使用高通量生物信息学技术,特别是如何理解远离酶催化中心的氨基酸残基突变效应...

微生物生物合成中常用跨物种酶来重构特定代谢途径并采用定向进化策略以获得高效工业酶或工业菌株,在人工筛选中产生的海量突变体实验数据迫蛋白质分子设计使用高通量生物信息学技术,特别是如何理解远离酶催化中心的氨基酸残基突变效应。我们采用PRS预反应态模型,运用量子力学、分子动力学和QM/MM等多层次计算化学方法系统深入地阐明聚酮合酶系中硫酯酶的全局突变效应和底物多样性问题,特别是在电子结构、原子和分子的微观水平上重现硫酯酶的环化和水解机制,以期在此基础上实现新酶的设计应用。

关键词：

游客感知视角的广西防城港市旅游竞争力提升研究

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现代经济信息 2014年第19期 476-476页

作者：田芬赵一雷桂林理工大学旅游学院

本文采用问卷调查法、深度访谈法、并使用spss19.0软件对调查问卷进行数据统计分析,对影响广西防城港市旅游竞争力因子进行研究评价,并提出该市竞争力提升对策。

关键词：游客感知视角广西防城港市旅游竞争力