喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析

作     者：周超 石婷 赵一雷 王晓雷 ZHOU Chao;SHI Ting;ZHAO Yilei;WANG Xiaolei

作者机构：上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240 

出 版 物：《高等学校化学学报》 (Chemical Journal of Chinese Universities)

年 卷 期：2017年第38卷第10期

页      面：1813-1821页

核心收录：

学科分类：081704[工学-应用化学] 07[理学] 070304[理学-物理化学(含∶化学物理)] 08[工学] 0817[工学-化学工程与技术] 0703[理学-化学] 

基　　金：国家自然科学基金(批准号:21377085 21303101) 中国博士后科学基金(批准号:2014T70413 2014M561463) 上海交通大学高性能计算中心资助~~ 

主　　题：喹啉加氧酶 氧气扩散 随机加速分子动力学 伞状抽样 

摘      要：通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.