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基于长期研究队列的广西隆安县乙型肝炎病毒准种研究

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中国热带医学 2023年第8期23卷 822-827页

作者：贾蕙华陈钦艳蒋智华王学燕张文嘉 TIM J Harrison J BROOKS Jackson LI Wu 方钟燎广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防制研究重点实验室广西南宁530021 广西医科大学基础医学院广西南宁530021 Division of Medicine University College London Medical SchoolLondonUK Carver College of Medicine University of IowaIowa CityUSA

目的明确广西隆安县队列HBsAg无症状携带者感染的乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)准种序列长期演化特征。方法收集9名广西隆安县队列HBsAg无症状携带者2004年、2007年、2013年、2019年或2020年4个不同时间点血清样本。酶联免疫吸... 详细信息

目的明确广西隆安县队列HBsAg无症状携带者感染的乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)准种序列长期演化特征。方法收集9名广西隆安县队列HBsAg无症状携带者2004年、2007年、2013年、2019年或2020年4个不同时间点血清样本。酶联免疫吸附测定法检测HBV血清学标志物;聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)荧光探针法检测HBV病毒载量;试剂盒提取HBV DNA;PCR法扩增HBV全基因组,进行二代测序;利用Mega等软件对所获得的序列进行生物信息学分析。结果共获得23份血清样本,309条全长基因准种序列,每份标本平均获得(0.18±0.07)G测序数据量。55.55%(5/9)的研究对象携带的HBV毒株基因型在长期进化过程中发生了基因型转换,PreS/S区系统进化树基因分型结果与全基因组分析结果完全一致;发现B/C、I/C重组体;各研究标本的Sn值范围为0~0.37,D值范围为0~0.11;共检出21种特殊单核苷酸/氨基酸突变位点(S区7种,X区2种,PreC区3种,BCP区9种)和6种缺失突变,发现多联突变组合形式,未发现任何耐药突变,77.8%(7/9)研究对象在2004年携带的HBV毒株发生了BCP区nt1762(A→T)/1764(G→A)双突变和PreC区1896位(G→A)点突变,HBV基因可在无抗病毒药物压力下由突变型可恢复为野生型和(或)野生型转变为突变型;HBV基因组进化率为2.03×10^(-5)~3.50×10^(-3)。结论在HBV自然感染进程中,HBV基因型和重组体、准种复杂性和多样性可随时间发生改变;HBV基因突变型和野生型可相互转换,一定程度上降低了利用基因型和相关突变来预测临床结局的价值;隆安县乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen,HBsAg)无症状携带者HBV基因组进化率很高。

关键词：乙型肝炎病毒基因型二代测序准种基因突变

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基于十八年跨度的乙型肝炎病毒基因型I分子进化研究

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应用预防医学 2024年第2期30卷 71-78+84页

作者：黄小倩陈钦艳蒋智华贾蕙华胡雪胡莉萍张陆娟方钟燎广西医科大学基础医学院广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防制研究重点实验室广西壮族自治区畜牧研究所广西农业职业技术大学

目的探索乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因型I长期进化特征。方法从广西隆安研究队列中选取已明确感染基因型I的HBsAg无症状携带者作为研究对象，检测其血清HBV标志物和病毒载量。使用酚氯仿法提取HBV DNA，采用巢式PCR扩增... 详细信息

目的探索乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因型I长期进化特征。方法从广西隆安研究队列中选取已明确感染基因型I的HBsAg无症状携带者作为研究对象，检测其血清HBV标志物和病毒载量。使用酚氯仿法提取HBV DNA，采用巢式PCR扩增HBV全基因组，进行克隆测序，运用BioEdit、Mega等软件对测序结果进行生物信息学分析。结果共纳入9名研究对象，获得279条全长基因序列。系统进化树分析结果显示，22.2%(2/9)的研究对象HBV基因型发生了转换，从基因型I1转换成基因型C1。2004年所有研究对象HBV毒株均发生X基因核心基因启动子（BCP）双突变（nt1762A→T/1764 G→A）;88.9%(8/9)的研究对象HBV毒株发生PreC基因nt1896(G→A)终止密码突变。多数研究对象发生免疫逃避突变和耐药突变，共检出18种免疫逃逸突变和6种多重耐药突变。研究对象GD056、XW511、GA135、XX55、CZ647、TX119、WX058和YF201携带的毒株免疫逃逸突变率分别为：69.6%、7.5%、96.7%、94.4%、11.8%、4.7%、100.0%和100.0%；研究对象GA135、XW511、WX058、XX55、YF201、CZ647和TX119携带的毒株耐药突变率分别为：6.7%、2.5%、3.8%、50.0%、4.5%、2.9%和4.7%。66.7%、55.6%和44.4%的研究对象2004年和/或2022年携带的HBV毒株分别在PreS/S基因、X基因和PreC/C基因受到正向选择压力，所有研究对象携带的HBV毒株在P基因以负向选择压力占主导。结论在自然感染进程中，HBV基因型I可以发生基因型转换，基因型I在一些常见的临床相关热点突变上突变率较高，部分毒株可出现免疫逃避突变和耐药突变，HBV基因组各个开放读码框所受的选择压力不相同。

关键词：乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV) 基因型I 克隆测序进化

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细胞因子与肝癌关系的巢式病例对照研究

应用预防医学 2024年第4期30卷 211-215页

作者：蒋智华王学燕陈钦艳张陆娟贾蕙华胡莉萍黄玫琳方钟燎广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防制研究重点实验室广西壮族自治区畜牧研究所广西农业职业技术大学广西医科大学基础医学院

目的探索导致HBV基本核心启动子（BCP）双突变（A1762T,G1764A）株相关肝癌患者免疫压力降低的细胞因子，及其与肝癌之间的关系。方法按照巢式病例对照研究原理，从隆安县研究队列中选择同为感染HBV BCP双突变株者作为研究对象，其中... 详细信息

目的探索导致HBV基本核心启动子（BCP）双突变（A1762T,G1764A）株相关肝癌患者免疫压力降低的细胞因子，及其与肝癌之间的关系。方法按照巢式病例对照研究原理，从隆安县研究队列中选择同为感染HBV BCP双突变株者作为研究对象，其中的肝癌患者纳入病例组、HBsAg无症状携带者纳入对照组。采用流式免疫荧光法先后检测2004年和2019年所采集的研究对象血清中，已知被HBV诱导改变的免疫细胞所分泌的10个细胞因子，包括IL-1β、IL-2、IL-4、TNF-α、IL-6、IL-10、IL-17A、IL-12、IFN-γ和IL-13；采用Mann-WhitneyU检验对数据进行统计分析。结果研究对象包括肝癌患者9例（病例组）、HBsAg无症状携带者10例（对照组）。2004年只有细胞因子IL-10的表达量在病例组和对照组间差异有统计学意义（Z=-2.167,P=0.030）,IL-10在病例组和对照组的表达量分别为（4.718±2.075） pg/mL和（2.899±0.745）pg/mL。2019年病例组细胞因子IL-6、IL-10和IL-12的表达量均高于对照组（P值分别为0.041、0.020和0.003）。对于病例组，细胞因子IL-10在2019年的表达量[（11.433±7.242）pg/mL]高于2004年[（4.718±2.075）pg/mL]，差异有统计学意义（Z=-2.693,P=0.007）。结论细胞因子IL-6、IL-10和IL-12与HBV BCP双突变株携带者发生肝癌有关；细胞因子IL-10表达量升高与HBV BCP双突变（A1762T,G1764A）株相关肝癌患者机体免疫压力降低有关。

关键词：细胞因子肝癌乙型肝炎病毒(HBV) BCP双突变(A1762T,G1764A)株巢式病例对照研究

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广西那坡县发现乙肝病毒新基因亚型D11

应用预防医学 2019年第2期25卷 88-94+98页

作者：任创创陈钦艳王学燕杨庆利胡莉萍刘华兵何翔贾蕙华方钟燎广西医科大学基础医学院广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防制研究重点实验室广东省疾病预防控制中心广东省公共卫生研究院

目的 2011年,在广西那坡县发现一例HBsAg阳性携带者,其所携带的HBV利用S基因序列分型法无法分型,本研究意在用全基因组分型法对其进行分型。方法为便于前后对比,除2011年血清标本外,还收集该携带者2018年的血清标本。检测前后2份标本HB... 详细信息

目的 2011年,在广西那坡县发现一例HBsAg阳性携带者,其所携带的HBV利用S基因序列分型法无法分型,本研究意在用全基因组分型法对其进行分型。方法为便于前后对比,除2011年血清标本外,还收集该携带者2018年的血清标本。检测前后2份标本HBV血清标志物和病毒载量,使用酚氯仿法提取HBV DNA,巢式PCR扩增HBV全基因组,将扩增产物进行克隆并测序。利用软件Mega 6.0、 Bioedit 7.0对测序结果进行分析。结果 2011年和2018年的2份标本HBsAg均为阳性, 2份标本的PCR产物分别获得15个克隆株。对获得的克隆株进行生物信息学分析发现, 2011年该携带者体内乙肝病毒基因型为B型、 D型以及未知基因型; 2018年该携带者体内乙肝病毒基因型仅为D型。30个克隆株中有23个单独聚集成簇, bootstrap值为100%,与D1-D10亚型间核苷酸的差异>4%。结论该携带者体内的HBV基因型为新基因亚型D11。

关键词：乙型肝炎病毒系统进化分析亚型D11

高效抗逆转录病毒治疗对HBV/HIV共感染者HBV耐药基因突变影响的研究

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应用预防医学 2018年第2期24卷 102-107页

作者：贾蕙华李开文梁淑家陈钦艳王学燕杨庆利任创创胡莉萍方钟燎广西医科大学基础医学院广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防治研究重点实验室广西壮族自治区疾病预防控制中心艾滋病防治所

目的了解高效抗逆转录病毒治疗（HAART）对HBV/HIV共感染者HBV耐药突变情况。方法收集123例未进行HAART的HBV/HIV共感染者（组1）和80例已接受HAART的HBV/HIV共感染者（组2）血清标本及其临床资料。对所有血清标本HBV DNA聚合酶基因进... 详细信息

目的了解高效抗逆转录病毒治疗（HAART）对HBV/HIV共感染者HBV耐药突变情况。方法收集123例未进行HAART的HBV/HIV共感染者（组1）和80例已接受HAART的HBV/HIV共感染者（组2）血清标本及其临床资料。对所有血清标本HBV DNA聚合酶基因进行巢式PCR扩增,对扩增产物进行电泳分析和测序,并构建基因进化树,通过单因素及多因素logistic回归模型分析耐药突变相关因素。结果有86例HBV DNA成功扩增并测序（组1有69例,组2有17例）;组2耐药突变率（76.5%,95%CI:56.3%—96.7%）显著高于组1（1.4%,95%CI:-1.4%—4.2%）,差异有统计学意义（χ;=50.955,P<0.05）。两组患者中,耐拉米夫定的主要耐药突变形式是rtL180M+rtM204I+rtL80I（35.7%,95%CI:10.6%—60.8%）;耐恩替卡韦的主要耐药突变形式是rtM204V+rtL180M（71.4%,95%CI:47.7%—95.1%）;未发现替诺福韦酯耐药突变。组2有5例（6.3%）HBV病毒载量超过10×106拷贝/m L;其中1例治疗方案里含替诺福韦酯且已治疗4年。多因素Logistic回归分析发现,HAART是唯一与耐药突变发生有关的因素（P=0.000 1,OR=195.757,95%CI:14.14—2711.00）。结论抗HIV治疗可导致HBV/HIV共感染者HBV耐药突变率增高,在HAART治疗方案中替诺福韦酯不能完全抑制HBV复制。

关键词：乙型肝炎病毒人类免疫缺陷病毒共感染耐药突变流行率抗病毒疗法

HBV/HIV共感染与单纯感染HBV 1762T/1764A突变及前S基因缺失的比较研究

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应用预防医学 2017年第2期23卷 113-118页

作者：李开文梁淑家陈钦艳王学燕杨庆利何翔胡丽萍贾蕙华 Anna Kramvis 方钟燎广西医科大学基础医学院广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防治研究重点实验室广东省疾病预防控制中心南非金山大学

目的比较分析HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV 1762T/1764A突变及前S基因缺失突变率。方法根据病例对照研究原理,收集未接受HBV及HIV抗病毒治疗的HBV/HIV共感染者和HBV单纯感染者血清标本,用分子生物学技术对血清HBV核心基... 详细信息

目的比较分析HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV 1762T/1764A突变及前S基因缺失突变率。方法根据病例对照研究原理,收集未接受HBV及HIV抗病毒治疗的HBV/HIV共感染者和HBV单纯感染者血清标本,用分子生物学技术对血清HBV核心基因启动子（BCP）和前S基因进行分析。结果病例-对照共61对,平均年龄为（44.9±2.1）岁,共发现3个HBV基因型:基因型B、C和I。共感染者和单纯感染者的主要基因型均为B基因型,分别占63.4%（39/61）和50.8%（31/61）。共感染者肝癌相关HBV基因突变总率（52.5%）显著高于HBV单纯感染者（23.0%）,差异有统计学意义（χ;=11.307,P<0.05）。共感染者BCP的1762T/1764A双突变率（44.3%）显著高于HBV单纯感染者（χ;=7.290,P<0.05）。同样,共感染者前S基因缺失率也显著高于HBV单纯感染者（χ;=8.270,P<0.05）。随机从两组中各抽20例进行对比分析,结果显示共感染与高病毒载量有关,但是高病毒载量与肝癌相关HBV基因突变无关。肝癌相关HBV基因突变率不随CD;细胞计数变化而变化。多因素分析结果表明,合并HIV感染与肝癌相关HBV基因突变（包括BCP双突变与前S缺失突变）有关。结论 HBV/HIV共感染可增加肝癌相关HBV基因突变率。

关键词：乙型肝炎病毒人类免疫缺陷病毒共感染基因变异流行率

广西灵山县2～6岁儿童乙肝疫苗免疫效果观察

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中国热带医学 2018年第12期18卷 1207-1210页

作者：王超黄光华王学燕赖海涛任创创李齐芳陈钦艳胡莉萍贾蕙华方钟燎广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防治研究重点实验室广西南宁530028 灵山县疾病预防控制中心广西钦州535400

目的了解广西灵山县2～6岁儿童乙肝疫苗免疫效果,为乙肝病毒(HBV)高流行区乙肝防控提供依据。方法 2016年12月,按照横断面调查研究原理,用整群抽样的方法选取灵山县2～6岁儿童为研究对象,采用问卷调查并采集静脉血3～5 mL,用酶联免疫... 详细信息

目的了解广西灵山县2～6岁儿童乙肝疫苗免疫效果,为乙肝病毒(HBV)高流行区乙肝防控提供依据。方法 2016年12月,按照横断面调查研究原理,用整群抽样的方法选取灵山县2～6岁儿童为研究对象,采用问卷调查并采集静脉血3～5 mL,用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测HBV血清学标记物。结果调查了1 594名儿童,乙肝疫苗免疫覆盖率为100%;5岁以下儿童HBsAg标准化阳性率为0.17%(3/832,95%CI:-0.11～0.45);抗-HBs标准化阳性率为68.98%(95%CI:66.71～71.25);HBeAg和抗-HBe标准化阳性率分别为0.16%(95%CI:-0.04～0.36)和0.38%(95%CI:0.08～0.68);抗-HBc标准化阳性率为43.97%(95%CI:41.53～46.41)。不同年龄组间抗-HBs阳性率差异有统计学意义(P<0.001),且随着年龄增长而呈下降的趋势(P<0.001)。非条件多因素Logistic回归模型分析结果显示,年龄、城乡分布、低出生体重和分娩医院级别与抗-HBs阳性率有关,加强免疫与低龄儿童抗-HBs阳性率无关。3名HBsAg持续阳性儿童的母亲产检检测HBsAg阳性。结论广西灵山县达到全国乙型病毒性肝炎防治规划的目标(<1%);已经完成乙肝疫苗全程基础免疫的学龄前儿童没必要进行乙肝疫苗加强免疫。

关键词：儿童乙肝疫苗免疫效果

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荒漠草原混牧牛羊的放牧行为特征

草业学报 2025年第1期 226-237页

作者：张振豪贾子玉李鑫宇程云湘内蒙古大学生态与环境学院蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室

荒漠草原混合放牧家畜的行为特征对草地资源的可持续利用具有重要意义。本研究在内蒙古自治区锡林郭勒盟镶黄旗的荒漠草原牛羊混合放牧牧场开展。试验选取了畜群中的4头牛与8只羊，通过分别佩戴载有三轴加速度传感器的GPS定位项圈，分... 详细信息

荒漠草原混合放牧家畜的行为特征对草地资源的可持续利用具有重要意义。本研究在内蒙古自治区锡林郭勒盟镶黄旗的荒漠草原牛羊混合放牧牧场开展。试验选取了畜群中的4头牛与8只羊，通过分别佩戴载有三轴加速度传感器的GPS定位项圈，分析了混牧牛羊放牧时间（GTIME）与放牧活动水平（GODBA）的时间动态，并探讨了牛羊放牧行为特征对草地资源月份变化的响应模式。结果表明，荒漠草原混牧牛羊的GTIME与GODBA呈显著正相关关系（R2>0.60），且牛羊的GODBA对草地资源的响应模式存在差异。其中，牛受到地上生物量的正向调控（P<0.05），受到Shannon指数的负向调控（P<0.01）。而羊则受到地上生物量与毒杂草重要值的负向调控（P<0.001），以及Shannon指数与牧草粗蛋白含量的正向调控（P<0.001）。并且，混牧牛羊24 h的行为模式均表现出“多峰”特征，且随月份变化有收缩的趋势。同时，牛羊不同行为之间的活动水平存在显著差异，且羊的活动水平整体高于牛（P<0.05）。

关键词：荒漠草原混合放牧行为特征草地资源全局动态加速度

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内孤立波对同反向传播的表面波的调制特征研究

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2025年第1期55卷 1-12页

作者：林一帆徐滔贾村陈旭中国海洋大学海洋与大气学院山东青岛266100 自然资源部第三海洋研究所海洋动力研究室福建厦门361005

当内孤立波在海洋内部传播时,会引起表层水体的辐聚辐散,从而对海表波浪进行调制作用。本文使用计算流体力学(Computational fluid dynamics,CFD)技术,针对内孤立波对表面波的调制问题进行数值模拟研究。建立两层模型,模拟了表面波在同... 详细信息

当内孤立波在海洋内部传播时,会引起表层水体的辐聚辐散,从而对海表波浪进行调制作用。本文使用计算流体力学(Computational fluid dynamics,CFD)技术,针对内孤立波对表面波的调制问题进行数值模拟研究。建立两层模型,模拟了表面波在同反向传播的情况下,不同振幅内孤立波对不同波长表面波的调制过程。基于表面波的波长和波高这两个基本特征,发现内孤立波引起的表层水平流速变化会调制表面波的波高,相同方向传播时,表面波波高会在最大水平流速附近处减小,而相反传播时会增大。同时内孤立波引起的水体辐聚辐散(水平流速梯度)的分布会调制表面波的波长特征,表面波波长会在流场辐散的区域变长,在流场辐聚的区域变短。表面波受调制作用变化的强弱与内孤立波振幅、表面波初始波长相关。内孤立波振幅的增加会加强调制作用,使得表面波波高与波长的变化程度更显著。表面波初始波长增加会减弱调制作用。本研究着重分析了内孤立波对表面波的调制作用,得到了内孤立波引起的上层水体流动和受调制的表面波具体的对应关系与变化规律,有助于更好地理解内孤立波对表面波调制的水动力过程,对于解读内波成像的过程有重要意义。

关键词：内孤立波表面波数值模拟计算流体力学小波分析

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