检索结果-南通市图书馆

作者：谢水莲赣南医学院

学位级别：硕士

背景:BCR-ABL1融合基因作为由t(9:22)(q34:q11)易位而产生的一种基因结构变异(SVs),是多种白血病的驱动因素和标志性分子事件,且与该分子相关的发生在ABL1基因激酶结构域(KD)的突变(SNVs)和BCR基因启动子甲基化(5m C)修饰的异常也与酪... 详细信息

背景:BCR-ABL1融合基因作为由t(9:22)(q34:q11)易位而产生的一种基因结构变异(SVs),是多种白血病的驱动因素和标志性分子事件,且与该分子相关的发生在ABL1基因激酶结构域(KD)的突变(SNVs)和BCR基因启动子甲基化(5m C)修饰的异常也与酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)耐药、治疗反应性和疾病进展等临床表现密切相关。因此,对BCR-ABL1融合基因及其KD区突变和启动子5m C修饰这三种分子事件进行检测,可以增进临床医生对患者的全面认识,从而做出更精确的诊断以实施个体化的治疗方案。当前,临床上对这三种分子的检测分别依赖于各种独立的检测技术,并没有合适的技术方法能满足在一次实验中实现对这三种分子的同时检测。目的:本研究基于纳米孔基因测序技术具有长读长和直接测序的优势特点、结合CRISPR/Cas9系统切割介导的靶向富集原理,旨在建立一种具有高覆盖深度、单碱基分辨率和直接检测碱基修饰等特点的纳米孔Cas9靶向基因测序技术(n CATS),以实现对BCR-ABL1融合基因及其KD区突变和启动子5m C修饰这3种肿瘤分子标志物的同时检测,为BCR-ABL1融合基因相关的疾病提供一种更全面、高效的检测手段,以解决目前检测技术的不足。方法:首先,在了解BCR和ABL1的基因结构及两者融合特征的前提下,设计出能靶向富集包含BCR基因或ABL1基因断点集群区、BCR基因启动子和ABL1基因KD区在内的目标DNA片段的cr RNA。然后,以BCR-ABL1融合基因阳性的K562细胞基因组DNA(g DNA)为实验样本,建立靶向上述目标DNA片段的n CATS技术,主要步骤包括:g DNA去磷酸化、Cas9蛋白对cr RNA靶位置进行精准切割、切割断端的3’处添加一个脱氧核糖腺苷酸(d ATP)、定量聚合酶链反应(q PCR)质控cr RNA的靶向富集效率、磁珠纯化g DNA及回收率测定、测序接头连接、和上机测序。最后,进行n CATS数据的生信分析,主要包括遗传变异分析(SVs和SNVs)和表观遗传变异分析(5m C修饰)。前者的分析流程主要为原始电信号数据(fast5)进行碱基判读转换为DNA序列(reads),之后对reads进行去接头和长度与质量值质控等预处理,质控合格的reads再与人类参考基因组比对,并生成bam文件,后续SVs和SNVs的分析则均是基于此文件;后者则是通过分析软件直接运行fast5数据,即可生成最终的5m C修饰结果文件。SVs和5m C修饰的分析结果分别用桑格测序和亚硫酸氢盐扩增子测序(BSAS)进行验证,而SNVs分析方法的建立和结果验证则均是依赖于3个常用软件分析性能的比较。变异分析结果由软件IGV、Excel和Up Set R进行可视化。结果:(1)cr RNA设计结果:总共设计了4条用于富集本研究感兴趣基因区域(ROIs)的cr RNA,其中BCR-23177705 cr RNA+富集包含BCR基因次要断点集群区(m-bcr)和BCR基因启动子在内的DNA片段,BCR-23285487 cr RNA+和BCR-23286144 cr RNA+富集包含BCR基因主要断点集群区(M-bcr)和第三断点集群区(μ-bcr)在内的DNA片段,ABL1-130888808 cr RNA-富集包含ABL1基因KD区在内的DNA片段。(2)样本与文库质控:首先,提取的K562细胞g DNA样本的浓度(459ng/μL)、纯度(A260/A280=1.90)和片段大小(～7 kb)均满足建库要求。在n CATS文库制备过程中,4条cr RNA靶向富集效率的q PCR质控结果(ΔCT值均>2)和磁珠纯化后回收的g DNA量(2.952μg),均在要求范围内。最后,测序时监测的测序质量(>8)和测序速度(每个纳米孔每秒平均读取约400个碱基)也均正常。上述严格的质控和监测确保了本研究n CATS的成功进行。(3)ROIs富集程度和cr RNA靶向情况:K562细胞g DNA的n CATS数据中质控合格的reads在人类全基因组中的分布情况为含有ABL1基因的9号染色体和含有BCR基因的22号染色体上均有一个高度富集的reads峰,这两个reads峰即为4条cr RNA靶向富集的reads所形成。通过统计发现,所用4条cr RNA在ROIs富集的reads数均达到约500条。上述结果表明,本研究成功对ROIs进行了高效、准确的靶向富集,有利于后续的三种变异的分析。(4)BCR-ABL1融合基因的分析及验证:Nano SV成功分析出K562细胞中存在的BCR-ABL1融合基因,两个基因的融合位点分别为hg38＿Chr22:23290555和hg38＿Chr9:130731760。此外,在目标DNA区域中可观

关键词： BCR-ABL1融合基因 ABL1激酶区突变 BCR基因启动子甲基化纳米孔Cas9靶向基因测序技术结构变异

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纳米孔基因测序技术在HLA基因分型中的应用

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赣南医学院学报 2024年第1期44卷 99-104页

作者：朱孟琳何燕琴谢水莲杨影万绍贵赣南医科大学基础医学院赣州市中心血站检验科赣南医科大学基础医学院分子病理中心江西赣州341000

人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是人类基因组中最复杂的基因区域,主要参与机体免疫反应,HLA的基因分型在器官移植以及疾病诊疗等领域有着广泛的临床应用。现有的HLA分型方法在临床实践中发挥了重要作用,但也存在一些... 详细信息

人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是人类基因组中最复杂的基因区域,主要参与机体免疫反应,HLA的基因分型在器官移植以及疾病诊疗等领域有着广泛的临床应用。现有的HLA分型方法在临床实践中发挥了重要作用,但也存在一些技术限制和局限性。纳米孔基因测序技术的出现为快速鉴定HLA基因分型提供了全新视角。该技术以其快速、实时测序和长读长等特点,为复杂的HLA区域提供了更为快速精确的识别能力。该技术不仅能更快速地解析HLA基因型,还对前沿高通量基因测序新技术开发HLA分型方法的研究具有潜在的借鉴意义。本文主要对纳米孔基因测序技术在HLA分型领域中的研究方法和临床应用进行综述。

关键词：人类白细胞抗原基因分型技术纳米孔基因测序器官移植

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电力营销服务管理策略研究

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军民两用技术与产品 2018年第24期 147-148页

作者：谢水莲广东电网梅州五华供电局有限责任公司梅州514400

电力行业在我国属垄断性行业,供电企业的核心是营销业务,所以,改变当前电力市场化改革的主要任务是如何引入竞争、提升效率.因此加强供电企业营销服务管理工作,建立一个适应市场需求的电力营销服务体系,是我们电力行业未来发展的必然趋势.

关键词：电力企业营销服务管理策略研究

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纳米孔基因测序技术在DNA甲基化修饰检测中的应用研究进展

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基因组学与应用生物学 2022年第4期41卷 927-934页

作者：谢水莲袁丰华李梦婷万绍贵赣南医学院基础医学院分子病理中心赣州341000

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC修饰最常用的方法是... 详细信息

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC修饰最常用的方法是基于亚硫酸氢盐转化的第二代基因测序技术,该方法虽然转化效率高且测定准确,但仍然存在不足之处,包括DNA分子降解、处理过程繁杂、测序读长较短、检测特异性不高等。近些年发展起来的纳米孔基因测序技术凭借其能对DNA修饰直接进行检测,且具有读长长、通量高、速度快等特点,在DNA表观遗传修饰检测方面展现了良好优势。本文对DNA的5mC修饰的形成及其经典的检测方法进行了简要介绍,并重点介绍了纳米孔基因测序技术在DNA的5mC修饰检测中的应用研究进展。

关键词：纳米孔基因测序技术 DNA甲基化 5-甲基胞嘧啶

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认知干预对老年原发性高血压病患者疾病认知与治疗依从性的影响

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护理实践与研究 2018年第9期15卷 54-55页

作者：梁秀容谢水莲广东省第二荣军医院康复科佛山市528211

目的探讨认知干预对老年原发性高血压病患者疾病认知和治疗依从性的影响。方法选取我院2015年1月至2017年6月收治的老年原发性高血压病患者100例,按照随机数字法等分为对照组和观察组,对照组予以常规护理干预,研究组在此基础上予以认知... 详细信息

目的探讨认知干预对老年原发性高血压病患者疾病认知和治疗依从性的影响。方法选取我院2015年1月至2017年6月收治的老年原发性高血压病患者100例,按照随机数字法等分为对照组和观察组,对照组予以常规护理干预,研究组在此基础上予以认知干预,比较两组患者高血压知识认知情况、治疗依从性、干预前后血压水平、负性情绪以及生活质量。结果研究组患者高血压知识认知情况明显优于对照组(P<0.05);研究组治疗依从性明显优于对照组(P<0.05);研究组血压水平、焦虑自评量表、抑郁自评量表评分均优于对照组(P<0.05);研究组生活质量各维度评分高于对照组(P<0.05)。结论认知干预可提高老年原发性高血压病患者疾病认知和治疗依从性,有效控制血压水平,改善患者负性情绪,提高患者的生活质量。

关键词：认知干预老年人原发性高血压病疾病认知治疗依从性

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镧负载D201树脂同步脱硝除磷的性能对比

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有色金属科学与工程 2022年第4期13卷 148-154页

作者：崔占朋杨铭轩谢水莲陈君罗武辉江西理工大学江西省矿冶环境污染控制重点实验室江西赣州341000 江西理工大学资源与环境工程学院江西赣州341000 江西省生态环境厅环境保护科学研究院南昌330039

采用La^(3+)、La(OH)_(3)以及La_(2)(CO_(3))_(3)对D201树脂进行改性,并从吸附动力学、等温线、共存离子影响以及再生等方面系统地对比3种La负载树脂的同步脱硝除磷性能。扫描电镜及成分分析结果表明,D201表面能够负载不同形态的La,以La... 详细信息

采用La^(3+)、La(OH)_(3)以及La_(2)(CO_(3))_(3)对D201树脂进行改性,并从吸附动力学、等温线、共存离子影响以及再生等方面系统地对比3种La负载树脂的同步脱硝除磷性能。扫描电镜及成分分析结果表明,D201表面能够负载不同形态的La,以La_(2)(CO_(3))_(3)形态负载时La含量最高。吸附数据表明,La_(2)(CO_(3))_(3)型D201树脂除磷效果优越,吸附容量高且受干扰离子影响小。经Na_(2)CO_(3)溶液再生5次后,各树脂均能保持良好的再生吸附效果,同步脱硝除磷性能稳定。树脂中季铵官能团(-R^(4)N^(+))对硝酸根选择性较高,使得硝氮吸附受共存离子的影响较弱;磷酸根吸附归因于与-R^(4)N^(+)静电作用及与负载的各形态La形成沉淀、发生配体交换等,受体系pH值变化较为敏感,弱碱性条件可促进吸附。

关键词：镧 D201树脂脱硝除磷

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纳米孔基因测序技术在DNA甲基化修饰检测中的应用研究进展

纳米孔基因测序技术在DNA甲基化修饰检测中的应用研究进展

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2021年中国肿瘤标志物学术大会暨第十五届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：谢水莲袁丰华万绍贵赣南医学院

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5mC甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC最常用的方法是基于亚硫酸氢盐转化的PCR扩增或第二代... 详细信息

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5mC甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC最常用的方法是基于亚硫酸氢盐转化的PCR扩增或第二代基因测序技术,该方法虽然转化效率高且测定准确,但仍然存在不足之处,包括DNA分子降解,处理过程繁杂,测序读长较短,检测特异性不高等。近年来发展起来的纳米孔基因测序技术凭借其能对DNA修饰直接进行检测,且具有读长长,通量高,速度快等优势,在DNA表观遗传修饰检测方面展现了良好优势。本文对DNA的5mC甲基化修饰的形成与去除和其经典的检测方法进行了简要介绍,并重点介绍了纳米孔基因测序技术在DNA的5mC甲基化修饰检测中的应用研究进展。

关键词：纳米孔基因测序技术 DNA甲基化 5-甲基胞嘧啶

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Review Unit6 Asking the Way

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中国多媒体与网络教学学报(下旬刊) 2021年第2期 10-11页

作者：谢水莲福建省福州市钱塘文博小学

一、案例概述本课为闽教版小学英语五年级上册第六单元的复习课,Review Unit6 Asking the Way,主要复习问路、指路的单词及句型。本课的教学目标有:学生能用英语进行简单的问路、指路,且能将所学应用到现实生活中。并提升学生英语学习... 详细信息

一、案例概述本课为闽教版小学英语五年级上册第六单元的复习课,Review Unit6 Asking the Way,主要复习问路、指路的单词及句型。本课的教学目标有:学生能用英语进行简单的问路、指路,且能将所学应用到现实生活中。并提升学生英语学习的兴趣及实用性。本课的教学重点是:问路、指路的主要单词及句型。

关键词：平板电脑图书馆阅读 Review Unit6 Asking the Way 永辉超市现代信息技术 Pad 多媒体教学环境源于生活兔子舞目的地直观形象 PPT

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基于Cas9靶向富集的纳米孔高通量基因测序技术的应用进展

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赣南医学院学报 2022年第4期42卷 342-347页

作者：杨影谢水莲万绍贵冷小敏赣南医学院赣南医学院基础医学院赣南医学院基础医学院分子病理中心江西赣州341000

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学... 详细信息

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学等方面具有广泛应用。目前常见的靶向富集方法主要有杂交捕获法和多重PCR扩增法。杂交捕获法过程繁琐、成本昂贵,PCR扩增法容易受扩增效率影响导致靶序列文库丰度不均匀,且会丢失DNA序列的表观修饰信息。近年来,基于纳米孔测序平台开发了CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法(nCATs),可在无需PCR扩增的条件直接对感兴趣的基因位置进行靶向测序。该方法具有直接识别碱基修饰、读长长、实时检测、速度快等优势,在基因结构性变异、突变检测和基因的甲基化修饰检测等方面展现了良好应用前景。尤其是在融合基因的检测方面,该技术通过结合生物信息学的分析工具可检测新的融合基因和断裂位点,在临床诊疗方面具有重要的指导意义。本文将对CRISPR/Cas9靶向富集纳米孔基因测序技术的基本原理和上述应用场景进行综述,并重点阐述该技术在融合基因检测方面的最新进展。

关键词： CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法靶向测序融合基因纳米孔测序

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多组学解析镉胁迫下小麦根际微生物代谢特征及对镉吸收的影响

多组学解析镉胁迫下小麦根际微生物代谢特征及对镉吸收的影响

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作者：杨水莲河南农业大学

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